Układ pokarmowy jest na tyle dużym i rozbudowanym układem, że choroby w nim występujące mogą mieć bardzo różny charakter i umiejscowienie. Poczynając od jego początkowych części możemy wyróżnić choroby przełyku, żołądka, dwunastnicy, jelit, odbytu, wątroby, trzustki, woreczka żółciowego. Każdy z elementów układu pokarmowego (jak i całego organizmu) może zostać zaatakowany przez chorobę nowotworową. Również stany zapalne mogą obejmować cały przewód pokarmowy lub poszczególne jego elementy, jednak każda część tego układu ma tendencję do zapadania na pewnego typu choroby. Pospolite są też choroby pasożytnicze przewodu pokarmowego. Do najczęstszych należy: owsica, glistnica, lamblioza, toksoplazmoza, tasiemczyca.

Chorobą cywilizacyjną stała się choroba wrzodowa żołądka. Atakuje ona najpierw śluzówkę tego narządu, a następnie jego głębsze warstwy (ścianę, łącznie z mięśniówką). Powstaje owrzodzenie, które może się rozprzestrzeniać, a co najgorsze, obejmować coraz głębsze warstwy żołądka. Może dojść do sytuacji, kiedy ściana żołądka ulegnie perforacji, czyli po prostu przedziurawieniu. Jest to stan zagrażający życiu pacjenta. Uszkodzenie śluzówki żołądka, od którego rozpoczyna się choroba jest spowodowane nadmiernym wydzielaniem soku żołądkowego (kwasu solnego), przyjmowaniem dużych ilości niektórych leków (np. kwasu acetylosalicylowego, który-jak sama nazwa już mówi-jest kwasem i działa żrąco na błonę śluzową żołądka), paleniem papierosów. Dym tytoniowy zawiera ok. 400 różnych szkodliwych substancji, więc trudno się dziwić, że szkodzą one organizmowi i uszkadzają błonę śluzową żołądka. Błona śluzowa jest barierą, której zniszczenie pociąga za sobą atakowanie dalszych, głębiej położonych warstw narządu. Rozpoczyna się więc bardzo szkodliwy proces, który trudno jest powstrzymać, tym bardziej, że zazwyczaj czynniki przyczyniające się do niszczenia ściany żołądka przez cały czas działają. Picie alkoholu w dużych ilościach również przyczynia się do rozwoju i pogłębiania objawów choroby wrzodowej. Dieta też ma znaczenie w rozwoju i zwalczaniu choroby wrzodowej. Niektóre potrawy szkodzą, inne nie. Objawami choroby są bóle w okolicy żołądka (nadbrzusza), zwłaszcza po spożyciu posiłku. Częstymi objawami są też: pieczenie w okolicach zakończenia mostka (tuż pod sercem), zaparcia, nudności, wymioty, utrata apetytu, nietolerancja niektórych pokarmów, np. rosołu, owoców, kwaszonej kapusty, kiszonych ogórków, wina, kawy. Produkty nabiałowe, pochodzenia mlecznego są zazwyczaj tolerowane dobrze przez organizm chorego. Uważa się, że przyczyną choroby jest stres i niewłaściwy tryb życia, ale naukowcy udowodnili, że za główną przyczynę wrzodów żołądka i dwunastnicy należy uważać bakterię o nazwie Helicobacter pylori. Jest to bardzo specyficzny organizm, gdyż nie tylko potrafi żyć w surowym środowisku żołądka, ale rozmnaża się tam i wykazuje szkodliwe działanie. W soku żołądkowym inne bakterie zwykle szybko giną, gdyż działanie kwasu solnego, wydzielanego przez ścianę żołądka jest zabójcze. Helicobacter pylori posiada jednak pewien mechanizm, dzięki któremu broni się przed działaniem soków trawiennych. Wydziela amoniak, który zobojętnia kwas solny i tym samym szkodliwe działanie kwasu dla bakterii zostaje zniwelowane. Bakteria otacza się warstwą amoniaku, który uniemożliwia przedostanie się do jej powierzchni cząsteczek kwasu. Opisywana bakteria uszkadza błonę śluzową żołądka i jest odpowiedzialna za powstawanie choroby wrzodowej. U ludzi cierpiących z powodu wrzodów izoluje się tą bakterię z soku żołądkowego. Podaje się antybiotyki, które mają za zadanie zniszczyć H. pylori. Nie jest jednak zrozumiały fakt, że bardzo wiele ludzi posiada w żołądku tą bakterię, a pomimo to nie choruje. Niektórzy lekarze uznają nawet, że jest to bakteria wchodząca w skład naturalnej mikroflory organizmu człowieka, podobnie jak E. coli w jelitach czy gronkowiec złocisty w przedsionku nosa.

Ludzie z chorobą wrzodową żołądka i dwunastnicy powinni unikać potraw ostrych i szkodzących im. Przede wszystkim należy wyeliminować z pożywienia ostre przyprawy, takie jak pieprz. Nie powinno się spożywać kwaśnych pokarmów, wszelkiego rodzaju kwaszonek, należy ograniczyć jedzenie owoców i warzyw, picie kawy, wina, a przede wszystkim trzeba rzucić palenie. Wrzody z czasem mogą przekształcić się w nowotwór. Jeśli natomiast dojdzie do perforacji ściany żołądka, to konieczna jest interwencja chirurgiczna. Podawane przy chorobie wrzodowej leki mają za zadanie ograniczyć ilość wydzielanego soku trawiennego i zobojętnić kwas solny. Ważne jest też zabicie bakterii Helicobacter pylori. Należy unikać stresu, który sprzyja powstawaniu i pogłębianiu się choroby.

Jeśli choroba wrzodowa nie jest należycie leczona lub zbyt często się nawraca po wyleczeniu, to może rozwinąć się nowotwór. Objawia się on podobnie jak wrzody, z tym, że jego objawy są znacznie silniejsze i występują pewne dodatkowe dolegliwości. Chory skarży się na silne bóle nadbrzusza, gorączkę, złe samopoczucie, osłabienie, wymioty, krwawienie z żołądka (wymiociny mają czarną barwę, przypominają fusy kawy). Raka żołądka wykrywa się przy pomocy badania radiologicznego i gastroskopii. Gastroskopia polega na wprowadzeniu przez przełyk do żołądka sondy, na której końcu znajduje się kamera i źródło światła, dzięki czemu lekarz może widzieć, jak wygląda ściana żołądka i jakie zmiany na niej występują. Leczenie raka, to głównie interwencja chirurgiczna.

Do chorób układu pokarmowego, występujących często można zaliczyć ostre zapalenie jelit. Jest ono spowodowane zjedzeniem nieświeżego pokarmu, zawierającego bakterie, które wywołują stan zapalny śluzówki jelit. Objawy zapalenia jelit, to biegunka, utrzymująca się przez kilka dni, wymioty, ból brzucha, gorączka (choć nie zawsze), całe elementy niestrawionego pokarmu w odchodach, odchody wodniste lub śluzowate. Bakterie chorobotwórcze (lub ich toksyny) atakują jelito i to jest przyczyną choroby. Do bardzo ciężkich zatruć pokarmowych należy salmonelloza, wywołana bakterią o nazwie salmonella. Choroba ta prowadzi do silnego wyniszczenia organizmu w krótkim czasie, utraty masy ciała. Niezbędna jest hospitalizacja. W przypadku zapalenia jelit leczenie polega na spożywaniu lekkich pokarmów, kleików, papek, gotowanych przecierów owocowych, bogatych w pektynę. Dużym zagrożeniem w przypadku ostrego zapalenia jelit jest odwodnienie organizmu. Aby temu zapobiec, należy przyjmować płyny z domieszką soli kuchennej, która podnosi hipertoniczność pitych płynów i tym samym zapobiega uciekaniu soli z organizmu w jelicie. Pomocne bywa też picie wywarów z borówki czernicy, która ogranicza biegunki i działa przeciwzapalnie na błonę śluzową jelita. Jeśli pojawia się poprawa, można stopniowo zacząć jeść sucharki, chude mięso drobiowe lub cielęce, mięso rybie, ziemniaki gotowane, chude wędliny. Jeśli objawy nie ustępują przez dłuższy czas, należy zgłosić się do lekarza, gdyż może okazać się konieczna hospitalizacja i nawodnienie chorego przy pomocy specjalnie skomponowanego roztworu, podanego dożylnie w postaci kroplówki. Jeśli choroba nie jest zaleczona odpowiednio lub czynnik ją wywołujący ciągle działa na organizm, to zapalenie jelita może przejść w postać przewlekłą. Wtedy jelito jest wrażliwe na pokarm, pojawiają się nagłe biegunki, najczęściej po posiłku.

Niebezpiecznymi chorobami układu pokarmowego są bez wątpienia nowotwory. Często spotykany jest nowotwór jelita grubego. Jest to choroba będąca najczęściej efektem nieprawidłowego odżywania, złego trybu życia, palenia papierosów. Objawy choroby nowotworowej jelita grubego, to: biegunki, które okresowo mogą zanikać, zaparcia, krwawienie w czasie wypróżniania (krew z domieszką śluzu jest zauważalna w kale), osłabienie spowodowane utratą krwi, gorączka. Leczenie polega na usunięciu chirurgicznym nowotworu. Ważne jest wczesne wykrycie i usunięcie guza, gdyż w późnym stadium może dawać przerzuty. Powstawaniu nowotworów jelita grubego sprzyja jedzenie dużej ilości potraw smażonych, tzw. fastfoodów. Należy ograniczyć spożywanie tego typu pokarmów oraz konieczne jest rzucenie palenia, które jest najczęstszą przyczyną wszystkich nowotworów człowieka (zarówno palenie bierne, jak i czynne).

U niektórych ludzi występują dość nietypowe choroby układu pokarmowego, zwłaszcza jelit. Mowa o nieswoistym zapaleniu jelit. Do tego typu chorób można zaliczyć chorobę Leśniowskiego-Crohna oraz wrzodziejące zapalenie jelita grubego (Colitis ulcerosa). Są to choroby wywołane atakiem układu odpornościowego organizmu na własne tkanki, w tym przypadku na tkankę jelita. Colitis ulcerosa objawia się początkowo słabymi krwawieniami z jelit. Krew można zauważyć w stolcu. Początkowo, poza krwawieniem chory nie odczuwa żadnych innych dolegliwości, dlatego bagatelizuje lekkie krwawienia. Jednak choroba przez cały czas się rozwija. Układ odpornościowy coraz bardziej zaczyna atakować jelito i w końcu dochodzi do poważnego uszkodzenia tkanki, które objawia się silnym krwawieniem, dużą ilością nie tylko krwi, ale też śluzu w kale, gorączką, wyniszczeniem organizmu (szybki i znaczny ubytek masy ciała). W organizmie brakuje jonów, które uciekają poprzez chore jelito. Konieczne jest podawanie kroplówki. Nie jest znana właściwa przyczyna choroby. Wiadomo, że za zniszczenie jelita grubego (gdyż choroba dotyczy jelita grubego, a zwłaszcza jego końcowego odcinka) odpowiedzialny jest układ immunologiczny, który nie rozpoznaje własnej tkanki i stara się ją zniszczyć. Nie wiadomo jednak, co prowokuje układ odpornościowy do takiej reakcji. W leczeniu bardzo duże znaczenie ma właściwa dieta. Pokarm nie jest bezpośrednią przyczyną choroby, ale jeśli jest niewłaściwy, to podrażnia jelito i wywołuje nawrót choroby lub jej nasilenie. Bardzo dużą rolę w powstaniu i przebiegu choroby odgrywa stres. Uważa się, że jest on główną przyczyną choroby. To stres wywołuje zaburzenie w funkcjonowaniu układu odpornościowego. Udowodniono też, że podłoże genetyczne w tej chorobie odgrywa znaczącą rolę. Człowiek chory na wrzodziejące zapalenie jelita grubego może mieć dzieci, które również zachorują na Colitis ulcerosa. Pomimo tego jednak, że choroba jest w jakimś stopniu dziedziczna, to za jej ujawnienie się jest odpowiedzialny stres. Choroba dotyka ludzi w każdym wieku. Przede wszystkim ujawnia się u młodych ludzi, w wieku 20-30 lat. Chorują też małe dzieci. Chrorba ta jest nieuleczalna, ale istnieją leki, które łagodzą jej objawy i zapobiegają nawrotom. Co jakiś czas choroba atakuje z wielką siłą. Wtedy zazwyczaj niezbędna jest hospitalizacja. Po okresie ataku choroby następuje okres remisji, czyli czasu, kiedy choroba nie ujawnia się zbyt gwałtownie, a chory może w miarę normalnie żyć. Leczenie jest objawowe. Istniejące obecnie leki nie usuwają przyczyny choroby (gdyż jest ona nieznana do końca), ale tylko jej skutki. W okresie nawrotów konieczne bywa przyjmowanie leków immunosupresyjnych, czyli obniżających odporność, takich jak: metyloprednizolon, prednizolon, hydrokortyzon. Przez cały czas (nawet w okresie remisji) chory musi zażywać leki przeciwzapalne: mesalazynę lub sulfasalazynę (w której skład też wchodzi mesalazyna). Jeśli leczenie nie przynosi efektów i chory nie reaguje pozytywnie na podawane leki immunosupresyjne, to konieczne jest wtedy usunięcie jelita grubego. Większość ludzi jednak nie wymaga takiego zabiegu, a wystarcza przyjmowanie leków i dbanie o właściwą dietę. Nie wolno spożywać pokarmów smażonych, surowych warzyw, mleka i jego pochodnych, tłustych potraw, roślin strączkowych (grochu), słodyczy, piwa, wina, kapusty, pieczywa żytniego, razowego, ciemnego, ostrych dań. Wskazane jest za to spożywanie pieczywa jasnego - pszennego, jedzenie dużej ilości białka (aby organizm mógł odbudować zniszczoną tkankę jelita), które występuje w mięsie (musi to być mięso chude). Jeśli choroba utrzymuje się przez dłuższy czas (chodzi o jej ostry atak) i nie da się jej złagodzić przy pomocy leków, to może dojść do perforacji jelita. Wtedy stan zapalny rozlewa się na inne narządy i na otrzewną. Może dojść do śmierci człowieka.

Pospolite są choroby pasożytnicze układu pokarmowego. Wśród nich tasiemczyce i owsica. Tasiemiec uzbrojony i nieuzbrojony, to dwa gatunki, które najczęściej atakują człowieka. Tym pierwszym można się zarazić spożywając zainfekowane (zawierające wągry tasiemca) mięso świni, a drugim - spożywając mięso zarażonej krowy. Oczywiście mięso ugotowane (dobrze ugotowane) nie stanowi zagrożenia, gdyż znajdujące się w nim wągry giną w wysokiej temperaturze. Jeśli człowiek zje mięso zawierające wągry, to w jelicie wydostają się z nich larwy - małe tasiemce, które rosną i pasożytują w jelicie człowieka. Tasiemiec uzbrojony osiąga długość ok. 4 m, a nieuzbrojony jest jeszcze dłuższy. Pasożyt produkuje jaja, które są wydalane z kałem człowieka na zewnątrz. Jeśli jaja zostaną zjedzone przez zwierzęta (jajo tasiemca uzbrojonego przez świnię, a nieuzbrojonego- przez krowę), to w przewodzie pokarmowym zwierzęcia z jaja uwalnia się larwa, która przez jelito dostaje się do krwi i wędruje po organizmie, aż osadza się w jakimś narządzie, najczęściej zasiedla mięśnie. Tutaj ulega otorbieniu i można ją od tej pory nazywać wągrem. Jeśli człowiek zje mięso z żywym wągrem, to się zaraża i cykl życiowy pasożyta powtarza się.