W maju roku 1635 pomiędzy elektorem saskim a cesarzem zawarto pokój. Saksonia była najważniejszym krajem protestanckim, dlatego pojednanie elektora saskiego z cesarzem było odebraniem Szwedom znacznego poparcia na obszarach Niemiec. Pokój okazał się niezwykle korzystny dla protestanckiej części Niemców. Wstrzymano realizację edyktu restytucji, a cesarz uzyskał całkowite poparcie wśród protestantów. W taki sposób kończył się powoli szwedzko-niemiecki etap konfliktu. Pojawiła się perspektywa szybkiego wyparcia szwedzkich wojsk z obszarów Rzeszy, lecz triumf cesarza poważnie zaniepokoił Francję. Francuska dyplomacja postanowiła interweniować i tak właśnie rozpoczyna się następny etap wojny trzydziestoletniej. Francja rozpoczęła działania wojenne z hiszpańskimi Habsburgami. Pretekstem do wywołania konfliktu było aresztowanie elektora trewirskiego przez Hiszpanów. Elektor ten był francuskim sprzymierzeńcem i w maju roku 1635 Francja wypowiedziała Hiszpanii wojnę, na co zresztą cesarz zareagował wypowiedzeniem wojny Francji. Państwo francuskie zostało zaatakowane przez Habsburgów z obydwu stron. Do pierwszego poważniejszego starcia doszło jednak dopiero w roku 1643. Francuskie wojska pod komendą Ludwika Burbona odniosły niemały sukces nad przeważającymi wtenczas wojskami cesarskimi. Od tej pory cesarz widząc wyczerpanie wojną w Niemczech, zaczął się skłaniać do możliwości rozmów pokojowych. Stawało się to o tyle konieczne, albowiem cesarz utracił poparcie trzech największych elektorów: Brandenburgii, Saksonii i Bawarii. Z cesarskimi planami nie chcieli się pogodzić hiszpańscy Habsburgowie, jednak rokowania pokojowe zostały zainaugurowane się w roku 1644. Jeszcze trzykrotnie doszło do potyczek, w których cesarskie oddziały poniosły porażki, co nie pozostało bez wpływu na przebieg rozmów. Ostatecznie w dniu 24 października roku 1648 został zawarty traktat pokojowy nazwany później westfalskim. Na jego mocy Francja uzyskiwała Alzację, część obszarów na prawym wybrzeżu Renu oraz prawo do trzech biskupstw: Toul, Metz i Verdun. Szwecja uzyskiwała na mocy traktatu Pomorze Zachodnie wraz ze Szczecinem. Pozostała część Pomorza Zachodniego przypadała Brandenburgii. Dodatkowo cesarz potwierdził jeszcze postanowienia pokoju augsburskiego, a wolność wyznania rozszerzono jeszcze na wyznawców kalwinizmu. Zdecydowano się jednak ograniczyć zasadę "Cuius regio, eius religio", co zatrzymało postępy kontrreformacji na obszarze północnych Niemiec. Niemiecka Rzesza pozostała luźnym związkiem suwerennych państw zarówno w dziedzinie polityki wewnętrznej jak i zagranicznej. Upadła idea potężnego habsburskiego cesarstwa, a Hiszpania uznała suwerenność i niezależność Niderlandów. Przyjęcie traktatu z 1648 roku jest uważane za moment wyznaczający przełom epokowy w dziejach Europy. Podpisanie traktatu westfalskiego nie zakończyło okresu europejskich wojen. Jeszcze przez dekadę po ratyfikowaniu pokoju toczyła się wojna hiszpańsko-francuska. Szwecja w dalszym ciągu nie rezygnowała swych planów utworzenia morza wewnętrznego z Bałtyku. Opanowanie Pomorza Zachodniego stało się początkiem ekspansji, mającej na celu zajęcie całego południowego wybrzeża Morza Bałtyckiego. Traktat zawarty w Münster i Osnabrück nie oznaczał zatem ani pokoju na kontynencie, ani końca konfliktów religijnych. Niebawem Ludwik XIV posłuży się hasłami religijnymi, aby uzasadnić swe posunięcia polityczne. Nie da się także stwierdzić, że rok 1648 sprawił, iż w Europie pojawił się absolutyzm, albowiem jego źródeł należy poszukiwać już u progu XVII stulecia. W państwie francuskim był to okres panowania Henryka IV Burbona. Jednocześnie nie można bynajmniej powiedzieć, że rok 1648 był całkowicie nic nie znaczący w dziejach Europy. Z pewnością traktat westfalski zaprowadzał istotne modyfikacje o charakterze społecznym, politycznym i gospodarczym. Rzesza Niemiecka przekształcała się w jeszcze luźniejszy związek państw, co przekreślało plany austriackich Habsburgów, chcących utworzyć w Europie potężne imperium. Wojna przyniosła również znaczne zmiany demograficzne. Do najbardziej znacząco wyludnionych obszarów zaczęły się zaliczać: Pomorze, Meklemburgia, Palatynat, Hesja i Wirtembergia. Straty ludnościowe w owych regionach sięgały miejscami 70%. W całej Europie pojawił się poważny kryzys agrarny, a handel zbożem został ograniczony. W wyniku wyludnienia się kontynentu zapotrzebowanie na zboża spadło, a to doprowadziło do sytuacji, iż w Europie Środkowej i Wschodniej pojawiła się superata zboża. W końcu spowodowało to drastyczny spadek cen i wzrost pańszczyzny.

Trwający równo trzydzieści lat konflikt nie spowodował poważniejszych zmian terytorialnych na kontynencie. Zwycięska Francja uzyskała Alzację oraz prawa do trzech, dotychczas niemieckich biskupstw. Szwecja otrzymała Pomorze Przednie wraz ze Szczecinem, a Brandenburgia Pomorze Zachodnie. Najważniejszym postanowieniem traktatu westfalskiego było ostateczne ugruntowanie politycznego i religijnego rozbicia Rzeszy. Potwierdzony został augsburski pokój religijny z 1555 roku, który od teraz obejmował zarówno wyznawców luteranizmu, jak i kalwinizmu. Ustalono wreszcie, że konwersja monarchów nie może naruszać religijnych praw poddanych.