Religia była stale obecna w życiu ludzi średniowiecza. Ich życiowym celem było osiągnięcie zbawienia wiekuistego. Stąd ciągły strach przed gniewem bożym, przed zakusami diabła i demonów oraz wynikającym z tego potępieniem. Niski poziom wykształcenia ludzi sprzyjał szerzeniu się zabobonów oraz wiary w czarownice i czary. Kryzys Kościoła doprowadził do upadku jego autorytetu. Jednym ze skutków tego było tworzenie się w średniowiecznej Europie ruchów heretyckich.

W roku 1170 powstała kobieca wspólnota. Skupione w niej panie prowadziły życie zakonne, jednak nie składały ślubów wieczystych. Na czas pobytu we wspólnocie zgadzały się one żyć w ubóstwie, czystości i modlitwie. Nowe stowarzyszenie zostało uznane ustnie w roku 1216 przez papieża Honoriusza III. Beginki. Beginki zajmowały się przede wszystkim modlitwą, rękodziełem, pielęgnacją chorych, pochówkiem zmarłych oraz edukacją dziewcząt. Utrzymywały się z wniesionych do zgromadzenia fundacji oraz ze sprzedaży własnych wyrobów. Z czasem zaczęła wzrastać nieufność Kościoła do tych świeckich zgromadzeń. Oskarżano je o herezję a nawet o prostytucję. W roku 1311 na soborze w Vienne zakazano działalności beginek.

Jedną z najbardziej znanych średniowiecznych grup heretyckich są waldensi. Ich przywódcą był Piotr Valdo (Petrus Waldes), kupiec który majątek rozdał ubogim i około roku 1175 zaczął głosić słowo boże. Jego zwolenników nazywano "ubogimi z Lyonu". Papież Aleksander III odmówił im zezwolenia na nauczanie. Mimo tego uczniowie Piotra Valda nauczali na placach i ulicach. Głosili pochwałę ubóstwa, nawoływali do pokuty i nawrócenia. Na soborze laterańskim IV w 1215 r. rzucono na waldensów klątwę. Zepchnięci do podziemia "ubodzy z Lyonu" zradykalizowali swoje poglądy. W 1231 r. rozpoczęto prześladowania, które doprowadziły do likwidacji społeczności waldensów.

Od mniej więcej 1140 r. w środkowej Europie (przede wszystkim w południowej Francji i we Włoszech) szerzył się ruch religijny katarów (we Francji nazywano ich albigensami) Katarowie wierzyli w walkę dobra i zła. Pierwiastek duchowy, czyli dobra i światła, był emanacją bóstwa. Natomiast świat materialny, jako ucieleśnienie zła i ciemności, był dziełem szatana. Katarowie praktykowali ubóstwo, a także ostro krytykowali potężny i bogaty Kościół, który był dla nich dziełem złego ducha. Albigensi uznawali, że Kościół utrudnia ludziom osiągnięcie zbawienia. Katarowie byli czymś w rodzaju sekty. Trzeci sobór laterański potępił w roku 1179 działalność katarów. W celu zlikwidowania sekty urządzono krucjatę. W sojuszu z królem Francji, w wojnie przeciwko albigensom, w latach 1209 - 1229, wymordowano wiele dziesiątków tysięcy ludzi.

Herezja uznawana była za obronę majestatu, postrzegano ją jako czynnik burzący pokój, a heretyk stawał się jednocześnie buntownikiem przeciwko porządkowi świeckiemu. Szerzące się herezje budziły niepokój Kościoła oraz jego gwałtowną reakcję. W 1184 r. została wprowadzona przez papieża Lucjusza III i cesarza Fryderyka Barbarossę tzw. inkwizycja biskupia (od inquisitio - "poszukiwanie"). Skazani przez Kościół heretycy mieli podlegać banicji na terenie Rzeszy. W 1215 r. na soborze laterańskim IV zagrożono ekskomuniką wszystkim władcom, którzy zaniedbają obowiązek zwalczania heretyków. Jako pierwszy walczył z nimi cesarz rzymsko - niemiecki Fryderyk II (1194 - 1250), który wprowadził do ich przesłuchania tortury, dla skruszonych heretyków - dożywotnie więzienie, a dla tych którzy jej nie okażą - śmierć na stosie. W 1231 r. Grzegorz IX przyjął prawo Fryderyka II przeciwko heretykom (z wyjątkiem stosowania tortur) oraz ustanowił inkwizycję papieską. Zgodnie z jej założeniami, oskarżonym o herezję nie przysługiwało prawo do obrońcy, a nazwiska świadków trzymano w tajemnicy. Skazani za nieprawomyślność nie mieli prawa do apelacji w sprawie wyroku. Skazanym nie przysługiwało prawo do chrześcijańskiego pochówku. Oprócz istniejących inkwizytorów biskupich, powołani zostali inkwizytorzy papiescy. Rekrutowali się oni (od 1232 r.) głównie z młodego zakonu dominikanów. W 1252 r. papież Innocenty IV wydał zgodę na wprowadzenie tortur w celu wymuszenia zeznań. Śmierć na stosie uzasadniano, że chociaż w ten sposób, dzięki orędownictwu Kościoła, dusza heretyka może być zbawiona.

W procesie inkwizycyjnym postępowanie było skrócone. Oskarżony nie znał obwiniających go ludzi. Nikt nie podejmował się obrony oskarżonych o herezję, w obawie przed automatycznym ściągnięciem na siebie podejrzeń. Od wyroku nie było odwołania, a od orzeczenia wyroku do wykonania egzekucji nie mogło upłynąć więcej niż 6 dni. Wymierzane kary: publiczna chłosta, ciężkie więzienie (dożywotnie), konfiskata dóbr, kara śmierci przez uduszenie lub spalenie na stosie. Kary wymierzała władza świecka. Zadaniem inkwizytorów papieskich było systematyczne wyszukiwanie heretyków, wytaczanie im procesów, skazywanie i przekazywanie władzy świeckiej, która miała wykonywać egzekucje (palenie na stosie). Tak więc papiescy inkwizytorzy byli oskarżycielami i sędziami jednocześnie.

Inkwizycja w Anglii (wprowadzono ją tu w 1401 r.) była jedynie akcją tymczasową i miała na celu wyeliminowane zwolenników Johna Wycliffe'a. We Francji, Hiszpanii i we Włoszech Inkwizycja już w XIII w. stała się instytucją trwałą. Wiąże się z nią zlikwidowanie zakonu templariuszy, tępienie herezji pośród nawróconych z judaizmu i islamu chrześcijan. Inkwizycja odegrała też niechlubną rolę w polowaniach na czarownice.

W roku 1431 ofiarą inkwizycji padła Joanna d'Arc, młoda dziewczyna, która przekonana o swoim boskim posłannictwie na czele wojska wyruszyła z odsieczą obleganemu Orleanowi, a tym samym przechyliła w toczącej się wojnie stuletniej szalę zwycięstwa na stronę króla Francji.

Prześladowania religijne dotknęły także Żydów, którym przypisywano mordy rytualne, profanację hostii i zatruwanie studni. W związku z tym dochodziło do okrutnych pogromów żydowskich. Pretekstem mógł być pożar, czy morderstwo dokonane przez nieznanego sprawcę. Chociaż zarówno władze kościele, jak i świeckie wielokrotnie uznawały oskarżenia wykorzystywanie krwi chrześcijan do ofiar za bezpodstawne (zarówno "Tora", jak i "Talmud" zakazują Żydom wszelkiego spożywania krwi), ludność powodowana fanatyzmem oskarżała Żydów o wszelkie zbrodnie. Oskarżenia o profanacje hostii słabną dopiero w XVI w. Oskarżenie o herezję mogło stać się wygodnym pretekstem do pozbycia się przeciwników politycznych. W taki oto sposób został zlikwidowany zakon templariuszy, który prowadząc operacje finansowe zdołał zgromadzić pokaźny majątek. Bogactwo templariuszy stało się solą w oku króla Francji - Filipa IV Pięknego. Pretekstem do likwidacji zakonu i przejęcia jego majątku stało się oskarżenie o herezję, poniżanie krzyża, bałwochwalstwo, kontakty z islamem, a nawet o homoseksualizm. W 1307 r., z rozkazu Filipa IV, zostali uwięzieni wszyscy francuscy templariusze. Sądy inkwizycyjne wymuszały na zakonnikach przyznanie się do winy. Ci, którzy je potem odwołali byli, jako heretycy, paleni na stosie. W 1312 r. na soborze w Vienne papież skasował zakon, którego członkowie oskarżeni zostali o herezję. Na stosie spłonął nawet sam wielki mistrz zakonu Jacques de Molay (1314 r.).

Chyba najbardziej znanym ruchem heretyckim średniowiecza jest husytyzm, który rozwijał się na przełomie XV i XVI wieku. Jego ideologiem był profesor Uniwersytetu Praskiego - Jan Hus (1369 - 1415). Swoje poglądy ukształtował pod wpływem idei angielskiego teologa Johna Wycliffe'a oraz pod wpływem wędrownych kaznodziei. Przełożył na język czeski "Biblię", choć przekład ten ukazał się drukiem dopiero po jego śmierci. Jan Hus postulował odrzucenie władzy politycznej i autorytetu papieży, czyli łączył postulaty religijne z politycznymi. Krytykował bogactwo Kościoła oraz handel odpustami i kult relikwii. Podważał dogmaty o sakramentach i łasce, chciał odrzucenia niektórych obrzędów i ceremonii kościelnych. Według niego Eucharystia powinna być przyjmowana pod obiema postaciami. Uważał, że treści ewangeliczne powinny być głoszone w językach narodowych, a także by mogły to robić osoby świeckie. Jan Hus został zaproszony na sobór w Konstancji i tam, mimo uzyskanych wcześniej gwarancji bezpieczeństwa, uznany za heretyka i spalony na stosie (1415 r.). Jego śmierć spowodowała wybuch wojen religijnych w Czechach.

Szczególne znaczenie miała inkwizycja w Hiszpanii. Tu od 711 r. podbojów dokonywali Arabowie, szerzący islam. Jednym z najważniejszych zadań chrześcijaństwa stało się odzyskanie utraconych terenów (rekonkwista). Dopiero w 1492 r. został zlikwidowany ostatni punkt oporu Maurów w Grenadzie. Tym samym Izabela Kastylijska i Ferdynand Aragoński zakończyli rekonkwistę. W zamian za to otrzymali dwa lata później od papieża Aleksandra VI tytuł "królów katolickich". Cieszący się wcześniej tolerancją religijną Żydzi, spotkali się teraz z represjami. Synagogi przekształcano na kościoły, a Izraelitów zmuszano do chrztu. Jednak nowo nawróceni Żydzi byli elementem podejrzanym. Wzbudzali powszechną niechęć, a nawet byli prześladowani przez tzw. "starych chrześcijan". Szczególnie niebezpieczni byli ci, którzy chrześcijaństwo przyjęli tylko pozornie, a w rzeczywistości trwali przy wierze przodków. Od 1483 r. ścigała ich inkwizycja. Na generalnego inkwizytora Hiszpanii został zatwierdzony spowiednik i doradca pary królewskiej, dominikanin Tomasz Torquemada. Ponosi on winę za śmierć około 9 tysięcy ludzi.

Koniec średniowiecza przyniósł kryzys moralny Kościoła. Nadużycia występowały głównie w ramach hierarchii kościelnej. Wyższe godności i urzędy kościelne zarezerwowane były dla szlachty (często kupowane lub przyznawane krewnym). Papieże byli bardziej władcami świeckimi niż przywódcami religijnymi. Niższy kler był źle wykształcony i słabo opłacany. Nie przestrzegano celibatu, a nienajlepsza sytuacja panowała także w zgromadzeniach zakonnych. Jednocześnie społeczeństwo europejskie było bardzo religijne. Stąd coraz częściej pojawiają się postulaty reformy Kościoła. Jednak papiestwo nie było skłonne reformom.

W październiku 1517 r. augustianin Marcin Luter (1483 - 1546) ogłosił w Wittenberdze swoje słynne tezy (95) przeciwko sprzedawaniu odpustów. Początkowo Luter i inni reformatorzy nie zamierzali zakładać nowych kościołów, a jedynie zreformować stary. Luter uznał, że postawą wiary jest wyłącznie "Pismo Święte".. narzucona na niego kościelna ekskomunika nie okazała się w jego przypadku skuteczna.

Tymczasem w Szwajcarii działali inni reformatorzy: Urlich Zwingli (1484 - 1531) i Jan Kalwin (1509 - 1564). Francuz Kalwin swoją działalność prowadził w Genewie. W swojej nauce Kalwin głosił teorię o przeznaczeniu człowieka (o predestynacji). To Bóg decyduje, że niektórzy ludzie są predestynowani (przeznaczeni) na zbawienie, a inni na wieczne potępienie. Wyznawca mógł udowodnić, że został przez Boga wybrany do zbawienia, poprzez pobożne życie oraz poprzez pozycję społeczną i majątkową, jaka uzyskał dzięki swojej ciężkiej pracy. W Anglii król Henryk VIII ogłosił się w 1534 r. głową kościoła narodowego (tzw. akt supremacji). Klasztory zostały rozwiązane, a ich dobra przeszły na własność Korony. Zachowana została natomiast struktura episkopalna. W 1555 r. został zawarty w Augsburgu traktat pokojowy, który położył kres wojnom religijnym w Rzeszy i zgodnie z którego postanowieniami , wyznanie luterańskie zostało zalegalizowane. Kościoły reformowane zostały uznane dopiero w 1648 r. na mocy pokoju westfalskiego.

Kościół katolicki nie przyjął postulatów reformatorów. Uznał je za wymierzony w siebie atak. W ramach polityki kontrreformacyjnej Kościoła dokonano reorganizacji inkwizycji. Miała ona ścigać wszystkich podejrzanych o herezję, a jej celem miało być osiągnięcie stabilizacji w Kościele. To właśnie wtedy zaczęły się prześladowania czarownic, a nie w średniowieczu. Choć należy przyznać, że prześladowania czarownic były bardziej intensywne w krajach protestanckich niż w katolickich. Szerząca się w Europie reformacja była jedną z przyczyn reorganizacji instytucji inkwizycji, która została dokonana w trakcie soboru trydenckiego (odbywał się on w larach 1545 - 1563). W jego trakcie podjęto próbę zreformowania Kościoła. Ścierały się na nim różne tendencje, jednak ostatecznie zwyciężyło stronnictwo wrogie i nieustępliwe wobec reformacji. Wobec tego protestanci zostali potępieni jako heretycy. Językiem liturgii nadal miała być łacina. Odnowiono instytucję inkwizycji.

Reorganizację inkwizycji przeprowadził papież Paweł III. W czerwcu roku 1542 utworzył on Kongregacja Kardynalska Świętej Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji - tzw. Święte Oficjum (Sacrum Officium), czyli centralny urząd inkwizycji. Była to komisja kardynalska, której zadaniem było czuwanie nad czystością wiary, a także zwalczać wszelkie herezje. Na jej czele stanął Gian Pietro Caraffa. Dla tych, którzy nie chcieli odstąpić od swych heretyckich poglądów przewidziana była kara śmierci. Za Pawła IV (1555 - 1559) Święte Oficjum zostało rozbudowane, a zakres jego kompetencji poszerzono. Od tego momentu inkwizycja rzymska stała się równie bezwzględna, co hiszpańska. Nikt, nawet wyższe duchowieństwo, nie mógł już czuć się bezpieczny. Wyroki śmierci stały się codziennością. Egzekucje urządzano publicznie (ku przestrodze dla innych). Celem inkwizycji miało być przede wszystkim utrzymanie jedności religijnej oraz zwycięstwo prawdy. Była ona także ostatnią instancją w sprawach cenzury kościelnej. Nadzorowała drukarnie i ścigała zarówno drukarzy, jak i książki uznane z heretyckie.

W 1564 r. został opracowany "Indeks ksiąg zakazanych". Był to wykaz dzieł zakazanych do czytania i oficjalnie potępionych przez Kościół katolicki, pod groźbą klątwy. W opinii władz kościelnych były to dzieła szkodliwe moralnie, zagrażające nauce kościelnej. Można je było czytać wyłącznie za zezwoleniem biskupa. Na liście znalazły się między innymi dzieła Erazma z Rotterdamu, czy Mikołaja Kopernika. Pierwsza lista została opracowana jeszcze w roku 1543 przez papieża Pawła III. Ostatnia ukazała się ... w 1948 roku i zawierała ponad 6 tysięcy zakazanych tytułów na 510 stronach. Dopiero w 1966 r. papież ogłosił, że dalszych wydań Index librorum prohibitorum nie będzie.

W początkach swego istnienia Kościół odrzucał istnienie wiary w czary i magię, uważając je za pogańskie zabobony. Wiara ta rodzi się wraz z rozwojem herezji średniowiecznych. W oskarżeniach o herezję jednym z najczęstszych oskarżeń było posądzenie o konszachty z diabłem. Jako, że od roku 1252 w przesłuchaniach dozwolone były tortury, wielu spośród oskarżonych przyznawało się do winy. Oskarżenie o czary pojawiło się m.in. w procesie templariuszy, którzy przyznali się do oddawania czci bożkom i do konszachtów z szatanem. U prostych ludzi łatwo było wytworzyć przekonanie o istnieniu magii oraz złych czarownic i kacerzy, którzy współpracują z diabłem. Łatwo tym można było usprawiedliwić klęskę nieurodzaju, czy suszy oraz wszelkie zarazy i nieszczęścia. Znajdowano wtedy kozła ofiarnego, którego posądzano o szkodzenie danej społeczności. Donosy na czarownice miały też inne cele. Wielu ludzi wykorzystywało je jako formę pozbycia się niewygodnych osób. Obiektem podejrzeń mogły stać się na przykład zamożne wdowy, wtedy liczono na możliwość przejęcia ich majątku.

W roku 1484 ukazała się bulla papieża Innocentego VIII Summis desiderantes, która skierowana była przeciwko czarom i czarownicom. Jeszcze w tym samym roku niemieccy inkwizytorzy Heinrich Krämer (Insitoris) i Jakob Sprenger otrzymali od papieża polecenie, by z większą energią ścigali niemieckich czarowników i czarownice. Obaj dominikanie polecenie głowy Kościoła wzięli sobie bardzo do serca i w 1486 r. wydali dzieło Malleus maleficarum, czyli Młot na czarownice. Na jego wstępie przytoczona została powyższa bulla Innocentego VIII. Książka ta stała się czymś w rodzaju podręcznika dla inkwizytorów. Krämer i Sprenger stwierdzali, że dzień Sądu Ostatecznego jest już bliski, zatem nie można pozwolić szatanowi na uzyskanie przewagi. Stale wzrastającą liczbę czarownic i czarowników obaj panowie uzasadniali właśnie zbliżającym się końcem świata. Książka ta większą uwagę inkwizytorów skupiała na czarownicach niż na czarownikach. Wynikało to z chorobliwej wręcz nienawiści autorów do kobiet. Młot na czarownice stał się jedną z najbardziej zgubnych publikacji w dziejach świata. Przez następne 200 lat, w oparciu o tę książkę skazano i zamordowano wiele niewinnych osób. Nawet reformacja nie poprawiła losu oskarżanych o czarnoksięstwo. Reformatorzy bowiem, akurat w tym punkcie zgadzali się z Kościołem katolickim. A nawet prześcigali go w polowaniach na czarownice.

Czarownik mógł sprowadzić na innych różne nieszczęścia, takie jak impotencja, bezpłodność, choroby i śmierć ludzi, a nawet zwierząt. Dlatego należało ich wykryć i zlikwidować. Od tego zależeć miał los innych ludzi. Na początku znajdowano kozła ofiarnego, którego oskarżano o czary, konszachty z diabłem, wywołanie zarazy, czy innego nieszczęścia. Donosiciel i inne osoby uczestniczące w procesie otrzymywały część majątku skazanego, dlatego w ich interesie było skazanie oskarżonego. Pierwsze pytanie miało na celu ustalenie, czy oskarżony lub oskarżona wierzy w czary. Zaprzeczenie oznaczało karę śmierci za czarownictwo. Natomiast potwierdzenie oznaczało, że oskarżony wie coś więcej i dlatego torturami należy wydobyć te informacje. Tortury miały wymusić przyznanie się do winy i wydanie "wspólników". Pod wpływem cierpień ludzie wydawali innych, także niewinnych (czasem własnych oskarżycieli). Ten sposób proces jednej osoby pociągał za sobą kolejne i kolejne. W trakcie przesłuchań oskarżonych poddawano rozmaitym "próbom". Najbardziej znana jest "próba wody". Związaną kobietę wrzucano do wody. Jeśli tonęła - była niewinna. Jeśli utrzymała się na wodzie (a ponieważ kobiety nosiły wówczas obszerne suknie, między ich fałdami mogło gromadzić się powietrze, tworząc balon, który utrzymywał oskarżoną na powierzchni wody) oznaczało, że pomaga jej diabeł. Taką delikwentkę wyławiano i oddawano w ręce kata. Tak czy inaczej kobieta ponosiła śmierć. W trakcie tzw. "próby igieł" na ciele podejrzanej poszukiwano znamion na skórze, które uznawano za pozostawiony przez diabła "znak czarownicy". W większości przypadków proces nie był publiczny. Oskarżonym o czary nie przysługiwało prawo do obrońcy. Jak łatwo wywnioskować większość procesów kończyła się wyrokiem śmierci. Uniewinnieni musieli opuścić kraj. Karą za czarownictwo było spalenie na stosie. Dla tych, którzy wyrazili skruchę okazywano łaskę - duszono ich przed spaleniem. Egzekucje były wielkimi, odbywającymi się publicznie, widowiskami. Miały być dla innych przestrogą.

Dla wielu teoria o czarownicach i kacerzach była kontrowersyjna. Jednak jej zanegowanie mogłoby ściągnąć na nich przesłuchania i tortury. Stąd niewiele osób zdecydowało się jawnie sprzeciwić polowaniom na czarownice. Śmiałkiem, który miał odwagę wystąpić przeciwko tym praktykom był Johann Weyer (1516 - 1588). Był on nadwornym lekarzem księcia Wilhelma V de Clèves. Nie kwestionował on wprawdzie samego istnienia szatana, ale podważał za to zasadność procesów czarownic. Uznał on, że diabłu nie zależy na duszach niczego nieświadomych kobiet, ale o dusze tych, którzy odpowiadają za polowania na "czarownice". Stwierdził, że przyznanie się przez kobiety do winy jest nieznaczące, ponieważ robią to one pod wpływem przesłuchań i tortur.

Kolejnym, który potępił polowania na czarownice był jezuita Friedrich von Spee (1591 - 1635). W roku 1531 wydał on (anonimowo) publikację pt. Cautio Criminalis. Sprzeciwiał się procesom, jako pierwszy też udowodnił, że tortury mają decydujący wpływ na przyznanie się oskarżonych do winy.

Christian Thomasus (1655 - 1728), pruski prawoznawca, zażądał zakończenia procesów czarownic oraz torturom. Zakwestionował on całą teorię czarów.

Nie wiadomo dlaczego ostatecznie zakończono szaleństwo z polowaniami na "czarownice". Według niektórych wiązało się to z napływem idei oświeceniowych. Inni wskazują na to, że polowania na czarownice zataczały coraz szersze kręgi, a podejrzanym mógł się stać każdy, nawet sędzia czy biskup. Faktem jest, że ostatnią "czarownicę" stracono 30 marca 1775 r. w Kempten w Allgäu (Niemcy). Skazaną była służąca Anna Maria Schwegelin.