Wybuch, a następnie upadek powstania styczniowego miał wpływ na wiele dziedzin życia w zaborze rosyjskim. Jedną z nich było właśnie szkolnictwo.
A jeszcze w czerwcu 1862 roku (czyli przed wybuchem powstania styczniowego) ogłoszone zostały 3 ukazy carskie przygotowane przez Aleksandra Wielopolskiego. Jeden z nich dotyczył właśnie szkolnictwa. Choć nie zapewniono w nim jednolitego nauczania, to uważany był za postęp w porównaniu do poprzednich lat. Na mocy ukazu zwiększono liczbę szkół średnich, obniżono opłaty, a także rozszerzono program nauczania. W Warszawie został odnowiony uniwersytet jako Szkoła Główna. Znajdowały się na nim cztery wydziały: Fizyko-Matematyczny, Filozoficzno-Historyczny, Lekarski oraz Prawny.
Już w 1864 roku zadekretowano nową organizacje szkolnictwa. Rozpoczął się okres intensywnej rusyfikacji, choć wszelkie dekrety nie mówiły o niej wprost. Odtąd szkoła miała za zadanie wynaradawianie młodzieży.
Najszybciej proces rusyfikacji objął szkoły na obszarach unickich. Już w latach 1866-1869 w gimnazjach wprowadzono język rosyjski jako wykładowy. Język polski stał się przedmiotem nadobowiązkowym. Jakby tego było mało to jego naukę przeprowadzano po rosyjsku. Niemal na całym obszarze (z wyjątkiem Chełmszczyzny) po polsku uczono jedynie religii
Nieco inaczej wyglądała sytuacja w szkołach ludowych. Tam język rosyjski wprowadzono jako przedmiot dopiero w 1871 roku, a jako język wykładowy w 1885 roku czyli 14 lat później.
Nieco wcześniej represje spadły na Szkołę Główną. Została ona zamknięta w 1869 roku, a na jej miejsce powołano Uniwersytet Warszawski. Oczywiście z językiem rosyjskim jako wykładowym. Uczelnia miała cztery wydziały: Historyczno-Filologiczny, Fizyczno-Matematyczny, Lekarski i Prawniczy. Szacuje się, że liczba studentów wynosiła około tysiąca, z czego 80 procent stanowili Polacy. Poziom tej uczelni nie był zbyt wysoki. Polscy profesorowie zostali usunięci, a w ich miejsce zatrudniono młodych i niedoświadczonych wykładowców, a także sprowadzonych z Cesarstwa.
Dlatego część osób, aby studiować wyjeżdżała za granicę. Pod koniec lat dziewięćdziesiątych XIX wieku na różnych rosyjskich uczelniach było przeszło 2 tysiące Polaków. Nieco mniej - bo około 1,6 tysiąca studiowało na zachodzie Europy.
Dopiero w 1898 roku powstała pierwsza wyższa uczelnia o charakterze zawodowym. Była to Politechnika Warszawska.
Warto w tym miejscu dodać, że pod koniec XIX wieku niemal przy wszystkich gimnazjach zorganizowano samokształcenie. Przyczyną takiego ruchu był niezadowalający stan szkolnictwa ludowego oraz wysoki poziom analfabetyzmu. Zakładano stowarzyszenie, czytelnie, biblioteki, wydawnictwa popularne tj. Koło Oświaty Ludowej, Towarzystwo Oświaty Narodowej (TON) czy Księgarnia Polskiej Macierzy Szkolnej.
Walkę z językiem polskim szczególnie upodobali sobie generał-gubernator Iosif Hurko (1883-1894), a także kurator naukowy Aleksandr Apuchtin (1879-1897). Zwłaszcza ta druga postać była znienawidzona przez Polaków. Szkolnictwo pod jego kierunkiem przypominało nieco aparat policyjny. Doprowadzono do sytuacji, w której uczniowie i nauczyciele wzajemnie na siebie donosili.
Od 1894 roku nowym carem był Mikołaj II. Władca ten na samym początku złagodził ostry kurs antypolski. Szybko z urzędów usunięci zostali Iosif Hurko oraz Aleksandr Apuchtin. Sądzono, że kolejni generał-gubernatorzy Paweł Szuwałow oraz Aleksander Imeretyński doprowadzą do korzystnych dla Polaków zmian.
W pewien sposób nadzieje zostały rozwiane wraz z wizytą w 1897 roku cara Mikołaja II w Warszawie. Spodziewano się wielu ustępstw, ale z ust rosyjskiego władcy nie padły żadne obietnice. Carowi Mikołajowi II wręczono dar składkowy w wysokości miliona rubli, a ten przeznaczył go na założenie Politechniki. Oczywiście językiem wykładowym został rosyjski.
Około 1900 roku w Królestwie było 69 procent analfabetów. Z biegiem lat odsetek ten zaczął się zmniejszać. Po rewolucji 1905 roku zauważyć trzeba w Królestwie rozwój prywatnych szkół średnich, w których językiem wykładowym był polski. Ponadto rozwijało się szkolnictwo żeńskie.
Cechą charakterystyczną okresu 1905-1914 jest rozwój instytucji i stowarzyszeń mających na celu upowszechnienie oświaty i kultury. Były to m.in. Polska Macierz Szkolna, Stowarzyszenie Kursów dla Analfabetów Dorosłych, Uniwersytet dla Wszystkich. Ponadto opracowano "Poradnik dla samouków". Była to kilkunastotomowa seria podręczników, w których położono szczególny nacisk na nauki przyrodnicze oraz ekonomie.
W 1906 roku z dawnego Uniwersytetu Latającego wyłoniło się Towarzystwo Kursów Naukowych. Zakresem jego działalności były m.in. wykłady z różnych dziedzin życia (np. historii Polski). Z kolei w 1907 roku powstało Towarzystwo Naukowe Warszawskie. Składało się z trzech wydziałów: Filologicznego, Matematyczno-Przyrodniczego oraz Społeczno-Historycznego.
