Ruch reformacyjny wymusił na Kościele przeprowadzenie wielu nowych reform. Ich rezultaty były imponujące. Sobór trydencki, który obradował w latach 1545-1563 potępił reformację i usunął nadużycia w Kościele przez:

  • podniesienie moralnych kwalifikacji duchowieństwa,
  • nakazanie biskupom stałego przebywania w ich diecezjach, regularnego zwoływania przez nich synodów i wizytowania podległego im kleru,
  • powstawanie nowych seminariów dla duchownych,
  • uznanie równorzędności nauki Kościoła (tzw. tradycji) z Pismem Świętym,
  • zatrzymanie prawa komentowania Pisma Świętego dla duchowieństwa,
  • równoważnego uznania w kwestii zbawienia uczynków i wiary,
  • potwierdzenie nauki o odpustach,
  • ujednolicenie znaczenia podstawowych terminów (m. in. co to jest kapłaństwo czy sakrament) i poglądów na rolę mszy i istnienie czyśćca,
  • pozostawienie języka łacińskiego przy sprawowaniu nabożeństw.

Narzędziem kontrreformacji uczyniono propagandę wyznaniową w trzech formach: ustnej, drukowanej i wizualnej. Zaczęto oddziaływać na zmysły wiernych przez bogate wyposażanie wnętrz kościelnych, przedstawienia teatralne, malowidła. Jednak wszystkie te inicjatywy kontrolowali teologowie. W ten sposób przeprowadzono reformę katolicką, czyli gruntowną odnowę Kościoła od wewnątrz.

Kontreformacja przyniosła oczekiwane skutki, gdyż poczynania kościelnego aparatu przemocy były skorelowane z działaniami władzy świeckiej. Władza ta wspierała Kościół w tej walce przy pomocy swoich trybunałów, wojska i ówczesnej policji.

W 1542 roku papież Paweł III (1534-1549) powołał do życia trybunał inkwizycji, złożony z sześciu kardynałów, którzy pełnili nadzór nad działalnością sędziów, utrzymywali licznych szpiegów oraz korzystali z donosów. Podejrzanych poddawano torturom, aby wymusić na nich, często zmyślone zeznania. Kary dla tych, którzy się przyznali były różnorakie od pieniężnych, pokuty kościelnej, banicji, długotrwałego więzienie do śmierci włącznie. W Hiszpanii inkwizycja była w rękach króla i stanowiła narzędzie państwa.

W 1559 roku papież Paweł IV (1555-1559) ustanowił Indeks ksiąg zakazanych. Umieszczone zostały na nim dzieła wybitnych humanistów poczytane za heretyckie, bowiem ich autorzy krytykowali w nich kler lub pochwalali pogański tryb życia. Cenzura duchowna czasami wstrzymywała wydanie dzieła nakazując jego przeredagowanie lub usunięcie zakwestionowanych fragmentów. Była to tzw. cenzura prewencyjna W krajach, gdzie panował katolicyzm zakazane dzieła palono, a ich autorów karano chłostą, więzieniem, a nawet stosem.

Towarzystwo Jezusowe zostało założone Ignacego Loyolę w 1540 roku. Zakon Jezuitów do trzech ślubów zakonnych: ubóstwa, czystości i posłuszeństwa otrzymał jeszcze jeden bezwarunkowego posłuszeństwa wobec papieża. Jezuici w pierwszym okresie swej działalności walczyli z reformacją i działali na misjach w Ameryce Północnej i Południowej oraz w Azji. W Europie działali głównie w ośrodkach władzy politycznej, a więc na dworach królewskich, szlacheckich i magnackich. Jezuici zakładali kolegia zakonne. Program nauczania zakonu opierał się na osiągnięciach humanistycznej pedagogiki w upowszechnieniu doktrynalnych wytycznych potrydenckiego katolicyzmu. Przy wyborze kolejnych współbraci zwracano szczególną uwagę na jego walory umysłowe kandydatów.