Powstanie zakonu cystersów wiążę się z ruchem odnowy w Kościele w XI w. Okazało się wtedy, że życie zakonne dalekie jest od reguły św. Benedykta z Nursji (spisanej w VI w.), która wskazywała drogę do świętości poprzez pokorę, posłuszeństwo i milczenie. Dzięki hojnym ofiarom i nadaniom życie zakonne było nie tylko dostatnie, ale także pełne świeckich problemów, nie pozostawiających czasu na medytację i modlitwę w ciszy. Mijało się to całkowicie z celem idei monastycznej (czyli klasztornej). Należało zatem odnaleźć i ocalić sens powołania klasztornego. W lecie roku 1097 św. Robert (zm. 1111), opat benedyktynów z Molesme, wraz z grupą dwudziestu współbraci opuścił założony przez siebie (w roku 1075) klasztor w Molesme. Na decyzję Roberta wpłynął fakt, że miasto, w którym znajdował się jego klasztor położone było przy głównym trakcie z Paryża do Lyonu. Jako dość znana miejscowość, Molesme cieszyło się sporym zainteresowaniem i przybywały do niego tłumy średniowiecznych turystów. Nie odpowiadało to św. Robertowi, a także części zakonników (wśród nich byli Alberyk i Stefan Harding). Pragnęli oni ciszy i spokoju, tak niezbędnych do kontemplacji i pogłębiania życia duchowego. Dlatego mnisi zadecydowali się przenieść w inne, bezludne miejsce. Zadecydowano, że będzie to położone w okolicach Lyonu Citeaux (łac. Cistercium), które obecnie nosi nazwę Saint - Nicolas - lès - Cîteaux. Mnisi uzyskali pomoc od Rajnarda - kuzyna św. Roberta (odstąpił on polanę pod zabudowę wśród lasów) oraz księcia Burgundii Odona, który wsparł budowę. Jak podaje tradycja klasztor w Citeaux został kanonicznie erygowany (z łac. erigo - 'wznoszę' = wzniesiony, ufundowany, założony) przez władze kościelne 21 marca 1098 roku, czyli w dzień św. Benedykta. Na znak pasterskiego posługiwania biskup Gauthier z Chalon wręczył założycielowi zakonu cystersów (nazwa pochodzi od łacińskiej nazwy miejscowości - Cistertium) pastorał. Pierwszym opatem tego zakonu został Robert z Molesme. Niespełna rok później św. Robert, z polecenia Stolicy Apostolskiej (papieża Urban II), powrócił do klasztoru Molesme i tam pozostał aż do śmierci. W 1099 r. opatem mianowany został św. Alberyk, który rządy nad klasztorem sprawował aż do swojej śmierci w 1109 r. To właśnie za jego rządów powstały solidne fundamenty życia zakonnego. W pochodzącym z tego okresu dokumencie "Instituta" Abelryk podkreślił konieczność wierności regule św. Benedykta (jej podstawy to: ubóstwo, prostota i życie ascetyczne). To właśnie drugi opat wprowadził (dla odróżnienia od benedyktynów) charakterystyczny dla cystersów biały habit z czarnym szkaplerzem. Wprowadzono pewne reformy. Zakonnicy zrezygnowali z wielu drugorzędnych praktyk liturgicznych, modlitw, litanii, czy też procesji, które przez stulecia dodawane były do reguły. Na przykład benedyktyńskim opactwie Cluny odmawiano przeciętnie w ciągu dnia około 200 psalmów. Wskutek tego mnisi byli znużeni i nie mieli czasu na prywatną medytację i modlitwę. Tymczasem cystersi rozłożyli całość 150 psalmów na cały tydzień. Reguła nakazywała też prostotę, która wyrażała się w rezygnacji z dekoracyjnego wystroju wnętrz (barwnych witraży, czy rzeźb) oraz ze zdobnych naczyń liturgicznych. Budynki miały być przede wszystkim funkcjonalne, a zarazem użyteczne. Opactwo cysterskie stanowiło zamknięty zespół architektoniczny - kościół i zabudowania klasztorne stanowiły powiązaną ze sobą całość i zwykle otoczone były murem. Na terenie klasztoru nie mogły przebywać osoby świeckie (klasztor zamieszkany był przez zakonników i konwersów). Właściwe zabudowania klasztorne skupione były wokół wirydarza, czyli prostokątnego dziedzińca. Wiele spośród budowli stanowiły budynki gospodarcze (czyli stodoły, obory, młyn, kuźnica, garbarnia, warsztaty rzemieślnicze, wytwórnia wina itp.). Ponadto w obrębie opactwa znajdowały się także ogrody i cmentarz (jedynie dla zakonników), który znajdował się zwykle przy prezbiterium. Nieodłącznym elementem życia zakonnego była dla cystersów praca, a podstawowym obowiązkiem cystersów było wcielanie w życie zasady św. Benedykta "Ora et labora", czyli "Módl się i pracuj". W roku 1100 papież Paschalis II oddał Citeaux pod opiekę Stolicy Apostolskiej. Trzecim z "ojców założycieli" (obok św. Roberta i św. Abelryka) był Anglik Stefan Harding (1060 - 1134). Jako kolejny opat był on twórcą pierwszych konstytucji zakonnych zawartych w tak zwanej "Charta Charitatis" ("Karta Miłości") i autorem formy sprawowania władzy nad zakonem przez Kapitułę Generalną. Instytucja Kapituły Generalnej została potem przejęta przez większość zgromadzeń i zakonów. Za rządów Stefana Hardinga powstawały liczne nowe zakony. "Karta" została aprobowana w 1119 r. przez papieża Kaliksta I, a cystersi zostali zatwierdzeni jako nowy zakon Kościoła. Rozpowszechniali się szybko. W latach 1113-15 powstały protoopactwa La Ferté, Pontigny, Clairvaux i Morimondo, które następnie dały początek nowym opactwom. W roku śmierci św. Stefana (czyli w 1134 r.) żyli w 65 opactwach, a w chwili śmierci św. Bernarda (w 1153 r.) opactw było już 343. Św. Bernard (1091-1153) był jednym z najwybitniejszych ludzi XI wieku. Urodził się w zamku Fontaines pod Dijonem i pochodził z rodu rycerskiego. Przed Wielkanocą roku 1112 ten pobożny młodzieniec przybył do Citeaux, a wraz z nim w progach klasztoru stanęło trzydziestu, pochodzących z możnych rodów, towarzyszy (w tym jego bracia, wujowie i kuzyni). Już w 1115 r. młody Bernard został opatem klasztoru cystersów w Clairvaux. Bernard dokonał reformy macierzystej reguły, kładąc większy nacisk na kontemplację. Zasłynął jako charyzmatyczny kaznodzieja, posiadający olbrzymi dar przekonywania. Oprócz tego był także wybitnym teologiem i filozofem. Służył radą książętom i biskupom. Uczestniczył w krucjacie przeciwko Albigensom. Był filozofem, uczonym i teologiem. Przypisywano mu liczne cuda i już w 20 lat po swojej śmierci został kanonizowany. W 1830 r. ogłoszono go doktorem Kościoła. Za jego życia nastąpił szybki rozrost zakonu w całej Europie (także w Polsce). Do Polski cystersi zostali sprowadzeni w połowie XII wieku. Pierwsze klasztory na ziemiach Polskich powstały w Jędrzejowie (w 1139 r.) i w Lubiążu. Kolejne powstały w Łeknie, Sulejowie, Wąchocku, Koprzywnicy, Kołbaczku na Pomorzu. Ta ostatnia wspólnota założona została w roku 1174 przez mnichów z duńskiego Esrom. Sprowadził ich książę pomorski Subiesław. W latach 80tych XII wieku do Oliwy cystersów zaprosił książę gdański - Sambor. Kolejne opactwa powstawały w Krakowie na Mogile, w Henrykowie i w wielu innych miejscowościach. Klasztory cystersów powstawały przede wszystkim w miejscach odludnych, w lesistych i wilgotnych dolinach.. Zakon miał być samowystarczalny i utrzymywać się z pracy własnych rąk. Miejsca pod lokalizację wybierano tak, by wspólnoty znajdowały się odludziach. Miało to stwarzać zakonnikom warunki dogodne do medytacji, która zgodnie z regułą miała ona zajmować zakonnikom większość dnia. W związku z tym mnisi nie mieli zbyt wiele czasu na pracę. Dlatego powstała grupa braci bez święceń kapłańskich tzw. konwersów (bracia laicy), która obsługiwała mnichów. Instytucję konwersów wprowadził św. Alberyk. Bracia laicy byli pełnoprawnymi członkami wspólnoty (z wyjątkiem prawa uczestniczenia w kapitule). Do ich obowiązków należała m. in. obsługa młynów, uprawa ziemi, bezpośrednie zarządzanie tworzonymi z, przekazywanych na rzecz klasztoru, wsi folwarkami. Sprawowali także opiekę nad podróżnymi i rozdawali pożywienie biednym przy bramie klasztornej. Przy zakonach powstawały osady o charakterze świeckim. Z czasem niektóre z nich przekształciły się w miasteczka. Szczytowy rozwój osiągnął zakon w wieku XIV, kiedy to cystersi tworzyli jednolitą i zdyscyplinowaną społeczność, posiadającą jednakowy charakter i wspólne cele. Jednolitość utrzymywano za pomocą corocznych zebrań Kapituły i poprzez wizytacje klasztorów. Zgodnie z założeniami "Charta Charitatis" corocznie (14 września) zbierała się w Citeaux Kapituła Generalna. Posiadała ona władzę ustawodawczą i sądowniczą w zakonie. Przysługiwało jej prawo karania i usuwania przełożonych winnych zaniedbań. "Karta" nakazywała także by każdy klasztor był raz w roku wizytowany przez opata klasztoru "macierzystego". Z takiej wizyty sporządzano sprawozdanie, które potem opaci składali na Kapitule. Opat Citeaux nie uzyskał żadnych specjalnych uprawnień. W połowie XVII w. dokonał się podział zakonu - w jego wyniku wyodrębnił się tzw. zakon trapistów. Nazwa pochodzi od klasztoru La Trappe, gdzie najwybitniejszą postacią był Armand J. B. Rance (zm. 1700). W Polsce XIX wieku nastąpił upadek zakonu cystersów, kiedy to zaborcy zaczęli likwidować opactwa. Najbardziej ucierpiał klasztor w Jędrzejowie. Do dnia dzisiejszego czynne są opactwa cysterskie w Krakowie Mogile, Jędrzejowie, Szczyrzycu i w Wąchocku, a także parafie w Oliwie, Henrykowie, Krzeszowie i Sulejowie.
Cystersom przypisuje się wprowadzanie nowoczesnych metod rolniczych, głównie w dziedzinie upraw roślin. W przyklasztornych skryptoriach mnisi przepisywali w dużej ilości księgi liturgiczne, ascetyczne, naukowe, czy literackie oraz teksty kazań i zbiory praw. Przy klasztorach powstawały zasobne w zbiory biblioteki a opactwa stały się centrami rozwoju myśli religijnej i naukowej. Cystersi przyczynili się także do rozpowszechnienia się w całej europie takich wczesnogotyckich form, jak sklepienie krzyżowo - żebrowe, ostrołukowe arkady oraz skarpy. Jako jedni z pierwszych zaczęli stosować w budownictwie cegłę. Wnętrza prostych kościołów cysterskich były surowe i piękne. Nie posiadały one też wież - dzwon umieszczano na przecięciu nawy głównej z porzeczną, w drewnianej wieżyczce (tzw. sygnaturce). Początkowo istniał zakaz stosowania w kościele cysterskim rzeźb i malowideł przedstawiających ludzi i zwierzęta (wyjątkiem był wizerunek ukrzyżowanego Chrystusa). Jednak od XIII wieku zaczęły pojawiać się rzeźbione detale architektoniczne, a z czasem, malowidła ścienne i witraże. Należy też zaznaczyć olbrzymią rolę zakonu cysterskiego w rozwoju kolonizacji. Opactwa powstawały w miejscach odludnych, a następnie rozwijały się przy nich osiedla ludzkie, a z czasem miasteczka.
