Miejsce i pozycja Kościoła katolickiego w Polsce oparta była na ogromnej potędze materialnej oraz wielkim wpływie w sferze duchowej i moralnej. Cała edukacja, łącznie ze szkołami przyklasztornymi i Akademią Krakowską, była w rękach duchowieństwa katolickiego, które kreowało i kształciło całą elitę naszego kraju. Już na początku XV wieku upowszechniło się szkolnictwo i stało się dostępne dla całej młodzieży szlacheckiej

i mieszczańskiej. Wielu ludzi wyjeżdżało do Niemiec, Francji czy Włoch, by tam kontynuować naukę w duchu humanistycznym. Ukształtowana w tym czasie świecka elita uwolniła się spod wpływu Kościoła i zdobyła się na krytykę poziomu umysłowego

i moralnego duchowieństwa. Zaczęto wysuwać postulaty przeciwko wysyłaniu pieniędzy do Rzymu, uzależnianiu się władzy świeckiej od Kościoła, domagano się uniezależnienia polityki państwa oraz kazań i liturgii w języku polskim. Całe społeczeństwo odczuwało skutki pobierania dziesięciny przez Kościół, ingerencji kleru w sprawy polityki oraz gospodarki. Niechęć obywateli wzbudzała duma i bogactwo wyższych duchownych oraz zwolnienie kleru z opłat na rzecz państwa. Duchowieństwo mało troszczyło się o sprawy duchowe czy pasterskie, a bardziej skupiało się na gromadzeniu dóbr i majątku. Pod względem prawnym kler także był uprzywilejowany, gdyż był zwolniony od służby wojskowej oraz płacił minimalne podatki na rzecz skarbu państwa. Kler korzystał nadal z obowiązku płacenia dziesięciny na rzecz Kościoła, bardzo uciążliwego dla szlachty oraz chłopstwa. Kościół jako taki posiadał ogromne dobra i majątki i tak np. w ręku tylko jednego biskupa krakowskiego znajdowało się 300 wiosek i miasteczek. Właśnie te ogromne i liczne przywileje były przyczyną ogromnej niechęci wobec kleru wśród całego społeczeństwa. Ideologia kościelna spotykała się również z niechęcią i niezadowoleniem mieszczan. Kościół katolicki zabraniał bowiem lichwy i pożyczania na procent, co hamowało swobodny obrót pieniądzem, a tym samym rozwój samych miast. Ludzie zaczęli poszukiwać innych ścieżek wiary.

Reformacja w Rzeczpospolitej

Do Rzeczpospolitej bardzo szybko dotarły drukowane dzieła Marcina Lutra. Wielu księży porzuciło celibat, inny głosili kazania i nauki w duchu protestanckim, jeszcze inny zaprzeczali władzy papieża oraz potrzebie funkcjonowania w Kościele hierarchii. Krytykowano głównie ogromne bogactwo duchowieństwa, zasadność życia zakonnego, praktykę sprzedawania odpustów, niektóre sakramenty oraz odprawianie liturgii w języku niezrozumiałym dla prostego ludu. Najwcześniej doktryna luterańska została przyjęta w środowiskach niemieckich, głównie w wielkich miastach, jak Gdańsk, Wrocław czy Toruń oraz w Prusach Książęcych. Początkowo królowie polscy, przede wszystkim Zygmunt Stary, wydawali szereg edyktów przeciwko protestantom, jak zakaz wydawania książek w ideologii reformowanej.

Równocześnie z luteranizmem rozwijał się w Szwajcarii kalwinizm, utworzony w Genewie

w 1541 roku przez Jana Kalwina. Kalwinizm szczególnie rozpowszechnił się wśród szlachty małopolskiej oraz litewskiej. Zaczęły licznie powstawać gminy kalwińskie, niezależne od władzy tak duchowej, jak i świeckiej. Na terenach Małopolski i Litwy masowo zaczęto przekształcać kościoły w zbory, zaprzestano płacić dziesięcinę oraz nie uznawano wyroków sądów kościelnych. Kalwini chcieli uniezależnić całkowicie Kościół w Polsce od Rzymu, podejmowali też próby stworzenia Kościoła narodowego. Tego jednak nie udało się im osiągnąć, uzyskali w zamian zniesienie władzy biskupa w sprawach dotyczących wiary oraz anulowanie egzekucji przez starostów wyroków sądów duchownych. Kalwinizm w Polsce opierał się tylko na szlachcie, brak było większego oddźwięku wśród szerszych mas społeczeństwa. Dodatkowo jeszcze w latach 1562-1565 doszło do podziału wspólnoty kalwińskiej na zbór większy, który został kalwiński oraz zbór mniejszy, który stał się ariański. Przyczyna rozłamu były niezgodności doktrynalne oraz konflikty i spory na tle społecznym wśród wyznawców.

Do Polski przywędrowali też, wypędzeni z Włoch, arianie, inaczej bracia polscy. Główne punkty ich doktryny to: zaprzeczenie boskości Jezusa, odrzucenie dogmatu o Trójcy Świętej, zakaz piastowania urzędów, używania broni oraz posiadania poddanych. Prężnie rozwijającymi się ośrodkami ariańskimi był Raków i Pińczów.

W Rzeczpospolitej schronili się też, wyrzuceni z Czech, bracia czescy. Żyli oni we wspólnotach, głównie na terenach Wielkopolski, utrzymywali się z pracy własnych rąk, nie uznawali wojny ani przelewu krwi.

Kontrreformacja

W Rzeczpospolitej do połowy XVI stulecia wyznania zreformowane bardzo prężnie i szybko się rozwijały. Kościół katolicki dopiero po obradach soboru trydenckiego przeszedł do kontrofensywy. Kościół katolicki został pozbawiony ogromnych rzesz wiernych, jednak nie naruszono jego majątków i dóbr oraz silnej pozycji w państwie, jaką zajmował przez posiadanie wpływów w senacie. Główną siłą kontrreformacji byli jezuici, którzy zostali sprowadzeni do Polski przez kardynała Stanisława Hozjusza w 1564 roku. Jezuici stworzyli gęstą sieć kolegiów, przez które wpływali na społeczeństwo. Kolegia jezuickie były dostępne dla wszystkich i bezpłatne, nauczano w nich w języku łacińskim, realizowano zaś nowoczesnym, jak na owe czasy, humanistyczny program. Za czasów króla Stefana Batorego kolegium wileńskie podniesione zostało do stopnia uniwersytetu. Najsłynniejszymi przedstawicielami Towarzystwa Jezusowego w Polsce byli: Jakub Wujek czy Piotr Skarga.

Pod koniec XVI wieku zaczęto wprowadzać postanowienia soborowe. Biskupi zaczęli

w swych diecezjach zakładać seminaria duchowne, przeprowadzać wizytacje czy zwoływać synody. W parafiach natomiast proboszcze mieli obowiązek prowadzić księgi metrykalne, rejestrujące chrzty, śluby i pogrzeby w danej parafii. Wprowadzono także obowiązek rezydencji, czyli przebywania episkopatu w diecezjach, a kleru w parafiach oraz nakaz noszenia stale stroju duchownego.

Ważnym krokiem w dziejach polskich kościołów było utworzenie w 1596 roku unii brzeskiej, w której wyniku powstał Kościół greko-katolicki. Jednak warunków unii nie przyjęła większość wyznawców prawosławia, monastyry, bractwa cerkiewne i dwóch biskupów.

W wyniku rozłamu powstał Kościół dyzunicki, a na długie lata rozgorzał na dobre konflikt między greko-katolikami a prawosławnymi. Kościół prawosławny został w Polsce zdelegalizowany, dopiero Władysław IV Waza uznał legalność tego Kościoła w Polsce. Korzyści z unii brzeskiej wyciągnęli tylko wyżsi dostojnicy kościelni oraz szlachta prawosławna, która chciała mieć udział w rządzeniu państwem.

Na tle dziejów Europy, pomijając parę drobnych konfliktów na tle religijnym, Polska była

w tym czasie krajem o wyjątkowej swobodzie religijnej. Król Zygmunt August był władcą tolerancyjnym, nie mieszał się on w sprawy wiary, uważał, że każdy ma prawo do wyznawania dowolnej religii, a państwo nie powinno rozstrzygać o poprawności danego wyznania. Szczytem polskiej reformacji, a zarazem i tolerancji, był akt konfederacji warszawskiej, uchwalony w 1573 roku przez szlachtę na sejmie konwokacyjnym. Dokument ten gwarantował w Rzeczpospolitej wolność wyznania i pokój religijny.

W obrębie samych wyznań reformowanych też doszło do porozumienia. Już w 1570 roku luteranie, kalwini i bracia czescy podpisali w Sandomierzu akt zgody.

Głównym oparciem dla kontrreformacji stał się w późniejszych latach zagorzały katolik, król Zygmunt III Waza.