Wiele schorzeń powstaje wskutek nieprawidłowego działania układu immunologicznego. Najczęściej dzieje się tak u dzieci, u których odporność nie jest w pełni wykształcona i często spotyka się z różnymi zarazkami po raz pierwszy. Dopiero po przebytej chorobie człowiek nabiera odporności na zarazki, które tą chorobę wywołują. Zdarza się często tak, że człowiek nie choruje w dzieciństwie na typowe choroby wieku dziecięcego i w związku z tym nie posiada odporności np. na ospę wietrzną, różyczkę. Wówczas wspomniane choroby atakują człowieka w wieku późniejszym i mają najczęściej cięższy przebieg, niż u dzieci. Występują też niejednokrotnie ostre powikłania. Jeśli dziewczynka nie choruje na różyczkę, to może zachorować jako kobieta, co może być szczególnie niebezpieczne w okresie ciąży. Różyczka jest bardzo niebezpieczna dla płodu, gdyż prowadzi do silnych wad rozwojowych i ciężkiego kalectwa u dziecka (np. wady serca, rozszczepienia podniebienia). Kobieta ciężarna, która nie przebyła w dzieciństwie różyczki (choroba wirusowa) powinna za wszelką cenę unikać kontaktu z osobami zarażonymi różyczką (najczęściej są to dzieci). Mężczyźni, którzy nie chorowali w dzieciństwie na świnkę, mogą stać się niepłodni, gdy zachorują w okresie dorosłości.
W organizmie człowieka żyje wiele bakterii, które nie są szkodliwe, ale wręcz pożyteczne. Jednak gdy układ odpornościowy jest słaby, to wspomniane bakterie mogą wywołać chorobę, np. zapalenie gardła. W jamie nosowej człowieka żyją gronkowce, w gardle-paciorkowce. Nie wywołują one chorób u zdrowego człowieka (z silnym układem odpornościowym). Chronią organizm przed atakiem innych bakterii (chorobotwórczych). Jednak w okresie obniżonej odporności mogą zaatakować i wywołać ostre stany zapalne gardła, migdałków podniebiennych, a stąd mogą "rozsiewać się" po całym organizmie i osiedlać np. w sercu, nerkach, wywołując poważne infekcje i stany zapalne tych narządów (zapalenie mięśnia sercowego, zapalenie nerek, układu moczowego). Walka z bakteriami polega na podawaniu chorym antybiotyków i sulfonamidów (wcześniej należy wykonać posiew w celu oznaczenia typu bakterii i jej lekooporności).
Układ odpornościowy jest przyczyną chorób nie tylko wtedy, gdy jest słaby, ale również wtedy, gdy działa zbyt nadgorliwie. Stwardnienie rozsiane jest chorobą, w której komórki układu odpornościowego niszczą osłonki mielinowe komórek nerwowych, co prowadzi do kalectwa i śmierci. Gorączka reumatyczna to nic innego, jak atakowanie komórek mięśnia sercowego (kardiomiocytów) przez układ immunologiczny. Może to doprowadzić do zniszczenia serca i śmierci. Wrzodziejące zapalenie jelita grubego, to choroba, której pochodzenie jest niejasne, jednak wiadomo, że komórki układu odpornościowego atakują jelito grube i starają się je zniszczyć. W tej chorobie (podobnie jak w dwóch poprzednich) leczenie polega na podawaniu pacjentowi leków immunosupresyjnych (obniżających odporność), co jak wiadomo, może być niebezpieczne, gdyż obniżenie ogólnej odporności organizmu jest przyczyną wielu chorób.
