W drugiej połowie XIV wieku powszechnym zjawiskiem w Kościele była demoralizacja, zarówno na najwyższym szczeblu(papieże nie byli duchowymi przywódcami chrześcijaństwa, jak dzisiaj, ale przede wszystkim władcami Państwa Kościelnego), jak i wśród najniższego duchowieństwa świeckiego i zakonnego (niższy kler prezentował niski poziom moralny i kulturalny). Było to zjawisko powszechne, które nie umknęło uwadze społeczeństwa. Już pod koniec średniowiecza nasiliła się krytyka stosunków panujących w Kościele. Krytykę tę podjęli przede wszystkim humaniści, jednak nie odcinali się oni od Kościoła. Rażący był przede wszystkim świecki tryb życia duchownych i handel odpustami. Wyższe godności kościelnie nie każdy mógł zostać na przykład biskupem - taki zaszczyt był zarezerwowany tylko dla szlachty. Często wyższe godności były rozdawane krewnym lub sprzedawane. Powszechne było nieprzestrzeganie celibatu i prowadzenie życia niezgodnego z treściami ewangelicznymi. Jednocześnie ludzie żyjący w tamtych czasach byli niezwykle religijni. Stąd zaczęły się pojawiać postulaty reformy Kościoła i odnowy życia religijnego. Kościół zdawał się jakby nie dostrzegać grożącego mu niebezpieczeństwa. Zamiast przystąpić do reformy, papieże uwikłali się w walkę o hegemonię na Zachodzie i we Włoszech.

Reformacja miała swoje źródło w sytuacji politycznej i społecznej w Niemczech. Był to kraj bardzo niejednolity pod względem politycznym - był to luźny związek wielu państewek świeckich i duchownych. W Rzeszy występowały spore różnice w rozwoju gospodarczym pomiędzy różnymi regionami. Na to wszystko nakładały się jeszcze konflikty społeczne. Niezadowolenie ze swej pozycji społecznej przejawiało chłopstwo i mieszczaństwo. Do zmiany swojej sytuacji dążyło także uboższe rycerstwo, które chciało wzmocnienia władzy cesarskiej. Wszystkie problemy, które nurtowały Niemcy w tym okresie znalazły ujście w formie wystąpień o charakterze religijnym. Stało się tak dlatego, że to właśnie Kościół był w owym czasie gwarantem ładu społecznego.

Za początek reformacji powszechnie uznaje się wystąpienie Marcina Lutra, który w31 października 1517 roku przywiesił na drzwiach katedry w Wittenberdze 95 tez wzywających do publicznej dysputy religijnej na temat istoty i skuteczności odpustów. Marcin Luter (1483 - 1546) należał do stanu duchownego (przeor zakonu augustianów), był też doktorem teologii i pracował jako profesor na uniwersytecie w Wittenberdze (wykładał "Pismo Święte"). Wystąpienie z 31 października 1517 r. nie oznaczało zerwania Lutra z Kościołem katolickim. Niepokorny augustianin chciał go tylko zreformować (wskazuje na to nazwa "reformacja"). Tezy Lutra wywołały spore zainteresowanie. Rozpoczęła się walka polemiczna między nim a przedstawicielami władz papieskich. Zarzucano mu, że głosi te same poglądy, co heretyk Hus (spalony na stosie w 1415 r.). Jednak Luter uznał, że poglądy Husa nie były sprzeczne z duchem chrześcijaństwa, a tym samym decyzja soboru w Konstancji nie była słuszna. Tymczasem liczba zwolenników Lutra stale rosła. Z czasem Luter zradykalizował swoje poglądy. W 1520 r. uznał prymat władzy świeckiej nad władzą kościelną. Atakował politykę papieża oraz demoralizację i przekupstwo duchowieństwa. Żądał reformy klasztorów i zniesienia celibatu. Za skarbnicę mądrości Luter uznał Biblię, a podstawę do swych twierdzeń teologicznych znalazł w jednym z listów świętego Pawła do Rzymian. Była to doktryna o zbawieniu. Według Lutra dla zbawienia najważniejsza była wiara w Boga. Uznał on, że skoro natura ludzka jest ułomna, to człowiek nieustannie grzeszy, a tym samym nikt nie miałby szans na życie wieczne gdyby sądzono go wedle uczynków. Dlatego człowiek może osiągnąć zbawienie dzięki wierze, łasce boskiej i pokucie. Z siedmiu sakramentów średniowiecznego Kościoła Luter uznał tylko chrzest, pokutę i Wieczerzę Pańską. Zaprzeczył też pośrednictwu Matki Bożej i świętych. W czerwcu 1520 r. papież Leon X wydał bullę, w której groził Lutrowi klątwą i nakazał mu odwołać swoje poglądy. Jednak niepokorny augustianin spalił bullę papieską. W odpowiedzi na to 3 stycznia 1521 r. Leon X ekskomunikował go bullą "Docet pontificem Romanum". W ten sposób Luter został wyklęty przez Kościół, dla którego głoszone przez niepokornego augustianina tezy były zagrożeniem. Głowę Kościoła niepokoił fakt, że tezy Lutra znajdują szeroki oddźwięk społeczny, zwłaszcza wśród mieszczaństwa i chłopstwa. I rzeczywiście liczba zwolenników Marcina Lutra wzrastała gwałtownie. Papież liczył na to, że klątwa spowoduje porzucenie heretyka przez jego dotychczasowych zwolenników. Jednak kościelna ekskomunika nie okazała skuteczna w przypadku Lutra, który jeszcze w tym samym roku odmówił odwołania głoszonych przez siebie nauk (kwiecień 1521 r.). Wobec tego cesarz Karol V w edykcie wormackim z maja 1521 r. skazał Lutra na banicję. Na szczęście dla siebie Luter miał potężnych zwolenników. Jednym z nich był elektor saski Fryderyk III Mądry, który ukrył go na zamku w Wartburgu. Luter spędził tam prawie rok a czas wykorzystał na przetłumaczenie Biblii na język niemiecki. Uważał bowiem, że "Pismo Święte" powinno być przetłumaczone na wszystkie języki narodowe, tak by każdy mógł je swobodnie czytać i głosić. Luter uznał, że jeżeli ani papież, ani biskupi nie potrafią przeprowadzić reformy Kościoła, to sprawą powinni zająć się ludzie świeccy. Dlatego Luter wezwał szlachtę i ludność świecką, by wzięli reformę Kościoła w swoje ręce. W 1524 r. Luter zrzucił habit zakonny, a rok później poślubił byłą mniszkę Katarzynę von Bora. Początkowo zwolennicy Lutra tworzyli małe gminy wyznaniowe. Potem uzyskali poparcie książąt, którzy widzieli w tym sposobność do wzmocnienia swojej władzy. Dlatego rozwiązywali zakony i sekularyzowali dobra kościelne. Reforma luterańska przyjęła się głównie w Niemczech i w krajach skandynawskich. Poglądy Lutra zostały usystematyzowane w czerwcu 1530 r. przez jego ucznia Melanchtona w tzw. "Augsburskim wyznaniu wiary". Odtąd wyznanie luterańskie nazwano augsburskim. Zwolenników reformacji nazywano też począwszy od roku 1529 protestantami (od protestu złożonego przez nich na sejmie w Spirze).

W okresie reformacji doszło w Niemczech do wojen chłopskich. Ich ideologiem był Tomasz Münzer (ok. 1489 - 1525), który sprzeciwiał się wszelkiej hierarchii duchowej i świeckiej. Nie uznawał nawet nabożeństw, a za jedyną formę kultu uznawał czytanie "Pisma Świętego" i śpiewanie psalmów. Uważał, że chrzcić powinno się ludzi dojrzałych. Zwolenników Münzera nazwano anabaptystami.

Tymczasem w Szwajcarii działali inni reformatorzy: Urlich Zwingli (1484 - 1531) i Jan Kalwin (1509 - 1564). Począwszy od roku 1518 Zwingli działał w Zurychu. Przeprowadzana przez niego reforma kościelna spotkała się z całkowitą aprobatą ze strony Rady Miejskiej Zurychu. W sierpniu 1522 roku Zwingli ogłosił 67 tez nowego wyznania. Za podstawę wiary uznał "Pismo Święte", dlatego usuwał wszystkie zwyczaje kościelne, których nie dało się uzasadnić Biblią. Skasował msze, a sakramenty uznał tylko za symbole. Z kościołów usunął wszystkie ołtarze, obrazy i inne ozdoby. Jedyna formą nabożeństwa miało być czytanie "Biblii", połączone z przyjmowaniem komunii pod obiema postaciami. Głosił konieczność współpracy pomiędzy instytucjami kościelnymi i państwowymi. Zniesiono celibat, a język narodowy został wprowadzony do nabożeństw.

Francuz Kalwin (Jean Cauvin) swoją działalność prowadził w Genewie, gdzie założył gminę ewangelicką. W roku 1536 napisał "O wychowaniu chrześcijańskim", opartą na katechizmie Lutra. Zarządzenia Kalwina były wyjątkowo surowe. W swojej nauce Kalwin głosił teorię o przeznaczeniu człowieka (o predestynacji). To Bóg decyduje, że niektórzy ludzie są predestynowani (przeznaczeni) na zbawienie, a inni na wieczne potępienie. Wyznawca mógł udowodnić, że został przez Boga wybrany do zbawienia, poprzez pobożne życie oraz poprzez pozycję społeczną i majątkową, jaka uzyskał dzięki swojej ciężkiej pracy. Tak, jak i u Lutra, jedynym źródłem Objawienia była "Biblia", dlatego każdy wierny powinien mieć stały dostęp do jej lektury. Kalwin odrzucił wszelką tradycję kościelną. Wprowadził nakaz bezwzględnego posłuszeństwa władzy państwowo - kościelnej. Wykazywał także zupełny brak tolerancji wobec innych wyznań. Kalwinizm rozprzestrzenił się w Niemczech, w Europie Środkowej, we Francji oraz w Anglii i Szkocji.

We Francji kalwinizm uzyskał poparcie początkowo ze strony mieszczaństwa, a następnie wśród szlachty, a nawet duchowieństwa i członków rodziny królewskiej. We Francji kalwinistów nazywano hugenotami. W latach 1562 - 1594, z niewielkimi przerwami, trwała tu wojna domowa. W nocy z 23 na 24 sierpnia 1572 r. doszło w Paryżu do wielkiej rzezi hugenotów. Przeszła ona do historii pod nazwą Noc św. Bartłomieja. W 1589 roku na francuskim tronie zasiadł Henryk IV z dynastii Burbonów, który był ... kalwinistą. Przeszedł na katolicyzm, a w 1598 r. wydał edykt nantejski, który francuskim hugenotom zagwarantował wolność religijną (edykt nantejski został unieważniony w 1685 r. przez Ludwika XIV).

W Anglii król Henryk VIII ogłosił się w 1534 r. głową kościoła narodowego (tzw. akt supremacji). Uczynił to z pobudek osobistych. A mianowicie pretekstem do zerwania stosunków z Kościołem stał się fakt, że Henryk VIII nie mógł uzyskać od papieża Klemensa VII rozwodu z Katarzyną Aragońską. W 1533 r. parlament angielski zakazał papieżom ingerowania w wewnętrzne sprawy Anglii. W tej sytuacji papież Klemens VIII obłożył Henryka VIII klątwą. Stało się to bezpośrednią przyczyną opowiedzenia się Anglii po stronie reformacji. Klasztory zostały rozwiązane, a ich dobra przeszły na własność Korony. Początkowo jedyną różnicą między Kościołem angielskim, a Kościołem katolickim było nie uznawanie przez ten pierwszy zwierzchnictwa papieża. dopiero za następcy Henryka VIII, Edwarda VI (1547 - 1553) w umiarkowany sposób zreformowano liturgię i naukę wiary w kierunku protestanckim. Zachowana została natomiast struktura episkopalna. Aktowi supremacji zbuntował się Tomasz Morus, który uznany został przez króla za zdrajcę, wtrącony do więzienia i ścięty. Anglikanizm został utrwalony przez królową Elżbietę I w roku 1559.

W 1555 r. został zawarty w Augsburgu traktat pokojowy, który położył kres wojnom religijnym w Rzeszy i zgodnie z którego postanowieniami, wyznanie luterańskie zostało zalegalizowane. Kościoły reformowane zostały uznane dopiero w 1648 r. na mocy pokoju westfalskiego.

W Polsce najwcześniej pojawił się luteranizm, którego zwolennicy rekrutowali się głównie spośród mieszczaństwa (zwłaszcza tego niemieckiego). Kalwinizm, który zaczął się szerzyć w połowie XVI wieku, był popularny przede wszystkim wśród szlachty. Z kalwinizmu w latach 1562 - 1565 wydzielił się kościół braci polskich (tzw. arianie czy antytrynitarze). W Polsce działali też bracia czescy (głównie w Wielkopolsce i na Pomorzu). Szczytowy rozwój reformacji na ziemiach Rzeczypospolitej przypada na panowanie króla Zygmunta Augusta (1548 - 1572). W Polsce nie doszło w XVI wieku do wojen religijnych. Panowała tu wówczas znana polska tolerancja religijna. Zagwarantowano ją na konfederacji warszawskiej w 1573 r. Wolnością cieszyli się nawet arianie (antytrynitarze, bracia polscy), czyli skrajny odłam protestancki, którzy skazani zostali na banicję dopiero w 1658 r. Jednak ostatecznie postęp reformacji w Polsce został zahamowany, głównie za sprawą działań Kościoła katolickiego. Jedną z przyczyn upadku reformacji na ziemiach polskich było to, że nie objęła ona swym zasięgiem wszystkich grup społecznych (na przykład po jej stronie nie opowiedziało się w ogóle chłopstwo).

Reforma katolicka, zwana powszechnie kontrreformacją, byłą reakcją Kościoła na szerzącą się w Europie reformację. Kościół katolicki nie dość, że przyjął postulatów reformatorów, to na dodatek uznał je za wymierzony w siebie atak. Celem kontrreformacji, a więc ruchu religijnego, politycznego i kulturalnego, który trwał od połowy XVI wieku do końca następnego stulecia, było przeciwstawienie się i zahamowanie szerzącej się reformacji. Podjęto też próbę reformy Kościoła katolickiego i przywrócenia mu dominującej roli w społeczeństwie. W tym czasie Kościół katolicki rozwinął szeroką propagandę skierowaną przeciw reformacji.

Podstawę kontrreformacji stanowiły uchwały soboru trydenckiego. Został on zwołany w roku 1545 przez papieża Pawła III i obradował z przerwami aż do 1563 r. Ścierały się na nim różne tendencje, jednak ostatecznie zwyciężyło stronnictwo wrogie i nieustępliwe wobec reformacji. Wobec tego protestanci zostali potępieni jako heretycy. W trakcie trwania soboru trydenckiego zostały zdefiniowane prawdy wiary i dogmaty kwestionowane przez protestantów. Potwierdzono rolę uczynków w zbawieniu, istnienia siedmiu sakramentów. Podkreślono sakramentalny charakter kapłaństwa oraz znaczenie kultu świętych i Maryi Panny. Potwierdzono też rolę Tradycji (obok "Biblii") jako elementu zbawienia.

Potępiono nadużycia w dziedzinie dyscypliny kościelnej, a zwłaszcza nie przebywanie biskupów w swoich siedzibach i kumulowanie kilku biskupstw. Celibat i łacina jako język liturgii zostały utrzymane. Zlecono też, aby w każdej diecezji utworzono seminarium duchowne. Miało to zapewnić podniesienie poziomu wykształcenia ówczesnego duchowieństwa. W parafiach nakazano prowadzić księgi metrykalne (chrztów, ślubów, zgonów).

W ramach działań kontrreformacyjnych rozbudowano także działającą już od średniowiecza instytucję inkwizycji. 21 czerwca 1542 r. papież Paweł III utworzył Kongregację Kardynalską Świętej Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji - tzw. Święte Oficjum (Sacrum Officium), czyli centralny urząd inkwizycji. Była to komisja kardynalska, której zadaniem było czuwanie nad czystością wiary, a także zwalczać wszelkie herezje. Na jej czele stanął Gian Pietro Caraffa. Dla tych, którzy nie chcieli odstąpić od swych heretyckich poglądów przewidziana była kara śmierci. Święte Oficjum zostało rozbudowane za papieża Pawła IV (1555 - 1559). Od tego momentu inkwizycja rzymska stała się równie bezwzględna, co hiszpańska. Nikt, nawet wyższe duchowieństwo, nie mógł już czuć się bezpieczny. Wyroki śmierci stały się codziennością. Egzekucje urządzano publicznie (ku przestrodze dla innych). Celem inkwizycji miało być przede wszystkim utrzymanie jedności religijnej oraz zwycięstwo prawdy. Była ona także ostatnią instancją w sprawach cenzury kościelnej. Nadzorowała drukarnie i ścigała zarówno drukarzy, jak i książki uznane z heretyckie. Działalność Sacrum Officium przyczyniła się do likwidacji reformacji we Włoszech.

Paweł III zatwierdził także (w roku 1540) nowy zakon - Towarzystwo Jezusowe (Societatis Jesu), na którego czele stanął Hiszpan Ignacy Loyola (1491 - 1556). Zakon jezuitów miał się stać orężem Kościoła katolickiego w walce z reformacją.

Kolejnym instrumentem mającym zwalczać reformację było utworzenie "Indeksu ksiąg zakazanych", czyli spisu wszystkich zakazanych przez Kościół dzieł. Zostały one oficjalnie potępione jako heretyckie i niezgodne z nauką Kościoła. Nie wolno było ich rozpowszechniać i czytać. Groziła za to klątwa. W opinii władz kościelnych były to dzieła szkodliwe moralnie, zagrażające nauce kościelnej. Można je było czytać wyłącznie za zezwoleniem biskupa. Na liście znalazły się między innymi dzieła Erazma z Rotterdamu, czy Mikołaja Kopernika. Cenzurowano publikacje, w których znajdowała się pochwała Żydów lub muzułmanów, niedozwolone były jakiekolwiek tłumaczenia "Biblii". Wszelkie dzieła o magii, czy treści antyreligijne uznawane były za godne potępienia. Na liście dzieł zakazanych znalazły się najwybitniejsze dzieła nauki i literatury: prace Rabelaise'a, Aberalda, Dantego, Morusa, Bacona, Grotiusa oraz wielu innych. Pierwsza lista została opracowana jeszcze w roku 1543 przez papieża Pawła III. Ostatnia ukazała się ... w 1948 roku i zawierała ponad 6 tysięcy zakazanych tytułów na 510 stronach. Dopiero w 1966 r. papież ogłosił, że dalszych wydań Index librorum prohibitorum nie będzie.

W 1564 r. papież Pius IV ogłosił trydenckie wyznanie wiary, które stało się obowiązującą dla wszystkich wiernych podstawą religii rzymskokatolickiej.

Sobór trydencki zapoczątkował kontrreformację. Typowym zjawiskiem dla Europy w drugiej połowie XVI wieku stają się wojny religijne. Reformację udało się zahamować w wielu krajach (na przykład we Włoszech, czy w Polsce). Jednak w wielu krajach zakończyło się to niepowodzeniem. Poza orbitą wpływów Kościoła rzymskokatolickiego została część państw niemieckich, Niderlandy, Anglia, Szkocja czy Siedmiogród. Zdobycze reformacji okazały się trwałe. Powstały w jej wyniku podział religijny trwa do dnia dzisiejszego.