W tej dwudziestowiecznej powieści, oprócz doskonale przedstawionej rzeczywistości w Rosji lat trzydziestych, odnajdujemy wątek, który toczy się w Jerozolimie, w czasach życia Jezusa (nazywanego w utworze - Jeszua). Dzięki umiejscowieniu czasu akcji w tych dwóch sferach - Bułhakow podejmuje podstawową kwestię ludzkiego życia - temat walki dobra ze złem. Ten filozoficzno-religijny problem rozważany jest na tle życia w totalitarnym państwie, jakim jest Rosja i na tle historii procesu przeciwko Jeszui Ha-Nocri. Głównym bohaterem planu biblijnego nie jest jednak Jeszua, lecz Poncjusz Piłat, który wydając wyrok na niewinnego - wydaje wyrok również na samego siebie. Będzie bowiem na wieki nękany przez wyrzuty sumienia. Dobro jest po stronie Jeszui i Małgorzaty. Zło reprezentuje szatan Woland i oparty na zniewoleniu człowieka - sowiecki reżim. W starciu z zakłamaniem totalitarnego systemu - szatan wypada blado. Nie jest on bowiem tym samym, groźnym duchem biblijnym nękającym Jezusa na pustyni, kuszącym Fausta z dramatu Johana Wolfganga Goethego. Zło w postaci Wolanda nie jest tak złowieszcze jak zło sowieckiego ustroju. Okazuje się zatem, ze diabeł we współczesnym świecie może okazać się lepszy od ludzi.
Interesujący jest również motyw Chrystusa, ukrywającego się za imieniem Jeszui Ha-Nocri. Postać ta skontrastowana została postawa Poncjusza Piłata. Jeszua jest bierny, jego naiwna dobroć i miłość oraz wiara we własne przekonania i idee pokazują właściwą drogę postępowania. Jedynie w taki sposób można przeciwstawić się tyranii. Dotyczy to nie tylko samego procesu, którego wynikiem jest śmierć Jeszui, lecz również owego drugiego planu powieści - totalitarnej, poniżającej jednostkę rzeczywistości moskiewskiej. Bułhakow sięga zatem do tradycji biblijnej, aby pokazać jej aktualność, ponadczasowość. Moralne i etyczne dylematy Piłata czy miłosierna postawa Jeszui dotyczą również postaci przedstawionych w sowieckiej Moskwie.
