Szlachta polska już od dawna zabiegała, aby unię personalną miedzy Polska a Litwą zastąpić unią realną. Sojusznika w tych dążeniach znalazła ona w rycerstwie Wielkiego Księstwa Litewskiego, które dążyło do uzyskania tych samych praw i przywilejów, jakimi cieszyła się już od dawna szlacht koronna. Przeciwko unii realnej opowiadali się natomiast magnaci litewscy, w obawie utraty swej dominującej dotychczas pozycji na terenie księstwa.
Sprawy unii polsko-litewskiej były rozpatrywane na sejmie w Lublinie, który obradował od stycznia do lipca 1569 roku. W trzecim miesiącu obrad doszło do próby zerwania sejmu przez grupkę magnatów litewskich. Opuścili oni potajemnie Lublin, co spowodowało natychmiastową reakcję posłów i senatorów polskich i litewskich, którzy byli zwolennikami połączenia państw więzami unii realnej. Sejm uchwalił wcielenie - inkorporację południowo-zachodniej części państwa litewskiego, tj. Podlasia, Wołynia i Podola do Korony Polskiej. W czerwcu włączono także Kijowszczyznę. Te dwa akty inkorporacyjne spowodowały, iż terytorium państwa litewskiego zmniejszyło się ponad połowę. Pod tym naciskiem grupa opozycyjnych magnatów litewskich powrócił do Lublina. Akty unijne zostały podpisane przez Zygmunta Augusta dnia 4 lipca 1569 roku, choć sama unia została zawarta dnia 27 czerwca tegoż roku. Na mocy tej unii (unia realna) zostały połączone suwerenne i równouprawnione państwa i narody w jedno państwo, nazwane przez szlachtę Rzeczpospolitą Obojga Narodów. Wspólne dla obu państw były: sejm, elekcja wspólnego władcy, polityka zagraniczna, wspólne prowadzenie wojen oraz pieniądz. Oddzielne nadal pozostawały: urzędy centralne, wojsko, sądownictwo i skarb.
Unia ta stanowiła bez wątpliwości jedno z najważniejszych wydarzeń kształtujących losy Polaków i Litwinów. Następstwa tego wydarzenia są odczuwalne po dziś dzien. Mimo tego wielu historyków podkreśla bardziej jej negatywne skutki niż pozytywne. Wcielenie do państwa polskiego Wołynia, Podola i Ukrainy spowodowało szybką odbudowę - osłabionej przez egzekucję dóbr w połowie XVI wieku potęgi możnowładców koronnych. Stało się tak dzięki koligacjom rodzinnym i politycznym miedzy magnateria polską a ruską, która to z kolei zaczęła obejmować najwyższe godności w Koronie. Włączenie ziem południowo-ruskich do Korony pociągnęło za sobą konieczność ich obrony przed najazdami turecko-tatarskimi, a późnej zaś wciągnęło Polskę w wojny z Moskwą. Ziemie ruskie okazały się miejscem stałego wrzenia, na których rozgrywały się potężne konflikty religijno-narodowe i społeczne. Powstała w wyniku połączenie tych krajów nowa formacja państwowa była najbardziej zróżnicowana pod względem etnicznym, językowym, religijnym i gospodarczym w całej ówczesnej Europie. Struktura gospodarcza i społeczna Korony i Litwy bardzo się od siebie różniła i mimo wielu reform różnic tych nie udało się zniwelować. Litwa z Rusią stanowiła obszar słabo zaludniony i zurbanizowany, podczas gdy Prusy Królewskie, Wielkopolska, czy zachodnia cześć Małopolski charakteryzowały się silnie rozwiniętą gospodarka towarowo-pieniężną. Z drugiej zaś strony dzięki unii wymieszały się ze sobą elementy różnych kultur: białoruskiej, ukraińskiej, litewskiej, polskiej, żydowskiej, ormiańskiej i tatarskiej. Rzeczpospolita Obojga Narodów stała się obszarem kształtowania się i wzajemnego przenika się wpływów Zachodu i Wschodu, pomostem kulturalnym pomiędzy Rosją a Europą Zachodnią.
