Wątek biblijny w "Mistrzu i Małgorzacie" to zasadniczo paralelna wobec wydarzeń pierwszoplanowych opowieść o losach Joszuy Ha- Nocri stającego przed Piłatem. Wprowadzenie tej biblijnej narracji nadaje powieści Bułhakowa głębszy, metafizyczny wymiar . Autor zadaje pytanie o winę, karę i możliwość odkupienia, a także o problem wierności sobie i swoim wartościom.
Bułhakow wraca więc do starego motywu odwiecznej walki dobra ze złem, która szczególnego znaczenia nabiera w kontekście rzeczywistości totalitarnej. Zmienia się w obrębie tego świata ocena szatana Wolanda, którego decyzje wydają się być sprawiedliwsze niż decyzje i działania podejmowane przez aparat władzy.
Woland jest uosobionym głosem mówiącym o społecznym poczuciu krzywdy, bawi się on w odwecie za niecne postępki ludźmi złymi, podłymi. Pomaga też Małgorzacie i Mistrzowi, który jako pisarz wyklęty jest z grona literatów, ponieważ nie przynależy do partyjnej organizacji i dąży do odkrycia prawdy o naturze człowieka.
Opowieść o Piłacie, który wierząc w niewinność Ha-Nocri, uległ presji tłumu i własnemu lękowi, i ostatecznie skazał go na śmierć. Nigdy jednak nie przestał myśleć o tym człowieku, nie przestaje też dręczyć go myśl o własnym tchórzostwie, które jest największą ułomnością człowieka. To tchórzostwo łamie wiarę w wartość ideałów i w siebie samego, doprowadzając jednostkę do zniewolenia duchowego. Z tego samego powodu Piłat skazuje niewinnego na śmierć, co ludzie w Moskwie poddają się terrorowi lub stają się narzędziem w reku władzy, represjonującej innych.
Również z Nowego testamentu Bułhakow zaczerpnął ideę możliwego przebaczenia. Wierzy on, iż zło wynikające z lęku, ze słabości człowieka w obliczu systemu, jest odwracalne. Jednak warunkiem jest tu skrucha i świadome przyznanie się do win oraz cierpienie, bez którego pokuta nie może się dokonać.
