Na początku XVI wieku cała zachodnia Europa była jednolita wyznaniowo, wszyscy byli członkami Kościoła katolickiego, na czele którego stał papież. W pół wieku później, chrześcijaństwo podzieliło się na odrębne i wrogie kościoły, Europa uległa rozbiciu, rozdzieliła się na antagonistyczne obozy. Ruch, który spowodował to rozbicie chrześcijaństwa i wyodrębnienie się nowych kościołów, nazywany jest reformacją.

Sytuacja w Kościele już od dłuższego czasu budziła oburzenie i niechęć wielu wiernych. Papieże koncentrowali się głównie na umacnianiu swej pozycji politycznej w Europie, mało zajmowali się sprawami wiary, stali się właściwie świeckimi władcami, a nie duchowymi kierownikami Kościoła katolickiego. Przeorzy większych i znaczniejszych klasztorów,

a także biskupi, stali się właścicielami olbrzymich majątków i rozległych dóbr; zamiast przebywać blisko swych owieczek, rezydowali na dworach możnych i monarchów, odgrywając znaczącą rolę w polityce. W tej sytuacji zaczęły podnosić się głosy potępiające tą sytuację, coraz częściej mówiło się o konieczności reform. Czarę przepełniło nadużywanie praktyki odpustów, czyli odpłatne odpuszczanie grzechów. Reformacja rozpoczęła się od wystąpienia niemieckiego mnicha, Marcina Lutra, który w 1517 roku na drzwiach katedry

w Wittenberdze powiesił swych 95 tez, które mówiły między innymi o nadużyciach Kościoła i potępiały praktykę sprzedaży odpustów, jako niezgodną z naukami Jezusa. Poglądy Lutra szybko rozpowszechniły się w całej Rzeszy i znalazły wielu zwolenników. Niedługo potem Luter i jego stronnicy założyli własny, niezależny od Rzymu, kościół i nazwali się protestantami. Niemiecki teolog głosił, że jedynym źródłem wiary powinno być Pismo Święte, odrzucał wszelkiego rodzaju pośrednictwo, księży czy papieża.

Prócz luteranizmu zaczęły pojawiać się również inne ruchy protestanckie, które zrywały

z Rzymem. Jednym z reformatorów był Jan Kalwin, który działał w Genewie. On również uznawał Biblię za jedyną podstawę wiary, ale sprzeciwiał się dowolnej interpretacji słów Pisma Świętego. Całą swą naukę Kalwin opierał o doktrynę predestynacji, czyli

o przeznaczeniu.

W Anglii również doszło do powstania kościoła protestanckiego. Tam reformację przeprowadził sam król, Henryk VIII, który w 1534 roku zerwał z Rzymem i ustanowił się głową kościoła anglikańskiego.

W tym samym czasie także do Rzeczpospolitej zaczęły napływać drukowane pisma Lutra,

a w łonie samego Kościoła katolickiego zaczął się ferment. Duchowni zaprzestawali żyć

w celibacie, krytykowano hierarchię kościelna, życie zakonne oraz sprzedaż odpustów. Jako pierwsze poglądy Marcina Lutra przyjęły Prusy Książęce, a także Gdańsk i Toruń, gdzie mieszkało wielu Niemców. W Polsce działali też kalwini, którzy podzielili się w 1565 roku na dwa zbory: mniejszy i większy. W wyniku tego rozłamu powstało nowe wyznanie, czyli arianie, inaczej bracia polscy.

Reakcją Kościoła katolickiego na reformację, była kontrreformacja. Jej główne założenia uchwalono na, odbywającym się w latach 1545-1663, soborze trydenckim. Innymi działaniami Rzymu było stworzenie indeksu ksiąg zakazanych czy potwierdzenie stworzenia nowego zakonu, założonego przez Ignacego Loyolę, który podlegał bezpośrednio papieżowi, czyli jezuitów.

Kościół katolicki w Polsce szybko zareagował na reformację. Wprowadzając w życie uchwały soboru trydenckiego przeszedł do kontrreformacji. Już w 1564 roku do Polski sprowadzenie zostali jezuicie przez kardynała Stanisława Hozjusza. Jezuici stworzyli sieć kolegiów, gdzie wprowadzili nowoczesny program nauczania, byli spowiednikami

i doradcami na dworach możnych i królów, przyczynili się do licznych reform politycznych. Według nakazów soborowych biskupi pozostawali w swych diecezjach i regularnie wizytowali swe parafie.

Rzeczpospolita była krajem tolerancji i wolności religijnej. W czasach, gdy w całej Europie toczyły się krwawe wojny religijne, polscy protestanci cieszyli się wolnością religijną

i spokojem. W 1573 roku szlachta uchwaliła konfederację warszawską, która gwarantowała wszystkim wolność religijną. Konwokacja ta weszła potem w skład artykułów henrykowskich. Już wcześniej polscy protestanci - luteranie, kalwini i bracia czescy, podpisali tzw. zgodę sandomierską, czyli pakt ugody. Pod koniec XVI wieku natomiast poddani króla polskiego wyznania prawosławnego utworzyli kościół podległy Rzymowi.

W 1596 roku podpisano unię brzeską tworząc kościół greko-katolicki. Reformacja była dowodem, że w Kościele należy przeprowadzić niezbędne reformy. Hierarchia kościelna przeprowadziła liczne zmiany, które umocniły wewnętrznie i skonsolidowały Kościół. Kontrreformacja w Polsce trwała od połowy wieku XVI do początków XVII stulecia, w jej wyniku wyznanie katolickie znowu zaczęło dominować.