W wyniku rozłamu wśród polskich kalwinów (Kościoła ewangelicko-reformowanego), mającego miejsce w latach sześćdziesiątych XVI wieku, wyodrębnił się zakon braci polskich zwanych inaczej arianami. Nowe idee zaszczepił wśród Polaków Faust Socyn, który zmuszony do ucieczki z własnego kraju - Włoch, znalazł schronienie w niezwykle wówczas tolerancyjnej Rzeczypospolitej. Zakon ten ukonstytuował się w latach 1562-1565 jako tzw. Zbór Mniejszy (pojęcie "zbór" w znaczeniu "kościół"). Nazwę "arianie" nadali im przeciwnicy, którzy zarzucali im, że kontynuują herezje głoszone na przełomie III / IV wieku przez aleksandryjskiego duchownego Ariusza, kwestionującego równość Jezusa Chrystusa i Boga Ojca. Bracia polscy również nie uznawali boskości Syna Bożego. Uważali, że był on człowiekiem podniesionym do boskości dopiero po zmartwychwstaniu. Dlatego też nazywano ich także antytrynitarzami - przeciwnikami nauki o Trójcy Świętej.
Arianie byli najbardziej radykalnym odłamem protestantyzmu. Głosili bardzo radykalne i kontrowersyjne poglądy. Potępiali m.in. poddaństwo chłopów i domagali się zniesienia pańszczyzny. Jak twierdził jeden z ariańskich publicystów: "Ja tak rozumiem i tak wierzę, iż wiernemu nie godzi się mieć poddanych, a daleko mniej niewolników i niewolnice, gdyż to jest rzecz pogańska panować nad swoim bratem, potu jego albo raczej krwi używać. Pismo święte jasno świadczy, że Bóg z jednej krwi uczynił wszystek rodzaj człowieczy, wedle, czego wszyscy jesteśmy sobie równi". Oczywiście takie przekonania wzburzały szlachtę i nastawiały ją nieprzychylnie wobec braci polskich. Ostro występowali oni także przeciwko jakiemukolwiek rozlewowi krwi, wojnom i karze śmierci. Na znak protestów nosili drewniane szable. Nie zgadzali się na obejmowanie urzędów i odmawiali służby wojskowej. Domagali się również tego, aby szlachta zrzekła się swoich majątków ziemskich.
Bracia polscy kładli duży nacisk na rozwój szkolnictwa. Ich szkoły (ośrodki w Pińczowie, Lewartowie, Lublinie i Akademia Rakowska) charakteryzowały się bardzo wysokim poziomem. W znacznym stopniu arianie przyczynili się także do rozwoju kultury polskiej, twórczości literackiej: dzieła teologiczne i polemiczne, przekłady Biblii (Szymon Budny przetłumaczył ją z języków oryginalnych, czyli z hebrajskiego i greki), wiersze i pieśni (arianem był np. poeta Wacław Potocki); twórczości naukowej: pierwszą gramatykę polską napisał arianin Piotr Statorius-Stojeński, a słownik łacińsko-polski - Jan Mączyński; oraz działalności wydawniczej: zakładali liczne drukarnie.
W XVII wieku bracia polscy stali się pierwszymi ofiarami fali nietolerancji, jaka przeszła przez ówczesną Rzeczypospolitą. Oskarżono ich o kontakty ze Szwedami i sprzyjanie im. Na mocy ustawy z 1658 roku mieli oni być siłą zmuszeni do przejścia na katolicyzm w ciągu trzech lat. W przeciwnym wypadku groziło im wygnanie z kraju. Większość członków tego zboru, nie chcąc zmieniać wyznania, udała się do Holandii, Prus lub Siedmiogrodu, gdzie nadal mogli głosić swoje idee. Ich majątki wówczas skonfiskowano. Szkoły i drukarnie ariańskie przeszły w ręce jezuitów.
