Kozacy już XV w poczęli gromadzić się na Nadnieprzu. Pochodzili ze wszystkich narodowości i stanów, jednak przewagę wśród nich stanowili zbiegli z Rzeczpospolitej chłopi. Kozacy zajmowali się głównie rybołówstwem, hodowlą, łowiectwem, ale najistotniejszym źródłem ich dochodów, były bogactwa z łupów wojennych. Sąsiedztwo Tatarów, w jakim musieli żyć, kazało Kozakom utworzyć zwartą wojskową organizację. Kozacy dzięki temu uchodzili za pożądanego sojusznika w wypadku jakiegokolwiek konfliktu Rzeczpospolitej z Turcją lub z Tatarami, ale równocześnie mogli stać się bardzo groźnym wrogiem dla samej Rzeczpospolitej. Królowie polscy podejmowali próby wykorzystania Kozaków, w celu zabezpieczenia południowo-wschodniej granicy państwa. Podczas panowania króla Stefana Batorego w 1582 r. pewna część Kozaków objęta została żołdem Rzeczpospolitej. Był to tzw. rejestr, dlatego nazywano ich Kozacy rejestrowi. Kozacy nie objęci tym rejestrem przy postępującej kolonizacji Ukrainy, oraz wraz z powiększaniem się majątków kresowych magnatów byli traktowani jak pańszczyźniani chłopi, zmuszano ich do pracy w latyfundiach polskiej magnaterii. Z początkiem XVII w. na Ukrainie znacznie wzrosła liczba Kozaków, stąd rejestr kozacki w 1625 r. podniesiono do 6 tys. Liczba tego rejestru ulegała ciągłym zmianom. Zawierała się między 6 a 8 tyś. Jednak nigdy rejestr ów nie obejmował wszystkich Kozaków. Fakt zmuszania Kozaków do pańszczyzny a także dostrzeganie, że ci którzy są w rejestrze żyją lepiej, cieszą się wojenną sławą, mają zapewnione utrzymanie, doprowadził do wielu konfliktów i napięć. Lokalnie wybuchały kozackie bunty. W 1637 r. doszło do pierwszego dużego buntu Kozaków. Był to tzw. bunt Pawluka (1637-38) - od nazwiska jego przywódcy. Został on wkrótce stłumiony. W związku z tym sejm Rzeczpospolitej, który obradował w Warszawie, obawiając się następnych kozackich wystąpień i dostrzegając siłę w rejestrze, jaka może obrócić się przeciwko Rzeczpospolitej podjął uchwałę o zmniejszeniu rejestru. Został on ograniczono do 6 tys. Resztę Kozaków nakazał sejm traktować jak chłopów obróconych w pospólstwo. Do tej sejmowej decyzji wybitnie przyczynił się hetman Stanisław Koniecpolski. Jak się wkrótce okazało był to ogromny błąd Rzeczpospolitej, gdyż zaprzepaszczono ostatnią szansę stworzenia Rzeczpospolitej Trojga Narodów. Na skutek decyzji warszawskiego sejmu wybuchły kolejne kozackie buntu. Zostały stłumione, a Kozacy zmuszono do podporządkowania się polskiej administracji. Przez około 10 lat panował jako taki spokój, jednak cały czas miały miejsce kozackie wyprawy na tatarskie ziemie, oraz napady Tatarów na kozackie terytoria. Ukraina w tym czasie przypominała przysłowiową beczkę prochu, w której jeszcze tylko brakowało iskry do wybuchu kolejnego buntu. Kres panowania króla Władysława IV Wazy doprowadził do zaostrzenia stosunków na Ukrainie. Rosła liczba Kozaków, rozrastały się także magnackie latyfundia. Wszystko to miało wpływ na wzrost społecznych konfliktów. Władysław IV dążył do wojny z Turcją. W której to zamierzał wykorzystać Kozaków. Począwszy od 1644 r. przygotowywał anty turecką koalicję. Do owej koalicji i do wojny przeciw Turcji Władysław IV w 1646 r. postanowił włączyć Kozaków. Jednak ujawnione zostały te królewskie plany. Wszczęto rozmowy. Nadzieje na powolne zwiększanie kozackiego rejestru wywołały poruszenie na Ukrainie. Liczono na to, że z chłopów uda się zrobić żołnierzy. Na Ukrainie ogłoszono pogotowie wojenne. Polscy magnaci posiadający znaczne majątki na Ukrainie bardzo się obawiali utraty darmowej siły roboczej w swych latyfundiach. Stąd wszystko robili aby przekreślić plany Władysława IV odnośnie wojny. Plany te faktycznie uległy zniszczeniu, jednak nikt już wtedy nie potrafił powstrzymać kozackiej nawałnicy. Za bardzo zostały rozbudzone nadzieje na Ukrainie. Hasło do wybuchu dał Bohdan Chmielnicki. W grudniu 1647 r. udało mu się zdobyć oryginały listów, w których znajdowały się plany ataku na Turcję. Następnie Chmielnicki uciekł na Sicz. Wykorzystując te królewskie listy Chmielnicki zapewnił sobie przychylność krymskiego chana Islama Direja III. On to udzielił pomocy Chmielnickiemu, dając silny tatarski oddział pod dowództwem Tuhaj Beja.

Istniały trzy podstawowe przyczyny konfliktu:

  1. niesprawiedliwość społeczna. W ogromnych magnackich latyfundiach prowadzono ekstensywną gospodarczą politykę. Nie liczono się zupełnie z możliwościami chłopów a także ze społecznymi nastrojami,
  2. na terenie Ukrainy wskrzeszona została prawosławna hierarchia, która po unii brzeskiej zanikła. Kozaków wciągnięto w spory na tle wyznaniowym. Od 1622 r. prawosławni duchowni zasiadali w kozackich radach. Domagano się zaprzestania ucisku prawosławnej cerkwi, występowano przeciw unitom, żądano zwrotu cerkwi.
  3. powód o osobistym charakterze. Należący do Chmielnickiego Subotów został zagrabiony przez polskiego awanturnika, szlachcica - Daniela Czaplińskiego. Ów Daniel Czapliński zabrał również Chmielnickiemu ukochaną kobietę a potem się tym szczycił. To wydarzenie właściwie przeważyło szalę goryczy.

Przeciw Chmielnickiego wyruszyli hetman wielki koronny Mikołaj i hetman polny koronny Marcin Kalinowski. Hetmani popełnili błąd rozdzielając polskie siły na mniejsze jednostki. Chmielnicki miał przewagę atakując całymi siłami. 19 maja 1648 r., wojska koronne rozbite zostały pod Żółtymi Wodami. W następnym tygodniu koronne wojsko znów zostało rozbite, tym razem pod Korsuniem. Obu hetmanów wzięto do niewoli, a wojsko koronne faktycznie przestało istnieć. Na dodatek 20 maja 1648r. zmarł król Władysław IV. Jego śmierć wywołała chaos w całym państwie, nie było wodza. Odpowiedzialność i kierownictwo nad losami państwa objął kanclerz Jerzy Ossoliński. Nastąpiła wówczas zmiana. Gdyż do tej pory w czasie bezkrólewia pierwsze skrzypce w kraju odgrywał prymas. Jednak ówczesny prymas był starym człowiekiem. Nie dał rady już pełnić obowiązków interrexa, dlatego jego miejsce objął kanclerz. Razem z Adamem Kisielem stworzyli stronnictwo. To stronnictwo uważało, że trzeba się porozumieć z Kozakami. Drugą grupę zaś stanowili ci, co uważali, że kozacki bunt należy jak najszybciej stłumić. Do tej drugiej grupy należeli książę Jeremi Wiśniowiecki, Aleksander Koniecpolski, Jerzy Lubomirski oraz Janusz Radziwiłł. Dnia 16 lipca 1648 r., zwołana została konwokacja. Wygrał wówczas pogląd kanclerza, uważał on, że trzeba rozbić kozacko-tatarski sojusz. Możliwe to było jedynie na drodze porozumienia z Chmielnickim. Doprowadzono do rokowań, obiecano Chmielnickiemu hetmańską buławę. Równocześnie w samej Rzeczpospolitej przygotowywano armię. Dowództwo nad wojskiem powierzono całkowicie nieudolnym wodzom: wojewodzie sandomierskiemu Dominikowi Zasławskiemu, podczaszemu koronnemu Mikołajowi Ostrorogowi i chorążemu koronnemu Aleksandrowi Koniecpolskiemu. Był to błąd, gdyż dowództwo należało powierzyć księciu Wiśniowieckiemu. Wówczas był on jedynym człowiekiem w Rzeczpospolitej, którego bali się Kozacy. Chmielnicki natomiast grał na zwłokę. Czekał teraz na tatarskie posiłki, oddziały Tuhaj Beja. Przebywali oni obecnie na Krymie, dokąd zawieźli pierwsze zwycięskie łupy z wygranych pod Żółtymi Wodami i Korsuniem. Gdy Tatarzy wrócili Chmielnicki zaatakował gromadzące się pod Piławcami polskie siły. W obozie pod Piławcami stacjonowało 34 tys. polskiej szlachty. Na wieść o tym, że zbliża się Chmielnicki powstała ogromna panika, szlachta w popłochu uciekła. Było to wrzesień 1648 r. Wkrótce kozacko-tatarska armia rozpoczęła oblężenie Lwowa, a następnie dotarła aż pod Zamość. W październiku 1648 r. miał miejsce sejm elekcyjny. Było dwóch kandydatów do polskiego tronu: Karol Ferdynand i Jan Kazimierz. Za Janem Kazimierzem stały starszeństwo, przeszłość żołnierska oraz prawo do polskiej korony. Karol Ferdynand był natomiast człowiekiem moralnie stojącym wyżej. Jana Kazimierza popierali kanclerz i Maria Gonzaga -wdowa po Władysławie IV. 14 listopada 1648r. Karol Ferdynand zrezygnował z ubiegania się o tron. A 20 listopada prymas królem ogłosił Jana Kazimierza. Był on równocześnie królem Szwecji. Pierwsze swe kroki Jana Kazimierza skierował, pod wpływem kanclerza, ku pojednaniu z Chmielnickim. Pojednaniu temu miało służyć wyjęcie Kozaków spod sejmowej władzy, a także przywrócenie im wcześniejszych przywilejów i zadośćuczynienie ambicjom osobistym Chmielnickiego.

W styczniu 1649 r. podjęto rozmowy między Kozakami a delegacją polskiego sejmu na czele z wojewodą kijowskim Adamem Kisielem. Chmielnicki nie poszedł na układy, zgodził się tylko na zawieszenie działań zbrojnych do maja 1649 r. Natomiast sejm koronacyjny nie poruszył w ogóle kwestii kozackiej. Rozejm zaś pomiędzy Rzeczpospolitą a Kozakami został zerwany, gdy pewien polski poseł zamierzał przekupić kozackich dowódców, aby ci zdradzili Chmielnickiego. Wykryto tą próbę przekupstwa, posła skazano na śmierć. W czerwcu na nowo rozpoczęły się na Wołyniu walki. Odniósłszy kilka niewielkich zwycięstw polskie wojsko dowodzone przez Jeremiego Wiśniowieckiego zatrzymało się w twierdzy Zbaraż. Zbaraż liczył ok. 70 tys. Kozaków i ok. 60 tys. Tatarów. Król Jan Kazimierz namówiony przez kanclerza ruszył na Ruś, w celu stłumienia buntu. 15 sierpnia 1649 r. wojsko koronne zostało oskrzydlone przez stutysięczną kozacko- tatarską armię. Jedynie dzięki odwadze i talentowi Jana Kazimierza wojsko polskie odparło atak i nie zostało rozbite. Atak udało się odeprzeć, jednak położenie wojsk nadal było beznadziejne. W związku z tym Ossoliński podjął kontakty z chanem. Chmielnicki w obliczu klęski jaką wojskom kozackim zadał Janusz Radziwiłł, poszedł na układy. Chan Islam Gierej uzyskał dla siebie korzystne przymierze z Rzeczpospolitą. Kosztowało ono Polaków 40 tys. talarów okupu i 200 tys. corocznej daniny. Król Jan Kazimierz uznał hetmański tytuł Chmielnickiego. Rejestr kozacki został powiększony do 40 tys. W senacie Rzeczpospolitej miał zasiadać metropolita kijowski. Ustalenia te zawarto w tzw. ugodzie zborowskiej. Sejm polski w listopadzie 1649 r. ratyfikował zborowską ugodę, jednak polscy biskupi nie dopuścili metropolity kijowskiego do senatu. Chmielnicki miał przed sobą bardzo ważny problem. Gdyż król zwiększył pięciokrotnie rejestr kozacki, ale w kozackiej armii było przecież 70 tys. ludzi, czyli z jednej strony miało miejsce zwiększenie rejestru, zaś z drugiej do domów trzeba było wysłać 30 tys. ludzi, a hetman nie chciał się narazić swym braciom. Równocześnie podjął też mediacje z sułtanem. W lecie 1650 r. przybył do Chmielnickiego poseł sułtana. Poseł ów obiecał Chmielnickiemu tron w Mołdawi, Chmielnicki natomiast miał się uznać tureckim lennikiem. I tak w październiku 1650 r. Chmielnicki złożył przysięgę na wierność sułtanowi a w zamian otrzymał obietnicę turecko-tatarskiej pomocy przeciwko Rzeczpospolitej. Togo samego roku w sierpniu zmarł kanclerz Jerzy Ossoliński a w królewskiej radzie zdobyli przewagę zwolennicy wojny z Chmielnickim. W czasie grudniowego sejmu w 1650 r. uchwalono ustawę o poborze do polskiego wojska. 36 tys. ludzi dostarczyć miała Korona, a 18 tys. ludzi Litwa. Również Chmielnicki czynił przygotowania do wojny. W sumie armia polska z pospolitym ruszeniem i całą szlachecką czeladzią, liczyła około 90 tys. ludzi. Właśnie z taką 90 tysięczną armią król Jan Kazimierz odniósł pod Beresteczkiem w 1651r. zwycięstwo. Chan razem z Tatarami, mający wspierać Chmielnickiego uciekł po klęsce pod Beresteczkiem. Kozacy zostali zmuszeni wycofać się. Tymczasem pospolite ruszenie, jakie brało udział w bitwie pod dowództwem Hieronima Radziejowskiego zamieniło się w sejmik szlachecki a następnie odmówiło dalszej walki. Tym samym zwycięstwa pod Beresteczkiem odpowiednio nie wykorzystano. Hieronim Radziejowski został uznany zdrajcą. Opuścił Rzeczpospolitą i znalazł schronienie w Szwecji. Tam później nakłonił szwedzkiego króla do ataku na Rzeczpospolitą. Ten czas po niewykorzystanym zwycięstwie dał Chmielnickiemu możliwość pojednania się z chanem. Znów miała miejsce kolejna bitwa, pod Biała Cerkwią, gdzie polskie wojska nie zdołały rozbić Kozaków. Doszło wtedy do zawarcia następnej ugody. Na jej mocy kozacki rejestr został ograniczony do 20 tys. Po bitwie pod Białą Cerkwią Chmielnicki wszczął przygotowania do akcji przeciwko Mołdawii. Od mołdawskiego hospodara zażądał ręki jego córki dla swego syna. Jednak Hospodar odmówił, Chmielnicki przyjął to jak afront a potem rozpoczął wojnę. Wydarzenia te zlekceważono w Rzeczpospolitej. Obradujący w 1652 r. sejm nie podjął żadnych konkretnych uchwał. Polskie wojsko skoncentrowało swe siły pod Batochem, żeby w ten sposób zasłonić Chmielnickiemu drogę na Mołdawię. 29 maja 1652r. Kozacy zaatakowali polski obóz, armia koronna została rozgromiona, hetman Marcin Kalinowski zginął wraz z 8 tys. żołnierzy. Dopiero na skutek tej klęski sejm uchwalił w 1653 r. podatki na wojnę. Zorganizowano tym razem 60 tys. armię i ruszono na Ukrainę, jednak w trakcie wyprawy zabrakło pieniędzy na żołnierski żołd. Sejm wprawdzie uchwalił podatki, ale dużo gorzej było z ich ściągalnością i nadal nie było pieniędzy. Przez 6 tygodni wojsko stało pod Lwowem. Chmielnicki doskonale wykorzystał dany mu czas o po raz kolejny porozumiał się z chanem. Jednak nie doszło do walki, zaś w grudniu 1653 r. podpisana została kolejna ugoda, która potwierdzała akt zborowski. Chmielnicki już nie chciał układów z Rzeczpospolita, przestał wierzyć polskim magnatom a zaczął poszukiwać innego sojusznika. Zwrócił się o poparcia do Moskwy. W 1654 r. w styczniu w Perejasławiu zebrała się kozacka starszyzna. Na obrady przybył tam carski poseł. Kozacy opowiedzieli się za sojuszem z Moskwą, przeszli pod opiekę cara. Najprawdopodobniej wynikało to z czystych kalkulacji Chmielnickiego, który spostrzegł że nie ma już szans na utworzenia samodzielnego państwa. Natomiast ciągle obawiał się zagrożenia z polskiej strony. Gdy Tatarzy okazali się wątpliwym sojusznikiem, skłonnym do zdrady, Chmielnicki stwierdził, że najbliższym partnerem może być Moskwa. Kozaków z Rosjanami łączyła wspólna religia, kultura. Chmielnicki liczył na szeroką autonomię w ramach moskiewskiego państwa. Jednak te jego marzenia o autonomii i samodzielności Ukrainy szybko się miały rozwiać. Już w czasie gdy Kozacy przysięgali wierność carowi, wiadomym było, że car nie zgodzi się na jakąkolwiek autonomię. Ukraina właściwie przechodziła z jednej niewoli w drugą, o wiele bardziej niebezpieczną. Latem 1654 r. carska armia zaatakowała Rzeczpospolitą. Część moskiewskiego wojska weszła na Ukrainę. Rzeczpospolitej udało się pozyskać przyjaźń Turcji oraz pomoc Tatarów. Sejm, jaki obradował w czerwcu tego roku uznał sojusz Rzeczpospolitej z Tatarami i Turcją oraz wprowadził nowe podatki. Przeciw moskiewskiej armii wystąpił hetman ukraiński Janusz Radziwiłł, ale wojsko dowodzone przez niego odniosło klęskę i schroniło się w Mińsku. W Smoleńsku Polacy bronili się przez 3 miesiące przed moskiewskimi wojskami, lecz kiedy obrońcy zbuntowali się wobec dowództwa, Smoleńsk został zdobyty. Wojska moskiewskie po odniesionych zwycięstwach zatrzymały się. Rzeczpospolita zaś rozpoczęła interwencję na Ukrainie, tzw. ekspedycję karną. Wojska Chmielnickiego pokonane zostały pod Ochmatowem (początek 1655r.), jednak z powodu mrozów polskie wojsko zmuszone zostało się wycofać.

Latem 1655 r. moskiewska armia podjęła kolejne ataki na obszarze Litwy. 11 lipca poddał się Mińsk. W tym też roku wybuchła polsko-szwedzka wojna. Początek tej wojny zbiegł się z tatarsko-polską wyprawą przeciw Kozakom. W końcu klęska jaką zadali Tatarzy wojskom Chmielnickiego zmusiła go do przynajmniej formalnego uznania władzy Rzeczpospolitej nad Kozaczyzną. W czasie gdy Szwecja zaatakowała Rzeczpospolitą, Rosja wstrzymała działania zbrojne obawiając się szwedzkiego ataku na własne terytorium. Podjęto wówczas wspólną akcję przeciwko Szwedom. Tymczasem w 1657 r. zmarł hetman Bohdan Chmielnicki. Jego miejsce zajął Jan Wyhowski, opowiadający się za sojuszem z Rzeczpospolitą. Doprowadził on do zawarcia nowej ugody 16 września 1658 r. w Hadziaczu. Układ zatwierdził później warszawski sejm. Ugoda ta dawała szansę rozwiązania kozackiej kwestii w drodze pokojowej. Tym samym powstała unia trzech państw: Korony, Litwy i Księstwa Ruskiego. Księstwo Ruskie powstało z trzech województw: Kijowskiego, Czernichowskiego i Bracławskiego. W myśl układu z Perejasławia ziemie te włączone były w obręb moskiewskiego państwa. W nowopowstałej Rzeczpospolitej miał funkcjonować jeden wspólny sejm, jednak urzędy, wojsko i skarb miały być oddzielne. Hetman ruski miał stać na czele Księstwa Ruskiego, mianował go dożywotnio polski król. Do senatu tym razem dopuszczono metropolitę kijowskiego. W planach było także ogłoszenie nobilitacji dla 1000 z najbardziej wpływowych kozackich rodów. Jednak polska szlachta miała zachować na Ukrainie własne majątki. Właśnie to był ów słaby punkt hadziackiej ugody, gdyż prości Kozacy nie zgodzili się na ugodę w obawie przed ponownym poddaniem polskim magnatom. Duże niezadowolenie i konflikty budziły też nadania dla kozackiej starszyzny. W rezultacie doszło na Ukrainie do wybuchu buntu. Zaistniałą sytuację wykorzystała Rosja, i uderzyła na Ukrainę. Wojska koronne odniosły zwycięstwo nad rosyjskimi, jednak nie były już w stanie poprzeć Wyhowskiego. Osamotniony Wyhowski, nie uzyskawszy poparcie ze strony Rzeczpospolitej, w październiku 1659 r. złożył przysięgę na wierność moskiewskiemu carowi. W tym też czasie polskie wojska pokonały zarówno moskiewskie jak i kozackie siły. Cóż kiedy oba te sukcesy nie mogły już być wykorzystane, ponieważ Rzeczpospolita była ogromnie wyczerpana wojnami. Królewski skarb był całkiem pusty, nie było pieniędzy na dalsze utrzymanie wojska. Dlatego 30 stycznia 1667 r. zawarto kompromisowy rozejm w Andruszowie. Układ został podpisany na 13,5 roku. Na podstawie tego rozejmu Rosja zatrzymała ziemię smoleńską, czernichowską i siewierską oraz znaczną część Ukrainy z Kijowem. Rozejm z Andruszowa potwierdzono w 1686 r. tzw. pokojem Grzymułtowskiego. Pokój ów przekreślał możliwość utworzenia Rzeczpospolitej Trojga Narodów. Ustalił też granice Rzeczpospolitej do czasów rozbiorów. Rzeczpospolita zmuszona była się zgodzić na taki pokój, bowiem nie była już ani finansowo ani ekonomicznie zdolna prowadzić dalszą wojnę. Jana III Sobieskiego zawarł ten pokój pod naciskiem ze strony austriackiego cesarza. W Europie bowiem w tym czasie zaczęło się pojawiać ogromnie groźne niebezpieczeństwo tureckie. Pomimo odniesionego pod Wiedniem w 1683 r. zwycięstwa niebezpieczeństwo tureckiej nawałnicy nadal istniało. W związku z tym na dworze cesarskim powstały plany aby stworzyć anty turecką koalicję. Do tejże anty tureckiej koalicji wejść miała Rosja, ale ponieważ Rosja pozostawała w konflikcie z Rzeczpospolitą to w związku z tym nie mogła przystąpić do owego sojuszu. Dlatego właśnie cesarz namawiał polskiego króla aby zawarł z Rosją pokój. Na podstawie pokoju Grzymułtowskiego car będąc zwierzchnikiem prawosławnego kościoła zyskał prawo ingerowania w sprawy wewnętrzne Rzeczpospolitej. Gdyż w pokoju Grzymułtowskiego zawarto klauzulę, która mówiła, że wyznawcy prawosławia zamieszkujący tereny Rzeczpospolitej mają zapewnioną swobodę kultu oraz możliwość kontaktów z kijowskim metropolitą, a Kijów przecież należał do Moskwy, czyli był pod zwierzchnictwem cara. Król Jan III Sobieski przyjął takie warunki. Pokój Grzymułtowskiego był z pewnością niekorzystny dla Rzeczpospolitej, natomiast leżał w interesie prawosławia, austriackiego cesarza oraz moskiewskiego cara.