Już w średniowieczu powstały pierwsze oznaki prób reformy Kościoła. Ich zwolennicy podważali m.in. prawo papiestwa do rządzenia nad chrześcijańskim światem. Papież i jego stronnicy szybko radzili sobie z tymi prądami. Tylko problem Czech, gdzie rozwinął się husytyzm, był solą w oku papieża. W XVI wieku kryzys wewnętrzny stał się tak widoczny, że nie dało się go ukryć. Jego skutkiem było w różnych krajach europejskich niezależnych od papieża organizacji kościelnej.

Marcin Luter żyjący w latach 1483-1546 jest uznawany za pierwszego i najważniejszego przedstawiciela reformacji, nie tylko na terenie Niemiec, ale i w całej Europie. W 1517 roku przywiesił on na drzwiach katedry w Wittenberdze tzw. 95 tez (tak przyjmuje tradycja), które krytykowały nadużycia związane z udzielaniem odpustów. W dwa lata po tym zdarzeniu Luter oficjalnie zerwał z papieżem i Kościołem katolickim. Luter propagował tezę powrotu do Kościoła z pierwszych wieków chrześcijaństwa. Za główny autorytet w kwestiach wiary uznał Pismo Święte, a co za tym idzie przekreślił wartość autorytetu Ojców Kościoła, uchwał kolejnych soborów oraz opinię papieży, czyli wszystko co tworzy tzw. tradycję. Dopuścił wszystkich wiernych do interpretowania słów zawartych w Biblii. Zbawienie każdego człowiek uzależniał jedynie od wiary, nie od uczynków. Krytykował sakramenty jako środek władzy duchowieństwa nad świeckimi. Zredukował ich do dwóch: chrztu oraz komunii świętej, którą udzielał pod dwoma postaciami osobom duchownym i reszcie wiernych. Żądał też reformy klasztorów, aby były one szkołami myśli chrześcijańskiej, a także umożliwienie księżom posiadania żon oraz zabranie Kościołowi posiadanych przez niego majątków ziemskich. Chciał, aby księża bardziej interesowali się sprawami własnej parafii.

Społeczeństwo niemieckie szybko podchwyciło te hasła. Popularność luteranizmu w całych Niemczech była od samego początku niezwykła, ponieważ idee Lutra trafiły na podatny grunt. Ruch reformacyjny był po myśli części książąt niemieckich, którzy zauważyli w nim możliwość wzmocnienia swojej władzy. Tymczasem rycerstwo, zainteresowało się nim ze względu na to, że był to sposób na przejęcie majątków kościelnych. Mieszkańcy miast zaś mieli dosyć wnoszenia wysokich opłat na cele Kościoła. Niemieccy chłopi wierzyli, że reformacja przyniesie ze sobą szansę zmiany na lepsze ich własnego położenia. W latach 1524-1525 chłopi niemieccy wystąpili zbrojnie z połączonymi hasłami reformacji i zmian socjalnych. Była to wystąpili tzw. wielka wojna chłopska. Zakończyła się ona gorzkim rozczarowaniem chłopów, gdyż nawet Luter poparł jej krwawe stłumienie.

Reformacja wyrażała potrzebę ówczesnego człowieka do zbliżenia z Bogiem i była reakcją na sformalizowane obrzędy pod koniec epoki średniowiecznej. Narodowe ambicje i aspiracje zostały wyrażone po przez wprowadzenie języka niemieckiego w liturgii oraz przetłumaczenie na ten język Biblii. Wynalazek druku posłużył propagandzie luteranizmu, a ten prąd przyczynił się po przez duże nakłady pism ulotnych rozwojowi drukarstwa. Idee luteranizmu doprowadziły do rozwoju szkolnictwa na wszystkich szczeblach od elementarnego do uniwersyteckiego. Na tym polu działał znany wykładowca języka greckiego oraz teolog, Filip Melanchton (1497-1560), współpracownik Lutra. To jemu udało się dokonać zmian w szkolnictwie uniwersyteckim. Według jego wskazówek zreformowano uniwersytety w: Wittenberdze, Jenie, Tybindze, Lipsku i Heidelbergu oraz utworzono uniwersytet w Królewcu.

W połowie XVI wieku luteranizm osiągnął duże znaczenie w krajach skandynawskich, a ich władcy w zależnej im organizacji kościelnej uzyskali stałe poparcie dla tronu. Inaczej stało się w Szwajcarii i Niderlandach, gdzie dominującą warstwą było bogate i wykształcone mieszczaństwo, które zostało poparte przez kalwinizm.

Twórca tego prądu -Jan Kalwin (1509-1564) żył w połowie XVI wieku w Szwajcarii. Głównym założeniem jego doktryny była teoria o predestynacji, która mówiła, że Bóg gdy stwarzał świat dokonał podziału wszystkich ludzi na wybranych i potępionych, a ich postępowanie w życiu na ziemi jest tylko dowodem tego podziału. Ludzie zostają potępieni nie dlatego iż grzeszą, ale grzeszą dlatego iż Bóg ich potępił zanim zdążyli się jeszcze narodzić. O wiele radykalniejsze od luteranizmu było stanowisko kalwinizmu wobec dogmatów i obrzędów Kościoła katolickiego. Podobnie jak Luter Kalwin uznawał tylko dwa sakramenty. Jednak sprzeciwiał się możliwości przeistoczenia się chleba i wina w ciało i krew Chrystusa. Nakazywał pracę i działanie, bowiem każdy człowiek powinien starannie wykonywać to co wyznaczył mu Bóg. Propagował rezygnację z przyjemności i cnotliwe życie, które podporządkowywał Kościołowi. Nakazywał odpoczywanie w dni świąteczne, a szczególnie w niedzielę oraz zakaz małżeństw z wyznawcami innych religii. Kalwin nie protestował przy pobieraniu oprocentowania przy pożyczkach, co średniowieczny Kościół uważał za lichwę. Bogactwo upatrywał za nagrodę za bojaźliwe życie oraz zapowiedź zbawienia.

Organizacja luterańskiego Kościoła była mniej demokratyczna od kalwińskiej. W luteranizmie było tak, że o istotnych rzeczach decydował władca, zaś w kalwinizmie było inaczej - tu decyzje podejmował ogół wyznawców. To zgromadzenie złożone parafian wybierało pastorów i dokonywało wyboru seniorów pochodzących z osób świeckich, którzy w imieniu wiernych prowadzili zarząd gminą kalwińską. Kalwinizm znalazł zwolenników pomiędzy szlachtą i magnaterią, gdyż w pewnym stopniu uniezależnił te warstwy od króla, a także dopuszczał możliwość oporu w stosunku do władcy, głównie wtedy, gdy ten próbowałby narzucać poddanym swoją wiarę. Ta oparta na twardych zasadach polityka kalwińska doprowadziła do powstania nowego typu kultury, która do naszych czasów wpływa głównie na anglosaskie społeczeństwa.

W 1534 roku król angielski Henryk VIII panujący w latach 1509-1547, znany z tego, że miał w trakcie swojego życia aż sześć żon, ogłosił tzw. Akt o supremacji, na mocy którego został głową Kościoła narodowego odłączając się od Kościoła ze stolicą w Rzymie. Powstały na terenie wysp brytyjskich anglikanizm wzmocnił władzę monarchy. Doszło do skonfiskowania dóbr kościelnych i zlikwidowania zakonów, ale utrzymano katolicką hierarchię duchowną na czele z biskupami, którzy jednak musieli zgodzić się zamienić zwierzchnictwo papieża na króla. Zniesiono celibat księży. Pastorzy zaczęli udzielać komunii pod dwoma postaciami, a w obrzędach religijnych używali język angielski. To właśnie protestancka Anglia miała w najbliższym czasie stoczyć walkę polityczną z katolicką Hiszpanią.

Zwolennicy nowej religii zostali nazwami ogólnie protestantami, ponieważ na sejmie Rzeszy Niemieckiej w Spirze1529 roku wystąpili przeciw uchwalonym tam postanowieniom, które zabraniały zmian w sprawach kościelnych. Konflikty na tle wyznania stały się przyczyną wybuchu wojen religijnych, które rozprzestrzeniły się na tereny Niemiec, a nawet sąsiadującą z nimi Francję. W Niemczech wojny te zakończyły się w 1555 roku pokojem w Augsburgu. Pokój ten przyznał książętom prawo do narzucania poddanym swojego wyznania według zasady- Cuius regio eius religio, czyli czyj kraj, tego religia.

W całej Francji wojny toczyły się z przerwami do końca XVI wieku. Doprowadziłyy do śmierci wielu ludzi po obu stronach i strat materialnych. Przedstawicielami walczących ze sobą obozów były dwie dynastie królewskie, panujący Walezjusze - sprzymierzeńcy katolicyzmu i Burbonowie - zwolennicy kalwinizmu. Najkrwawszym z tych wydarzeń była Noc św. Bartłomieja23 na 24 sierpnia 1572 roku, kiedy to rozdrażniony motłoch paryski dokonał rzezi na przybyłych na wesele Henryka de Bourbona i Małgorzaty de Valois zwolenników francuskiej odmiany kalwinizmu, czyli hugenotów. Kresem wojen religijnych we Francji stał się dopiero edykt w Nantes1598 roku, w którym król Francji w latach 1589-1610, Henryk IV de Bourbon przyznał francuskim kalwinom wolności religijne, ale w stopniu ograniczonym.