Kościół katolicki poniósł olbrzymie straty w trakcie trwania reformacji. Nadwyrężyła ona autorytet papieża oraz oderwała od wspólnoty duże ilości wiernych. Stojąc w obliczu tych faktów kościół nie miał innego wyjścia jak tylko przejść do kontrofensywy. Papież Hadrian VI (1522-1523) był pierwszym który starał się zrobić coś w tym zakresie, jednakże nie zdołał osiągnąć niczego w trakcie swojego krótkiego (jedno rocznego) pontyfikatu. Także następny papież, Klemens VII (1523-1534) koncentrował się na sprawach świeckich (wojny w Europie). Kontrreformacja rozpoczęła się dopiero podczas pontyfikatu Pawła III (1534-1549).

Do kolegium kardynalskiego zostali powołani gorliwi przeciwnicy reformacji: Contariniego, Carafy, Sadoleta i Pole'a. Wpłynęli oni na papieża tak, że w 1542 roku wydał on bullę Licet ab initio powołującą do życia Sacrum Officium (Najwyższy Trybunał Inkwizycyjny). Instytucja ta miała swe korzenie w IV wieku i jej zadaniem była walka z ludźmi i ruchami głoszącymi herezje, ludźmi parającymi się czarami, a także tymi głoszącymi teorie niezgodne z obowiązującymi dogmatami i doktryną. Inkwizycja interesowała się, między innymi, niektórymi uczonymi, teologami oraz ludźmi którzy z jakichś powodów byli niewygodni dla władz. Stosowano przy tym takie metody jak palenie na stosie, donosicielstwo, przesłuchania. Zahamowanie a potem upadek reformacji we Włoszech jest w głównej mierze zasługą Inkwizycji. Jednym z najbardziej aktywnych ludzi, którzy przyczynili się do tego był kardynał Carafa. Później został on wybrany papieżem i już jako Paweł VI (1555-1559) ogłosił Index librorum prohibitorum, czyli Indeks Ksiąg Zakazanych (w roku 1559).

Jedną z najważniejszych decyzji Pawła III, które znacznie przyczyniło się do zahamowania reformacji było powołanie nowego zakonu: Jezuitów (Towarzystwa Jezusowego). Jego założycielem i przywódcą był Ignacy Loyola (1491-1556), teolog pochodzący z Hiszpanii. Wcześniej służył on jako oficer w wojskach wicekróla Nawarry i brał udział w wojnie z Francją. Podczas jej trwania został ranny i porzucił służbę wojskową. W trakcie leczenia nawrócił się i po jego zakończeniu udał się do groty w Manresie, leżącej u podnóża Monserratu gdzie spędził dwa lata. Stworzył w tym czasie Ćwiczenia duchowne, które były podstawą do późniejszych ćwiczeń ignacjańskich.

Jednym z podstawowych zadań zakonu Jezuitów była pomoc Kościołowi i papieżowi w walce z nowo powstałymi zagrożeniami. Zakon był ściśle zhierarchizowany a jego organizacja podobna była do wojskowej. Na jego czele stał dożywotnio wybierany generał, który przebywał w Rzymie. Ci przywódcy zakony zwani byli czasem czarnymi papieżami. Członkowie zakonu wybierani byli spośród jednostek o silnej osobowości i zdolnościach intelektualnych. Przez cały czas pobierali nauki, nie tylko religijne, by dobrze rozumieć współczesny świat. Zobowiązani byli oni do bezwzględnego posłuszeństwa papieżowi (czwarty ślub). Wstępując do zakonu, nowy jego członek musiał wyrzec się wolności osobistej i całkowicie zaufać kościołowi i papieżowi. Ich mottem stawało się hasło: "Setire cum Eclesia" co znaczy "Zawsze z Kościołem". Jezuici przykładali wielką wagę do edukacji i zakładali liczne kolegia (szkoły średnie) i akademie (szkoły wyższe). W szkołach tych kładziono nacisk na regularne modlenie się i dążenie do zbawienia. Jezuici starali się wprowadzić do kościoła nowe koncepcje i metody nawracania ludzi na Katolicyzm. Działając wśród ludzi mieszkających na innych kontynentach używali elementów ich kultur podczas nauczania chrześcijaństwa. Zasada ta zwana akomodacją była skuteczna choć wywoływała liczne kontrowersje (obecnie działanie takie nazywane jest inkulturyzacją) . Zakon jezuitów był bardzo skuteczny w walce z reformacją.

Drugim ważnym wydarzeniem które miało miejsce podczas pontyfikatu Pawła III było zwołanie soboru trydenckiego. Sobór ten trwał z przerwami od roku 1545 do 1563. Przerwa w działalności soboru miała miejsce za pontyfikatu Pawła IV który uważał, że jedynie inkwizycja może zwalczyć reformacje. Papież ten był tak niepopularny, że mieszkańcy Rzymu zniszczyli wszystkie rzeźby go przedstawiające. Sobór trydencki zakończył działalność podczas pontyfikatu Piusa IV (1559-1565). Uchwały które podjęto na soborze stanowczo potępiały wszelaką reformacje oraz ustanowiły dogmat o nieomylności papieża w sprawach wiary. Oprócz tego wprowadzono reformy w kościele, które miały na celu likwidacje nadużyć i wzmocnienie go jeśli chodzi i organizacje. Trydenckie wyznanie wiary zostało ogłoszone jako obowiązkowe dla wszystkich katolików. W wyniku sobory trydenckiego w Europie nasiliła się kontrreformacja. Wkrótce też rozpoczęły się wojny religijne które oprócz pochłonięcia znaczniej liczby ofiar doprowadziły do całkowitego rozłamu w chrześcijaństwie.