Po tym, jak Stefan Batory umarł, elekcja następnego pretendenta na króla Polski nie miała zgodnego przebiegu. Poplecznicy Habsburgów udzielili poparcia arcyksięciu Maksymilianowi, natomiast ich oponenci królewiczowi szwedzkiemu Zygmuntowi z dynastii Wazów, którego matka pochodziła z rodu Jagiellonów. Obydwaj pretendenci przybyli do Polski. Arcyksięciu Maksymilianowi, który zbrojnie przybywał do Polski, drogę zablokował Jan Zamoyski, który w bitwie pod Byczyną pobił go i ujął w niewolę. Dzięki temu w końcu królem Polski ogłoszony został Zygmunt III Waza. Nowy król Polski, szwedzki sukcesor tronu został przez własnych szwedzkich poddanych pozbawiony przysługującego mu następstwa tronu. Mimo to ani Zygmunt III Waza, ani też jego synowie nie wyrzekli się pretensji do tronu Szwecji.

Najważniejszą przyczyną wybuchu konfliktów zbrojnych na linii polsko-szwedzkiej była współzawodnictwo obu krajów o hegemonię na wybrzeżach Bałtyku i przechwycenie kontroli nad handlem na morzu. Poza tym źródłem antagonizmu był spór między polską i szwedzką gałęzią dynastii Wazów. Bezpośrednim czynnikiem wybuchu wojen było postanowienie Zygmunta III o wcieleniu w 1600 r. do Polski Estonii - szwedzkiej części Inflant. Wojna o Inflanty toczyła się do 1611 r. Pomimo wspaniałej wiktorii wojsk polskich nad szwedzkimi w bitwie pod Kircholmem, która miała miejsce 27. września 1605 r., Inflanty zostały definitywnie przejęte przez Szwedów w 1622 r. W latach 1626-1629 doszło do konfliktu o ujście Wisły. Armia szwedzka, której dowódcą był Gustaw II Adolf zjawiła się na terenie Prus Książęcych i na Pomorzu Gdańskim celem stałego zajęcia tych ziem. Wojska polskie kilka razy triumfowały nad Szwedami, m.in. pod Oliwą, gdzie zjednoczone floty, królewska i gdańska zwyciężyły liczniejszą flotę szwedzką oraz pod Hamersztynem i Trzcianą, gdzie wódz naczelny sił szwedzkich został zraniony i ledwie co umknął dostania się do niewoli. Mimo tych sukcesów rozejm zawarty w 1629 r. w Starym Targu (Altmarku) był niepomyślny dla Rzeczypospolitej, albowiem Szwedzi wciąż kontrolowali wybrzeże i dostali prawo do pobierania cła od towarów, które były transportowane przez polskie porty. Dopiero w 1635 r. zawarto pokój w Sztumskiej Wsi, dzięki niemu przywrócona została pełnia polskiej władzy zwierzchniej nad Pomorzem i zabrano z niego szwedzkie grupy wojskowe. W 1655 r. swój początek miała najtrudniejsza z wojen polsko-szwedzkich, która przeszła do historii pod nazwą "potop". Król Szwecji Karol X Gustaw wykorzystał wewnętrzne antagonizmy w Rzeczypospolitej i podjął się próby opanowania całego państwa polskiego. Z początku jego armia odnosiły ekspresowe i spektakularne zwycięstwa, ponieważ szlachta nie miała zamiaru walczyć. Wszystko to przyczyniło się do wywołania wewnętrznej niezgody w rodzie Wazów. Radziwiłłowie podpisali z Karolem Gustawem traktat, na mocy którego przekazano im władzę nad Litwą. W tym czasie król Polski Jan Kazimierz opuścił kraj. Mogłoby się wydawać, że konflikt zbrojny zakończył się zupełnym podbiciem Rzeczypospolitej. Ale Karol Gustaw nie dotrzymał przyrzeczeń złożonych szlachcie i magnaterii. Oprócz tego doszło do licznych grabieży dokonywanych przez wojska szwedzkie. Wszystko to przyczyniło się do wywołania wybuchu powstania w sposób żywiołowy. Dużą rolę w odnowieniu ducha woli walki narodu polskiego odegrała obrona klasztoru na Jasnej Górze. Efektywna okazała się taktyka "wojny podjazdowej", zastosowanej przez znakomitego hetmana Stefana Czarnieckiego. Inny wybitny dowódca Jerzy Lubomirski odparł atak siedmiogrodzkiego księcia Jerzego Rakoczego. W końcu dużym nakładem sił całego społeczeństwa udało się wyrzucić wojska szwedzkie z terenu Polski. W końcowym okresie działań wojennych po stronie polskiej stanęły Dania, AustriaRosja, które nie chciały zbyt dużego wzrostu wpływów szwedzkich w rejonie basenu Morza Śródziemnego. Wojna zakończona została pokojem podpisanym w Oliwie w 1660 r. Nie zmienił on granic terytorialnych zainteresowanych państw, jedyną zmianą sprzed wojny był fakt uznania przez Rzeczpospolitą przynależności Inflant do Szwecji. Król polski Jan Kazimierz zrzekł się pretensji do tronu szwedzkiego. Rzeczpospolita zachowała swoją niezależność, ale za cenę ogromnych strat materialnych i ludnościowych.

Krótko po zakończeniu sporu o Inflanty wybuchła wojna polsko-turecka. Można ją podzielić na dwie części. Pierwsza z nich dotyczy lat 1620-1621, a druga 1672-1699. Konflikt polsko-turecki miał kilka przyczyn. Pierwszą z nich był wyścig o zawładnięcie Mołdawią. Dla Polski stanowiła ona funkcję wysuniętego przedmurza. Hospodarowie mołdawscy zobowiązani byli od 1485 r. do składania hołdu władcom polskim, ale równocześnie znajdowali się pod coraz większą presją ze strony Turcji i szukali z nią ugody. Aż do początku siedemnastego stulecia na mołdawskim tronie zasiadali władcy, którzy choćby częściowo uznawali władzę polską. Drugą przyczyną konfliktów były ataki tureckich lenników - Tatarów na polskie ziemie i wyprawy zależnych od Polski Kozaków na Turcję. Mimo napiętych stosunków, aż do 1620 r. obie strony utrzymywały między sobą pokojowe stosunki. Pierwszym otwartym starciem obu państw była wojna z 1620 r. Impulsem do jej wybuchu było popieranie Habsburgów przez Polaków w trakcie wojny trzydziestoletniej, gdy w tym czasie Turcja pośrednio udzielała wsparcia protestantom. Ważnym czynnikiem była próba ugruntowania wpływów polskich w Mołdawii. Interwencja zbrojna wojsk polskich w Mołdawii zakończyła się klęską w bitwie pod Cecorą. W 1621 r. u granic Polski stanęła armia turecka, którą z dużym trudem udało się powstrzymać w starciu pod Chocimiem, wspomniana konfrontacja zakończyła się zawarciem pokoju korzystnego dla Rzeczypospolitej. Działania wojenne zostały wznowione w II połowie XVII w. Turcja przechodziła wtedy ostatni w swojej historii okres wielkiej ekspansji terytorialnej. Bezpośrednim impulsem do wybuchu wojny było posunięcie hetmana kozackiego Piotra Doroszenki, który oddał sułtanowi prawobrzeżną Ukrainę tzw. Przeddnieprzańską. W 1672 r. armia turecka napadła terytorium polskie i po przejęciu twierdzy w Kamieńcu Podolskim strona polska została zmuszona do podpisania traktatu pokojowego w Buczaczu. Jego uzgodnienia były dla Polski niegodziwe, gdyż Rzeczpospolita oddała Turcji województwa południowo-wschodnie, jak również musiała opłacać sułtanowi coroczną daninę. Sejm nie parafował traktatu, natomiast ustanowił podatki na wojsko, które w 1673 r. rozgromiło Turków w bitwie pod Chocimiem. Dowodzący w tym starciu hetman Sobieski został później królem polskim (Jan III Sobieski). W 1676 r. król wytrwał długotrwałe otoczenie wojsk tureckich w umocnionym obozie pod Żurawnem i zmusił Turcję do podpisania rozejmu, na mocy którego strona polska nie była zmuszona do płacenia haraczu. Nie udało się jednak przeforsować żądań o odstąpieniu zagrabionych poprzednio terytoriów. Wskutek tego król Jana III zdecydował się zawrzeć sojusz z Austrią. Kiedy w 1683 r. wojska tureckie pod komendą wezyra Kara Mustafy wyruszyły na Wiedeń, król poprowadził wojska polskie z pomocą otoczonemu Wiedniowi. Wspaniałe zwycięstwo polskich wojsk zostało przyjęte z zachwytem w całej Europie. Polska walczyła w ramach tzw. Ligi Świętej, której inicjatorem utworzenia był król Jan III Sobieski. Wojna toczyła się jeszcze do 1699 r. i ostatecznie skończyła się traktatem pokojowym w Karłowicach. Na mocy jego postanowień przywrócono Polsce utracone ziemie.

Pod koniec XVI w. Rosja pogrążona była w wewnętrznych sporach. Po śmierci Iwana IV rozpoczęła się tzw. ,,wielka smuta". Na początku siedemnastego stulecia na ziemiach polskich zjawił się domniemany syn Iwana IV. Zapisał się on w historii pod mianem Dymitra Samozwańca. Grupa polskiej magnaterii zdecydowała się wykorzystać jego roszczenia do tronu moskiewskiego, celem zdobycia wpływów w Rosji. Za cichą akceptacją króla i nuncjusza papieskiego prywatne wojska magnatów weszły na teren Rosji, a po śmierci cara Borysa Godunowa umieściły w 1605 r. Dymitra na tronie moskiewskim. Cały ten konflikt polityczny został nazwany "Dymitriadą". Dymitr został niedługo potem zamordowany, a wydarzenia te ukazały słabość Rosji. W 1609 r. oficjalnie rozpoczęła się wojna polsko-rosyjska. Wojska polskie pokonały przeciwnika w 1610 r. w bitwie pod Kłuszynem i zajęły stolicę Rosji. Wkrótce nastąpił wybuch antypolskiego powstania i polskie wojska zmuszone zostały do opuszczenia terytorium tego państwa. Wojna skończyła się w 1619 r. rozejmem w Dywilinie. Sprawił on, że Polska zyskała spore zdobycze terytorialne na wschodzie. Rosja podtrzymała swoją niezależność i pod rządami nowej dynastii Romanowów rozpoczęła odbudowywanie potęgi. W latach 1632-1634 miała miejsce wojna smoleńska. Zakończyła się pokojem zawartym w Polanowie, który poświadczał warunki rozejmu w Dywilinie, ale co ważne, król Władysław IV wyrzekł się roszczeń do korony carów.

Wojny polsko-rosyjskie w II połowie XVII w. były wynikiem wojen kozackich. Z początku strona polska wygrywała w tych konfliktach, jednakże później stosunek sił zaczął się zmieniać na korzyść Rosji. Wojny zakończyły się stratą, a mianowicie oddaniem przez Polskę części terytoriów wschodnich.

Najważniejszą siedzibą Kozaków była Sicz - ufortyfikowany obóz na jednej z licznych dnieprzańskich wysp. Kozacy zajmowali się myślistwem, rybołówstwem, a nawet uprawą ziemi. Jednak podstawą utrzymania była dla nich wojna. Dokonywali oni najazdów na terytoria tureckie, co było przyczyną ciągłych sporów z tym krajem. Władze polskie chciały powstrzymać wyprawy kozackie i dlatego karały uczestników takich najazdów, a równocześnie organizowały wśród nich oddziały wojskowe będące na służbie państwowej, byli to tzw. kozacy rejestrowi. W XVI w. - a w szczególności po unii lubelskiej - szlachta i magnateria wspólnie podjęły ekspansję na niebywale żyzne ziemie ukraińskie. Zamieszkujący je Kozacy i chłopi ruscy zostali zmuszani do wykonywania pańszczyzny. Przyczyniało się to do narastania licznych konfliktów, w których sprzeciw miejscowej ludności zwalczano i łamano siłą. Drugą przyczyną antagonizmów była kwestia religijna, ponieważ Kozacy nie zgadzali się z postanowieniami unii brzeskiej i tworzyli główny bastion tradycyjnego prawosławia w Polsce.

W XVII w. miały miejsce wybuchy kilka powstań kozackich. Największym i najważniejszym z nich było powstanie z 1648 r., na którego czele stanął hetman Bohdan Chmielnicki. Przyczyną wybuchu były niespełnione nadzieje kozackie na wojnę z Turcją oraz narastające konflikty społeczne na Ukrainie. Chmielnickiego wspierali Tatarzy. Wspólnymi siłami pobili wojska polskie w bitwach pod Żółtymi Wodami i Korsuniem. Po upływie kilku miesięcy Chmielnicki rozgromił polskie wojsko pod Piławcami i dotarł pod Zamość i Lwów. Mimo, że potem zaczął ponosić klęski, to jeszcze przez wiele kolejnych lat polskie wojska nie potrafiły poradzić sobie z powstańcami. Długotrwała, trudna i krwawa wojna domowa toczyła się ze zmiennym szczęściem. Zawierane parokrotnie porozumienia nie były przestrzegane przez obie strony. W 1654 r. Kozacy podpisali w Perejasławiu ugodę z Rosją i w ten sposób uznali nad sobą władzę rosyjską. W zamian otrzymali wsparcie w wojnie z Rzeczpospolitą. Postanowienie to okazało się bardzo brzemienne w skutkach. W 1654 r. do wojny przystąpiły wojska rosyjskie i odniosły ważne zwycięstwa. W trakcie potopu szwedzkiego działania wojenne zostały przerwane, ale w 1660 r. ponownie je reaktywowano. Pomimo triumfu wojsk polskich pod dowództwem Jerzego Lubomirskiego w bitwie pod Cudnowem, oraz wojsk polsko-litewskich Stefana Czarnieckiego i Pawła Jana Sapiehy pod Połonką nie udało się utrzymać całej Ukrainy w polskich rękach. Wojna została zakończona rozejmem zawartym w 1667 r. w Andruszowie. Na jego mocy Ukrainę podzielono wzdłuż rzeki Dniepr. Jej lewobrzeżny fragment wraz z Kijowem przyłączono do Rosji. Kozacy znaleźli się pod władzą rosyjską. Dla samych Kozaków takie postanowienie okazało się bardzo niekorzystne w następstwach. Próbowali oni występować w roli samodzielnego czynnika politycznego, lawirując pomiędzy Rzeczpospolitą, Rosją i Turcją. Kozaczyzna definitywnie została zlikwidowana na początku XVIII w. Ostatnim wystąpieniem na Ukrainie było powstanie hajdamaków w 1768 r. Jego bezpośrednim impulsem był wzrost pańszczyzny oraz szykanowania dyzunitów. Powstańcy pod dowództwem Iwana Gonty i Maksyma Żeleźniaka dokonali rzezi szlachty i Żydów, którzy schronili się w miasteczku Humań (stąd nazwa - tzw. rzeź humańska). Powstanie zostało zdławione przez wojska polskie i rosyjskie.

Wszystkie wspomniane wojny prowadzone przez Polskę spowodowały wielkie zniszczenia kraju. Ich zakres był zastraszający. Zniszczenia i wojny doprowadziły polską gospodarkę do ruiny. Po wojnach ze Szwecją, które skończyły się w 1660 r. około 60% ziem uprawnych leżało odłogiem. Straty wśród ludności cywilnej spowodowały zerwanie ciągłości osadnictwa na ziemiach. Braki wśród ludności oraz niedobór środków na odbudowę doprowadził do cofnięcia w rozwoju gospodarczym Polski. Problemy te dotyczyły zarazem wsi, jak i miast.