W drugiej połowie XIV wieku chrześcijańska Europa nękana była licznymi kataklizmami i nieszczęściami. Epidemie, wojna stuletnia i jej następstwa (spustoszenia), a także problemy Kościoła i papiestwa postrzegane były przez ludzi jako kara Boża i zapowiedź dalszych nieszczęść. Panował klimat zbiorowego lęku, strachu przed zarazą i sądem ostatecznym. Kościół, od którego zależało zbawienie chrześcijan nie spełniał swoich zadań należycie. Dlatego pod koniec średniowiecza nasiliła się krytyka stosunków panujących w Kościele. Raził przede wszystkim świecki tryb życia duchownych i handel odpustami. Wyższe godności kościelnie nie każdy mógł zostać na przykład biskupem - taki zaszczyt był zarezerwowany tylko dla szlachty. Często wyższe godności były rozdawane krewnym lub sprzedawane. Papieże nie byli duchowymi przywódcami chrześcijaństwa, jak dzisiaj, ale przede wszystkim władcami Państwa Kościelnego. Pojawiały się także zastrzeżenia co do niższego kleru, który był słabo wykształcony. Powszechne było nieprzestrzeganie celibatu i prowadzenie życia niezgodnego z treściami ewangelicznymi. Jednocześnie ludzie żyjący w tamtych czasach byli niezwykle religijni. Stąd zaczęły się pojawiać postulaty reformy Kościoła i odnowy życia religijnego.

Reformację zapoczątkowało wystąpienie doktora teologii i profesora na uniwersytecie w Wittenberdze, augustianina Marcina Lutra (1483 - 1546), który w dniu 31 października 1517 roku wywiesił na drzwiach katedry w Wittenberdze 95 tez skierowanych przeciwko odpustom. Tezy były w zasadzie wezwaniem do publicznej dysputy religijnej na temat istoty i skuteczności odpustów. Z czasem Luter zaczął radykalizować swoje poglądy. Luter podważał władzę papieża, domagał się kasacji zakonów i zniesienia celibatu księży. W 1519 r. uznał, że postawą wiary jest wyłącznie "Pismo Święte". Z siedmiu sakramentów średniowiecznego Kościoła Luter uznał tylko chrzest, pokutę i Wieczerzę Pańską. Uznał, że uczynki człowieka (ani odpusty) nie odgrywają żadnej roli w zbawieniu człowieka, gdyż tylko wiara może uczynić go sprawiedliwym i zapewnić mu zbawienie. Zaprzeczył też pośrednictwu Matki Bożej i świętych. Już wiosną 1518 r. dominikanie wystąpili w Rzymie przeciwko Lutrowi z oskarżeniem o herezję. Zarzucano mu, że głosi te same poglądy co spalony na stosie Jan Hus. Jednak Luter uznał, że poglądy Husa nie były sprzeczne z duchem chrześcijaństwa. W kwietniu 1518 roku rozpoczął się proces w tej sprawie. W czerwcu 1520 r. wydana została bulla papieska grożąca Lutrowi klątwą, jednak niepokorny augustianin spalił ją. Skutkiem tego była wydana przez papieża Leona X klątwa z 3 stycznia 1521 r. (bullą "Docet pontificem Romanum"). Luter został wyklęty przez Kościół, dla którego głoszone przez niepokornego augustianina tezy były zagrożeniem. Nauka Lutra naruszała władzę i prymat papieża nad całym chrześcijaństwem. Głowę Kościoła niepokoił fakt, że tezy Lutra znajdują szeroki oddźwięk społeczny, zwłaszcza wśród mieszczaństwa i chłopstwa. Papież sądził, że klątwa spowoduje porzucenie heretyka przez jego dotychczasowych zwolenników. Jednak kościelna ekskomunika nie okazała skuteczna w przypadku Lutra, który jeszcze w tym samym roku odmówił odwołania głoszonych przez siebie nauk (kwiecień 1521 r.). Powoływał się w nich na "Pismo Święte", odrzucając tym samym tradycję kościelną. Wobec tego cesarz Karol V w edykcie wormackim z maja 1521 r. skazał Lutra na banicję, jednak został on ukryty przez swoich zwolenników. Jego potężny protektor elektor saski Fryderyk III Mądry ukrył go na zamku w Wartburgu. Luter przetłumaczył na język niemiecki "Biblię", gdyż sądził że "Pismo Święte" powinno być przetłumaczone na wszystkie języki narodowe, tak by każdy mógł je swobodnie czytać i głosić. Luter uznał, że jeżeli ani papież, ani biskupi nie potrafią przeprowadzić reformy Kościoła, to sprawą powinni zająć się ludzie świeccy. Dlatego Luter wezwał szlachtę i ludność świecką, by wzięli reformę Kościoła w swoje ręce. Poglądy Lutra zostały usystematyzowane w 1530 r. przez jego ucznia Melanchtona w tzw. "Augsburskim wyznaniu wiary". Początkowo zwolennicy Lutra tworzyli małe gminy wyznaniowe. Potem uzyskali poparcie książąt, którzy widzieli w tym sposobność do wzmocnienia swojej władzy. Dlatego rozwiązywali zakony i sekularyzowali dobra kościelne. Reforma luterańska przyjęła się głównie w Niemczech i w krajach skandynawskich.

Tymczasem w Szwajcarii działali inni reformatorzy: Urlich Zwingli (1484 - 1531) i Jan Kalwin (1509 - 1564). Zwingli działał w Zurychu. Za zgodą rady miejskiej usuwał wszystkie kościelne zwyczaje, których nie dało się uzasadnić "Biblią". Skasował msze, a sakramenty uznał tylko za symbole. Z kościołów usunął wszystkie ołtarze, obrazy i inne ozdoby. Jedyna formą nabożeństwa miało być czytanie "Biblii", połączone z przyjmowaniem komunii pod obiema postaciami. Głosił konieczność współpracy pomiędzy instytucjami kościelnymi i państwowymi. Francuz Kalwin swoją działalność prowadził w Genewie. W roku 1536 napisał "O wychowaniu chrześcijańskim", opartą na katechizmie Lutra. Zarządzenia Kalwina były wyjątkowo surowe. W swojej nauce Kalwin głosił teorię o przeznaczeniu człowieka (o predestynacji). To Bóg decyduje, że niektórzy ludzie są predestynowani (przeznaczeni) na zbawienie, a inni na wieczne potępienie. Wyznawca mógł udowodnić, że został przez Boga wybrany do zbawienia, poprzez pobożne życie oraz poprzez pozycję społeczną i majątkową, jaka uzyskał dzięki swojej ciężkiej pracy. Tak, jak i u Lutra, jedynym źródłem Objawienia była "Biblia", dlatego każdy wierny powinien mieć stały dostęp do jej lektury. Kalwinizm rozprzestrzenił się w Niemczech, w Europie Środkowej, we Francji oraz w Anglii i Szkocji.

W Anglii król Henryk VIII ogłosił się w 1534 r. głową kościoła narodowego (tzw. akt supremacji). Uczynił to z pobudek osobistych, a mianowicie nie mógł od papieża Klemensa VII uzyskać rozwodu z Katarzyną Aragońską. W 1533 r. parlament angielski zakazał papieżom ingerowania w wewnętrzne sprawy Anglii. W tej sytuacji papież Klemens VIII obłożył Henryka VIII klątwą. Stało się to bezpośrednią przyczyną opowiedzenia się Anglii po stronie reformacji. Klasztory zostały rozwiązane, a ich dobra przeszły na własność Korony. Początkowo jedyną różnicą między Kościołem angielskim, a Kościołem katolickim było nie uznawanie przez ten pierwszy zwierzchnictwa papieża. dopiero za następcy Henryka VIII, Edwarda VI (1547 - 1553) w umiarkowany sposób zreformowano liturgię i naukę wiary w kierunku protestanckim. Zachowana została natomiast struktura episkopalna. Aktowi supremacji zbuntował się Tomasz Morus, który uznany został przez króla za zdrajcę, wtrącony do więzienia i ścięty. Anglikanizm został utrwalony przez królową Elżbietę I w roku 1559.

W okresie reformacji powstały liczne mniejsze grupy wyznaniowe, jak na przykład anabaptyści, którzy żyli w przekonaniu rychłego końca świata i cechował ich radykalizm.

W 1555 r. został zawarty w Augsburgu traktat pokojowy, który położył kres wojnom religijnym w Rzeszy i zgodnie z którego postanowieniami, wyznanie luterańskie zostało zalegalizowane. Kościoły reformowane zostały uznane dopiero w 1648 r. na mocy pokoju westfalskiego. We Francji toczyły się wojny religijne, którym kres położył dopiero edykt nantejski z 1598 r. (unieważniony w 1685 r. przez Ludwika XIV).

Do wojen religijnych nie doszło w XVI wieku w Polsce, gdzie panowała wówczas tolerancja religijna. Zagwarantowano ją na sejmie konwokacyjnym w 1573 r. (tzw. Konfederacja warszawska). Wolnością cieszyli się nawet arianie (antytrynitarze, bracia polscy), czyli skrajny odłam protestancki, którzy skazani zostali na banicję dopiero w 1658 r.

Kościół katolicki nie przyjął postulatów reformatorów. Uznał je za wymierzony w siebie atak i przystąpił do działań mających zahamować rozwój reformacji, a na obszarach nią "dotkniętych" przywrócić wpływy Kościoła. Reformacja była ruchem społeczno - religijnym, który miał doprowadzić do reformy Kościoła. Jednak wobec nie przejednanej postawy tej instytucji i radykalnych postulatów reformatorów, reformacja zapoczątkowała podział Kościoła, który istnieje do dnia dzisiejszego.