Flavius Iovianus urodził się w roku 331 w Sinigidunum. Był synem Warroniana, komesa domestyków. Jego ojciec przez większą cześć swojego życia brał aktywny udział w sprawach publicznych. Był powszechnie ceniony i uwielbiany za swoją bezinteresowność i zaangażowanie w służbę państwa i narodu. Zrezygnował z zajmowania się polityką dopiero niedługo po narodzinach syna. Być może to właśnie popularność Warroniana wśród żołnierzy i ludu rzymskiego sprawiła, że Jowian został wybrany cesarzem.

Nominacja Iovianusa na władcę Rzymu miała miejsce 27. czerwca 363 r., zaledwie jeden dzień po śmierci poprzedniego cesarza, Juliana. Lud rzymski dowiedział się o niej jednak później, ponieważ nowy cesarz został wybrany na wyprawie wojennej. Jowian różnił się znacznie od swego poprzednika, szczególnie jeśli chodzi o wygląd zewnętrzny. Ze względu na swój pokaźny wzrost, zazwyczaj chodził lekko zgarbiony. Krawcy pałacowi mieli nawet trudności z dobraniem odpowiedniej szaty dla nowego władcy. Jowian sprawiał miłe wrażenie, jego jasne oczy i pogodna twarz wzbudzały zaufanie. Nic nie można też zarzucić jego rozwadze i inteligencji. Jedyne, o co można by mieć do niego pretensje, to zbyt rozwiązły żywot - uczty i przyjemności cielesne stawiał zdecydowanie za często na pierwszym miejscu.

Iovianus ożenił się z Charyto, córką dowódcy wojsk Iliryjskich. Małżeństwo było stosunkowo szczęśliwe, doczekali się nawet dwójki synów, z którym jeden odziedziczył imię po swoim dziadku - został nazwany Warronianem. Jeśli chodzi o religię, Jowian deklarował się jako chrześcijanin, ale nie można powiedzieć, by świadczył o tym swoim życiem.

Wkrótce po wyborze Jowiana na cesarza, jeden z żołnierzy rzymskich zbuntował się przeciwko nowemu władcy i przeszedł na stronę Persów. Tamtejszemu królowi, Szapurowi II, przyniósł wiadomości o śmierci Juliana i o nowo wybranym następcy tronu. Persowie zlekceważyli młodego cesarza i z zapałem zaczęli szykować się do kolejnego ataku.

Wojska perskie w krótkim czasie pokonały drogę dzielącą ich od, stacjonujących przy rzece Tygrys, Rzymian. Jazda pancerna Persów nie poradziłaby sobie sama z wojskami cesarskimi, ale ogromny popłoch w szeregach Rzymian wzbudziły perskie słonie bojowe. Konie, które wykorzystywano w wojskach Jowiana nie były przyzwyczajone do widoku i zapachu tych ogromnych zwierząt, nie potrafiły opanować strachu i uciekały, ponosząc ze sobą jeźdźców i burząc szyki. Mimo że Rzymianom udało się zabić kilka słoni, wojska perskie odniosły w tej bitwie zwycięstwo.

Kolejny dzień upłynął wojskom carskim na umacnianiu obozu. Rzymianie rozbili się w głębokiej dolinie, do której dostęp był utrudniony ze względu na wysokie wzgórza otaczające ją z trzech stron. Żołnierze rozbili jeszcze dodatkowo wysokie pale naokoło namiotów, aby nieprzyjaciel nie przedostał się do wnętrza obozu. Fortyfikacje te nie przyniosły jednak pożądanych skutków. Przez cały dzień Persowie krążyli wokół obozu i urągali żołnierzom rzymskim, znajdującym się wewnątrz. Zapewniali, że cesarz Julian nie zginął z ich rąk, co by świadczyło o tym, że ktoś z Rzymian go zabił. Słowa te wzbudziły w obozie rzymskim wątpliwości, które będą ciążyć nad nowym cesarzem do samego końca. Persom udało się nawet sforsować zabezpieczenia i dotrzeć aż do namiotu cesarza, ale zostali szybko wyparci przez wojska rzymskie.

Na domiar złego, wojska cesarskie musiały odeprzeć atak Saracenów, czyli koczowników pustynnych. Najazd spowodowany był gniewem, jaki wybuchł wśród Saracenów po tym, kiedy Jowian odmówił im płacenia haraczu. Postawa cesarza była stanowcza i nieustępliwa, a motywował ją w ten sposób: "Cesarz - wojownik ma żelazo, a nie złoto". Jednak dopiero zbrojna interwencja jazdy rzymskiej zdołała uśmierzyć gniew Saracenów.

Sytuacja oddziałów Jowiana była coraz trudniejsza. Zatrzymali się na jakiś czas w mieście Charcha, ale wkrótce zostali okrążeni przez wojska perskie i nie sposób było się już stamtąd wydostać. Persowie nie dopuszczali do miasta konwojów z zapasami żywności, napadali na pojedyncze oddziały, ale nie chcieli podjąć regularnej bitwy. Zrozpaczeni żołnierze wyprosili u cesarza pozwolenie na przeprawę przez rzekę Tygrys. Nie było to łatwe, ponieważ stan wód był wówczas bardzo wysoki. Jednak najlepszym pływakom udała się ta sztuka i przeprawili się w nocy na drugi brzeg.

Persowie przetrzymywali wojska rzymskie w tej pułapce, ponieważ czekali na przybycie posiłków. Tymczasem cesarz Jowian zlecił swoim najlepszym inżynierom zbudowanie mostu, który umożliwiłby im przeprawę przez rzekę. Jako materiał do tego celu miały służyć skóry zwierząt.

Sytuacja wydawała się być już beznadziejna, skóry nie chciały utrzymać się na wodzie z powodu silnego prądu, a żołnierze przymierali głodem, gdy nagle król perski przysłał do obozu Jowiana swoich posłów. Po trzydniowych naradach ogłoszono uroczysty pokój pomiędzy obydwoma krajami. Miał on trwać co najmniej trzydzieści lat. Król perski wiedział jednak co robi, Rzymianie byli tak wycieńczeni, że zgodzili się na wszystkie warunki, pokój, jaki zawarli, był dla nich bardzo niekorzystny. Do najważniejszych postanowień należały: zrzeczenie się przez Rzymian panowania nad ziemiami położonymi za rzeką Tygrys, oddanie Persom swoich dwóch największych twierdz granicznych oraz obietnica zrezygnowania ze wspierania sojusznika rzymskiego, króla Armenii. Jedynym korzystnym dla Rzymian postanowieniem było nawiązanie współpracy z Persami przy obronie kaukaskich przejść przed Hunami.

Niewątpliwie najważniejszym powodem, dla którego Jowian przyjął warunki pokoju był głód panujący w obozie. Persowie doceniali dobroć cesarza, który potrafił tyle poświęcić, by ratować swoje wojsko. W rzeczywistości jednak, Jowian chciał jak najprędzej wrócić do Rzymu, ponieważ obawiał się, że w czasie jego nieobecności, ktoś może mu odebrać władzę.

Dzień, w którym otworzono przeprawę na Tygrysie, był najszczęśliwszym momentem całej wojny. Wielu żołnierzy rzuciło się na oślep w wodę, by nawet wpław spróbować dostać się na drugą stronę. Niestety, próby te skończyły się tragicznie. Ci, którzy zdołali zbudować prowizoryczne tratwy, wesprzeć się na skórach czy zwierzętach, dotarli szczęśliwie na drugi brzeg. Cesarz i jego najbliżsi współpracownicy przeprawili się na kilku niewielkich statkach, ratując po drodze opadających z sił żołnierzy.

W ten sposób wojsko cesarskie dotarło do miasta Hatry. Odtąd mieli zacząć walkę z kolejnym żywiołem. Udało im się już pokonać wodę, teraz rozciągała się przed nimi ogromna połać pustyni. Wszystkie pojemniki zostały po brzegi wypełnione wodą, wiele zwierząt zabito, by mieć co jeść. Podróż przez pustynię trwała sześć długich dni. Zapasy wody i pożywienia uzupełniono po dotarciu do Ur, skąd wysłano poselstwo na Zachód. Wysłannicy mieli oficjalnie ogłosić wybór nowego cesarza.

Dobra passa nie trwała jednak długo. W krótkim czasie przed wojskiem znów stanęło widmo głodu, skończyły się bowiem zapasy żywności. W tym czasie cesarz zdołał już jednak dotrzeć do twierdzy Nisibis. Wojska nie weszły jednak do samego miasta. Jowian za bardzo bał się reakcji ludności, do której dotarły już wieści o haniebnym pokoju zawartym z Persami. Żołnierze rozbili swoje namioty pod murami miasta, ciesząc się z tego, że nareszcie mają co jeść. Mieszkańcy Nisibis nie pozwolili jednak nowemu władcy na koczowanie pod murami miasta i zaprosili go do środka.

Od tego momentu wojska cesarskie nie napotkały już na swojej drodze większych przeszkód. Zanim wyruszyli z Nisibis, ciało zmarłego Juliana zostało wywiezione za mury miasta i pochowane w Cylicji, niewielkiej miejscowości koło Tarsu. Jowian natomiast ruszył w dalszą drogę - przez Edessę i Hierapolis do Antiochii, gdzie zatrzymał się znów na dłuższy odpoczynek.

Sytuacja w kraju zaczęła się pogarszać. Obywatele podzielili się na zwolenników i przeciwników nowego cesarza, co jeszcze można by zrozumieć, bo każdy nowy władca wzbudza pewne kontrowersje. Ale spory wewnątrzpaństwowe zaczęły przenosić się też na łono Kościoła. Coraz więcej świątyni pozostawało zamkniętych, nawet składanie ofiar było zakazane.

Po dłuższym pobycie w Antiochii, cesarz wyruszył w dalsza podróż na północ. Po drodze wojsko miało krótki postój w Tarsie, nieopodal grobu Juliana. Wykorzystano ten czas, by ozdobić grobowiec zmarłego cesarza i oddać mu należny hołd. Oczywiście nie obyło się bez nowego szemrania i konfliktów - kontrowersje wzbudzał fakt, że cesarz nie został pochowany w Rzymie, jak jego wielcy poprzednicy.

W późniejszym czasie miały miejsce jeszcze inne rozruchy, których celem było obalenie Jowiana. Ktoś podburzył ludność prowincjonalnych miasteczek, ktoś inny puścił pogłoskę, że stary cesarz, Julian żyje. Zamieszanie to jednak powoli cichło, aż w końcu do Iovianusa dotarły listy potwierdzające jego wybór na cesarza i zapewniające, że sprawcy dotychczasowych buntów zostaną ukarani śmiercią lub co najmniej więzieniem.

1. stycznia 364 r. Jowian uroczyście objął konsulat, ceremonia miała miejsce w Ancyrze. Uczestniczył w niej także mały synek Jowiana, Warronian. Jego obecność związana była z pewnym wydarzeniem, które zinterpretowano na niekorzyść władcy. Otóż malutki Warronian przez cały czas trwania uroczystości zanosił się płaczem. Przewidywano na tej podstawie nieszczęścia.

Po drodze do Konstantynopola cesarz Jowian zatrzymał się jeszcze w Dadastanie. Nocleg przygotowano mu w świeżo pomalowanym pomieszczeniu, które wcześniej dobrze ogrzano, paląc węglem drzewnym. Cesarz już nigdy nie wyszedł z tego pokoju o własnych siłach. Zmarł w nocy z 16 na 17. lutego 364 r. najprawdopodobniej na skutek zaczadzenia. Ciało cesarza przewieziono do Konstantynopola i pochowano w kościele św. Apostołów.