Podczas II wojny światowej Polska stała się miejscem największej eksterminacji ludności żydowskiej, przeprowadzonej przez hitlerowskie Niemcy. Przyczyn tego zjawiska należy szukać w ówczesnym położeniu państwa polskiego, które znalazło się w centrum obszaru okupowanego przez III Rzeszę oraz w dużej liczbie ludności żydowskiej zamieszkującej jej tereny. Przed wybuchem wojny Polska była krajem o największej w Europie liczbie Żydów, których według oficjalnej nazistowskiej ideologii należało wyeliminować, pozbawić mienia i życia.

W roku 1939 Żydzi stanowili prawie 10% ogólnej liczby ludności polskiej (35,1 mln). Ponad 70% z nich mieszkało w miastach. Największym skupiskiem ludności żydowskiej była Warszawa (ponad 30% ogółu mieszkańców). Początki ich osadnictwa na ziemiach polskich datują się na wiek XI, kiedy to pozbawieni własnego państwa, rozproszeni po wielu krajach Europy zaczęli chronić się w Polsce w obawie przed represjami. W okresie krucjat, a także bezpośrednio po nich, wiele państw europejskich, w tym Francja, Anglia, HiszpaniaPortugalia, wydawało specjalne dekrety, na mocy których Żydzi zostali zmuszani do natychmiastowego opuszczenia granic państwowych. Z jednej strony wzbudzali strach, z drugiej zaś znaleźli się na pozycji "kozła ofiarnego". Oskarżano ich o każdą katastrofę, nieszczęście czy nieurodzaj. Byli tymi, którzy przynoszą zło. Odmienność obyczajów, tradycji i religii wzbudzała niedowierzanie i obawy. Szerzyły się różnorakie przekłamane informacje, według których Żydzi mieli mordować dzieci, wypijać ich krew, zatruwać rzeki, czy rzucać klątwy. Do takiego postrzegania Żydów przyczyniła się także w pewnym stopniu ich dobrze prosperująca działalność gospodarcza. Żydzi byli świetnymi kupcami i handlarzami, korzystali z wielu przywilejów szlacheckich i państwowych. Wnosili duży wkład w rozwój gospodarczy kraju, posiadali pieniądze i kontakty. Przez państwo traktowaniu jako "partnerzy" (częstym zjawiskiem były pożyczki udzielane przez Żydów królom polskim), przez społeczeństwo jak oszuści i wyzyskiwacze. Lichwa, przez wieki zabroniona chrześcijanom, stała się nieodłącznym zajęciem Żydów i stanowiła pole do różnorakich nadużyć, jak też powstawania mitów o ich nieuczciwości i skąpstwie. Przed wybuchem II wojny światowej polscy Żydzi cieszyli się jednak swobodą wyznaniową, kulturową i osobistą. Zakładali własne instytucje naukowe, szkoły, teatry i wydawnictwa. Kres temu położyło wkroczenie na ziemie polskie wojsk niemieckich.

Część ziem opanowanych przez wojska hitlerowskie wcielono bezpośrednio do III Rzeszy, z reszty zaś utworzono Generalne Gubernatorstwo, na czele którego stanął, urzędujący w Krakowie, Hans Frank. Jeszcze w 1939 roku rozpoczęto akcję przesiedlania ludności żydowskiej z ziem wcielonych do GG. Szacuje się, iż na terytorium GG znalazło się około 1,5 mln polskich Żydów. W przeciągu pierwszych kilku miesięcy wojny wydano szereg ustaw ograniczających ich prawa. Zewnętrzną oznaką zepchnięcia Żydów na margines społeczeństwa i zakwalifikowanie ich do tzw. "podludzi" były gwiazdy Dawida, którymi początkowo oznaczano żydowskie sklepy, restauracje, zakłady oraz mieszkania. W grudniu 1939 roku wydano specjalne zarządzenie, na mocy którego każdy Żyd, po ukończeniu 10 roku życia, zmuszony był do noszenia na ramieniu opaski z gwiazdą Dawida. Objęto ich także przymusem pracy, której podlegali wszyscy mężczyźni w wieku do 14 do 60 lat, zakazano korzystania z niektórych środków komunikacji publicznej, przebywania w parkach oraz na niektórych ulicach. Każdy Żyd, który spotkał Niemca, był zobowiązany zdjąć przed nim nakrycie głowy, ukłonić się i zejść na jezdnię. Oprócz ideologii, politykę niemiecką wobec Żydów należy rozpatrywać także w aspekcie ekonomicznym. Żydzi byli w większości ludźmi dość dobrze prosperującymi finansowo, o czym doskonale wiedziały władze okupacyjne. Dlatego też pozbawiono ich mienia oraz zakazano posiadania większej ilości gotówki - powyżej 2000 złotych. Niszczono i grabiono mieszkania żydowskie, zabierano meble, pamiątki i inne wartościowe rzeczy. Żydzi zostali pozbawieni prawa do obrony.

Począwszy od jesieni 1939 roku w większości miast polskich zaczęto tworzyć getta, a więc wyznaczone dzielnice, w których stłoczono ludność żydowską i poddano ją wielu restrykcjom. Obowiązywał zakaz opuszczania murów getta pod groźbą kary śmierci. Wewnątrz kontrole sprawowały żydowskie Straże Porządkowe oraz oficjalne władze - rady żydowskie, tzw. Jurendaty, na zewnątrz zaś niemiecka policja. Pierwsze getto na ziemiach polskich zostało utworzone w Piotrkowie Trybunalskim. W styczniu 1940 roku powstało ogromne getto w Łodzi, a w listopadzie 1940 roku zamknięto już ponad półmilionowe getto warszawskie. W ciągu całego okresu okupacji na ziemiach polskich utworzono ogółem około 400 gett. Warunki życia niemal wszędzie były identyczne. Ciężka wielogodzinna praca, przy braku odpowiedniego wyżywienia, ciepłych ubrań, opieki medycznej siała żniwo śmierci wśród ich mieszkańców. Stłoczenie tak dużej liczby osób na jednym niewielkim terytorium (w jednym pokoju mieszkały nieraz dwie rodziny), sprzyjało szerzeniu się różnych epidemii, min. tyfusu. Śmierć głodowa były charakterystycznym i stałym elementem żydowskiej wojennej rzeczywistości. Dzienna oficjalna norma żywnościowa dla pracujących (5% ogółu mieszkańców getta warszawskiego) wynosiła zaledwie 184 kalorie. Dziś przyjmuje się, że około 50% zgonów w getcie warszawskim było spowodowane śmiercią głodową. Mimo tak przerażających warunków bytowych, w getcie tworzono organizacje kulturalne, zakładano partie polityczne, grano koncerty. Miało to na celu pewnego rodzaju ucieczkę od otaczającej rzeczywistości. Po zewnętrznej stronie getta działali szmuglerzy, którzy za odpowiednią ilość złota, dolarów lub polskich pieniędzy przerzucali żywność.

Władze hitlerowskie rozpoczęły także organizowanie na ziemiach polskich obozów koncentracyjnych, które podlegały bezpośrednio Głównemu Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy. Miały one dwa podstawowe cele: wyniszczenie ludności żydowskiej oraz uprzednie wykorzystanie ich jako darmowej siły roboczej. Pośrednio służyły także zastraszeniu społeczeństwa. Do pierwszych obozów założonych na ziemiach polskich w 1940 roku należał obóz w Oświęcimiu (Auschwitz). Nad brama wejściową widniał napis "Arbeit macht frei" - Praca czyni wolnym. Pierwszy obóz zagłady utworzono w Chełmnie nad Nerem. W 1941 roku założono także obozy w Stuthofie, Treblince, Brzezince (Birkenau) oraz na Majdanku pod Lublinem. W dalszej kolejności powstawały obozy w Sobiborze, Bełżcu i w około 200 innych miejscowościach na ziemiach polskich.

Rok 1941 przyniósł zaostrzenie polityki w stosunku do Żydów. Rozpoczęła się bowiem zorganizowana akcja eksterminacyjna. Jej podstawowe założenia zostały zawarte w tzw. planie "ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej" (Endlosung), przyjętego w styczniu 1942 na konferencji w Wannsee w Berlinie. Plan ten obejmował zagładę około 11 milionów Żydów z obszarów kontrolowanych przez III Rzeszą. Przebiegiem operacji kierował Adolf Eichmann. Po wojnie udało mu się zbiec do Ameryki Południowej (miejsce schronienia wielu nazistowskich zbrodniarzy wojennych). Postanowienia konferencji, jak też wcześniejsze plany eksterminacyjne, znalazły swe odzwierciedlenie na ziemiach polskich. W marcu 1941 roku Żydzi zostali wyjęci spod prawa. Oznaczało to, że za zabicie Żyda nie groziła żadna kara. W tym też czasie zamknięto prawie wszystkie większe getta. W październiku 1941 roku Generalny Gubernator Hans Frank wydał zarządzenie na mocy którego Żydzi, którzy opuszczają getta bez pozwolenia oraz osoby udzielające im schronienia polegają karze śmierci. Konsekwentnie od wiosny 1942 roku rozpoczęto likwidację gett i wywożenie ich mieszkańców do obozów zagłady. Mordowano ich w komorach gazowych (cyklon b), a zwłoki palono w krematoriach lub na stosach układanych pod gołym niebem. W Auschwitz krematorium obozowe przystosowano do palenia około 10 tysięcy ludzi dziennie. Przez obozy na ziemiach polskich przeszły także setki tysięcy Żydów przywiezionych tu z Włoch, Francji, Niemiec, Belgii, Holandii, Austrii i innych krajów europejskich. Historycy oceniają, że wszystkie obozy na ziemiach polskich mogły pomieścić w 1943 roku około 300 tysięcy osób.

Likwidacja getta warszawskiego (w połowie 1941 roku stłoczono to prawie 600 tysięcy osób) rozpoczęła się w lipcu 1942 roku. Trwała prawie 3 miesiące, podczas których wywieziono stąd i zamordowano prawie 400 tysięcy osób. W getcie warszawskim działała tajna organizacja ŻOB (Żydowska Organizacja Bojowa) na czele której stanął Mordechaj Anielewicz. Otrzymywała ona wsparcie od powołanej do życia w lipcu 1942 roku, z inicjatywy podziemnych władz polskich, Rady Pomocy Żydom pod kryptonimem "Żegota".

Wybuch powstania w getcie warszawskim miał miejsce 19 kwietnia 1943 roku, gdy hitlerowcy przystąpili do ostatecznej akcji likwidacyjnej. Mimo zdecydowanej przewagi wojsk niemieckich, zarówno pod względem liczebności, jak i uzbrojenia, powstańcy zdołali zadać im dość znaczne straty. 8 maja 1943 roku, gdy Niemcy otoczyli bunkier komendy ŻOB kierującej powstaniem, całe dowództwo na czele z Mordechajem Anielewiczem, popełniło zbiorowe samobójstwo. Powstanie zostało stłumione. Mieszkańcy getta zostali wywiezieni i zamordowani w obozie w Treblince. 16 maja kierujący siłami armii niemieckiej gen. Jurgen Stroop, kazał wysadzić w powietrze Wielką Synagogę, jako symbol zdławienia powstania. Powstanie w getcie warszawskim, choć z góry skazane na przegraną, było tak naprawdę walką o prawo do godnego umierania.

Holocaust, czyli masowa zagłada Żydów podczas II wojny światowej pochłonęła około 6 milionów osób pochodzenia żydowskiego, którzy byli obywatelami większości państw europejskich. Na terenie Polski i ZSRR zginęło około 4,5 miliona Żydów. Liczba ludności polskiej pochodzenia żydowskiego zmniejszyła się, w porównaniu z okresem przedwojennym, z 3,5 miliona do 380-500 tysięcy. Około połowa z nich (200 tys.) wróciło do Polski. W 1947 było ich już tylko 100 tysięcy. Okres powojenny to okres z jednej strony odbudowywania społeczności żydowskiej (powstawały na nowo stowarzyszenia, gminy wyznaniowe, organizacje naukowe i kulturalne), z drugiej zaś pogromy i antyżydowskie demonstracje. 4 lipca 1946 roku doszło do tragicznego pogromu żydowskiego w Kielcach. Wymordowano wówczas około 40 Żydów. Antysemityzm został ożywiony niechęcią do ówczesnych najwyższych władz polskich, które reprezentowali ludzie pochodzenia żydowskiego. Demonstracje antyżydowskie ujawniły się także w 1956 roku, podczas wystąpień robotniczych i w 1968 roku podczas demonstracji studenckich (tzw. wydarzenia marcowe). Hasła antyżydowskie oraz prześladowania, zmusiły dość znaczną ilość Żydów do wyemigrowania z kraju. Zdecydowana większość z nich wyjechała do Izraela, państwa żydowskiego powstałego oficjalnie w maju 1948 roku. Stosunek do Żydów zmienił się w latach 80-tych, w szczególności po przełomowym roku 1989. Dziś obserwuje się niezwykłe zainteresowanie kulturą i tradycją żydowską. Nie oznacza to jednak, że zupełnie zniknęły hasła antyżydowskie.