Pod koniec średniowiecza nasiliła się krytyka skierowana pod adresem Kościoła. Niezadowolenie społeczne wywoływało powszechne w środowisku kościelnym zjawisko demoralizacji. Niższy kler prezentował niski poziom moralny, był też słabo wykształcony. W sposób oczywisty rzutowało to na poziom kazań i treści religijnych przekazywanych społeczeństwu. Powszechne było nie przestrzeganie celibatu i utrzymywanie przez księży konkubin. Sprzeciwy wzbudzał przede wszystkim handel odpustami, bowiem to Kościół miał "monopol" na odpuszczanie win, co z kolei było niezbędne do uzyskania zbawienia. Rażący był także świecki tryb życia duchownych. Przede wszystkim zaś samego papieża, który żył niczym świecki książę i bardziej interesował się walką o hegemonię we Włoszech i w Europie Zachodniej, niż próbą reformy wewnętrznej Kościoła. Zupełnie nie dostrzegali oni, lub nie chcieli dostrzegać, symptomów zbliżającego się kryzysu. A zbliżał się on nieuchronnie... Ludzie żyjący w tamtym okresie byli bardzo religijni. Prawie wszystkie aspekty ich życia były regulowane przez Kościół. Właśnie dlatego postulaty reformy Kościoła i odnowy życia religijnego były dla nich tak ważne. Szczególnie silnie rozbrzmiewały te postulaty w Niemczech, które były rozdrobnione pod względem politycznym, gospodarczym i społecznym. Szczególnie niezadowolonymi grupami społecznymi było chłopstwo, mieszczaństwo i ubogie rycerstwo. Dlatego to właśnie w Niemczech swoje źródła ma reformacja, czyli ruch zmierzający do reformy Kościoła i jego odnowy moralnej.

31 października 1517 r. swoje 95 tez ogłosił Marcin Luter (zm. 1546 r.). Ten dzień uznaje się za początek reformacji. Luter urodził się w roku 1483. W momencie swojego wystąpienia był przeorem zakonu augustianów i profesorem na uniwersytecie w Wittenberdze). Już od dłuższego czasu poddawał on w wątpliwość część oficjalnej doktryny kościelnej, jednak jego sprzeciw wywołał dopiero handel odpustami. To właśnie tego dotyczyły tezy wywieszone na drzwiach katedry w Wittenberdze. Jego wystąpienie nie miało doprowadzić do zerwania z Kościołem, ale do jego reformy. Stało się jednak inaczej... Tezy Lutra wzbudziły spore zainteresowanie wśród ludności, ale też i niepokój władz kościelnych. Zwłaszcza, że z czasem Luter zaczął radykalizować swoje poglądy. Uznawał dominację władzy świeckiej nad władzą kościelną. Krytykował papieża i jego politykę. Potępiał demoralizację i przekupstwo duchowieństwa. Postulował reformę klasztorów i zniesienie celibatu (którego wielu duchownych w tym czasie nie przestrzegało). Skarbnicą mądrości była dla Lutra Biblia. Według niego dla zbawienia najważniejsza była wiara w Boga. Uznał on, że skoro natura ludzka jest ułomna, to człowiek nieustannie grzeszy, a tym samym nikt nie miałby szans na życie wieczne gdyby sądzono go wedle uczynków. Dlatego człowiek może osiągnąć zbawienie dzięki wierze, łasce boskiej i pokucie. Luter odrzucił część sakramentów. W 1520 r. papież Leon X zagroził niepokornemu augustianinowi klątwą. Liczył, że perspektywa wyrzucenia go poza nawias Kościoła zniechęci Lutra do dalszego głoszenia herezji. Jednak Luter spalił papieską bullę i w roku następnym został przez papieża wyklęty. Jednocześnie cesarz Karol V skazał go na banicję (edykt wormacki, 1521 r.). Okazało się to nieskuteczne, bo Luter miał potężnego protektora w osobie elektora saskiego Fryderyka III Mądrego, który ukrył go w swoim zamku. Tymczasem stale wzrastała liczba zwolenników Lutra i jego poglądów. Luter sądził, że "Pismo Święte" powinno być przetłumaczone na wszystkie języki narodowe, tak by każdy mógł je swobodnie czytać i głosić. Luter uznał też, że jeżeli ani papież, ani biskupi nie potrafią przeprowadzić reformy Kościoła, to sprawą powinni zająć się ludzie świeccy. W 1524 r. Luter zrzucił habit zakonny. Poglądy Lutra zostały usystematyzowane w czerwcu 1530 r. przez jego uczniów. Zwolenników reformacji nazywano też począwszy od roku 1529 protestantami (od protestu złożonego przez nich na sejmie w Spirze). Reforma luterańska przyjęła się głównie w Niemczech i w krajach skandynawskich. Dopiero w 1555 r. został zawarty w Augsburgu traktat pokojowy, który położył kres wojnom religijnym w Rzeszy i zgodnie z którego postanowieniami, wyznanie luterańskie zostało zalegalizowane. Kościoły reformowane zostały uznane dopiero w 1648 r. na mocy pokoju westfalskiego.

Twórcą innego ruchu religijnego, anabaptyzmu, był Tomasz Münzer (ok. 1489 - 1525), który sprzeciwiał się wszelkiej hierarchii duchowej i świeckiej. Nie uznawał nawet nabożeństw, a za jedyną formę kultu uznawał czytanie "Pisma Świętego" i śpiewanie psalmów. Uważał, że chrzcić powinno się ludzi dojrzałych i w pełni świadomych.

W Szwajcarii działalność rozwinęli inni reformatorzy. Od roku 1518 w Zurychu działał Urlich Zwingli. Jego działania zostały poparte przez władze tego miasta. W sierpniu 1522 roku Zwingli ogłosił 67 tez nowego wyznania. Tak, jak Luter za podstawę wiary uznał "Pismo Święte". Likwidował zatem wszystkie te zwyczaje kościelne, których nie dało się uzasadnić Biblią: skasował msze, a sakramenty uznał tylko za symbole. Zniesiono celibat, a język narodowy został wprowadzony do nabożeństw. Zwingli głosił konieczność współpracy pomiędzy instytucjami kościelnymi i państwowymi. Francuz Jan Kalwin (1509 - 1564) swoją działalność prowadził w Genewie, gdzie założył gminę ewangelicką. W roku 1536 napisał "O wychowaniu chrześcijańskim". W swojej nauce Kalwin głosił teorię o przeznaczeniu człowieka (o predestynacji). To Bóg decyduje, że niektórzy ludzie są predestynowani (przeznaczeni) do zbawienia, a inni do wiecznego potępienia. Wyznawca mógł udowodnić, że został przez Boga wybrany do zbawienia, jedynie poprzez pobożne życie oraz poprzez pozycję społeczną i majątkową, jaką uzyskał dzięki swojej ciężkiej pracy. Tak, jak u Lutra i Zwinglego, jedynym źródłem Objawienia była "Biblia", dlatego każdy wierny powinien mieć do niej stały dostęp. Kalwin wprowadził nakaz bezwzględnego posłuszeństwa władzy państwowo - kościelnej. Kalwinizm cieszył się dużą popularnością w Niemczech, w Europie Środkowej, we Francji oraz w Anglii i Szkocji.

We Francji kalwinizm uzyskał poparcie początkowo ze strony mieszczaństwa, a następnie wśród szlachty, a nawet duchowieństwa i członków rodziny królewskiej. We Francji kalwinistów nazywano hugenotami. W latach 1562 - 1594, z niewielkimi przerwami, trwała tu wojna domowa. W nocy z 23 na 24 sierpnia 1572 r. doszło w Paryżu do wielkiej rzezi hugenotów. Przeszła ona do historii pod nazwą Noc św. Bartłomieja. W 1589 roku na francuskim tronie zasiadł Henryk IV z dynastii Burbonów, który był ... kalwinistą. Przeszedł na katolicyzm, a w 1598 r. wydał edykt nantejski, który francuskim hugenotom zagwarantował wolność religijną (edykt nantejski został unieważniony w 1685 r. przez Ludwika XIV).

W Anglii król Henryk VIII ogłosił się w 1534 r. głową kościoła narodowego (tzw. akt supremacji). Pretekstem do zerwania stosunków z Kościołem stała się niemożność uzyskania od papieża kościelnego rozwodu z Katarzyną Aragońską. Henryk VIII ogłosił się głową Kościoła w Anglii, a tym samym naraził się na klątwę papieża Klemensa VIII. Klasztory w Anglii zostały rozwiązane, a ich dobra przeszły na własność Korony. Za następcy Henryka VIII, Edwarda VI (1547 - 1553) w umiarkowany sposób zreformowano liturgię i naukę wiary w kierunku protestanckim. Zachowana została natomiast struktura episkopalna. Anglikanizm został utrwalony przez królową Elżbietę I w roku 1559.

W Polsce najwcześniej pojawił się luteranizm. Jego zwolennikami byli najczęściej reprezentanci mieszczaństwa (zwłaszcza tego niemieckiego). Kalwinizm, który zaczął się szerzyć w połowie XVI wieku, był popularny przede wszystkim wśród szlachty. Z kalwinizmu wydzielił się z czasem kościół braci polskich (tzw. arianie czy też antytrynitarze). W Polsce (głównie w Wielkopolsce i na Pomorzu) działali też bracia czescy. Swoje apogeum reformacja osiągnęła na ziemiach polskich w okresie panowania króla Zygmunta Augusta (1548 - 1572). W Polsce nie doszło w XVI wieku do wojen religijnych. Panowała tu wówczas słynna polska tolerancja religijna. Zagwarantowano ją na konfederacji warszawskiej w 1573 r. Jednak ostatecznie postęp reformacji w Polsce został zahamowany, głównie za sprawą działań Kościoła katolickiego. Jedną z przyczyn upadku reformacji na ziemiach polskich było to, że nie objęła ona swym zasięgiem wszystkich grup społecznych (na przykład po jej stronie nie opowiedziało się w ogóle chłopstwo).

Reforma katolicka, zwana powszechnie kontrreformacją to reakcja Kościoła popularność ruchów reformatorskich w Europie. Kościół katolicki nie tylko nie przyjął postulatów reformatorów, ale też uznał je za wymierzony w siebie atak. Celem kontrreformacji, a więc ruchu religijnego, politycznego i kulturalnego, który trwał od połowy XVI wieku do końca następnego stulecia, było przeciwstawienie się i zahamowanie szerzącej się reformacji. Podjęto też próbę reformy Kościoła katolickiego i przywrócenia mu dominującej roli w społeczeństwie. W tym czasie Kościół katolicki rozwinął szeroką propagandę skierowaną przeciw reformacji. Reformę przeprowadzono na soborze trydenckim (1545 - 1563). Reformację miała zwalczać zreorganizowana inkwizycja i nowopowstały zakon jezuitów. Stosowano przymus religijny, a powszechnym zjawiskiem stały się wojny religijne (np. we Francji). Do walki z reformacją zaprzęgnięto nawet sztukę. Reformację powstrzymano w wielu krajach (na przykład w Polsce i we Włoszech). Jednak w wielu krajach zakończyło się to porażką. Część państw niemieckich, Skandynawia, Niderlandy, Anglia, Szkocja czy Siedmiogród stały się niezależne od papiestwa. Skutki reformacji okazały się trwałe. W jej wyniku nastąpił podział religijny, który trwa do dnia dzisiejszego.