Przyjęty w roku 1555 pokój augsburski tylko formalnie kończył etap wojen religijnych w krajach niemieckich. Faktycznie, nie wnosił on nowej jakości w kwestie wyznaniowe, rysującej się w tej części Europy. Owszem, pokój przyznawał prawo wyboru religii niemieckim arystokratom, niemniej jednak reguła czyj kraj tego religia, nie obejmowała najuboższej rzeszy niemieckiego społeczeństwa, czyniąc wyznanie panów, wyznaniem ich poddanych.

Kolejni cesarze austriaccy, następcy Konrada V, a więc Ferdynand I (1556-1564), Maksymilian II (1564-1576), jak również Rudolf, nie podjęli najmniejszych zabiegów by sytuację wyznaniową w krajach niemieckich uczynić bardziej znośną. Wręcz przeciwnie, chcąc pozbyć się z tamtejszych ziem protestantów, wspomniani władcy, jeszcze dobitniej zaogniali konflikt na osi reformatorzy-katolicy.

Sytuacja skomplikowała się jeszcze bardziej, gdy z nastaniem drugiej połowy wieku XVI oraz z początkiem wieku XVII, dał o sobie znać w Niemczech, regres gospodarczy. Trudności ekonomiczne w pierwszej kolejności dotknęły północnej części kraju, gdzie związki handlowe poszczególnych księstw oraz Hanzy, były nader widoczne. Zmiana przebiegu szlaków kupieckich, jak również likwidacja Hanzy, bardzo ujemnie wpłynęły na funkcjonowanie gospodarcze północnej części państwa niemieckiego.

Nieco inaczej, przedstawiała się sytuacja na południu kraju. Tutaj kryzys gospodarczy zdołano przetrwać, nie ponosząc tak wielu jak na północy strat. Antidotum na załamanie się ekonomiki w południowej części państwa, okazał się być przywracany po latach do łask, folwark pańszczyźniany.

Trudności gospodarcze, jakich doświadczyły Niemcy z nastaniem XVII stulecia, zbiegły się w czasie z problemami natury religijnej. Niechęć pomiędzy protestancką północą oraz katolickim południem, znowu dała o sobie znać. Brak akceptacji, a nierzadko nienawiść wyznaniowa, z dnia na dzień, coraz bardziej narastały i intensyfikowały się.

Przejawem zarysowującego się konfliktu, było utworzenie w roku 1608 tzw. Unii Protestanckiej. Przewodził jej Palatyn Reński, książę Fryderyk. Wkrótce działania niemieckich protestantów, znalazły poparcie innych europejskich państw, a więc Danii oraz Szwecji. Do grona sympatyków Unii dołączyli także z czasem francuscy hugenoci, a nawet król Henryk IV.

Wobec tak zdecydowanych działań podejmowanych przez protestantów, nie zamierzali pozostawać obojętni niemieccy katolicy. Powołali więc do życia Ligę Katolicką, a na jej czele postawili bawarskiego księcia Maksymiliana. Wydawało się, że konflikt zbrojny między niemieckimi katolikami i protestantami jest nieunikniony. I prawdopodobnie byłby, gdyby nie śmierć Henryka IV (w roku 1610). Wobec braku francuskiego poparcia, protestanci z południa Niemiec nie odważyli się wystąpić zbrojnie przeciwko katolickiej północy kraju.

Na tym problemy niemieckie bynajmniej się nie kończyły. Newralgicznym narodowościowo i religijnie obszarem nadzorowanym przez Habsburgów, były Czechy. Zajęte przez Austriaków w 1526 roku, w początkowym okresie obcej dominacji, cieszyły się względną autonomią oraz poszanowaniem przez "zaborcę" lokalnych praw obywatelskich. Po dwudziestu latach sytuacja uległa jednak zmianie. W roku 1547 zaprzestano zwoływania czeskiego sejmu, a rok później z kraju wygnani zostali Bracia Czescy, husyci, którzy zmuszeni byli szukać azylu na ziemiach Rzeczpospolitej. Taka polityka austriackiego dworu nie mogła rodzić uznania wśród samych Czechów. I nie rodziła. Towarzyszyło jej ciągłe konfrontowanie się ze sobą tamtejszych katolików i protestantów. Sytuacja wydawała się być tak groźna, że z nastaniem roku 1609 cesarz Rudolf II sporządził edykt tolerancyjny (zwany listem majestatycznym), którego treść miała gwarantować protestantom tolerancję wyznaniową.

W roku 1612 zmarł wspomniany wyżej cesarz Rudolf, a jego miejsce zajął gorliwy katolik, wychowanek zakonu jezuickiego, Ferdynand II. Czescy katolicy wykorzystując ten fakt, zaczęli prześladowania oraz napiętnowania swych protestanckich oponentów. W kraju płonęły protestanckie zbory. Kiedy w roku 1618 katolicy ośmielili się podpalić najważniejszy z czeskich zborów, a żaden z urzędników habsburskiej administracji nie zamierzał interweniować w tej sprawie na cesarskim dworze, zbulwersowani protestanci udali się na zamek na Hradczanach. Na skutek kłótni zaistniałej pomiędzy rezydującymi tam urzędnikami austriackimi a protestantami, wspomniani urzędnicy, zostali wyrzuceni przez wzburzonych Czechów przez okna zamku. Wydarzenie to nazywa się defenestracją praską, i rozpoczyna ono oficjalnie konflikt w dziejach, zwany wojną trzydziestoletnia. Wojna ta trwała od roku 1618 do roku 1648.

Czeski etap wojny trzydziestoletniej (1618-1622).

Kolejnym po defenestracji praskiej działaniem czeskich protestantów, było zwołanie sejmu krajowego i zdetronizowanie austriackiej dynastii habsburskiej. Wkrótce też, władzę w kraju powierzono Palatynowi księciu Fryderykowi. Bardzo często w historii powszechnej nazywa się go królem zimowym.

Do jesieni roku 1619, z braku środków finansowych oraz militarnych, Habsburgowie nie reagowali na wydarzenia rozgrywające się w Czechach. Sytuacja uległa zmianie gdy Palatyn Fryderyk przybył do swych nowych posiadłości. Austriacy przekroczyli granice państwa czeskiego, atakując Pragę i odnosząc spektakularne zwycięstwo w bitwie pod Białą Górą. Fryderyk nie uczynił zupełnie nic, aby stanąć w obronie szturmowanego przez Habsburgów kraju (stąd jego przydomek). Wkrótce do obozu wroga przeszedł niejaki Albrecht von Wallenstein. Co więcej, przynosząc cesarzowi herb pułku morawskiego, zasłużył na godność komisarza ziem czeskich. Wallensteinowi powierzono także nadzór nad represjonowaniem pokonanych w toku wojny Czechów. Jedną z form napiętnowania przegranych, było rekwirowanie ich majątków oraz bogactw. Nic więc dziwnego, że w krótkim czasie sam Wallenstein stał jedną z najbardziej zamożnych osób w państwie. Było go nawet stać na utrzymanie własnej, prywatnej, 30 tysięcznej armii.

Na wydarzenia wojenne czesko-habsburskie spoglądała cała ówczesna Europa. Przegrana Czechów nie przypadła do gustu pierwszemu ministrowi Francji, kardynałowi Richelieu. Kardynał nawiązał w niedługim czasie nić porozumienia z duńskim królem Chrystianem IV, któremu za poparcie Unii Protestanckiej oraz włączenie się do wojny, obiecał odwdzięczyć się z nawiązką. Dania włączyła się do konfliktu w roku 1625, a za jej udział w sporze miała płacić Francja.

Duński etap wojny trzydziestoletniej (1625-1629).

W momencie kiedy Duńczycy wkroczyli w granice północnych Niemiec, cesarz znajdował się w bardzo trudnej sytuacji. Z jednej strony, właśnie dymisjonował posądzonego o knucie na habsburskim dworze Wallensteina, z drugiej zaś, nie dysponował środkami finansowymi na wynajęcie nowych wojsk, gotowych stawić czoła Duńczykom. Na pomoc cesarzowi pospieszył Wallenstein, który zaoferował, że do wojny z Chrystianem IV wystawi własne, prywatne wojska. Gwarantował też, że nie zażąda z tego tytułu żadnego wynagrodzenia, o ile dwór austriacki nie będzie ingerował w charakter prowadzonych walk. Cesarz przystał na stawiane warunki, a Wallenstein pogromił Duńczyków. Chrystian IV nie miał innego wyjścia jak przyjąć proponowane przez Habsburgów warunki pokojowe. Na mocy traktatu z Lubeki, z roku 1629, strona duńska zobowiązywała się do niepopierania w przyszłości Unii Protestanckiej. Duńczycy mieli także nie mieszać się więcej w jakiekolwiek sprawy dotyczące polityki wewnętrznej Rzeszy Niemieckiej.

W roku 1629 zwycięski cesarz Ferdynand II ogłosił Edykt Restytucyjny. Edykt zakładał zwrot wszystkich ziem zagarniętych kościołowi katolickiemu po roku 1562. Jako że nie zgodził się z nim (edyktem) Magdeburg, wojska cesarskie wyruszyły przeciwko miastu, niszcząc je i niemal równając z powierzchnią ziemi. Sposobem potraktowania Magdeburga poczuł się oburzony władca szwedzki, Gustaw II Adolf, który w roku 1630 zainicjował kolejny etap wojny.

Szwedzki etap wojny trzydziestoletniej (1630-1635).

Przystąpienie Szwecji do udziału w wojnie trzydziestoletniej, inspirował pośrednio kardynał Richelieu. Jednak w przeciwieństwie do Danii Chrystiana IV, wpływowy polityk francuski mógł mieć pewność, że tym razem uda się zwyciężyć coraz bardziej krnąbrnego cesarza. Gustaw II Adolf nie bez powodu nazywany był już wówczas, jednym z największych wodzów epoki. O jego reformie wojska, podziale na jednostki piechurów oraz kawalerzystów, wprowadzeniu nowych standardów utrzymania armii, mówiła cała Europa.

Kiedy wojska szwedzkie wkraczały do północnych Niemiec, cesarz znajdował się w analogicznej co w roku 1625, sytuacji. Nie dysponował armią, mogącą skutecznie stawić czoła nieprzyjacielowi. Poza tym, w niełaskę popadł ponownie nieposłuszny, i wciąż knujący za plecami monarchy, Wallenstein. I podobnie, jak przed latami, skazany na współpracę z Wallensteinem cesarz, starał się załagodzić spór z genialnym dowódcą, nadając mu między innymi tytuł Generalisimusa, czyli generała nad generałami. Przejście Wallensteina na stronę Ferdynanda II było pozorne. Niemal tego samego dnia, w którym generał ułożył się z cesarzem, przystąpił on także do negocjowania współpracy z obozem szwedzkim. Warunkiem, jaki postawił Wallenstein w rozmowach z Gustawem II Adolfem, było nadanie mu tytułu królewskiego w Czechach. Podobne żądanie nie było szwedzkiego monarchy zaskoczeniem. Gotów przystać na warunki generała, poczuł się Gustaw II Adolf zdradzony, kiedy nagle i niespodziewanie, Wallenstein zerwał prowadzone ze Szwedami rozmowy.

W roku 1631 wojska szwedzkie zwyciężyły habsburską armię generała Tyilly, w bitwie stoczonej pod Breitenfeld. Do jednego z największych starć w wojnie trzydziestoletniej doszło natomiast pod Lutzen. Naprzeciw wojsk szwedzkich dowodzonych przez Gustawa II Adolfa stanęła armia austriacka dowodzona przez Wallensteina. Nie ulega wątpliwości, że starcie wygrali Szwedzi, niemniej jednak śmierć króla Gustawa na polu walki, wprawiła jego poddanych w osłupienie, które z kolei, nie pozwoliło im wykorzystać odniesionego sukcesu. Tym samym, bitwa pod Lutzen przeszła do historii jako nierozstrzygnięta. Pomimo potwierdzenia przez kanclerza Axela von Oxestierna dalszego uczestnictwa Szwecji w wojnie, o sukces na polu walki, opuszczonym przez Gustawa II Adolfa wojskom, było niezwykle trudno. W roku 1634 Szwedzi przegrali starcie pod Nordlingen. Tego samego roku, miało też miejsce zupełnie niespodziewane zdarzenie. Wallenstein został zamordowany w miejscowości Cheba. Prawdopodobnym powodem dla którego dwór wiedeński zdecydował się zgładzić generała, był kolejny spisek w jaki uwikłał się Wallenstein. Planując zdradę interesu państwowego, nie spodziewał się, że stojący na czele państwa cesarz zdradzi jego. Do ostatniego etapu wojny sposobiła się już Francja.

Francuski etap wojny trzydziestoletniej (1635-1648)

Oczywiście, wkroczenie na forum toczącej się wojny państwa francuskiego, nie oznaczało wycofania się z niej Szwecji. Wręcz przeciwnie, Szwedzi nadal uczestniczyli w konflikcie. Wkrótce na Francję spadł cios. W obronie atakowanych przez Francję Habsburgów austriackich, wystąpili Habsburgowie hiszpańscy, wypowiadając jej wojnę. Wydarzenie to spowodowało zablokowanie części wojsk francuskich i niemożność posłania ich na front austriacki. Francuzi nie dali się zastraszyć, podejmując walkę na dwóch frontach. Z nastaniem roku 1643, dowodzący francuską armią Kondeusz Wielki (Henryk de Condre), pokonał Hiszpanów w starciu pod Rocroi. Od tego momentu ostateczna wygrana Francji, wydawała się już być jedynie kwestią czasu.

Po śmierci króla Ludwika XIII, na polecenie regentki Anny Austriaczki (matki nieletniego Ludwika XIV) rozpoczęto pertraktacje pokojowe. Starcia zbrojne nie ustawały. Z nastaniem roku 1645, Francuzi weszli w posiadanie Bawarii, zaś w roku następnym, 1646, wojska szwedzkie zwyciężyły armię habsburską w starciu pod Janowicami.

W roku 1648 podpisano traktat pokojowy. Składał się on z dwóch aktów, a konkretnie z pokoju habsbursko-szwedzkiego, sygnowanego w miejscowości Osnabruck, oraz z pokoju francusko-habsburskiego, podpisanego w Munster.

Na mocy traktatu z Osnabruck, Szwedzi mieli wejść w posiadanie takich posiadłości jak: Pomorze Zachodnie (zwane też Przednim), wysp Rugi, Wolin oraz Uznam, arcybiskupstwa w Bremie oraz w Nerden. Postanowienia traktatu pokojowego, uczyniły Szwecję największą potęgą na Morzem Bałtyckim, oraz zaszczepiły w niej chęć przekształcenia go w swój wewnętrzny basen. Habsburgowie mieli także wypłacić na rzecz Szwecji stosowne odszkodowanie wojenne.

Z kolei na podstawie warunków pokojowych przyjętych w Munster, Francja odzyskiwała Alzację (bez Starsburga), oraz Mette, Tolun, Verden (arcybiskupstwa w Lotaryngii). Podobnie jak w przypadku Szwecji, Austria miała uiścić na rzecz Francji stosowne odszkodowanie wojenne.

Wojna Francji z Hiszpanią trwała do roku 1659 (wówczas to podpisano traktat pokojowy, tzw. pirenejski, na mocy którego żoną Ludwika XIV została córka Filipa IV, Maria Teresa).

Do pozostałych konsekwencji wojny trzydziestoletniej zaliczyć należy:

- potwierdzenie niepodległości Holandii oraz Szwajcarii

- podział Palatynatu Reńskiego na część tzw. Górną z Łużycami (przekazaną Saksonii), oraz Dolną (przekazaną synowi "króla zimowego", Fryderykowi)

- przekazanie Brandenburgii Pomorza Zachodniego z Kołobrzegiem

- wzrost znaczenia państwa szwedzkiego oraz francuskiego

- śmierć blisko ½ mieszkańców Czech

- straty w ludności sięgające rzędu 35-40%

- zniszczenie nawet 60% dóbr kulturowych ziem, na których toczyła się wojna

- pozostawanie odłogiem około 80% wszystkich ziem objętych konfliktem.