W pierwszych wiekach swego istnienia Kościół chrześcijański odrzucał wiarę w czary i magię. Ich istnienie uważano wówczas za pogańskie zabobony. Dopiero w wyniku rozwoju średniowiecznych herezji rodzi się wiara w czarowników i czarnoksięstwo. Jednym z najczęstszych oskarżeń w trakcie procesów heretyków było posądzenie o konszachty z diabłem. Tajemnicze obrzędy religijne heretyków wywoływały posądzenia o stosowanie czarów i magii, a zatem o antyreligijny charakter tych praktyk. Ponieważ począwszy od roku 1252 w przesłuchaniach dozwolone były tortury, wielu spośród oskarżonych przyznawało się do winy. Mimo całej bezsensowności zarzutów, masowe przyznania się do współpracy z diabłem i do czarownictwa utwierdzały tylko inkwizytorów w przekonaniu, że naprawdę istnieją sekty "czarowników" i "czarownic' oraz że szatan spiskuje przeciw chrześcijańskiemu światu. Jednak inkwizytorzy nie brali pod uwagę faktu, że torturowani w okrutny sposób ludzie przyznawali się do wszystkiego (choćby do najbardziej niedorzecznych zarzutów), byleby tylko uniknąć dalszych tortur i cierpień. Oskarżenie o czary pojawiło się m.in. w procesie templariuszy, którzy przyznali się do oddawania czci bożkom i do konszachtów z szatanem. Wizja szatańskiego spisku przerażała ludzi średniowiecza. Podejrzewano, że w związku ze zbliżającym się końcem świata demony zła chcą przeciągnąć na swoją stronę jak najwięcej bogobojnych ludzi.

W prostym ludzie nie trudno było wytworzyć przekonanie o istnieniu magii oraz złych czarownic i kacerzy, którzy współpracują z diabłem. Łatwo tym można było wytłumaczyć klęskę nieurodzaju, suszy oraz wszelkie zarazy i nieszczęścia. Czarownik mógł sprowadzić na innych różne nieszczęścia, takie jak impotencja, bezpłodność, choroby i śmierć ludzi, a nawet zwierząt. Dlatego należało ich wykryć i zlikwidować. Od tego zależeć miał los innych ludzi i ich zbawienie. Zwykle znajdowano wówczas jakiegoś kozła ofiarnego, którego posądzano o szkodzenie danej społeczności. O czarownictwo oskarżano zwykle każdego, kto się w jakikolwiek sposób wyróżniał w danej społeczności, prowadził inny, niż to było przyjęte tryb życia. Podejrzane były wróżki, akuszerki i pasterze oraz innowiercy ze swoimi niezrozumiałymi dla chrześcijan tajemniczymi rytuałami. Donosy na czarownice miały też inne cele. Wielu ludzi wykorzystywało je jako formę pozbycia się niewygodnych osób. Obiektem podejrzeń mogły stać się na przykład zamożne wdowy, wtedy liczono na możliwość przejęcia ich majątku. Donosiciel w przypadku skazania wskazanej przez niego podejrzanej osoby, otrzymywał część jej majątku. Dlatego w interesie prowadzących proces było skazanie oskarżonego.

W okresie średniowiecza szczególnie rozwinięta była demonologia. Wskazywano na wszechobecność diabła, który nie dość że miał być całkowitym przeciwieństwem Boga, to i jednocześnie jego naśladowcą. Dążeniem szatana było obalenie boskiego porządku świata, a w swój spisek starał się zaangażować także zwykłych ludzi. Wiarę w szatana podkreślały kazania i nauki, stąd przekonanie o jego stałej obecności i kuszeniu chrześcijan.

W roku 1484 papież Innocenty VIII wydał bullę Summis desiderantes, która skierowana była przeciwko czarom i czarownicom. Jednocześnie jeszcze w tym samym roku niemieccy inkwizytorzy Heinrich Krämer (Insitoris) i Jakob Sprenger otrzymali od głowy Kościoła polecenie, aby z większą energią ścigali niemieckich czarowników i czarownice. Obaj dominikanie polecenie papieża wzięli sobie bardzo do serca i w 1486 r. ukazało się dzieło ich autorstwa, tj. Malleus maleficarum, czyli Młot na czarownice. Na jego wstępie przytoczono powyższą bullę Innocentego VIII. Książka ta stała się czymś w rodzaju podręcznika dla innych inkwizytorów. Krämer i Sprenger stwierdzali w niej, że dzień Sądu Ostatecznego jest już bliski, a zatem nie można pozwolić szatanowi na uzyskanie przewagi. Stale wzrastającą liczbę czarownic i czarowników obaj panowie uzasadniali właśnie zbliżającym się końcem świata. Książka ta po raz pierwszy uwagę inkwizytorów skupiała bardziej na czarownicach niż na czarownikach. Wynikało to prawdopodobnie z chorobliwej wręcz nienawiści autorów do kobiet. To one były najczęściej oskarżane o czary, gdyż jak podaje Młot na czarownice: "niewiasta jest tylko niedoskonałym zwierzęciem (...) Niewiasta jest tedy zła z natury rychlej bowiem traci zaufanie do swej wiary i rychlej wyrzeka się jej, to zaś stanowi podstawę uprawiania czarów". Młot na czarownice stał się jedną z najbardziej zgubnych publikacji w dziejach świata. Przez następne 200 lat, w oparciu o tę książkę skazano i zamordowano wiele niewinnych osób. Nawet reformacja nie poprawiła losu oskarżanych o czarnoksięstwo. Reformatorzy bowiem, akurat w tym punkcie zgadzali się z Kościołem katolickim. A nawet prześcigali go w polowaniach na czarownice.

Bardzo interesujący był proces skazanych o czary. Toczył się on przed trybunałem inkwizycyjnym, a oskarżonemu nie przysługiwało prawo do obrońcy. Nawet jeśliby przysługiwało, wątpliwe jest, czy ktokolwiek dobrowolnie zdecydowałby się stanąć po stronie oskarżonego - mogłoby to bowiem rzucić cień podejrzeń na obrońcę. Pierwsze pytanie w trakcie śledztwa miało na celu ustalenie, czy oskarżony lub oskarżona wierzy w czary. Zaprzeczenie oznaczało karę śmierci za czarownictwo. Natomiast potwierdzenie oznaczało, że oskarżony wie coś więcej i dlatego torturami należy wydobyć te informacje. Przyznanie się do winy nie traktowano jako okoliczności łagodzącej, ale jako dowód w sprawie (zasada Confessio est regina probationum -" Przyznanie się jest królową dowodów"). Tortury miały wymusić przyznanie się do winy i wydanie "wspólników". Pod wpływem cierpień ludzie wydawali innych, także niewinnych (czasem własnych oskarżycieli). Ten sposób proces jednej osoby pociągał za sobą kolejne i kolejne. Wierzono, że czarownice czerpią swoją moc z włosów i z ziemi. Dlatego w trakcie procesu oskarżonym golono włosy i umieszczano w tzw. "beczce czarownic", czyli w odizolowanych od ziemi klatkach. W trakcie przesłuchań oskarżonych poddawano rozmaitym "próbom". Najbardziej znana jest "próba wody". Związaną kobietę wrzucano do wody. Jeśli tonęła - była niewinna. Jeśli utrzymała się na wodzie (a ponieważ kobiety nosiły wówczas obszerne suknie, między ich fałdami mogło gromadzić się powietrze, tworząc balon, który utrzymywał oskarżoną na powierzchni wody) oznaczało, że pomaga jej diabeł. Taką delikwentkę wyławiano i oddawano w ręce kata. Tak czy inaczej kobieta ponosiła śmierć. W trakcie tzw. "próby igieł" na ciele podejrzanej poszukiwano znamion na skórze, które uznawano za pozostawiony przez diabła "znak czarownicy", wówczas kłuto szpilkami takie miejsce - miało być ono odporne na ból. Jeżeli torturowana czarownica zemdlała uznawano to za pomoc szatana, w celu oszczędzenia jej cierpienia. W większości przypadków proces nie był publiczny. Jak łatwo wywnioskować większość procesów kończyła się wyrokiem śmierci. Uniewinnieni musieli opuścić kraj. Karą za czarownictwo było spalenie na stosie. Dla tych, którzy wyrazili skruchę okazywano łaskę - duszono ich przed spaleniem. Egzekucje były wielkimi, odbywającymi się publicznie, widowiskami. Miały być dla innych przestrogą. Powszechna była opinia, że "lepiej, by zmarło stu niewinnych, niż żeby jeden winny uniknął kary". Dlatego też w oskarżeniu przeszkodą nie była nawet śmierć podejrzanego. Zwłoki czarowników były wykopywane i palone.

Dla wielu teoria o czarownicach i kacerzach była bardzo kontrowersyjna. Jednak jej otwarte zanegowanie mogłoby ściągnąć na nich przesłuchania i tortury. Stąd niewiele osób zdecydowało się jawnie sprzeciwić polowaniom na czarownice. Śmiałkiem, który miał odwagę wystąpić przeciwko tym praktykom był Johann Weyer (1516 - 1588). Był on nadwornym lekarzem księcia Wilhelma V de Clèves. Nie kwestionował on wprawdzie samego istnienia szatana, ale podważał za to zasadność procesów czarownic. Uznał on, że diabłu nie zależy na duszach niczego nieświadomych kobiet, ale o dusze tych, którzy odpowiadają za polowania na "czarownice". Stwierdził, że przyznanie się przez kobiety do winy jest nieznaczące, ponieważ robią to one pod wpływem przesłuchań i tortur.

Kolejnym, który potępił polowania na czarownice był jezuita Friedrich von Spee (1591 - 1635). W roku 1531 wydał on (anonimowo) publikację pt. Cautio Criminalis. Sprzeciwiał się procesom, jako pierwszy też udowodnił, że tortury mają decydujący wpływ na przyznanie się oskarżonych do winy.

Christian Thomasus (1655 - 1728), pruski prawoznawca, zażądał zakończenia procesów czarownic oraz torturom. Zakwestionował on całą teorię czarów.

Nie wiadomo dlaczego ostatecznie zakończono szaleństwo z polowaniami na "czarownice". Według niektórych wiązało się to z napływem idei oświeceniowych. Inni wskazują na to, że polowania na czarownice zataczały coraz szersze kręgi, a podejrzanym mógł się stać każdy, nawet sędzia czy biskup. Faktem jest, że ostatnią "czarownicę" stracono 30 marca 1775 r. w Kempten w Allgäu (Niemcy). Skazaną była służąca Anna Maria Schwegelin. Liczba ofiar procesów o czary jest trudna do ustalenia i waha się między 100 tysięcy a trzy miliony.