Relacje pomiędzy Kościołem Chrześcijański a Unią Europejską nie są uregulowane w taki sposób jak np. relacje państwo-kościół, ponieważ UE nie jest państwem i nie może zawrzeć konkordatu, który regulowałby stosunki kościół- UE, jak ma to miejsce w przypadku państw. Dlatego, też w ten sam sposób rozwiązuje się wszystkie inne regulacje w UE, także te dotyczące obecności wartości religijnych w procesie integracyjnym. Sprawa konstytucji europejskiej wzbudza wiele kontrowersji i wykracza znacznie poza znane nam dotąd relacje państwo-kościół.
Kościół do momentu, do kiedy państwa europejskie integrowały się tylko w sferze gospodarczej nie miał właściwie żadnego problemu i nie domagał się uregulowań prawnych czy tworzenia wspólnych instytucji. Kościół popierał integrację, którą porównywał do rozwiązań, jakie chciano wcielić w życie w średniowieczu, kiedy poważnie rozmawiano o jednolitej, uniwersalistycznej chrześcijańskiej Europie, choć współczesna integracja jest znacznie szerszym pojęciem i obejmuje współprace nie tylko na tle chrześcijaństwa, jak zakładały to nauki Kościoła w średniowieczu. Już papież Pius XI w swojej encyklice Quadragesimo Anno, szeroko rozważał pojęcie subsydiarności, czyli pomocniczości, która de facto jest dziś ważnym elementem funkcjonowania UE. Natomiast samych ojców założycieli Wspólnoty Europejskiej, Konrada Adenauera, Roberta Schumana i Alcide De Gesperiego utożsamia się z nurtem chrześcijańsko-demokratycznym, który opiera się w znacznej części o społeczne nauki kościoła. Tak, więc początki integracji europejskiej mają swoje podstawy i korzenie w chrześcijaństwie. To tłumaczy, dlaczego największymi przeciwnikami integracji w ramach Europejskiej Wspólnoty Węgla i Stali, czyli początku UE, byli w większości przedstawiciele partii komunistycznych i socjaldemokratycznych.
Jednak zacieśnianie się więzi wewnątrz Wspólnoty Europejskiej oraz pogłębienie integracji o płaszczyznę społeczną i polityczną wykraczając tym samym daleko poza integrację gospodarczą, rodziło nowe problemy i obawy Kościoła dotyczące braku określenia relacji pomiędzy instytucjami UE a Kościołem, nie jasna była również sprawa stosunku UE do chrześcijańskiego dziedzictwa. Można wyróżnić dwa główne problemy.
Pierwszy to potrzeba określenie miejsca, jakie zajmuje kościół katolicki i inne kościoły chrześcijańskie w strukturach Wspólnoty. Kościół domagał się, bowiem określenia jego roli i miejsca w procesie integracyjnym. Należy tu zaznaczyć, że w ramach UE istnieje Komisja Episkopatów Wspólnoty. Drugim problemem było uregulowanie kwestii stosunku UE do dziedzictwa religii chrześcijańskiej. Ważnym elementem jest tu odwołanie się do Boga w konstytucji, takie odwołanie znajduje się m. in. w konstytucjach Stanów Zjednoczonych, Niemiec a także w lżejszej formie w konstytucji Polski.
Sprawa ta budziła wiele kontrowersji, a wplecienie do preambuły europejskiej konstytucji odniesienia do Boga czy odnoszenie się do chrześcijaństwa, jako do wartości jednoczącej dzisiejszą Europę podzieliła Europejczyków, którzy prezentowali kilka różnych stanowisk w tek kwestii, z których można wyróżnić parę ich rodzajów.
Jedno z nich to spór między dwoma różnymi tradycjami. Jedna zakłada całkowity rozdział kościoła od państwa, druga zaś wręcz przeciwnie łączy ze sobą te dwie instytucje. Ta pierwsza nawiązuje do tradycji Oświecenia, gdzie oddzielano państwo od religii, a duchowość była indywidualną i prywatną sprawą każdego człowieka i państwo nie miało prawa się w nią mieszać, a nawet państwo powinno być neutralne w tych sprawach. Państwo powinno się tu zając sprawami publicznymi natomiast sferę religijną powinno pozostawić każdemu człowiekowi dla jego prywatnego rozwiązania. Druga tradycja jest całkowicie inna i stoi w opozycji do tradycji Oświecenia. Według zwolenników tej koncepcji religia jest nieodłącznym elementem składającym się na całość państwa i nie można tych dwóch instytucji od siebie całkowicie oddzielać. Sfera religijna i sfera publiczna wzajemnie na siebie oddziałują i mają na siebie wpływ. Przedstawiciele tego poglądu są skłonni postrzegać te dwie instytucje jako oddzielne, ale wzajemnie się wspierające i współpracujące ze sobą przy zachowaniu autonomiczności.
Największymi przeciwnikami odwoływanie się do Boga czy do wartości chrześcijańskich w jakichkolwiek dokumentach Unii Europejskiej, są komuniści, Socjaldemokratyczna Partia Europy oraz liberalno-demokratyczne partie. Z kolei partie chadeckie opowiadają się za uznaniem w dokumentach dziedzictwa chrześcijaństwa.
Poszczególne państwa wchodzące w skład struktur Unii Europejskiej również nie są zgodne ze sobą, co do charaktery dokumentów UE, każde z nich prezentuje inne zdanie w tej kwestii. Najważniejszym czynnikiem wpływającym na postawę danego państwa są przeważnie rozwiązanie wewnętrzne dotyczące konstytucji, tradycje i doświadczenia z tym związane. Największymi przeciwnikami wprowadzania do europejskiej konstytucji odwołania do Boga są Holandie, Belgia, Luksemburg i Francja. Państwa te odwołują się do idei laickich, uważając, że religia jest prywatną sprawą każdego obywatela a państwo nie może w tą materie ingerować. Kraje te a w szczególności Francja i Niemcy muszą się również liczyć z dość pokaźną liczbą mniejszości muzułmańskich w ich krajach. Przeciwnicy wprowadzania zapisu Invocito dei tłumaczą, że nie można faworyzować jednej religii, ponieważ na terenie UE mieszka duża liczba muzułmanów, muzułmanów poza tym trzeba liczyć się z przyszłym wstąpieniem do UE Turcji. Takie państwa jak Włochy, Polska czy Hiszpania nie dopuszczają myśli wprowadzenie konstytucji bez zapisów, o których mowa, ze względu na tradycje, przywiązanie do chrześcijaństwa i wewnętrzne rozwiązania tej kwestii tych krajach.
Wszystkie kościoły chrześcijańskie w Europie, co jest zrozumiałe, domagają się umieszczenie w dokumencie odwołana do Boga i wartości chrześcijańskich. Zagorzałym zwolennikiem takiego rozwiązania był także papież Jan Paweł II, co również nie jest bez znaczenia dla europejskich katolików, dla których papież jest autorytetem, z którego zdaniem należy się liczyć. Papież opowiadał się za bardziej sprawiedliwym potraktowaniem kościoła w akcie konstytucyjnym.
Zwolennicy takiego rozwiązania podnoszą również argument taki, że skoro istnieje jednomyślność, co do wpisania do preambuły odniesień do wartości i tradycji to, dlaczego nie zawrzeć tam wartości chrześcijańskich, które są niejako filarem tożsamości Europejczyków.
Sprawa ta jak wiemy nie została rozwiązana, co właściwie nie dziwi, przy tak zróżnicowanej przede wszystkim kulturowo społeczności trudno znaleźć jednomyślne rozwiązanie. Kwestie dotyczące wiary nie powinny jednak być regulowane prawnie i nie powinny nic narzucać ani tym bardziej faworyzować którąś z religii, powinny natomiast pozostać w gestii prywatnej każdego człowieka. Chcąc w dalszym ciągu prowadzić skutecznie proces integracji europejskiej nie powinno się łączyć kwestii materialnych, gospodarczych, politycznych ze sferą kultury religijnej, w innym wypadku może stać się to zagrożeniem dla istnienia UE i doprowadzić może do sporów międzynarodowych na tle religijnym. Pamiętajmy o tym, że integracja ma polegać na rozwoju współpracy pomiędzy krajami członkowskimi na płaszczyznach głównie gospodarczych i politycznych, oczywiście społecznych również, jednak religia nie jest przeszkodą czy barierą, która mogłaby ograniczyć kontakty społeczne. Należy również brać pod uwagę, iż brak odniesień religijnych w preambule może wynikać z tego, że w przyszłości planuje się włączyć do aktu konstytucji Kartę Praw Podstawowych, która zawiera wyraźnie deklaracje wspólnie wyznawanych wartości przez kraje Unii Europejskiej.