Film Bajona nie jest wierną adaptacją powieści Stefana Żeromskiego, powstał na jej motywach, dlatego ukazuje tylko najważniejsze wątki książki, poszerzone o zupełnie nowe, które dodał sam reżyser. Produkcja została przygotowana z myślą o konkretnym widzu - młodym, którego nie interesują problemy ideowe, rewolucyjne, wizja szklanych domów, czy sytuacja kraju w okresie międzywojennym, a który z wielką chęcią obejrzy film przedstawiający tarapaty miłosne głównego bohatera. Stąd tak wiele miejsca poświęcił Bajon miłosnemu życiu młodego Baryki, które jak dobrze wiemy z powieści, rozkwitało w Nawłoci. Poprzez taki zabieg film jest atrakcyjny tylko dla widzów młodych, ponieważ starsze pokolenie będzie szukać w nim ducha Żeromskiego - na próżno zresztą. Skoncentrowanie się na życiu miłosnym bohatera nie jest pomysłem nowym - w podobny sposób zrealizował swoją wersję Henryk Szaro w 1928 roku, opierając cały film właściwie tylko na wydarzeniach, jakie miały miejsce w Nawłoci. Rewolucja w Baku była jedynie krótkim epizodem, natomiast zupełnie pominięto wtedy rozterki ideowe głównego bohatera.

Film Bajona rozpoczyna się od ukazania sytuacji w Baku, która powoli chyli się ku rewolucji. Miasto rozwijało się wówczas bardzo prężnie dzięki temu, że stanowiło zagłębie naftowe. Początkowo nic nie stoi na przeszkodzie przyjaźni pomiędzy Polakiem, Rosjaninem, Azerem, Żydem i Ormianinem. Polakiem jest właśnie Cezary Baryka (Mateusz Damięcki), któremu polskość wiąże się praktycznie tylko z tęsknotą matki za Siedlcami i starą książeczką, opisującą losy powstańców.

Ojciec Cezarego (w tej roli Janusz Gajos) jest inżynierem. Pewnego dnia zostaje powołany na manewry, po czym wysyłają go na front. Bierze udział w I wojnie światowej, jednak do domu już nie wraca. Wojna, a także to, co spada na ludzi po jej zakończeniu, burzy dotychczasowy ład. Jednak paradoksalnie, dopiero wtedy młody Baryka czuje się wolny. Kampania naftowa, dla której pracował jego ojciec, nie jest w stanie uzyskać dla niego zwolnienia ze służby, ponieważ jest Polakiem. Cały czas wypłaca jednak rodzinie pieniądze, a Cezary otrzymuje do dyspozycji nawet samolot. W tym czasie chłopak zakochuje się w Ormiance Aidzie. Szczęście nie trwa jednak długo, gdyż wkrótce do miasta docierają oddziały z czerwonym sztandarami - nadchodzi czas rewolucji. Ma ona wpływ nie tylko na rdzennych mieszkańców, ale także na Cezarego, który ulega jej czarowi i razem z kolegami przestaje chodzić do szkoły.

Rewolucja niesie także podział narodowościowy, który oddziela Barykę od jego ukochanej. Przewrót sprawia, że ani miłość, ani przyjaźń nie mają szans na przetrwanie. Narodowość, wyznanie, pochodzenie zaczynają stanowić poważny problem, którego nie da się ominąć. Człowiek, który jeszcze nie tak dawno był przyjacielem, okazuje się być donosicielem. Matka Cezarego (Krystyna Janda) zostaje aresztowana i z wycieńczenia umiera w więzieniu.

Chłopak dziwnym trafem odnajduje ojca, który przekonuje go, że najlepszym wyjściem jest wyjazd z miasta. Udają się więc do Moskwy, gdzie ojciec wyjawia Cezaremu, że prawdziwym celem ich podróży jest Polska. Syn nie chce tam jechać, ponieważ z Polską nic go nie łączy - wszystkie jego wspomnienia wiążą się z Baku. Polska żyła jedynie we wspomnieniach rodziców, była jedynie ułudą. Ojciec roztacza przed nim wizję "szklanych domów" , jednak wkrótce potem umiera. Cezary decyduje się zaryzykować i sam wyrusza do kraju swoich rodziców.

Po przyjeździe do Warszawy, zgodnie z wolą ojca odnajduje Szymona Gajowca (Daniel Olbrychski), będącego ministrem w rządzie. Dostaje u niego pracę, zapisuje się na uniwersytet, gdzie może nawiązać nowe znajomości. Kiedy do Warszawy zbliża się armia bolszewicka, Cezary, tak jak i jego koledzy, wstępuje do polskiej armii. Bierze czynny udział w walkach, w jednej z nich ratuje przed śmiercią swojego kolegę Hipolita Wielosławskiego (Maciej Stuhr). Ten, w ramach wdzięczności za okazaną pomoc i uratowanie życia, zabiera Cezarego do swojego majątku w Nawłoci. Cezary, który początkowo nie mógł się odnaleźć w typowym polskim dworku, powoli wtapia się w życie rodzinne. Tutaj jednak zaczynają się komplikacje miłosne - uczuciem obdarzają do równocześnie trzy kobiety - Karolina, Wandzia i Laura - spośród których on nie potrafi wybrać.

Kiedy Wandzia truje swoja rywalkę, Cezary nie może znaleźć sobie miejsca - czuje się odpowiedzialny za tę tragedię. Chce znaleźć ukojenie u Laury, w jej domu spotyka jednak jej nowego adoratora. Próbuje odnaleźć spokój w dworku Wielosławskich, ostatecznie powraca jednak do stolicy.

Film, tak jak i książka, kończy się marszem robotników na Belweder.