Lata 1959-1960 przyniosły intensywne negocjacje pomiędzy Stanami Zjednoczonymi i Organizacją Europejskiej Wspólnoty Gospodarczej (OEEC). Stały się one zapowiedzią nowej polityki Waszyngtonu wobec Europy, a ich celem miało być zapobieganie podziałowi gospodarczemu Europy. Celem władz USA była także liberalizacja przepływu usług, obrotu towarowego oraz kapitału w obrębie większej organizacji o charakterze gospodarczym. Rozmowy zakończyło podpisanie (14 grudnia 1960 r.) przez Stany Zjednoczone, Kanadę oraz reprezentantów osiemnastu państw zrzeszonych w OEEC układu. Na jego mocy powołano do życia Organizację Współpracy i Rozwoju Gospodarczego (OECD) z siedzibą mieszczącą się w Paryżu.

Prezydent USA Kennedy opracował plan dotyczący ustanowienia partnerstwa atlantyckimi między Stanami Zjednoczonymi a krajami Europy Zachodniej. Plan ten został przedstawiony w orędziach do Kongresu oraz w wygłoszonym w Filadelfii przemówieniu. Po pierwsze, w sferze zagadnień ekonomicznych, partnerstwo miałoby polegać na zupełnym zniesieniu ceł na produkty przemysłowe (ich łączna produkcja w EWG i USA wynosiła 80% w skali globalnej). Dyskusja nad tym problemem miała być prowadzona w ramach GATT (Ogólnego Układu w sprawie Ceł i Handlu). Rokowania te rozpoczęły się w maju roku 1963 i znalazły swoje miejsce w historii jako tzw. runda Kennedy'ego (1963 - 1967). Militarny aspekt planu Kennedy'ego został sprecyzowany w grudniu 1962 roku. Partnerstwo atlantyckie miało być realizowane poprzez utworzenie przez państwa należące do NATO, tzw. Wszechstronnych Sił Nuklearnych (MLF). Miałyby się one składać z floty okrętów podwodnych państw zrzeszonych w MLF. Okręty te zostałyby wyposażone w amerykańskie pociski balistyczne z głowicą jądrową "Polaris". W taki oto sposób państwa należące do Wszechstronnych Sił Nuklearnych współdecydowałyby o użyciu nuklearnych głowic. W planach Amerykanów militarne partnerstwo atlantyckie przyczyniłoby się do wzmocnienia pozycji Londynu. W ten oto sposób Wielka Brytania stałaby się czynnikiem równowagi europejskiej. Ograniczałaby swobodę działania Francji oraz Republiki Federalnej. Nic zatem dziwnego, że ten propozycja współpracy atlantyckiej w najmniejszym stopniu odpowiadał Francji. Plan ten miał bowiem przede wszystkim popierać i stymulować brytyjskie przystąpienie do EWG. Zaproponowana przez USA forma współpracy nie była wcale korzystna dla gospodarki francuskiej. Gdyby całkowicie zniesiono lub jedynie zredukowano o połowę zewnętrzne taryfy celne EWG, rynek wspólnoty zostałby otworzony na znacznie tańsze amerykańskie produkty rolne oraz towary przemysłowe. Projekt utworzenia MLF spotkał się z entuzjazmem tylko w RFN. Natomiast w pozostałej części Europy Zachodniej pomysł przyjęto z rezerwą. Dla Francji oznaczałby poddanie francuskich sił nuklearnych pod kontrolę NATO. Dla Bonn projekt skutkowałby utrzymaniem wojskowej zależności Bonn od Waszyngtonu. W wyniku tych francusko - amerykańskich nieporozumień wśród zwolenników integracji wytworzył się podział. Powstały dwa stronnictwa: gaullistów i atlantydów. Podział ten został przezwyciężony dopiero w drugiej połowie lat sześćdziesiątych. Dla gaullistów fundament przyszłej polityki europejskiej stanowić miała być współpraca Francji z Republiką Federalną Niemiec. Gaulliści nie zgadzali się na rozszerzenie Europejskiej Wspólnoty Gospodarczej o Wielką Brytanię oraz Brytyjską Wspólnotę Narodów. Uzasadniano to tym, że gdyby zrealizowano taką ideę, to wzmocnieniu uległby amerykańskie wpływy w Europie. Atlantydzi posiadali inne zdane na ten temat. Dla nich celem utworzenie było "Europy atlantyckiej", podporządkowanej Stanom Zjednoczonym, a w której wizja zjednoczenia Niemiec byłaby bardzo odległą perspektywą.

Początkowo sukcesy odnosili gaulliści. Dzięki wetu de Gaulle'a (14 stycznia 1963 r.), piętnaście dni potem przerwano rokowania dotyczące przyjęcia Wielkiej Brytanii do Wspólnot Europejskich. Przedmiotem sporu stały się zasady polityki rolnej EWG. Polegały one na wprowadzeniu opłat wyrównawczych na miejsce dotychczasowych ceł, subwencji i ograniczeń przywozowych. Te z państw EWG, które chciałyby sprowadzać towary spoza Wspólnoty, musiałyby przekazać do funduszu pomocy dla rolników z EWG różnicę między niższą ceną światową (kształtowaną przez USA, Australię, Nową Zelandię i Kanada) a wyższą ceną w EWG. Zatem wraz ze zmniejszaniem się cen światowych, wzrostowi ulegały opłaty wyrównawcze. Mechanizm działał w obie strony. Opłaty wyrównawcze były najbardziej korzystne dla rolników francuskich, którzy stanowili najliczniejszą grupę spośród rolników EWG. Zatem ponieważ mimo wyższych kosztów produkcji, ceny brytyjskich produktów rolnych były zbliżone do cen światowych, rolnictwo brytyjskie musiałoby być subwencjonowane. Brytyjczycy nie zamierzali się zgodzić na natychmiastowe przyjęcie opłat wyrównawczych, chcieli aby opłaty te były wprowadzane stopniowo. Byłoby to najbardziej korzystne dla rolników z Wysp Brytyjskich. W Londynie liczono także po cichu na uzyskanie od EWG przywilejów handlowych dla państw Commonwealthu. Choć takimi przywilejami cieszyły się (na mocy traktatu rzymskiego) tereny zamorskie Francji, Belgii, Włoch i Holandii. Jednak rząd francuski nie zgodził się na spełnienie żadnego z oczekiwań Brytyjczyków i właśnie w sposób bezpośredni przyczyniło się do klęski rozmów negocjacyjnych. Francuzi obawiali się, że po przystąpieniu Wielkiej Brytanii do EWG, Amerykanom uda się zrealizować plan atlantyckiego partnerstwa. A do tego w Paryżu nie chciano dopuścić. 21 grudnia 1962 r. USA i Wielka Brytania podpisały w Nassau na Bahamach układ w sprawie dwustronnych sił nuklearnych. Natomiast osiem dni po zawetowaniu przez Francję przystąpienia przez Wielką Brytanię do EWG, tj. 22 stycznia 1963 r., podpisano tzw. traktat elizejski. Był to traktat o mający zainicjować współpracę pomiędzy Francją a Republiką Federalną. Uzgodniono w nim, że obie strony będą odbywać co pół roku wzajemne konsultacje ma najwyższym szczeblu. Miały one dotyczyć polityki zagranicznej oraz prób koordynacji doktryn militarnych. Ten traktat uznano za niezwykle istotny krok w kierunku zjednoczenia politycznego Starego Kontynentu.

Jednak zwycięstwo gaulizmu było tylko pozorne. Rządu francuski został zaskoczony dołączeniem do ustawy ratyfikującej traktat preambuły, która umniejszała znaczenie polityczne traktatu elizejskiego. Rząd federalny uczynił to pod naciskiem USA. Nowa preambuła zapowiadała, iż RFN będzie dążyć do ścisłego partnerstwa ze Stanami Zjednoczonymi, a także do zjednoczenia sił zbrojnych NATO i wsparcia dalszej integracji gospodarczej Wspólnot Europejskich z uwzględnieniem Wielkiej Brytanii w tym procesie. 16 maja 1963 r. Bundestag jednomyślnie przyjął ten projekt.

Kryzys w łonie EWG osiągnął swe apogeum w latach 1965-1966, a jego przyczyną stały się przede wszystkim różnice poglądowe i odmienne interesy w zakresie polityki rolnej. RFN i kraje Beneluksu chciały redukcji ceł wewnętrznych na towary przemysłowe. Natomiast Francja i Włochy uzależniały ją od obniżki ceł na produkty rolne. Stronom nie udało się uzyskać porozumienia w zakresie wspólnych cen produktów rolnych i źródeł, z których miała by być finansowana wspólna polityka rolna. W efekcie tego obniżanie się ceł na towary przemysłowe następowało szybciej niż redukcja ceł na produkty rolne.

W dniach od 14 do 15 grudnia 1964 roku przyjęto na posiedzeniu Rady Ministrów EWG tzw. plan Mansholta (był to Holender pełniący funkcję komisarza EWG do spraw rolnictwa). Plan dotyczył wprowadzenia przez państwa EWG wspólnych cen na produkty rolne. Zaczęły one obowiązywać począwszy od 1 lipca 1967 r. jednak kwestią nierozwiązaną nadal pozostawały źródła finansowania wspólnej polityki rolnej. Francja była przeciwna, aby wkłady poszczególnych państw zostały zastąpione przez środki własne Wspólnoty (czyli opłaty wyrównawcze, cła zewnętrzne), bo w wyniku tego utworzyłby się odrębny budżet. Francja sprzeciwiała się temu z obawy przed wzmocnieniem czynnika ponadpaństwowego we Wspólnocie. Od stycznia 1966 miały wejść w życie postanowienia traktatu rzymskiego dotyczące EWG. A ponieważ umożliwiały one podejmowanie decyzji kwalifikowaną większością, pozostałe państwa europejskie miały nadzieję na przegłosowanie stanowiska Francji. Wobec tego od lipca 1965 r. Paryż zaczął uprawiać politykę "pustego stołu" i czynił to aż do stycznia 1966 r. W tym okresie Francja nie uczestniczyła w posiedzeniach Rady Ministrów. W trakcie posiedzenia rady w Luksemburgu zadecydowano jednak o utrzymaniu zasady jednomyślności w sprawach dotyczących szczególnych interesów państw członkowskich. Kryzys został zażegnany cztery miesiące później. Wspólną politykę, za porozumieniem stron, finansować miano z opłat wyrównawczych oraz z wkładów własnych państw członkowskich.

Dzięki osiągnięciu kompromisu, w dniu 1 lipca 1968 r. całkowicie zniesiono cła między państwami członkowskimi na prawie wszystkie produkty rolne i towary przemysłowe. Zatem pełna unia celna EWG powstała półtora roku wcześniej niż to przewidywał traktat rzymski. Dokonano także ostatecznego dostosowania ceł narodowych do wspólnej taryfy celnej. Wszystkie państwa Wspólnoty obowiązywały jednakowe stawki celne przy imporcie towarów z państw trzecich. Państwom członkowskim EWG nie udało się jednak utworzyć w przewidywanym przez traktat rzymski terminie (czyli do 31 grudnia roku 1969 lub 1972) wspólnego rynku dla towarów przemysłowych i produktów rolnych.

Także w sferze zarządzania postępowała integracja. Jej przejawem był układ (wszedł w życie z dniem 1 lipca 1967r.) o połączeniu organów najważniejszych a zarazem odrębnych dotychczas władzy ustawodawczej i wykonawczej Wspólnot. Rada Ministrów została nowym organem władzy ustawodawczej dla trzech wspólnot. Natomiast Komisja - nowym wspólnym organem wykonawczym. Obie instytucje swe siedziby miały w Brukseli. Pozostałe wspólne organy nie zostały przeniesione do nowych siedzib. W Strasburgu nadal obradował w Parlament Europejski (od 1957 r.), organ kontrolny a zarazem doradczy (obrady komisji parlamentarnych nadal miały odbywać się w Luksemburgu). Siedziby, którą od roku 1957 był Luksemburg, nie zmienił także Trybunał Sprawiedliwości.

Trzy lata wcześniej niż to przewidywał traktat z 1 stycznia 1967 r., zostało zakończone znoszenie ceł na towary przemysłowe oraz ograniczenia ilościowe pomiędzy wszystkimi krajami Europejskiego Stowarzyszenia Wolnego Handlu (EFTA). Wyjątek stanowiła Portugalia (miała ona zakończyć ten proces do końca roku 1979, ale wskutek problemów gospodarczych tego kraju termin ten potem przedłużono). W ten sposób powstała strefa wolnego handlu.