Kres życia króla Stefana Batorego w 1587 roku, zapoczątkował rządy jego wybranego następcy Zygmunta III Wazy, który panował w latach 1587-1632. Potomek króla Szwecji, po śmierci ojca był następcą tronu i królem w latach 1592-1598, lecz okres te nie trwał długo. Krytykowany głównie za swój fanatyczny stosunek do religii katolickiej, był nie do zaakceptowania w protestanckiej Szwecji. Jednak żądza odzyskania tronu we Szwecji przyćmi uwagę króla polski, od spraw swojej nowej ojczyzny. Zygmunt III w swej polityce kierował się własnym interesem, co było przyczyna uwikłania polski w wiele wojen bez żadnego pożytku dla naszego kraju. W walce o odzyskanie stron gotowy był poświęcić swoja nowa ojczyznę, przykładem może być oddanie Brandenburgii praw do Prus Książęcych za wsparcie w jego prywatnej walce, decyzja ograniczała dostęp rzeczpospolitej do morza. Efektem unii lubelskiej było wzmożone zainteresowanie polskich magnatów ziemiach na wschodnich granicach rzeczpospolitej. Możnowładcy rożnymi sposobami zyskiwali ziemie często wymuszając decyzje króla by nadawał im majątki na wschodzie, dzięki temu powstawały duże folwarki, majątki zwane latyfundiami. Przekazywanie ziemi magnatom prowadziło do ubożenia chłopów, większość z nich była pozbawiona ziemi uprawnej, co wiązało się ze wzrostem pańszczyzny. Polityka ekonomiczna uzależniała chłopa od woli pana, był on zobowiązany do sprzedawaniu panu swych produktów rolnych po wyznaczonych cenach. Ponadto musiał on kupować dobra wytwarzane w folwarcznych monopolach, oprócz tego był zobowiązany do płacenia podatków na rzecz państwa, kościoła i wojska. Doprowadziło to upadku produkcji rolnej, chłop obarczony coraz większymi obciążeniami nie ma czasu doglądać swego gospodarstwa. Do pogłębienia kryzysu dochodziły liczne wojna, które wyniszczały kraj, zmniejszały liczebność ludności zwłaszcza tej biedniejszej na wsi. Coraz częściej dochodziło do ucieczek chłopów, we wsiach dochodziło do buntów odmowy pańszczyzny, w niektórych rejonach kraju do otwartych zbrojnych wystąpień.
Lecz chłopi to niejedna grupa, która doświadczała skutków egoistycznych zachowań szlachty. W XVII wieku proces rozwoju miast hamował anty miejski sposób prowadzenia polityki celnej i cenowej. Jedna z wyniszczających praktyk było powstawanie jurydyk, rzemieślniczych osad nie będących członkami cechu, stanowiły konkurencje dla lokalnego rzemiosła skupionego w cechach. Jurydyki produkowały towar gorszej jakości, co równoważyło się z niższą cena, co stanowiło nieuczciwa konkurencje dla rzemiosła. Dodatkowa sytuacje pogarszały w tym przypadku również liczne wojny, wiele warsztatów ulegało zniszczeniu.
Upadek miast a wraz z nim mieszczaństwa oraz nędza, która zapanowała wśród chłopów na wsi, miała swoich beneficjentów w osobach szlachty średniej i możnowładców. To oni powiększali swoje majątki i świadczyły o ich potędze ekonomicznej, mając taka sile szlachta coraz bardziej domagała się władzy politycznej. Zwoływany sejm staje miejscem targów, gdzie wyższa oferta przebicia decyduje przyjęte regulacje prawne. Drobna szlachta jest na usługach magnatów, którzy za zaszczyty i pieniądze są zdobyć jej glosy. Prowadzi to do dramatycznej sytuacji gdzie dobro całego kraju odsunięte jest na tor boczny, ma to odbicie w prowadzonej polityce wewnętrznej i zagranicznej. Rzeczpospolita popada w coraz większą destabilizacje obrady sejmu są już tylko rywalizacja pomiędzy zwalczającymi się rodzinami magnatów. Znaczenia nabiera prawo liberum veto zwane jako "źrenica wolności szlacheckiej". Ta niefortunna reguła już wkrótce zostaje nagminnie stosowane, przez pojedynczych szlachciców w celu zrywania obrad sejmu. Dzięki takiej możliwości mozolne i czasem długotrwałe kompromisy przy podejmowaniu uchwal, mogą być jednorazowo zniweczone przez jednego z posłów, który wykorzysta swoje złote prawo, bowiem wówczas wszystkie uchwały podjęte trącą swa ważność. Najbardziej paraliżowali obrady sejmu magnaci, którzy nie dbając o dobro ogółu i Polski, często zrywali obrady pod wpływem doradztwa państw sąsiednich. Takie zachowanie doprowadziło do podważenia sensu istnienia sejmu walnego, składającego się z króla, senatu i izby poselskiej. Co raz większych praw domagały się lokalne sejmiki ziemskie, i co gorsza coraz więcej władzy spoczywało w ich rękach. Decentralizacja uprawnień w państwie następowała, sejmiki ziemskie stawały się powoli samodzielnymi podmiotami o szerokich kompetencjach z zakresu wszelkiej władzy. Ta smutna rzeczywistość potwierdzała to, ze polscy szlachcice nie zdawali sobie sprawy z zagrażając sytuacji. Dla magnaterii na pierwszym miejscu był interes własny, co gorsza często dbając o ten interes za niewielkie korzyści sprzedawali się państwom ościennym, często prowadząc politykę zgodna z ich żądaniami. Prowadziło to totalnego chaosu w państwie, pogłębiał się kryzys politycznych oprócz już znanego gospodarczego. Władza państwowa była w rozsypce, król także miał coraz mniej możliwości przeciwdziałania zaistniałej sytuacji, często, bowiem szlachta występował zbrojnie przeciwko jego osobie. Wszechobecna anarchia we władzy docierała do innych aspektów życia, w sadownictwie wyroki wskazywano w oparciu o pochodzenie. Dlatego tez wysokie kary otrzymywali chłopi czy mieszczanie, a gdy oskarżany był magnat sprawę załatwiano polubownie lub w wątpliwie niskim wymiarze kary. To doprowadziło do jawnego lekceważenia obowiązującego prawa przez część magnaterii. Dodatkowo poruszano problem różnić religijnych, domagano się braku tolerancji dla innych wyznań na ziemiach polskich. Przyczyna takiej nietolerancji mogą być licznie prowadzone wojny w XVII wieku, gdzie za przeciwników Rzeczpospolitej mieliśmy głównie luteranów ze Szwecji, wyznawców kościoła prawosławnego z Rosji czy kalwinizmu z Siedmiogrodu. Sytuacje pogarszał kościół katolicki nawołujący do walki społeczeństwa z reformacja, prym w tym wiódł zakon jezuitów. Jednym z sprzymierzeńców zakonu jezuitów był Zygmunt III Waza, który najwyższe stanowiska w państwie powierzał tylko zaufanym katolikom.
Zapoczątkowało to nagonkę na przedstawicieli innych religii, zaczęły się prześladowania, palenie książek, czy profanowano groby. W okresie potopu szwedzkiego uchwalono prawo regulujące wygnanie arian z Polski, grupy, którą uznano za najbardziej niebezpieczna dla jedności i całości rzeczpospolitej. W 1668 roku sejm postanowił ze katolicyzm będzie religia panująca i nie można tego faktu podważać, tak o to Rzeczpospolita stała się przedmurzem chrześcijaństwa. W sprawy polski zaangażował się papież, co oznaczało lansowanie przez głowę kościoła polityki zgodnej z interesem dynastii Habsburgów.
Reasumując przyczyny kryzysu Rzeczpospolitej niewątpliwie trzeba wskazać czynniki wewnętrzne: kryzys władzy i skrupulatne nadużywanie liberum veto, które od roku 1652 stało się zmora Polskiego parlamentaryzmu. Innym czynnikiem wpływającym negatywnie jest zdobycie zbyt silnej pozycji przez magnatów, którzy poczuli się zbyt pewnie zapominając o swojej ojczyźnie. Kolejnym negatywnym przejawem byli nieudolni królowie elekcyjnie, często wywodzący się z poza granic Rzeczpospolitej, co rzutowało na ich priorytetowe interesy polityczne.
Dodatkowy wewnętrzny kryzys gospodarczy i liczne wojny z sąsiadami doprowadziły do upadku rzeczpospolitej. Z potęgi europejskiej polska zamieniła się w kraj o wewnętrznym chaosie, niezdolnym do samodzielnej obrony. Efektem tego były następujące po sobie rozbiory, które pozbawiły nas wolności na 123 lat.