Powieść historyczna "Faraon" została przedstawiona szerszej publiczności w latach 1895-1896, drukowana jako powieść w odcinkach na łamach "Tygodnika Ilustrowanego". W jednolitym druku książkowym "Faraon" został wydany w 1897 roku. Niezwykłym i zachęcającym do poszukiwania "drugiego dna" powieści jest fakt, że Bolesław Prus był zdeklarowanym przeciwnikiem historycznej twórczości fabularnej, uznając za wartościowe tylko teksty odnoszące się do współczesności, do bieżących spraw społecznych i narodowych, poszukujące recepty na najbardziej palące niedostatki i potrzeby. Okazuje się- a dostrzegli to już współcześni Prusowi czytelnicy i krytycy literaccy, że historyczna fabuła-przedstawiająca dzieje kształtowania się najstarszej cywilizacji- jest jedynie maską, pod jaką genialny pisarz ukrył uniwersalny traktat o problemach władzy i państwowości.

Akcję swojego "traktatu" umieszcza autor w czasach panowania Ramzesa XII, faraona dwudziestej dynastii, czyli w jedenastym wieku przed naszą erą. Czasy te są ważnym dla kształtowania się państwowości egipskiej momentem konfliktu strażników świątyni i wiary z faraonem, konfliktu zwycięskiego dla kasty kapłanów.

Religia egipska jest wyznaniem politeistycznym, czyli wyznającym wielobóstwo. Kultem otaczane są także niektóre zwierzęta, poświęcone poszczególnym bogom, np. krokodyle, koty, skarabeusze, byk Apis. Egipcjanie wierzyli w nierozłączność ciała z duszą, dlatego dbali w swoich obrzędach pogrzebowych o zachowanie ciała w nienaruszalnym stanie. Stąd wprowadzają zwyczaj balsamowania zwłok, zabezpieczenia ich przed zepsuciem. Głową państwa i jednocześnie najwyższym kapłanem był faraon, uznawany za istotę równą bogom, za "syna Słońca".

Znajdujemy się więc w Egipcie, którym rządzi starzejący się Ramzes XII- władca surowy, groźny, lecz sprawiedliwy. Jego następcą ma być Ramzes XIII, jego najmłodszy syn, który jako jedyny z potomków faraona wykazywał się odpowiednimi zaletami ducha, umysłu i ciała, aby dostąpić zaszczytu władania państwem. Młody następca tronu znacznie więcej czasu poświęca jednak wojaczce niż książkom. Fascynuje go wojsko, wojna i dowodzenie. Staje do konkursu, aby objąć dowództwo nad wojskami Ramzesa XII. Zadaniem jest wygranie zorganizowanej na potrzeby turnieju gry wojennej. Zdolności strategiczne i przywódcze oraz ogólną sprawność bojową oceniać miała komisja i arcykapłan Herhor- osoba dzierżąca największą władzę w państwie po faraonie. Herhorowi nie jest na rękę zbytnie wzmocnienie młodego księcia, ponieważ sam marzy o władaniu Egiptem. Ramzes XIII zdaje egzamin, ale arcykapłan sprzeciwia się powierzeniu mu dowództwa nad wojskiem. Zrozpaczony książę ma teraz problem z wypłaceniem obiecanej żołnierzom nagrody za pomoc w egzaminie. Brak pieniędzy w osobistej kasie zmusza go do zadłużenia się u Fenicjan.

Ramzes XII spotyka piękną Żydówkę- Sarę. Kobieta bardzo mu się podoba i młody książę czyni z niej swoją nałożnicę. Pochodzenie kochanki staje się jednak problematyczne, poddanym nie podoba się, że w królewskiej sypialni sypia Żydówka, kobieta prosta, niskiego stanu. Książę broni jednak swojego uczucia. Kupuje nawet dom, w którym umieszcza kochankę, aby móc z nią w spokoju spędzać czas. Gniew Egipcjan skupia się więc na Sarze, która zostaje nawet napadnięta i tylko cudem unika śmierci lub pobicia.

Ramzes przygotowuje się do przejęcia władzy. Studiuje egipskie prawodawstwo i odkrywa, że potęga jego kraju budowana jest na niewolnictwie, nędzy, wyzysku, niesprawiedliwości i bezprawiu. Ramzes ma także swój mały sukces- wreszcie zostaje namiestnikiem i przywódcą wojska. Sara zachodzi w ciążę i rodzi syna. Ramzes jednak ma dla niej i dziecka coraz mniej czasu, ojciec każe mu podróżować po kraju i robić inspekcje w odległych majątkach, a Fenicjanie, chcąc zdobyć większe wpływy na dworze podsyłają młodemu następcy tronu nową, ponętną kochankę- Fenicjankę Kamę. Podczas inspekcji Ramzes odkrywa niecną politykę kapłanów, którzy świadomie przyczyniają się do osłabiania kraju przejmując większość wpływów z podatków. Kapłani także przekupstwem i swoimi wpływami starają się kształtować politykę zagraniczną Egiptu, aby zawierane sojusze i prowadzone wojny odpowiadały ich własnym interesom. Pod wpływem swojego nauczyciela Ramzes przejmuje pogląd, że o dobrobycie królestwa nie decyduje bogactwo władców, ale mieszkańców. Drogą do bogactwa nie jest więc ciągłe podwyższanie podatków, ile wydzieranie pustyni ziem uprawnych, zapewnienie Egipcjanom możliwości rozwoju w pokoju, poczuciu bezpieczeństwa. Swoje poglądy i podejrzenia Ramzes przedstawia ojcu. Arcykapłani są wściekli na księcia. Boją się także, że jego syn z Żydówką będzie się kiedyś upominał o tron. Podstępnie namawiają więc Sarę, aby nadała chłopcu imię żydowskie, co uniemożliwi mu zostanie egipskim faraonem. Imię Izaak wskazuje na żydowskie pochodzenie chłopca, jego przynależność narodową. Kiedy Ramzes dowiaduje się jakie imię nadano jego synowi wścieka się na Sarę i czyni z niej niewolnicę swojej nowej fenickiej kochanki. Po ochłonięciu z gniewu cofa jednak swoje postanowienie.

Zaostrza się konflikt księcia z kapłanami, którzy postanawiają za wszelką cenę pozbyć się nieprzychylnego ich interesom następcy tronu. Do realizacji zdradzieckiego planu wykorzystują sobowtóra władcy- Lykona. Lykon również nienawidzi Ramzesa, bo pożąda jego kochankę- Kamę. Lykon wchodzi do sypialni królewskiej, na oczach przerażonej matki zabija dziecko Ramzesa i razem z Kamą i kosztownościami ucieka z pałacu. Sara jest przekonana, że to sam Ramzes zabił chłopca. Lykon zostaje jednak schwytany i Ramzes zostaje oczyszczony z zarzutów. Lykon nie ponosi jednak żadnych konsekwencji i ukrywa się w świątyni przy pomocy kapłanów, którzy chcą go jeszcze raz wykorzystać dla swoich niecnych planów. Jeszcze bardziej zaciekle działają na niekorzyść młodego faraona. Starają się skompromitować go w oczach Libijczyków, zrzucając na niego winę za wydany przez siebie rozkaz wycięcia w pień wojennych jeńców.

Ramzes nadal pozostaje pod wpływem swojego nauczyciela i doradcy. Postanawia walczyć o polepszenie warunków życia i pracy chłopów. W tym czasie spada także na niego osobisty cios- umiera Sara. Ramzes uświadamia sobie dopiero teraz, jak cenne było dla niego jej uczucie i wierność.

Swoje plany naprawy kraju młody faraon chce wcielić w życie zaraz po przejęciu władzy. Jednak po śmierci Ramzesa XII okazuje się, że w królewskim skarbcu nie ma pieniędzy. Nie ma i nie będzie, bo w kraju ktoś podburza mieszkańców do zaniechania wpłat na rzecz państwa. Na domiar złego do młodego faraona przychodzą kapłani i domagają się spłaty długu zaciągniętego u nich przez jego poprzednika.

Ramzes musi więc szybko zdobyć jakieś pieniądze. Wie, że w Labiryncie strzeżonym przez kapłanów znajdują się tak potrzebne mu teraz bogactwa, które mógłby wykorzystać na rozwój kraju. Oczywiście, kapłani odmawiają mu dostępu do skarbu, wiedząc, że bez funduszy Ramzes XIII w krótkim czasie upadnie i będą mogli sami sięgnąć po władzę. Faraon przejrzał myśli kapłanów, ale na razie nic nie może uczynić, aby im przeszkodzić. Aby zdobyć jakiekolwiek środki finansowe zaciąga ogromną pożyczkę u Fenicjan, w zamian nadając im korzystne przywileje handlowe (możliwość budowy morskiego kanału handlowego).

Ramzes rozważa wciąż zdobycie skarbu siłą, chce jednak, zanim do tego nastąpi, wykorzystać wszystkie inne, legalne sposoby osiągnięcia tego celu. Zwołuje więc posiedzenie wszystkich stanów, aby te dały mu swoje poparcie w staraniach o dostęp do ukrytych pieniędzy. Oczywiście, pomysł blokują kapłani, sugerując, że faraon oszalał i chce zgubić państwo. Jeszcze raz posługują się Lykonem, który, aby skompromitować faraona, udaje w parku małpę. Wieść o niepoczytalności młodego władcy roznosi się po Egipcie lotem błyskawicy.

Zdesperowany władca decyduje się wreszcie na ostateczny krok- zbrojną napaść na Labirynt. Wykorzystuje swoje zwierzchnictwo nad wojskiem i postanawia aresztować kapłanów. Dostaje informacje o zbliżającym się zaćmieniu słońca, jednak lekceważy ją, mając ważniejsze sprawy na głowie. Nie lekceważą tej wiedzy obeznani w astrologii kapłani. Spodziewając się ataku ze strony faraona sami przyspieszyli przewrót i sprowokowali akcję wojska o trzy dni wcześniej- dokładnie w dzień, na który przewidziane było zaćmienie. Atak na świątynię pokrył się z nagłym zniknięciem słońca. Ciemny lud łatwo odczytał ten znak- bogowie gniewają się za napaść na świątynię. Tę wersję przedstawia im także Herhor, i obiecuje, że przebłaga boga i przywróci słońce. Tak się też dzieje. Ramzes postanawia aresztować Herhora i Mefresa- głównych przywódców kapłanów. Ci jednak przekupiają żołnierzy. Herhor zdobywa władzę, a Ramzes ginie zabity przez zdrajcę Lykona.