Aby zrozumieć inkwizycję, należy wyrobić sobie pojęcie o średniowiecznym wyobrażeniu świata. Ludzie średniowiecza przesiąknięci byli pierwiastkami religijnymi oraz duchowymi. Religia stale była obecna w ich życiu, a za cel każdy człowiek stawiał sobie osiągnięcie zbawienia wiecznego. Stąd ciągłe obawy przed gniewem bożym, oraz przed zakusami diabelskimi. Niski poziom edukacji ludzi sprzyjał szerzeniu się zabobonów oraz wiary w czarownice i czary. Do szerzenia się herezji przyczyniał się m.in. rozkład wewnętrzny Kościoła. Średniowieczny kler prezentował niski poziom moralny i intelektualny. Duchownych cechowała mała dbałość o sprawy religijne. Zbyt dużo uwagi poświęcano sprawom moralnym, co wynikało z faktu, że Kościół był wielkim posiadaczem ziemskim i dysponował ogromnym majątkiem. Papieże byli bardziej politykami i władcami świeckimi, niż duchowymi przewodnikami chrześcijaństwa. Z czasem nasiliła się krytyka stosunków panujących w Kościele i żądania jego odnowy i poprawy. Szerzyły się heretyckie ruchy: beginek i begardów, waldensów (tzw. "ubodzy z Lyonu") czy katarów (zwanych albigensami).
Już w okresie późnego antyku sformułowano obowiązek obrony wiary przed heretykami i strzeżenia jej czystości. Na trzecim soborze laterańskim (1179 r.) zagrożono odstępcom od wiary konfiskatą majątków oraz utratą wolności. W 1184 r. została wprowadzona przez papieża Lucjusza III i cesarza Fryderyka Barbarossę tzw. inkwizycja biskupia (od inquisitio - "poszukiwanie"). Skazani przez Kościół heretycy mieli podlegać banicji na terenie Rzeszy. W 1215 r. na soborze laterańskim IV zagrożono ekskomuniką wszystkim władcą, którzy zaniedbają obowiązek zwalczania heretyków. Jako pierwszy walczył z nimi cesarz rzymsko - niemiecki Fryderyk II (1194 - 1250), który wprowadził do ich przesłuchania tortury, dla skruszonych heretyków - dożywotnie więzienie, a dla tych którzy jej nie okażą - śmierć na stosie (konstytucja padewska z 1224 r.). Fryderyk II uważał bowiem heretyków za politycznych rewolucjonistów.
W 1231 r. Grzegorz IX przyjął prawo Fryderyka II przeciwko heretykom (z wyjątkiem stosowania tortur) oraz ustanowił inkwizycję papieską. Zgodnie z jej założeniami, oskarżonym o herezję nie przysługiwało prawo do obrońcy, a nazwiska świadków trzymano w tajemnicy. Skazani za nieprawomyślność nie mieli prawa do apelacji w sprawie wyroku. Skazanym nie przysługiwało prawo do chrześcijańskiego pochówku. Karę za herezję rodziców ponosiło także potomstwo skazanych - było ono społecznie bojkotowane. Oprócz istniejących inkwizytorów biskupich, powołani zostali inkwizytorzy papiescy. Rekrutowali się oni (od 1232 r.) głównie z młodego zakonu dominikanów. W 1252 r. papież Innocenty IV wydał zgodę na wprowadzenie tortur w celu wymuszenia zeznań. Śmierć na stosie uzasadniano, że chociaż w ten sposób, dzięki orędownictwu Kościoła, dusza heretyka może być zbawiona.
Inkwizycja w Anglii (wprowadzono ją tu w 1401 r.) była jedynie akcją tymczasową i miała na celu wyeliminowane zwolenników Johna Wycliffe'a (XIV w.). We Francji, Hiszpanii i we Włoszech Inkwizycja już w XIII w. stała się instytucją trwałą. Wiąże się z nią zlikwidowanie zakonu templariuszy, tępienie herezji pośród nawróconych z judaizmu i islamu chrześcijan. Inkwizycja odegrała też niechlubną rolę w polowaniach na czarownice.
Oskarżenie o herezję mogło stać się wygodnym pretekstem do pozbycia się przeciwników politycznych. W taki oto sposób został zlikwidowany zakon templariuszy, który prowadząc operacje finansowe zdołał zgromadzić pokaźny majątek. Bogactwo templariuszy stało się solą w oku króla Francji - Filipa IV Pięknego. Pretekstem do likwidacji zakonu i przejęcia jego majątku stało się oskarżenie o herezję, poniżanie krzyża, bałwochwalstwo, kontakty z islamem, a nawet o homoseksualizm. W 1307 r., z rozkazu Filipa IV, zostali uwięzieni wszyscy francuscy templariusze. Sądy inkwizycyjne wymuszały na zakonnikach przyznanie się do winy. Ci, którzy je potem odwołali byli, jako heretycy, paleni na stosie. W 1312 r. na soborze w Vienne papież skasował zakon, którego członkowie oskarżeni zostali o herezję.
Chyba najbardziej znanym ruchem heretyckim średniowiecza jest husytyzm, który rozwijał się na przełomie XV i XVI wieku. Jego ideologiem był profesor Uniwersytetu Praskiego - Jan Hus (1369 - 1415). Swoje poglądy ukształtował pod wpływem idei angielskiego teologa Johna Wycliffe'a oraz pod wpływem wędrownych kaznodziei. Przełożył na język czeski "Biblię", choć przekład ten ukazał się drukiem dopiero po jego śmierci. Jan Hus postulował odrzucenie władzy politycznej i autorytetu papieży, czyli łączył postulaty religijne z politycznymi. Krytykował bogactwo Kościoła oraz handel odpustami i kult relikwii. Podważał dogmaty o sakramentach i łasce, chciał odrzucenia niektórych obrzędów i ceremonii kościelnych. Według niego Eucharystia powinna być przyjmowana pod obiema postaciami. Uważał, że treści ewangeliczne powinny być głoszone w językach narodowych, a także by mogły to robić osoby świeckie. Jan Hus został zaproszony na sobór w Konstancji i tam, mimo uzyskanych wcześniej gwarancji bezpieczeństwa, uznany za heretyka i spalony na stosie (1415 r.). Jego śmierć spowodowała wybuch wojen religijnych w Czechach.
Szczególne znaczenie miała inkwizycja w Hiszpanii. Tu od 711 r. podbojów dokonywali Arabowie, szerzący islam. Jednym z najważniejszych zadań chrześcijaństwa stało się odzyskanie utraconych terenów (rekonkwista). Dopiero w 1492 r. został zlikwidowany ostatni punkt oporu Maurów w Grenadzie. Tym samym Izabela Kastylijska i Ferdynand Aragoński zakończyli rekonkwistę. W zamian za to otrzymali dwa lata później od papieża Aleksandra VI tytuł "królów katolickich". Lansowano wizję Hiszpanii jako kraju całkowicie chrześcijańskiego. Cieszący się wcześniej tolerancją religijną Żydzi, spotkali się teraz z represjami. Synagogi przekształcano na kościoły, a Izraelitów zmuszano do chrztu. Jednak nowo nawróceni Żydzi byli elementem podejrzanym. Wzbudzali powszechną niechęć, a nawet byli prześladowani przez tzw. "starych chrześcijan". Szczególnie niebezpieczni byli ci, którzy chrześcijaństwo przyjęli tylko pozornie, a w rzeczywistości trwali przy wierze przodków. Od 1483 r. ścigała ich inkwizycja. Na generalnego inkwizytora Hiszpanii został zatwierdzony spowiednik i doradca pary królewskiej, dominikanin Tomasz Torquemada. Ponosi on winę za śmierć około 9 tysięcy ludzi. Lata 1481 - 1525 to ponad pięć tysięcy wyroków śmierci, tysiące potępień zaocznych, a także ekshumacji i palenia szczątków zmarłych. "Nowi chrześcijanie" byli skazywani na wieloletnie więzienie, przepadek mienia, a ich dzieciom zakazywano sprawowania urzędów kościelnych i świeckich.
Koniec średniowiecza przyniósł kryzys moralny Kościoła. Nadużycia występowały głównie w ramach hierarchii kościelnej. Wyższe godności i urzędy kościelne zarezerwowane były dla szlachty (często kupowane lub przyznawane krewnym). Papieże byli bardziej władcami świeckimi niż przywódcami religijnymi. Niższy kler był źle wykształcony i słabo opłacany. Nie przestrzegano celibatu, a nienajlepsza sytuacja panowała także w zgromadzeniach zakonnych. Jednocześnie społeczeństwo europejskie było bardzo religijne. Stąd coraz częściej pojawiają się postulaty reformy Kościoła. Jednak papiestwo nie było skłonne reformom. W październiku 1517 r. augustianin Marcin Luter (1483 - 1546) ogłosił w Wittenberdze swoje słynne tezy przeciwko sprzedawaniu odpustów. Początkowo Luter i inni reformatorzy nie zamierzali zakładać nowych kościołów, a jedynie zreformować stary.
Kościół katolicki nie przyjął postulatów reformatorów. Uznał je za wymierzony w siebie atak. W ramach polityki kontrreformacyjnej Kościoła dokonano reorganizacji inkwizycji. Miała ona ścigać wszystkich podejrzanych o herezję, a jej celem miało być osiągnięcie stabilizacji w Kościele. To właśnie wtedy zaczęły się prześladowania czarownic, a nie w średniowieczu. Choć należy przyznać, że prześladowania czarownic były bardziej intensywne w krajach protestanckich niż w katolickich.
Szerząca się w Europie reformacja była jedną z przyczyn reorganizacji instytucji inkwizycji, która została dokonana w trakcie soboru trydenckiego (odbywał się on w larach 1545 - 1563). W jego trakcie podjęto próbę zreformowania Kościoła. Ścierały się na nim różne tendencje, jednak ostatecznie zwyciężyło stronnictwo wrogie i nieustępliwe wobec reformacji. Wobec tego protestanci zostali potępieni jako heretycy. Odnowiono instytucję inkwizycji.
Reorganizację inkwizycji przeprowadził papież Paweł III. W dniu 21 czerwca roku 1542 powstała Kongregacja Kardynalska Świętej Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji - tzw. Święte Oficjum (Sacrum Officium), czyli centralny urząd inkwizycji. Była to komisja kardynalska, której zadaniem było czuwanie nad czystością wiary, a także zwalczać wszelkie herezje. Na jej czele stanął Gian Pietro Caraffa. Dla tych, którzy nie chcieli odstąpić od swych heretyckich poglądów przewidziana była kara śmierci. Za Pawła IV (1555 - 1559) Święte Oficjum zostało rozbudowane, a zakres jego kompetencji poszerzono. Od tego momentu inkwizycja rzymska stała się równie bezwzględna, co hiszpańska. Nikt, nawet wyższe duchowieństwo, nie mógł już czuć się bezpieczny. Wyroki śmierci stały się codziennością. Egzekucje urządzano publicznie (ku przestrodze dla innych). Celem inkwizycji miało być przede wszystkim utrzymanie jedności religijnej oraz zwycięstwo prawdy. Była ona także ostatnią instancją w sprawach cenzury kościelnej. Nadzorowała drukarnie i ścigała zarówno drukarzy, jak i książki uznane z heretyckie.
W 1564 r. został opracowany "Indeks ksiąg zakazanych". Był to wykaz dzieł zakazanych do czytania i oficjalnie potępionych przez Kościół katolicki, pod groźbą klątwy. W opinii władz kościelnych były to dzieła szkodliwe moralnie, zagrażające nauce kościelnej. Na liście znalazły się między innymi dzieła Erazma z Rotterdamu, czy Mikołaja Kopernika. Pierwsza lista została opracowana jeszcze w roku 1543 przez papieża Pawła III. Ostatnia ukazała się ... w 1948 roku i zawierała ponad 6 tysięcy zakazanych tytułów na 510 stronach. Dopiero w 1966 r. papież ogłosił, że dalszych wydań Index librorum prohibitorum nie będzie.
W początkach swego istnienia Kościół odrzucał istnienie wiary w czary i magię, uważając je za pogańskie zabobony. Wiara ta rodzi się wraz z rozwojem herezji średniowiecznych. W oskarżeniach o herezję jednym z najczęstszych oskarżeń było posądzenie o konszachty z diabłem. Jako, że od roku 1252 w przesłuchaniach dozwolone były tortury, wielu spośród oskarżonych przyznawało się do winy. Mimo całej bezsensowności zarzutów, masowe przyznania się do współpracy z diabłem i do czarownictwa, utwierdzało inkwizytorów w przekonaniu, że istnieje coś takiego jak sekty "czarowników" i "czarownic' oraz spisek szatana. Inkwizytorzy nie brali pod uwagę faktu, że torturowani w okrutny sposób ludzie przyznawali się do wszystkiego (choćby do najbardziej bezsensownych zarzutów), byleby tylko uniknąć dalszych tortur i cierpień. Dla nie biorącej tego pod uwagę hierarchii kościelnej cele i metody działania rzekomych "czarowników" i "czarownic" były wielką sensacją. Oskarżenie o czary pojawiło się m.in. w procesie templariuszy, którzy przyznali się do oddawania czci bożkom i do konszachtów z szatanem. U prostych ludzi łatwo było wytworzyć przekonanie o istnieniu magii oraz złych czarownic i kacerzy, którzy współpracują z diabłem. Łatwo tym można było usprawiedliwić klęskę nieurodzaju, czy suszy oraz wszelkie zarazy i nieszczęścia. Znajdowano wtedy kozła ofiarnego, którego posądzano o szkodzenie danej społeczności. Donosy na czarownice miały też inne cele. Wielu ludzi wykorzystywało je jako formę pozbycia się niewygodnych osób. Obiektem podejrzeń mogły stać się na przykład zamożne wdowy, wtedy liczono na możliwość przejęcia ich majątku.
W roku 1484 ukazała się bulla papieża Innocentego VIII Summis desiderantes, która skierowana była przeciwko czarom i czarownicom. Jeszcze w tym samym roku niemieccy inkwizytorzy Heinrich Krämer (Insitoris) i Jakob Sprenger otrzymali od papieża polecenie, by z większą energią ścigali niemieckich czarowników i czarownice. Obaj dominikanie polecenie głowy Kościoła wzięli sobie bardzo do serca i w 1486 r. wydali dzieło Malleus maleficarum, czyli Młot na czarownice. Na jego wstępie przytoczona została powyższa bulla Innocentego VIII. Książka ta stała się czymś w rodzaju podręcznika dla inkwizytorów. Krämer i Sprenger stwierdzali, że dzień Sądu Ostatecznego jest już bliski, zatem nie można pozwolić szatanowi na uzyskanie przewagi. Stale wzrastającą liczbę czarownic i czarowników obaj panowie uzasadniali właśnie zbliżającym się końcem świata. Książka ta większą uwagę inkwizytorów skupiała na czarownicach niż na czarownikach. Wynikało to z chorobliwej wręcz nienawiści autorów do kobiet. Młot na czarownice stał się jedną z najbardziej zgubnych publikacji w dziejach świata. Przez następne 200 lat, w oparciu o tę książkę skazano i zamordowano wiele niewinnych osób.
Czarownik mógł sprowadzić na innych różne nieszczęścia, takie jak impotencja, bezpłodność, choroby i śmierć ludzi, a nawet zwierząt. Dlatego należało ich wykryć i zlikwidować. Od tego zależeć miał los innych ludzi. Na początku znajdowano kozła ofiarnego, którego oskarżano o czary, konszachty z diabłem, wywołanie zarazy, czy innego nieszczęścia. Donosiciel i inne osoby uczestniczące w procesie otrzymywały część majątku skazanego, dlatego w ich interesie było skazanie oskarżonego. Pierwsze pytanie miało na celu ustalenie, czy oskarżony lub oskarżona wierzy w czary. Zaprzeczenie oznaczało karę śmierci za czarownictwo. Natomiast potwierdzenie oznaczało, że oskarżony wie coś więcej i dlatego torturami należy wydobyć te informacje. Tortury miały wymusić przyznanie się do winy i wydanie "wspólników". Pod wpływem cierpień ludzie wydawali innych, także niewinnych (czasem własnych oskarżycieli). Ten sposób proces jednej osoby pociągał za sobą kolejne i kolejne. W trakcie przesłuchań oskarżonych poddawano rozmaitym "próbom". Najbardziej znana jest "próba wody". Związaną kobietę wrzucano do wody. Jeśli tonęła - była niewinna. Jeśli utrzymała się na wodzie oznaczało, że pomaga jej diabeł. Taką delikwentkę wyławiano i oddawano w ręce kata. Tak czy inaczej kobieta ponosiła śmierć. W trakcie tzw. "próby igieł" na ciele podejrzanej poszukiwano znamion na skórze, które uznawano za pozostawiony przez diabła "znak czarownicy". W większości przypadków proces nie był publiczny. Oskarżonym o czary nie przysługiwało prawo do obrońcy. Jak łatwo wywnioskować większość procesów kończyła się wyrokiem śmierci. Uniewinnieni musieli opuścić kraj. Karą za czarownictwo było spalenie na stosie. Dla tych, którzy wyrazili skruchę okazywano łaskę - duszono ich przed spaleniem. Egzekucje były wielkimi, odbywającymi się publicznie, widowiskami. Miały być dla innych przestrogą.
Nie wiadomo dlaczego ostatecznie zakończono szaleństwo z polowaniami na "czarownice". Według niektórych wiązało się to z napływem idei oświeceniowych. Inni wskazują na to, że polowania na czarownice zataczały coraz szersze kręgi, a podejrzanym mógł się stać każdy, nawet sędzia czy biskup. Faktem jest, że ostatnią "czarownicę" stracono 30 marca 1775 r. w Kempten w Allgäu (Niemcy). Skazaną była służąca Anna Maria Schwegelin.
W krajach słowiańskich inkwizycja nie odgrywała większego znaczenia. W Polsce została wprowadzona w XIII wieku do walki z biczownikami, a potem z husytami. W 1318 r. papież Jan XXII powołał inkwizytorów w diecezji wrocławskiej i krakowskiej. W ten sposób inkwizycja w Polsce stała się instytucją o charakterze stałym. Na synodzie łęczyckim (1527 r.) i piotrkowskim (1530 r.) powołano inkwizytorów dla każdej decyzji. Mieli oni zwalczać reformację. W 1552 r., gdy zawieszono sądownictwo kościelne nad szlachtą, inkwizycja ustała. Ostatecznie zniesiono ją w latach 1562 -1565. Tymczasem w krajach Europy Zachodniej trybunały inkwizycyjne przetrwały aż do końca XVIII wieku. W Portugalii inkwizycja istniała do roku 1820, w Hiszpanii do 1835,a we Włoszech aż do 1859.