w XII i XIII w. niektóre ze słynniejszych szkół we Francji, Włoszech, Niemczech i Anglii przekształciły się w uniwersytety, czyli autonomiczne wyższe uczelnie, które dzięki otrzymanym przywilejom (papieskim, cesarskim lub królewskim) nie podlegały jurysdykcji lokalnych władz świeckich i kościelnych. Najsłynniejsze uniwersytety, w których wykładali sławni mistrzowie, przyciągały setki studentów z całej Europy. Było to tym bardziej możliwe, że językiem wykładowym była łacina.
Uniwersytet paryski (Sorbona) kształcił głównie teologów i cieszył się specjalną protekcją papieską. Studiowali tam i wykładali najwybitniejsi filozofowie i teolodzy ówczesnej Europy: Anzelm z Laon, Wilhelm z Champeaux, Piotr Abelard, Albert Wielki, św. Tomasz z Akwinu, św. Bonawentura. W Bolonii kwitło z kolei prawo, a w Salerno i Montpellier medycyna.
W XIII w. rozwinęły się także uniwersytety w Oksfordzie (nauki przyrodnicze), Cambridge, Neapolu, Tuluzie (miał przygotować teologów do zwalczania katarów), Padwie i inne.
Wzorem organizacyjnym dla większości uniwersytetów była Sorbona, która stanowiła luźną federację czterech wydziałów (sztuk wyzwolonych, teologii, prawa kanonicznego i medycyny). Na jej czele stał rektor wstępnego i najliczniejszego wydziału sztuk wyzwolonych, który kierował finansami uniwersytetu i sprawował władzę nad profesorami i studentami. W Bolonii rektora wybierali studenci.
Od XIII w. powstawanie nowych uczelni było uzależnione od zgody papieża, a studenci podlegali jurysdykcji kościelnej.
Obecnie mianem uniwersytetu określa się wyższą uczelnię nietechniczną posiadającą przynajmniej kilka wydziałów i przygotowującą kadry pracowników naukowych.
Polska i Litwa w XV wieku
Rzeczpospolita Obojga Narodów w 1569 r.