W latach 1959-1960 miały miejsce intensywne pertraktacje między Stanami Zjednoczonymi i Organizacją Europejskiej Wspólnoty Gospodarczej (OEEC). Stały się one zapowiedzią nowej polityki Waszyngtonu wobec Europy, a ich celem było zapobieganie podziałowi gospodarczemu Europy. Celem władz USA była także liberalizacja przepływu usług, obrotu towarowego oraz kapitału w obrębie większej organizacji o charakterze gospodarczym. Rozmowy zakończyło podpisanie (14 grudnia 1960 r.) przez Stany Zjednoczone, Kanadę oraz reprezentantów osiemnastu państw zrzeszonych w OEEC układu. Na jego mocy powołano do życia Organizację Współpracy i Rozwoju Gospodarczego (OECD), którego siedziba znajdowała się w Paryżu.

Prezydent USA Kennedy opracował plan dotyczący ustanowienia partnerstwa atlantyckimi między Stanami Zjednoczonymi a krajami Europy Zachodniej. Plan ten został przedstawiony w orędziach do Kongresu (w dniach 11 i 25 stycznia 1962 r.) oraz w wygłoszonym w Filadelfii przemówieniu (4 lipca 1962 r.). Po pierwsze, w sferze zagadnień ekonomicznych, partnerstwo miałoby polegać na zupełnym zlikwidowaniu ceł na produkty przemysłowe (ich łączna produkcja w EWG i USA wynosiła 80% w skali globalnej). Dyskusja nad tą kwestią miała być prowadzona w ramach GATT (Ogólnego Układu w sprawie Ceł i Handlu). Rokowania te rozpoczęły się w maju roku 1963 i zapisały się w historii jako tzw. runda Kennedy'ego (1963 - 1967). Militarny aspekt planu Kennedy'ego został sprecyzowany w grudniu 1962 roku. Partnerstwo atlantyckie miało się realizować w utworzeniu przez państwa należące do NATO, tzw. Wszechstronnych Sił Nuklearnych (MLF). Miałyby się one składać z floty okrętów podwodnych państw zrzeszonych w MLF. Okręty te zostałyby wyposażone w "Polaris" - amerykańskie pociski balistyczne z głowicą jądrową. W taki oto sposób państwa należące do Wszechstronnych Sił Nuklearnych mogłyby współdecydować o użyciu nuklearnych głowic. W zamierzeniu Amerykanów militarne partnerstwo atlantyckie przyczyniłoby się do wzmocnienia pozycji Londynu. W taki sposób Wielka Brytania stałaby się czynnikiem równowagi. Ograniczałaby swobodę działania Francji i Republiki Federalnej. Nic więc dziwnego, że ten projekt atlantyckiej współpracy w najmniejszym stopniu odpowiadał Francji. Plan ten miał bowiem przede wszystkim popieranie i stymulowanie brytyjskiego przystąpienia do EWG. Zaprezentowana przez USA forma współpracy nie była wcale korzystna dla gospodarki francuskiej. Gdyby całkowicie zniesiono lub tylko zredukowano o połowę zewnętrzne taryfy celne EWG, rynek wspólnoty zostałby otworzony na znacznie tańsze amerykańskie produkty rolne oraz towary przemysłowe. Natomiast projekt utworzenia MLF spotkał się z entuzjazmem tylko w RFN. Natomiast w pozostałej części Europy Zachodniej pomysł przyjęto z rezerwą. Dla Francji oznaczałby poddanie francuskich sił nuklearnych pod kontrolę NATO. Dla Bonn projekt oznaczałby utrzymanie wojskowego zwierzchnictwa Waszyngtonu nad Bonn. W wyniku tych francusko - amerykańskich kontrowersji doszło do podziału wśród zwolenników integracji. Powstały dwa obozy: atlantydów i gaullistów. Podział ten został przezwyciężony dopiero w drugiej połowie lat sześćdziesiątych. Dla gaullistów fundamentem przyszłej polityki europejskiej miała być współpraca Francji z Republiką Federalną Niemiec. Gaulliści nie zgadzali się na pomysł rozszerzenia Europejskiej Wspólnoty Gospodarczej o Wielką Brytanię i Brytyjską Wspólnotę Narodów. Argumentowano, że gdyby zrealizowano taką ideę, to wzmocnieniu uległby amerykańskie wpływy w Europie. Całkiem przeciwne stanowisko zajmowali Atlantydzi. Dla nich celem utworzenie było "Europy atlantyckiej", podporządkowanej Stanom Zjednoczonym, a w której wizja zjednoczenia Niemiec byłaby bardzo odległa.

Początkowe sukcesy przypadły w udziale gaullistom. Dzięki wetu de Gaulle'a (14 stycznia 1963 r.), po piętnastu dniach przerwano rokowania dotyczące przyjęcia Wielkiej Brytanii do Wspólnot Europejskich (toczyły się one od ponad roku). Przedmiotem sporu stały się zasady polityki rolnej EWG. Polegały one na wprowadzeniu opłat wyrównawczych na miejsce dotychczasowych ceł, subwencji i ograniczeń przywozowych. Te z państw EWG, które chciałyby sprowadzać towary spoza Wspólnoty, musiałyby przekazać do funduszu pomocy dla rolników z EWG różnicę między niższą ceną światową (kształtowaną przez USA, Australię, Nową Zelandię i Kanada) a wyższą ceną w EWG. Zatem wraz ze zmniejszaniem się cen światowych, wzrostowi ulegały opłaty wyrównawcze. Mechanizm działał w obie strony. Opłaty wyrównawcze były najbardziej korzystne dla rolników francuskich, którzy spośród rolników EWG stanowili najliczniejszą grupę. Zatem ponieważ mimo wyższych kosztów produkcji, ceny brytyjskich produktów rolnych były zbliżone do cen światowych, rolnictwo brytyjskie musiałoby być subwencjonowane. Strona brytyjska nie zamierzała się zgodzić na natychmiastowe przyjęcie opłat wyrównawczych, chciałaby by opłaty te były stopniowo wprowadzane. Byłoby to najbardziej korzystne dla tamtejszych rolników. W Londynie liczono także na uzyskanie od EWG przywilejów handlowych dla państw Commonwealthu. Takimi przywilejami cieszyły się (na mocy traktatu rzymskiego) tereny zamorskie Francji, Włoch, Belgii i Holandii. Jednak Paryż nie zgodził się na spełnienie żadnego z oczekiwań Brytyjczyków i właśnie w sposób bezpośredni przyczyniło się do fiaska negocjacji. Francuzi obawiali się, że po przystąpieniu Wielkiej Brytanii do EWG, Amerykanom uda się zrealizować plan atlantyckiego partnerstwa. A do tego w Paryżu nie chciano dopuścić. 21 grudnia 1962 r. USA i Wielka Brytania podpisały w Nassau na Bahamach układ w sprawie dwustronnych sił nuklearnych. Natomiast osiem dni po zawetowaniu przez Francję przystąpienia przez Wielką Brytanię do EWG, czyli 22 stycznia 1963 r., został podpisany tzw. traktat elizejski. Był to traktat o współpracy między Francją a Republiką Federalną. Uzgodniono w nim, że obie strony będą odbywać co pół roku wzajemne konsultacje ma najwyższym szczeblu. Dotyczyłyby one polityki zagranicznej oraz prób koordynacji doktryn militarnych. Ten traktat uznano za niezwykle istotny krok w kierunku zjednoczenia politycznego Starego Kontynentu.

Jednak zwycięstwo gaulizmu było pozorne. Zaskoczenie rządu francuskiego wywołało dołączenie do ustawy ratyfikującej traktat preambuły, która umniejszała znaczenie polityczne traktatu elizejskiego. Rząd federalny, pod naciskiem USA, zaakceptował preambułę, która zapowiadała, że RFN będzie dążyć do ścisłego partnerstwa ze Stanami Zjednoczonymi, a także integracji sił zbrojnych NATO i wsparcia dalszej integracji gospodarczej Wspólnot Europejskich z uwzględnieniem Wielkiej Brytanii w tym procesie. 16 maja 1963 r. Bundestag jednomyślnie przyjął ten projekt.

Kryzys w łonie EWG osiągnął swe apogeum w latach 1965-1966. jego przyczyną były przede wszystkim różnice poglądowe i odmienne interesy w zakresie polityki rolnej. RFN i kraje Beneluksu dążyły do redukcji ceł wewnętrznych na towary przemysłowe. Natomiast Francja i Włochy uzależniały taką redukcję od obniżki ceł na produkty rolne. Stronom nie udało się uzyskać porozumienia w zakresie wspólnych cen produktów rolnych i źródeł, z których miała by być finansowana wspólna polityka rolna. W efekcie tego obniżanie się ceł na towary przemysłowe następowało szybciej niż redukcja ceł na produkty rolne.

W dniach 14 i 15 grudnia 1964 roku na posiedzeniu Rady Ministrów EWG przyjęto tzw. plan Mansholta (był to Holender pełniący funkcję komisarza EWG do spraw rolnictwa). Plan przewidywał wprowadzenie przez państwa EWG wspólnych cen na artykuły rolne. Zaczęły one obowiązywać począwszy od 1 lipca 1967 r. jednak kwestią nierozwiązaną nadal pozostawały źródła finansowania wspólnej polityki rolnej. Francja była przeciwna , by wkłady poszczególnych państw zostały zastąpione przez środki własne Wspólnoty (czyli opłaty wyrównawcze, cła zewnętrzne), w wyniku czego utworzyłby się odrębny budżet. Francja sprzeciwiała się temu z obawy przed wzmocnieniem czynnika ponadpaństwowego we Wspólnocie. Od stycznia 1966 wchodziły w życie postanowienia traktatu rzymskiego dotyczące EWG. Jako że umożliwiały one podejmowanie decyzji kwalifikowaną większością, pozostałe państwa europejskie miały nadzieję na przegłosowanie stanowiska Francji. Wobec tego od lipca 1965 r. Paryż zaczął uprawiać politykę "pustego stołu" - aż do stycznia 1966 r. Francja nie uczestniczyła w posiedzeniach Rady Ministrów. W trakcie posiedzenia rady w Luksemburgu zadecydowano jednak, że zasada jednomyślności w sprawach dotyczących szczególnych interesów państw członkowskich zostanie utrzymana. Kryzys udało się jednak zażegnać cztery miesiące później. Wspólną politykę, za porozumieniem stron, finansować miano z opłat wyrównawczych oraz z wkładów własnych państw członkowskich.

Dzięki osiągnięciu kompromisu, w dniu 1 lipca 1968 r. całkowicie zniesiono cła pomiędzy państwami będącymi członkami wspólnot na prawie wszystkie produkty rolne i towary przemysłowe. Zatem pełna unia celna EWG powstałą półtora roku wcześniej niż to przewidywał traktat rzymski. Dokonano także ostatecznego dostosowania ceł narodowych do wspólnej taryfy celnej. Wszystkie państwa Wspólnoty obowiązywały jednakowe stawki celne przy imporcie towarów z państw trzecich. Państwom członkowskim EWG nie udało się jednak utworzyć w terminie, jaki przewidywał traktat rzymski (czyli do 31 grudnia roku 1969 lub 1972) wspólnego rynku dla towarów przemysłowych i produktów rolnych.

Także w sferze zarządzania postępowała integracja. Jej przejawem był układ (wszedł w życie z dniem 1 lipca 1967r.) o połączeniu organów najważniejszych a zarazem odrębnych dotychczas władzy ustawodawczej i wykonawczej Wspólnot. Rada Ministrów została nowym organem władzy ustawodawczej dla trzech wspólnot. Natomiast Komisja - nowym wspólnym organem wykonawczym. Obie instytucje swe siedziby miały w Brukseli. Pozostałe wspólne organy nie zostały przeniesione do nowych siedzib. W Strasburgu nadal swoją siedzibę miał Parlament Europejski (od 1957 r.), organ kontrolny a zarazem doradczy (posiedzenia komisji parlamentarnych nadal miały się odbywać w Luksemburgu). Siedziby, którą od roku 1957 był Luksemburg, nie zmienił także Trybunał Sprawiedliwości.

Na trzy lata wcześniej przed przewidywaniami traktatu sztokholmskiego, czyli 1 stycznia 1967 r., zostało zakończone znoszenie ceł na towary przemysłowe oraz ograniczenia ilościowe pomiędzy wszystkimi krajami Europejskiego Stowarzyszenia Wolnego Handlu (EFTA). Wyjątek stanowiła Portugalia (miała ona zakończyć ten proces do końca roku 1979, ale wskutek problemów gospodarczych tego kraju termin ten potem przedłużono). W taki sposób powstała strefa wolnego handlu.