Powstanie styczniowe spowodowało zmianę dotychczasowej polityki Rosji wobec Królestwa Polskiego. Po upadku powstania na jego uczestników spadły dotkliwe represje, a polityka rosyjska wobec Królestwa skoncentrowała się na dwóch głównych celach: likwidacji odrębności Królestwa Polskiego oraz jego rusyfikacji.

Utrzymanie przez władze rosyjskie przez kolejne 50 lat po powstaniu stanu wojennego stworzyło korzystne warunki działania dla rosyjskiego aparatu represji. Kilkadziesiąt tysięcy Polaków zostało zesłanych na Syberię, konfiskaty objęły około 1600 majątków, wobec podejrzanych politycznie osób sądy wydawały bardzo surowe wyroki, a za noszenie żałoby narodowej lub odmowę uczestnictwa w uroczystościach organizowanych przez władze rosyjskie groziły kontrybucje.

Likwidacja odrębności Królestwa Polskiego oznaczała przede wszystkim zniesienie autonomii, którą cieszyło się dotąd Królestwo. Zewnętrznym wyrazem tej polityki było zastąpienie nazwy Królestwo Polskie nową: Kraj Nadwiślański. Pozbawiono Królestwo niezależnych instytucji, znosząc Radę Administracyjną, Radę Stanu, Sekretariat Stanu Królestwa z siedzibą w Petersburgu oraz komisje rządowe działające w Warszawie. Na miejsce tych instytucji powołano nowe, podległe carowi organa władzy oraz administrację terenową. Obszar byłego Królestwa podzielono na 10 guberni (dotąd było ich 5) - warszawską, kaliską, kielecką, lubelską, łomżyńską, piotrkowską, płocką, radomską, siedlecką, suwalską. Na czele kraju stał Teodor Berg, sprawujący funkcję namiestnika, natomiast po jego śmierci w 1874 r. urząd namiestnika został zniesiony i zastąpiony stanowiskiem generał - gubernatora. W jego ręku skupiała się władza administracyjna, policyjna i wojskowa. Polityka rosyjska zmierzała również ku likwidacji gospodarczej odrębności byłego Królestwa. Temu służyć miała likwidacja Banku Polskiego, który stał się warszawskim kantorem Banku rosyjskiego (1885) oraz włączenie budżetu Królestwa do budżetu Rosji. Kraj Nadwiślański został też pozbawiony niezależnego, autonomicznego dotąd sądownictwa, które zreorganizowano na wzór rosyjski (1876).

W parze z polityką likwidowania niezależnych od Rosji instytucji Królestwa będących świadectwem jego odrębności szła rusyfikacja społeczeństwa polskiego, czyli polityka caratu zmierzająca do likwidacji wszelkich przejawów polskości. Dotknęła ona w szczególności szkolnictwo, w którym stopniowo wprowadzono zakaz używania języka polskiego - od 1866 r. język rosyjski obowiązywał na lekcjach historii i geografii; od 1872 r. język polski był już tyko językiem nadobowiązkowym, a od 1885 r. prowadzono w nim jedynie lekcje języka polskiego i religii. Szczególnie zasługi dla tępienia polskości w szkołach miał kurator oświaty okręgu warszawskiego Aleksander Apuchtin (1879-97), który roztoczył nad szkolnictwem ścisły nadzór i uciekał się do donosicielstwa oraz generał-gubernator w latach 1883-1894 - Josif Hurko. Szkoła miała w zamierzeniu władz rosyjskich stać się instytucją wynaradawiająca Polaków. Władze rosyjskie interesowały się także szkolnictwem wyższym. W 1869 r. zlikwidowano Szkołę Główną w Warszawie, a na jej miejsce powołano Cesarski Uniwersytet Warszawski; w Puławach zamknięto ostatecznie Instytut Politechniczny (1869), ale pozwolono na funkcjonowanie Instytutu Rolniczo-Leśnego; w 1885 r. powołano w Warszawie Instytut Aleksandryjsko-Maryjski dla Panien. Poza tym wprowadzono zakaz działalności towarzystw kulturalnych i oświatowych, surową cenzurę prasy i książek, a społeczeństwo polskie poddano indoktrynacji, czyli systematycznemu i planowemu wpajaniu przekonań właściwych z punktu widzenia caratu. Rusyfikacja objęła również administrację byłego Królestwa - do wyższych stanowisk dostęp mieli jedynie Rosjanie, Polakom pozostawiono mniej ważne urzędu. Polski charakter zachowały nieliczne instytucje jak Towarzystwo Kredytowe Ziemskie, Kolej Warszawsko - Wiedeńska oraz Teatry Rządowe w Warszawie.

W walce z polskością władze rosyjskie nie oszczędziły Kościoła rzymskokatolickiego, który uznawały za bastion polskości. Poprzez aresztowania księży, wywożenie opornych kapłanów w głąb Rosji, konfiskatę dóbr kościelnych, likwidowanie klasztorów (pozwolono działać jedynie szarytkom, paulinom oraz klasztorom z małą liczbą zakonników - mniej niż 8), zakaz przyjmowania do nowicjatu starano się w pełni podporządkować Kościół państwu, a ściślej Kolegium Rzymskokatolickiemu. Kolegium to, powołane w 1867 r. w Petersburgu przez cara, miało kierować działalnością kościoła katolickiego. Kościołowi zakazano kontaktów z papieżem, w tym uczestnictwa w I soborze watykańskim. Władze rosyjskie uzurpowały sobie prawo do obsady stanowisk kościelnych, w tym również w metropolii warszawskiej. W 1873 r. do Jarosławia nad Wołgą wywieziony został arcybiskup warszawski Zygmunt Feliński, a urząd metropolity warszawskiego do 1882 r. pozostawał nie obsadzony. W 1875 r. władze carskie w zlikwidowały Kościół unicki w diecezji chełmskiej, a ludność była siłą zmuszana do przechodzenia na prawosławie.

Ta polityka władz rosyjskich wobec byłego Królestwa Polskiego miała na celu całkowite zespolenie ziem polskich z Cesarstwem Rosyjskim, a wszelkie przejawy oporu społeczeństwa polskiego tłumione były przy pomocy siły. Na Litwie, Białorusi, Ukrainie i Podolu bardzo surowe rządy sprawował generał - gubernator M. Murawiow (zwany Wieszatielem); na ziemiach tych na majątki ziemskie nałożono najpierw kontrybucję, a następnie przystąpiono do ich konfiskaty; wprowadzono również zakaz nabywania dóbr.