Po upadku Powstania Kościuszkowskiego Kraków został przyznany Austrii. 5 stycznia 1795 roku do miasta wkroczyły wojska austriackie, na czele których maszerował generał de Foullon. Wkrótce za wojskiem przybył komisarz cywilny Antoni Baum. 17 sierpnia odbyło się uroczyste odebranie przysięgi na wierność cesarzowi Franciszkowi II. Kraków przestał być już miastem przygranicznym. Znalazł się w nowoutworzonej prowincji zwanej Galicją Zachodnią, która obejmowała teren zaboru austriackiego. Nowe władze na nowo zorganizowały administrację miasta. Ponieważ stary ratusz krakowski był całkowicie zrujnowany, siedzibą /Magistratu stał się pałac Massalskich, znajdujący się na rogu ulicy Brackiej i placu Wszystkich Świętych. samorząd miejski został równocześnie bardzo ograniczony. Tak więc Kraków tracić zaczął na swojej dawnej świetności i znaczeniu. Dotyczyło to także organizacji kościelnej, gdyż wiele kościołów uległo ruinie, a klasztory zbiedniały i wyludniły się. Miasto otaczały mury obronne, które popadły jednak w całkowitą ruinę, nie spełniając swojej funkcji. Okalające je fosy stały się zbiornikami śmieci i nieczystości. Wiele domów było opuszczonych lub podupadłych. Brakowało miejsc, gdzie mogły by mieć swoją siedzibę władzę. W tym celu wynajmowano pałace prywatnych właścicieli. Toteż działania Austriaków poszły w kierunku opracowania nowego planu urbanistycznego Krakowa. W czasach austriackich zapoczątkowano więc akcję rozbiórki zagrożonych zawaleniem budynków. Dało to miastu sporo wolnego miejsca, ale pozbawiło równocześnie wielu cennych zabytków.

Z Rynku zniknął wtedy średniowieczny budynek Małej Wagi. Pałac Królewski na Wawelu został przeznaczony na koszary, a w jego zachodnim skrzydle urządzono szpital wojskowy. katedra stała się kościołem garnizonowym. W tym okresie przystąpiono także do wyburzania murów obronnych Krakowa. Osłabieniu uległa także pozycja Uniwersytetu Jagiellońskiego, któremu odebrano nadzór nad szkołami średnimi i odebrano większość majątku. Jako język wykładowy wprowadzono Łacinę.

Według pierwszego spisu przeprowadzonego przez Austriaków, w 1796 roku mieszkało w Krakowie 21 967 mieszkańców, a w 1804 roku już 25750 osób. Ta liczba utrzymała się do 1808 roku. Około 18% ludności stanowili żydzi.

W czasach Księstwa Warszawskiego, czyli w latach 1809 - 1015, Kraków był stolicą departamentu. Po Kongresie Wiedeńskim w 1815 roku, stał się Wolnym Miastem, znajdującym się pod kuratelą trzech zaborców. miasto otrzymało wówczas Senat, który składał się z trzynastu członków oraz Zgromadzenie Reprezentantów - władzę ustawodawczą. Autonomia Rzeczpospolitej Krakowskiej trwała aż do 1846 roku, czyli do powstanie Krakowskiego. Wówczas miasto zostało włączone do Austrii i rozpoczęto szeroką akcję germanizacyjną.

Kolejną ważną datą dla Krakowa był rok 1848, kiedy to miasto zostało ostrzelane przez wojska austriackie stacjonujące na Wawelu.

18 lipca 1850 roku wybuchł największy w dziejach miasta pożar, który strawił cztery kościoły i 170 domów.

Wielkie zasługi dla podniesieniu prestiżu miasta i zaprowadzenia w nim porządku miał prezydent Krakowa Józef Dietl, który został wybrany na to stanowisko przez Radę Miejską w 1866 roku. nowy prezydent za główny cel postawił sobie uczynienie z Krakowa " miasta czystego, zdrowego i ozdobnego". Miało temu służyć : uregulowanie Wisły, zbudowanie kanalizacji, zapewnienie dobrej wody pitnej, ochrona zabytków i zieleni oraz odnowienie Sukiennic. Postanowiono też wyburzyć wszystkie zrujnowane budowle w mieście. Większość z postulatów udało się wówczas zrealizować, przywracając Krakowowi choć część jego dawnego blasku.

Mimo, że Kraków w drugiej połowie XIX wieku podupadł gospodarczo, nadal był ważnym ośrodkiem polskiej kultury. Działał tu uniwersytet, polski teatr, a także powołana w 1871 roku Akademia Umiejętności. Szczególnie życie kulturalne rozwinęło się na przełomie XIX i XX wieku. Wielkie zasługi w tej dziedzinie mieli, skupieni wokół Akademii Sztuk Pięknych, najwybitniejsi artyści polscy- tacy jak: Stanisław Wyspiański, Jacek Malczewski, Jan Matejko czy Julian Fałat. Życie artystyczne koncentrowało się wówczas w głównie w kawiarniach, z których największą sławę zdobyła kawiarnia Jama Michalika przy ulicy Floriańskiej. Była siedzibą słynnego kabaretu "Zielony Balonik".

Te fakty sprawiły, że gdy kończyła się I wojna światowa w Krakowie czekano tylko na dogodny moment, by zrzucić panowanie austriackie. 27 października 1918 roku powstała tu Komisja Likwidacyjna, która miała objąć tymczasową władzę nad terenami byłego zaboru austriackiego. 31 października 1918 roku żołnierze Polacy dowodzeni przez por. Antoniego Stawarza rozbroili Niemców w koszarach w Podgórzu i przybrawszy polskie insygnia przemaszerowali na Rynek. Zaczęto zrywać niemieckie napisy i zajmować budynki wojskowe. Około południa oddział austriacki pełniący wartę przy Wieży Ratuszowej przekazał bez oporu służbę oddziałowi polskiemu. Na Wieży zawisnął polski sztandar. W ten sposób Kraków jako pierwsze polskie miasto zrzuciło obce panowanie zaborców.