"Mistrza i Małgorzatę" Michaił Bułhakow pisał przez ostatnie dwanaście lat swojego życia. Powieść ta ukazała się dopiero po dwudziestu sześciu latach od daty jego śmierci na łamach miesięcznika "Moskwa". Było to pierwsze i oczywiście ocenzurowane wydanie. Historyce literatury uważają, że książkę tę można uznać za swoiste "dzieło zemsty" Michaiła Bułhakowa za zniewolenie zewnętrzne okresu stalinowskiego. Pisarz podejmuje w niej wiele różnych tematów z dziedziny filozofii, etyki, historii, polityki, metafizyki i psychologii. Organizują one główne wątki utworu. Możemy wyróżnić trzy takie główne wątki:
- satyryczno-groteskowy obraz rzeczywistości moskiewskiej lat trzydziestych XX wieku. Bułhakow w sposób bardzo realistyczny przedstawia życie społeczeństwa w ateistycznym państwie zdominowanym przez dyktaturę totalitaryzmu, która niszczy jednostkę. Życie mieszkańców miasta jest całkowicie zbiurokratyzowane. Jestestwo człowieka musiało być potwierdzone dokumentem urzędowym: "nie ma dokumentu, wiec nie ma i człowieka". System komunistyczny wkroczył we wszystkie dziedziny życia. Ludzie są zastraszeni, wszędzie szerzy się donosicielstwo, łapówkarstwo, konformizm i karierowiczostwo. Literatura i sztuka podporządkowane są polityce państwa. Panoszy się wszechwładne panowanie cenzury, która niezwykle dokładnie kontroluje działania pisarzy. W powieści reprezentuje ją Stołeczna Komisja Nadzoru Widowisk (czyli Główny Urząd Kontroli Widowisk i Repertuaru).
- wątek diabelski - Woland i jego świta (Azazello, Behemot, Korowiow-Fagot i Hella) stanowią jeden z najważniejszych elementów organizujących świat przedstawiony. Autor wprowadza ich w groteskową rzeczywistość Moskwy, aby zorganizowali tam doroczny bal u szatana. Pojawienie się ich w totalitarnym państwie pociąga za sobą niemożliwe do przewidzenia skutki. Paradoksalnie, wbrew tradycji, nie szerzą oni zła, lecz go demaskują i wymierzają sprawiedliwą karę złoczyńcom. Siły nieczyste zjawiają się wszędzie tam, gdzie zostają przekroczone normy moralne. Ich ofiarami padają przede wszystkim wszelkiego rodzaju donosiciele, aferzyści, łapówkarze, karierowicze i malwersanci. Bułhakow pokazuje jednak, ze nawet szatan okazuje się bezsilny wobec systemu totalitarnego i nie jest w stanie go obalić. Może jedynie nim zachwiać, co też próbuje Woland czynić. Wprowadzenie tego wątku staje się pretekstem do poruszenia odwiecznego problemu walki dobra ze złem. W "Mistrzu i Małgorzacie" traci swój sens tradycyjne pojęcie zła, ponieważ staje się ono odmianą dobra. Ważną rolę odgrywa tutaj motto powieści zaczerpnięte z "Fausta" Goethego: "Jam częścią tej siły, która wiecznie zła pragnąc, wiecznie czyni dobro". Według Bułhakowa zło nie tkwi w ludzkiej naturze, tylko w systemie, któremu człowiek jest podporządkowany.
- wątek biblijny - "Mistrz i Małgorzata" to także powieść o dziejach Jeszui Ha-Nocri, który przypomina Jezusa Chrystusa, oraz prokuratora Judei Poncjusza Piłata, który wbrew swoim przekonaniom skazał go na śmierć. Ogromne wyrzuty sumienia, nie zagłuszone nawet symbolicznym umyciem rąk po ogłoszeniu wyroku, spowodowały to, że Piłat cierpiał nawet po swojej samobójczej śmierci. Historia Piłata jest metaforą losu człowieka uwikłanego w dramat wyboru między dobre i złem, między wolą większości a własnym sumieniem. Największym złem, według Michaiła Bułhakowa, jest tchórzostwo. "Tchórzostwo nie jest jedną z najstraszliwszych ułomności, ono jest ułomnością najstraszliwszą". Pod jego wpływem człowiek dopuszcza się wielu niegodnych czynów. Staje się nieuczciwy wobec samego siebie i ulega presji innych. W wyniku słabości dopuszcza się zła. Może jednak liczyć na przebaczenie i miłosierdzie, jeśli tylko zda sobie sprawę ze swojej winy i będzie żałował dopuszczonych się wykroczeń. W końcowej części powieści Mistrz z inicjatywy Wolanda uwolni Piłata od cierpień trwających ponad dwa tysiące lat.
