Z początkiem XVII w. rozpoczęły się trwające kilkadziesiąt lat wojny polsko-szwedzkie. U podłoża konfliktu legły spory natury dynastycznej. Tak zwane pacta conventa nakazywały Zygmuntowi III przyłączyć do Polski północną Estonii (część Inflant). Jednak król nie uczynił tego zaraz po elekcji, a dopiero wtedy, gdy Szwedzi odebrali Zygmuntowi i jego potomkom prawo dziedziczenia tronu. Włączenie północnej Estonii do Polski wywołało konflikt zbrojny, który zakończył się w 1611 r. Tym sposobem walka o odzyskanie korony szwedzkiej przeobraziła się w wojnę o Inflanty, a Rzeczpospolita została uwikłana w dynastyczne spory Wazów. Tymczasem władzę w protestanckiej Szwecji objął Karol IX Sudermański, będący wujem Zygmunta. Szwedzki król, dążąc do odzyskania ziem estońskich, rozpoczął okupację inflanckich zamków. Inflanty stały się więc miejscem zbrojnej konfrontacji polskich i szwedzkich wojsk. W 1605 r. Szwedzi zorganizowali uderzenie na Rygę. Zdobycie miasta umożliwiłoby im uzyskanie panowania nad całymi Inflantami. Świadomy zagrożenia hetman Jan Karol Chodkiewicz zdecydował przesunąć swoje wojska w okolice miejscowości Kircholm, leżącej niedaleko Rygi. 4 tys. polskiej jazdy i piechoty stanęło naprzeciw 11-tysięcznej armii szwedzkiej. Dzięki skutecznej taktyce Chodkiewicza, polegającej na oskrzydleniu nieprzyjaciela za pomocą husarii, bitwa zakończyła się zwycięstwem strony polskiej.
Mimo przewagi, jaką zyskała Polska dzięki zwycięstwu pod Kircholmem, walki toczone w Inflantach zakończyły się dopiero wraz ze śmiercią króla szwedzkiego Karola IX w 1611 r. Jednak zaledwie kilka lat później, bo już w 1617 r., zostały one wznowione. Pod szwedzkim panowaniem znalazła się Ryga oraz kilka innych miast inflanckich. Zajęcie Rygi będącej centrum kontaktów handlowych Litwy i Białorusi z Europą stanowiło dla Rzeczypospolitej dotkliwą stratę. Także zawarcie kilkuletniego rozejmu w Mitawie w 1622 r. było niekorzystny dla Polski. Bezpowrotnie straciła ona Rygę i obszar Inflant po rzekę Dźwinę. W jej granicach pozostało zaledwie nieznaczne terytorium noszące nazwę Polskich Inflant ze stolicą w Dyneburgu oraz Kurlandią. Tym sposobem Gustaw Adolf usiłował zrealizować plany szesnastowiecznych władców Szwecji, jakimi było uczynienie z Bałtyku wewnętrznego morza szwedzkiego. Kiedy w połowie 1625 r. Szwedom udało się zająć całe terytorium Inflant, przesunęli działania wojenne na obszar Prus Królewskich. Bezpośrednią realizacją zamierzeń Gustawa Adolfa było zaatakowanie Pomorza Gdańskiego w 1626 r. Wojska szwedzkie zajęły port pruski w Piławie oraz terytoria nadmorskie z miastami Elblągiem, Malborkiem i Tczewem. Rozpoczęto walkę o ujście Wisły, a Szwedzi zablokowali port gdański.
Mimo bezpośredniego zagrożenia, w jakim znalazł się nadbałtycki interes narodowy Polaków, sejm nie zdołał powziąć żadnych decyzji, które mogłyby pomóc w skutecznym stawianiu oporu najeźdźcy. Przez cały okres trwania wojny, Szwedzi mimo oblężenia nie zdołali zdobyć Gdańska. Należy to uznać za zasługę hetmana Stanisława Koniecpolskiego. Pierwsze zaś znaczące zwycięstwo nad Szwedami odniosła polska flota w bitwie morskiej, do jakiej doszło 28 listopada pod Oliwą. Polakom udało się zadać silny cios flocie szwedzkiej - z dwóch okrętów admiralskich, jakimi dysponowali Szwedzi, jeden został zniszczony, a drugi przeszedł w ręce strony polskiej.
Jednak nie zdołano wypędzić Szwedów z Prus Królewskich, nawet z pomocą armii austriackiej. Chociaż wojskom szwedzkim nie udało się opanować Gdańska, rabowali i niszczyli oni wzięte w posiadanie terytoria. Kampanii wojsk nieprzyjaciela nie powstrzymało nawet istotne zwycięstwo, jakie odniósł w bitwie pod Trzcianą w czerwcu 1629 r. hetman Koniecpolski. Nieprzyjaciel został pokonany, kiedy dowódca w ostatnim natarciu włączył do ataku husarię. Dzięki skutecznej taktyce, oddziały Koniecpolskiego dwukrotnie były bliskie pojmania do niewoli króla Gustawa Adolfa. Nacisk ze strony francuskich i holenderskich dyplomatów doprowadził do podpisania rozejmu. Strony konfliktu sygnowały układ, na mocy którego przerywały działania wojenne na okres sześciu lat, w 1629 r. w Starym Targu. Umowa była jednak korzysta wyłącznie dla Szwedów, którzy na jej mocy zatrzymali miasta pruskie (z wyjątkiem Gdańska, Pucka i Królewca), a także część Inflant leżącą na północ od rzeki Dźwiny. Szwecja miała także czerpać dochody z gdańskich ceł. Na słabe rezultaty pertraktacji strony polskiej wpłynęła niekorzystna dla Polski sytuacja międzynarodowa. Szwedzi mogli bowiem liczyć na poparcie państw protestanckich - Anglii i Holandii, a także katolickiej Francji. Rzesza, w której trwała wojna trzydziestoletnia, i gdzie protestanci walczyli z katolikami, liczyła na mające nadejść ze Szwecji wsparcie militarne. Mimo że Polska odniosła wiele znaczących zwycięstw w walkach, w wojnie poniosła porażkę, została bowiem pozbawiona znacznego obszaru ziem nadbałtyckich. Kolejny władca Polski z dynastii Wazów, Władysław IV (1632 - 1648) nie zrezygnował z dążeń do objęcia tronu szwedzkiego. Jego roszczenia zaczęły mieć realne podstawy z chwilą, gdy po śmierci Gustawa Adolfa korona Szwecji trafiła w ręce jego córki - Krystyna. Na skutek oporu, jaki stawiała planom królewskim polska szlachta oraz niechęci ze strony magnaterii do wojny doszło w 1635 r. do podpisania 26-letniego rozejmu w Sztumskiej Wsi. Szwecja zrezygnowała z miast i portów pruskich, a także zaprzestała pobierania ceł z handlu polskiego w Gdańsku. Utrzymała jednak zdobyte terytoria inflanckie. Rzeczpospolitej udało się obronić i utrzymać ujście Wisły.
Kilka lat zanim Polskę ogarnął "potop szwedzki", w Europie zakończyła się wojna trzydziestoletnia. Na mocy pokoju westfalskiego zawartego w 1648 r. Szwecja otrzymała nowe obszary na południowo-zachodnich wybrzeżach Morza Bałtyckiego. Dzięki temu, jej pozycja na arenie międzynarodowej znacznie się wzmocniła, a to z kolei zachęciło ją do powrotu do porzuconych planów przekształcenia Bałtyku w jej wewnętrzne morze. Karol X Gustaw, król szwedzki od 1654 r., zainteresowany rozbudową szwedzkiego imperium, planował uderzyć na Polskę, która, w jego przekonaniu, była wówczas stosunkowo łatwym celem.
Przebywający na dworze szwedzkim Hieronim Radziejowski, poróżniony z polskim królem Janem Kazimierzem, przekonywał polską magnaterię do poparcia władcy Szwecji. Sytuacja międzynarodowa Rzeczpospolitej już od 1648 r. była bardzo trudna. W czasie wojny domowej, jaka toczyła się na Ukrainie, w 1654 r. doszło do ataku ze strony armii rosyjskiej. Ów moment nasilenia się wojny z Rosją, wykorzystała Szwecja, która naruszywszy rozejm z 1635 r., wprowadziła swoje wojska na terytorium Polski. Armia szwedzka zaatakowała Rzeczpospolitą w lipcu 1655 r. Część wojsk dowodzonych przez marszałka Wittenberga, ruszyła w kierunku Wielkopolski, gdzie 25 lipca 1655 r. pod Ujściem szlachta i magnateria bez walki przyjęła szwedzki protektorat. Pozostałe wojska zajęły Litwę. Tam, w Kiejdanach 8 sierpnia hetman Janusz Radziwiłł zerwawszy polsko-litewską unię, oddał Litwę pod panowanie króla szwedzkiego. Karolowi Gustawowi zaczęła podporządkowywać się nie tylko szlachta kolejno zajmowanych ziem, lecz nawet wojska koronne hetmana Koniecpolskiego. We wrześniu, bez walki pod panowanie Szwecji oddała się Warszawa, a w październiku mimo obrony Stefana Czarnieckiego, upadł Kraków. "Potop szwedzki" sięgnął Nowego Sącza. U źródeł początkowych sukcesów wojsk szwedzkich tkwił, oprócz świetnego wyszkolenia, całkowity brak chęci do walki ze strony polskiej szlachty.
Jan Kazimierz zbiegł z Warszawy i drogą przez Kraków i Czorsztyn dostał się na Śląsk. Tam, w listopadzie 1655 r. ogłosił uniwersał, w którym wzywał całe polskie społeczeństwo do walki w obronie ojczyzny. Jego apel spotkał się z szerokim odzewem, bowiem okupacja Rzeczpospolitej - grabieże szlacheckich dóbr i nakładanie kontrybucji na miasta przez Szwedów - wywoływały odruchy sprzeciwu i gniew. Litwy zawzięcie bronił Paweł Sapieha. Natomiast między 19 listopada a 25 grudnia niewielka, chłopsko-mieszczańska załoga skutecznie stawiała opór najeźdźcy w klasztorze na Jasnej Górze. Obroną dowodził przeor paulinów, ksiądz Augustyn Kordecki. Na wieść o nadchodzących z odsieczą znaczących oddziałach wojsk polskich oraz wybuchu powstania ludowego na Podgórzu, Szwedzi odstąpili od oblężenia Częstochowy. Skuteczne stawienie czoła uderzeniu na klasztor, podziałało mobilizująco na cały polski naród i już w grudniu 1655 r. wybuchło ogólnonarodowe powstanie.
W Tyszowcach doszło do zawiązania konfederacji hetmanów - Mikołaja Potockiego i Stanisława Lanckorońskiego z Litwinami wojewody Pawła Sapiehy. Zbrojne wystąpienie ogarnęło równocześnie Małopolskę, Wielkopolskę i Podlasie. Oddziały partyzantów, do których należeli zarówno chłopi, jak i szlachta, rozpoczęły działania w celu dezorganizacji poczynań wojsk szwedzkich. Na początku 1656 r. powracający do Polski król Jan Kazimierz, złożył śluby we lwowskiej katedrze. Stanowiły one zapowiedź dążeń króla do polepszenia sytuacji życiowej chłopów, którzy brali czynny udział w wojnie ze Szwedami. W tym samym roku dowództwo kampanii przeciw Szwedom przejął mistrz wojny podjazdowej Stefan Czarniecki. Razem z Sapiehą udało im się w widłach Wisły i Sanu osaczyć wojska szwedzkie z Karolem Gustawem na czele, król jednak zdołał wydostać z zasadzki. Równocześnie, wspomagający regularne wojska królewskie ruch partyzancki doprowadził do wyzwolenia Małopolski (niestety bez Krakowa) oraz Wielkopolski. Z końcem czerwca oddziałom koronnym udało się odzyskać Warszawę, a Stefan Czarniecki, pokonując Rakoczego, odbił Kraków. W 1658 r. jego oddziały ruszyły w stronę Pomorza Zachodniego, gdzie miały wesprzeć sprzymierzoną z Polską Danię. Dzięki skutecznemu działaniu tego wielkiego dowódcy, Polsce udało się ocalić suwerenność oraz dostęp do morza. Co ciekawe jednak, Czarniecki buławę hetmańską otrzymał dopiero przed samą śmiercią.
W 1656 r. król szwedzki rozpoczął poszukiwania sojuszników, dzięki którym udałoby mu się rozstrzygnąć losy wojny na korzyść Szwecji. Zdołał pozyskać elektora brandenburskiego Fryderyka Wilhelma I, który przybył z pomocą Karolowi Gustawowi podczas trzydniowej bitwy o Warszawę, która toczyła się między 28 a 30 lipca. Dzięki pomocy sprzymierzeńca, w starciu zwyciężyła strona szwedzka. Jednakże tym razem okupanci pozostali w zdobytej Warszawie tylko przez kilka tygodni i nie udało im się wpłynąć na zmianę sytuacji wojennej kraju. Równocześnie, na drodze dyplomacji, zawarto układ w Radnot na Węgrzech zawarty między Szwecją, Brandenburgią, Siedmiogrodem i litewskimi Radziwiłłami. Podpisanie tejże umowy sygnalizowało wydarzenia, do jakich miało dojść w przyszłości, a mianowicie rozbiory Rzeczypospolitej. Mocą układu Brandenburgia miała dostać Wielkopolskę, a Radziwiłłowie niezależność na Litwie.
Z początkiem 1657 r. armia Siedmiogrodu pod dowództwem Jerzego Rakoczego wkroczyła na południowy obszar Polski, siejąc potężne zniszczenie. Równocześnie z północy atak przepuścili Szwedzi. Jednak polskie wojsko nie uległo zmasowanemu uderzeniu, zmuszając Rakoczego do złożenia broni na Podolu w lipcu 1657 r. oraz ustąpienia Szwedów okupujących Kraków. Wojna zaczęła przybierać obrót niekorzystny dla strony szwedzkiej. Korzystając z sytuacji, iż Polska jest mocno osłabiona długotrwałą wojną, Fryderyk Wilhelm doprowadził do zawarcia z Rzeczpospolitą tzw. traktatów welawsko-bydgoskich w 1657 r. Umowa ta znosiła zależność lenną Prus Książęcych od króla polskiego, co uznać należy za najważniejszy negatywny skutek wojen polsko-szwedzkich. Równocześnie, utrata lenna pruskiego doprowadziła do umocnienia się na arenie międzynarodowej pozycji Branderburgii. Zakończenie wojny polsko-szwedzkiej, zwanej II wojną północną, popierała także Francja, która obawiała się, iż długotrwałe działania wojenne mogłyby zbytnio osłabić jej szwedzkiego sojusznika. Dlatego też, angażując swoich dyplomatów, Francja doprowadziła do zawarcia pokoju, który został podpisany w 1660 r. w Oliwie pod Gdańskiem. Na jego mocy, w rękach polskich pozostawała Kurlandia oraz część Inflant z Dyneburgiem, a Jan Kazimierz miał zrzec się praw do korony szwedzkiej. Szwecja z kolei zobowiązana została do przestrzegania zasad wolnego handlu na Bałtyku oraz zwrócenia skradzionych Polsce dóbr kulturalnych w postaci zbiorów bibliotecznych i archiwów. Oprócz tego, elektor brandenburski Fryderyk Wilhelm dopilnował potwierdzenia traktatów welawsko-bydgoskich w Oliwie.
