Pomimo niepowodzenia planów dotyczących wywołania trójzaborowego powstania, w lutym 1846r. miał miejsce wybuch rozruchów narodowych na obszarze Wolnego Miasta Krakowa. Pierwsze potyczki w mieście odbyły się w dniach 20-22 luty 1846r., które doprowadziły następnie do wyjścia austriackich wojsk generała Ludwika Callina z Krakowa. Podczas tych wydarzeń udział wzięła biedota miejska, młodzież, górnicy z Jaworzna oraz galicyjskiej Wieliczki. Wieczorem 22 lutego 1846r. w Wolnym Krakowie powołany został Rząd Narodowy Rzeczpospolitej Polskiej, w jego skład weszli: Ludwik Gorzkowski, Jan Tyssowski i ALeksander Grzegorzewski. Rząd ów ogłosił "Manifest do Narodu Polskiego", wcześniej przygotowany przez Karola Libelta. Znajdowało się w nim wezwanie do wszystkich Polaków, aby wzięli udział w walkach o niepodległość, zapowiadał także społeczne reformy: zniesienie stanowych przywilejów, likwidacja pańszczyzny, uwłaszczenie chłopów bez odszkodowania, bezrolnym chłopom-powstańcom ziemia z narodowych dóbr. Pojawiły się też hasła zapowiadające w przyszłej Polsce społeczną opiekę ubogim i niezdolnym do pracy. Entuzjazm krakowskiego społeczeństwa spowodował powszechny zaciąg do wojska, które w ciągu tylko kilku dni osiągnęło stan 6 tysięcy powstańców.
Konflikty w rządzie między umiarkowanym liberałem Janem Tyssowkim a radykałem Gorzkowskim wywołały reorganizację rządu oraz ogłoszenie dnia 24 lutego 1846r. dyktatorem powstania Jana Tyssowkiego. Sekretarzem jego został, przybyły do Krakowa Edward Dembowski. Stał on na czele powstańczego oddziału, który przyprowadził z Królestwa Polskiego. Działalność Dembowskiego przyczyniła się znacznie do wzmocnienia powstańczej propagandy (odezwy, klub rewolucyjny) oraz usprawnienia działalności władz.
W tym samym czasie dywersyjna austriacka propaganda doprowadziła do wspólnego marszu austriackich oddziałów oraz grup chłopów spod Tarnowa na Kraków. W trakcie tego marszu rozbity został większy oddział w okolicach Gdowa. Dembowski zorganizował religijną procesję na Podgórze w Krakowie, aby wyjaśnić chłopom jaki jest cel powstania. Nie doszło jednak do bezpośrednich rozmów ponieważ austriackie salwy wywołały rozproszenie procesji oraz śmierć Dembowskiego (27 luty 1846r.) Po tym zdarzeniu powstanie się załamało. Tyssowski złożył dyktaturę, następnie wspólnie z oddziałem około 1 500 powstańców 4 marca przekroczył pruską granicę i złożył broń. Tego samego dnia rosyjskie a następnie austriackie wojska wkroczyły do Krakowa. Tym samym praktycznie położyły kres jakiejkolwiek autonomii Rzeczpospolitej.
Ostatnim akcentem stał się zawarty przez "opiekuńcze" państwa w dniu 6 listopada 1846r. traktat o zlikwidowaniu Wolnego Miasta Krakowa oraz włączeniu go do habsburskiej monarchii. Stosując się do tych ustaleń cesarz Ferdynand I 16 listopada wydał inkorporacyjny patent odnośnie wcielenia tzw. Wielkiego Księstwa Krakowskiego do Cesarstwa Austrii. Powyższe akty normatywne były jawnym pogwałceniem postanowień Kongresu Wiedeńskiego z 1815r, które gwarantowały dla Krakowa odrębny polityczny status. Z wydarzeniami 1846 roku w Krakowie bezpośrednio wiąże się ruch chłopski na terenie Galicji czyli antyfeudalna rabacja. Wywołana ona była zarówno działaniami podstępnymi austriackiej administracji w celu zahamowania niepodległościowego ruchu jak też bardzo złym położeniem chłopów. Przywódcą chłopów był Jakub Szela. Doszło do wielu ataków na szlacheckie dwory w zachodniej i środkowej Galicji. Po stłumieniu krakowskiego powstania Szela został wywieziony i wynagrodzony gospodarstwem na własność na terenach Bukowiny. Natomiast sam chłopski ruch, już niepotrzebny i nawet niebezpieczny, spacyfikowany został przez austriacką armię. Te wydarzenia, stanowiące preludium nadchodzącej Wiosny Ludów, która wkrótce wstrząśnie podstawami austriackiej monarchii, wpłynęły następnie na przyspieszenie podjęcia decyzji o powszechnym uwłaszczeniu w Galicji w 1848r.
