Powieść "Nad Niemnem" została napisana w dobie pozytywizmu. Jednym z najważniejszych wątków poruszonych z powieści jest problem walki narodowowyzwoleńczej, a konkretnie powstania styczniowego, w którym zgodnie chwycili za broń przedstawiciele wszelkich warstw społecznych. Nic ich nie dzieliło ani majątek, ani pochodzenie społeczne, bo najważniejszy był cel, czyli niepodległość ojczyzny. Eliza Orzeszkowa w swej powieści upamiętnia to wydarzenie, a jednocześnie wskazuje wzór dla nowych pokoleń Polaków. Poprzez ten przykład Orzeszkowa próbowała stworzyć wzór zasad, jakimi powinien kierować się wzorowy obywatel. Dlatego w modelu tym nie mogło zabraknąć wartości moralnych oraz patriotyzmu. Wydanie powieści poprzedza cenzorska kontrola, jakiej podlegały wszelkie teksty wydawane w zaborze rosyjskim. Tym samym w tej powieści nie są wszelkie wartości wymieniane czy wprost nazywane. Pisarka musiała posłużyć się omówieniem, sugestią, metaforą lub symbolem. Oznacza to, że do czytelnika należało znalezienie i odpowiednie odczytanie zakamuflowanych w utworze treści. Ponadto pisarka pragnęła, by opisane przez nią wzorce wcielano w życie.

W "Nad Niemnem" opisane są dwie mogiły. Pierwsza to mogiła Jana i Cecylii. Jej dzieje sięgają XVI wieku. Z jej powstaniem związana jest opowieść przekazywana z pokolenia na pokolenie przez Bohatyrewiczów. Są to dzieje Jana i Cecylii dwojga kochanków, którzy aby być razem musieli uciec i schronić się w nadniemieńskiej puszczy. Jan był prostym człowiekiem, ale Cecylia pochodziła z zacnego rodu. Każdego dnia karczowali las, pracowali bez wytchnienia zbliżając do siebie ludzi, sami tez mieli dzieci, dlatego wkrótce na miejscu puszczy powstała wspaniała osada. Kraina, gdzie wszyscy byli szczęśliwi i szanowali pracę na roli. W osadzie panował dostatek i sprawiedliwość. Pracę Jana i Cecylii dostrzegł oraz docenił sam król Zygmunt August. Wyróżnił ich nadając herb i nazwisko Bohatyrowicze. Odtąd wnukowie Jana i Cecylii, a także kolejne pokolenia potomków tego rodu znają tą opowieść i otaczają kultem mogiłę pierwszych założycieli rodu. Poprzez przywołanie tej historii Orzeszkowa uświadamiała współczesnemu sobie czytelnikowi, że praca dla dobra ojczyzny, czy dbanie o nią to nie tylko walka wręcz, ale także sumienne wykonywanie swych obowiązków, praca dla dobra własnego i innych, dbanie o ognisko domowe. Poprzez pracę człowiek wzbogaca się wewnętrznie i uczy się stwarzać coś z innymi i dla innych. Tym samym podnosi siebie moralnie i odbudowuje ojczyznę, umacnia ją. Orzeszkowa podobnie jak pozytywiści wierzyła, że realizując te ideał można poprawić nienajlepsze stosunki społeczne skłóconego obecnie społeczeństwa, a także być może będzie to w przyszłości droga prowadząca wprost do niepodległości. Wraz z przywołanym przez autorkę symbolem mogiła wraca nadzieja w społeczny solidaryzm oraz ufność w to, iż ci, którzy są na szczycie społecznej drabiny wreszcie wyrzekną się prywaty i mani wyższości. Może wtedy warstwy wyższe zyskają godnych przywódców ludzi, którzy wykorzystają potencjał energii oraz patriotyzm drzemiący wśród chłopów. To przywołanie można też odczytywać jako apel pisarki adresowany do społeczeństwa doby pozytywizmu o zjednoczenie, choćby z uwagi na pamięć o przodkach, którzy potrafili odrzucić jakiekolwiek podziały i współtworzyć losy kraju.

Drugą z opisanych w "Nad Niemnem" mogił jest Mogiła powstańcza. Jej nazwa pisana jest w powieści dużą literą. Zapewne dlatego, że pisarka chciała podkreślić jej ważność, a przede wszystkim oddać w ten symboliczny sposób hołd poległym w walce. Symboliczne znaczenie tej Mogiły ma również znaczenie dla rodu Bohatyrewiczów i Korczyńskich, bo w Mogile pochowano ciała Andrzeja i Jerzego, którzy rzucili się do walki ramie w ramię nie patrząc na dzieląca ich przepaść w hierarchii społecznej, bo o wiele ważniejszy był cel - niepodległa Polska. Orzeszkowa udowadnia na tym przykładzie, że ojczyzna to sprawa wspólna dla wszystkich obywateli, i gdy chodzi o jej dobro nie ma czasu na waśnie czy podziały, ale trzeba działać wspólnie. Jedna warstwa społeczna, nawet najbardziej samodzielna niczego nie dokona, jeśli nie zyska ogólnego poparcia u innych. Ponadto jedna idea spaja, łączy nawet po śmierci. Jeżeli przodkowie potrafili działać jednomyślnie i razem ginąć, to dlaczego nowe pokolenia miałyby nie osiągnąć tego ideału, jakim są zgoda oraz solidaryzm społeczny.

Pisarka celowo wprowadziła do "Nad Niemnem" motyw dwóch Mogił. Oba obrazy miały przemówić do wyobraźni czytelnika, a w konsekwencji zmusić go do refleksji i zmiany postawy. Poprzez przykład z bardzo odległych (mogiła Jana i Cecylii) oraz najnowszych dziejów pokazała, że pewne wartości, takie jak: patriotyzm, szacunek dla pracy, odwaga są uniwersalne, ponadczasowe. Orzeszkowa zdaje się pytać o to, dlaczego młodzi pozytywiści mieli by być zwolnieni z realizacji tych wzorców. Pisarka apeluje o refleksję oraz realizację tych wzorców. Orzeszkowa wierzy, że są one kluczem do poprawy warunków życia, a w rezultacie do wolności.