Wyniesiony głosami szlacheckim na tron opuszczony przez Henryka Walezego Stefan Batory okazał się władcą pod licznymi względami całkowicie odmiennym. Mówiąc bardziej precyzyjnie królem 15 XII 1575 roku okrzyknięta została Anna Jagiellonka, zaś Książe siedmiogrodzki został "nadany" jej jako małżonek. Wybór ten został przeprowadzony mimo agitacji niechętnych kandydatowi arian, z antytrynitarzami, tak znienawidzonymi przez Kościół w Polsce walczyli bowiem zarówno agenci Batorego, jak i popierający go Mikołaj Sielicki, będący marszałkiem izby poselskiej.

W początkowym okresie rządów Stefan Batory cieszył się dużą popularnością wśród rycerstwa ze względu na prowadzoną wobec niego politykę i walki jakie toczył z Habsburgami (był nawet więziony przez 3 lata w Wiedniu), którzy nie cieszyli się w Polsce dobrą opinią. Od 1571r. Batory walczył w Siedmiogrodzie z Kasprem Bekieszem.

Również w Polsce doszło prawie do wybuchu wojny domowej, na skutek ogłoszenia królem Polski Maksymiliana przez prymasa Polski Jakuba Chańskiego (przy aprobacie szlachty litewskiej), do czego doszło na trzy dni przed wyborem Batorego. Konflikt rozwiązał się sam w związku ze śmiercią cesarza Maksymiliana.

Jednym z najważniejszych wydarzeń, jakie miały miejsce w trakcie rządów Batorego, była wojna z Rosją. Przyczyną zatargu był pogląd króla, zgodnie z którym zjednoczenie Węgier może wieść jedynie przez Moskwę oraz dążenia Iwana IV do odebrania Rzeczpospolitej Inflant, a Wielkiemu Księstwu Litewskiemu części ziem białoruskich.

Batory pragnął uzależnić od siebie Gdańsk, ale w obliczu zagrożenia własnej autonomii władze gdańska poprosiły o pomoc Danię. Flota duńska zapobiegła ustawieniu blokady przez króla od linii brzegowej. Konflikt zakończył się porażką Batorego, który postanowił zawrzeć kompromis, ze względu na zbliżające się potyczki na wschodzie.

Obdarzony talentami wojskowymi i zdolnościami organizacyjnymi dobrze przygotował swoją armię do tej wyprawy. Batory był także świetnym strategiem, co potwierdziło zabranie ze sobą na wschód drukarni, która oznajmiała wszystkim o odniesionych sukcesach. W 1582r. konflikt zakończył się podpisaniem rozejmu w Jamie Zapolskim. Na jego mocy Polska uzyskała ziemię połocką i Inflanty.

Środki uzyskane od Gdańska i miast pruskich okazały się niewystarczające na prowadzenie tak aktywnej polityki wschodniej, dlatego też król był zmuszony zwrócić się o pomoc do szlachty, która zgodziła się na pobory, ale za cenę uszczuplenia władzy królewskiej poprzez powołanie dla szlachty trybunału koronnego, do czego doszło w 1578 roku.

Mimo to Stefan Batory miał nie najlepszą opinię wśród szlachty, która postrzegała go jako okrutnego tyrana, do czego wydatnie przyczyniło się ścięcie w 1584 r. banity, Samuela Zborowskiego, któremu udowodniono niezbicie zdradę stanu.

Duża różnorodność wyznaniowa posłów szlacheckich sprawiała, iż w 1568 r. uchwalono swobodę wyznaniową, która swoim zasięgiem obok dominującego katolicyzmu objęła również trzy inne odłamy - kalwinizm, luteranizm i unitaryzm. Fakt ten pokazuje, iż solidarność szlachecka była silniejsza niż panujące wśród ziemiaństwa odmienności religijne. Również Batory, który został królem przy poparciu różnowierców, potępiał akty nietolerancji, takie jak krwawa rzeź francuskich hugenotów i czynił to tak gorliwie, iż po kraju krążyły pogłoski o tym iż jest on heretykiem (do tego stopnia że sprawdzano jak często Batory bywa na mszy). Nieufni wobec niego byli także jezuici, pomimo otrzymywanego odeń poparcia materialnego i moralnego, przejawiającego się fundacją akademii jezuickiej w Wilnie (1579r.), a także wielu kolegiów i kościołów.

Batory był jednak daleki od łamania ustaleń konfederacji warszawskiej. Wielokrotnie tez dawał wyraz swemu tolerancyjnemu usposobieniu, na przykład w 1577 r. potępił ostro profanację protestanckiego cmentarza dokonana przez studentów. Z wyrazami królewskiej dezaprobaty spotkał się również uczynek wileńskiego biskupa Jerzego Radziwiłła, który w 1581 r dokonał spalenia książek protestanckich. Przy okazji Batory po raz kolejny wyraził intencje przestrzegania uchwalonych przez brać szlachecka postanowień.

Niestety nieumiejętność nawiązania dialogu z nieufną izbą poselską, sprawiała, iż szlachta stale podejrzewała go o despotyczne dążenia i chęć ograniczania przywilejów szlacheckich. Ponadto szlachta polska podejmowała ataki na pełniących u boku króla wysokie stanowiska Węgrów. Nie do końca zadowolona była również królowa Anna Jagiellonka, nie potrafiąca zbliżyć się do męża, unikającego ciągle i na wszelkie sposoby towarzystwa swej starszej o lat dziesięć małżonki.

Batory zmarł 12 grudnia 1586 roku, podczas przygotowań do kolejnej wyprawy zbrojnej na Moskwę i starań o stworzenie ligi antytureckiej. Była to śmierć tak nagła, iż pojawiły się pogłoski o rzekomym otruciu króla, co jednak prawdą nie było. Inną z plotek przypisywała mu nieślubnego syna, którego dopatrywano się później w osobie Dymitra Samozwańca.