W XVI wieku w obrębie chrześcijaństwa zarysowały się wyraźne podziały i różnice. A mianowicie: obok katolicyzmu (uznającego autorytet i władzę papieża w kościele) oraz prawosławia (odcinającego się od możliwości zaakceptowania głowy Stolicy Apostolskiej), pojawiły się wyznania protestanckie. Na skutek reformacji, ruchu religijnego i społecznego XVI wieku, mającego na celu odnowę chrześcijaństwa, narodziły się trzy, zasadnicze kierunki protestanckie:
Luteranizm, zapoczątkowany przez głównego ideologa nurtu Marcina Lutra w Niemczech (1517 rok), zakładający między innymi, funkcjonowanie w kościele tylko dwóch sakramentów: komunii (pod postacią chleba i wina) i chrztu, funkcjonowanie tzw. taniego kościoła, opierający się na nauce Pisma Świętego Kalwinizm, francuska odmiana protestantyzmu, zaproponowana przez Jana Kalwina, głosząca pogląd o tzw. predestynacji, tj. o naznaczeniu każdego człowieka (przez Boga) przeznaczeniem, którego w żaden sposób nie można zmienić, wybrani otrzymują od Boga łaskę a dzięki niej zostają zbawieni Anglikanizm, na czele z królem angielskim Henrykiem VIII, który na skutek odmowy papieskiej udzielenia mu rozwodu, rozwiązał zakony, sekularyzował ich dobra, wprowadził liturgię w języku angielskim (1534 rok)
Zwolennicy reformacji domagali się między innymi: taniego kościoła, oraz liturgii w językach narodowych. Fundamentem i opoką wiary, była w ich przekonaniu Biblia. Konsekwencją reformacji, była kontrreformacja, wojny religijne, i palące się na Zachodzie Europy stosy, na których katolicy mordowali różnowierców. Wyjątkiem od zasady okazała XVI-wieczna Rzeczpospolita. Sytuacja niezgody i nienawiści trwała długo, żadna ze stron nie chciała ulec i ustąpić. Impas przełamano podczas soboru trydenckiego (1545-1563). Zadecydowano, że kościołowi należy się naprawa, duchowieństwo powinno być lepiej wykształcone, potępiono predestynację, odnowiono instytucję inkwizycji, potępiono indywidualną interpretację Pisma Świętego. W 1559 roku wprowadzono Indeks ksiąg zakazanych.
W połowie XIX wieku, w chrześcijaństwie (w kościele protestanckim i Rzymskokatolickim) pojawił się ruch ekumeniczny, ruch na rzecz jedności Kościoła, zakładający zjednoczenie wszystkich chrześcijan na drodze dialogu.
