W wyniku obustronnego ataku sąsiadów Polski, we wrześniu 1939 roku, nasz kraj dostał się pod okupację radziecką i niemiecką. Dokonał się wówczas czwarty rozbiór Polski. ZSRR i Niemcy działały na mocy wcześniejszych porozumień, które zapadły jeszcze w sierpniu 1939 roku, podczas wizyty niemieckiego ministra spraw zagranicznych Joachima von Ribbentropa w Moskwie. Wówczas to do oficjalnego radziecko - niemieckiego porozumienia dołączono tajną klauzulę, w której określono zasady współpracy i podziału ziem Polski po zakończeniu działań wojennych. Od października 1939 roku Polska dostała się więc pod dwie okupację: radziecka i niemiecką.

W niemieckiej strefie okupacyjnej część zachodnich polskich ziem została włączona bezpośrednio do III Rzeszy. Po niemieckiej stronie granicy znalazło się 48,5 % obszaru II Rzeczpospolitej i około 20, 5 miliona ludności. Reszta ziem polskich została podzielona natomiast następująco:

* Utworzono okręg Gdańsk-Prusy Zachodnie, w którego skład weszło Pomorze wraz z Gdańskiem

* W obszar Kraju Warty zostały włączone Wielkopolska z Poznaniem i Łodzią

* Do Prowincji Śląskiej wcielono Górny Śląsk i Zagłębie Dąbrowskie

* Rejencję Ciechanowską utworzono z północnego Mazowsza

12 października 1939 roku z pozostałych ziem zostało utworzone Generalne Gubernatorstwo. Stolicą Generalnej Guberni został Kraków, a generalnym gubernatorem mianowano Hansa Franka, który za swoją siedzibę wybrał Zamek na Wawelu. Generalne Gubernatorstwo objęło ziemie: krakowską, lubelską, radomską i warszawską. Takie tez utworzono dystrykty.

Wraz z nastaniem okupacji nastała masowa germanizacja i prześladowania Polaków. Celem stało się polskie szkolnictwo. Przykładem takiego działania było podstępne aresztowanie profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego, którzy zostali zwabieni na Uczelnię, obietnicą wznowienia jej działalności i uroczystym odczytem. Przybyli przedstawiciele polskiej nauki po zatrzymaniu zostali wywiezieni do obozów koncentracyjnych, gdzie wielu z nich poniosła śmierć.

Tuż po zakończeniu działań wojennych władze niemieckie rozpoczęły masowe wysiedlenia Polaków. Część z nich kierowano na przymusowe roboty do Niemiec. Aresztowania objęły w pierwszej kolejności byłych powstańców, harcerzy, oficerów Wojska Polskiego i innych patriotów. Dotknęły także zwykłą ludność obszaru Rzeczpospolitej.

W Generalnym Gubernatorstwie pierwszą akcją eksterminacyjną polskiej ludności było wymordowanie w Wawrze koło Warszawy ponad 100 osób, w grudniu 1939 roku. Druga fala terroru nastąpiła w połowie 1940 roku i nosiła kryptonim "Akcja AB". W jej trakcie rozstrzelano wielu wybitnych Polaków, zginęli wówczas min.: Janusz Kusociński, Maciej Rataj czy Mieczysław Niedziałkowski. Na ziemiach polskich zaczęły też powstawać pierwsze obozy koncentracyjne, w których zginąć miały miliony ludzi.

W Generalnej guberni zastosowano metody, które miały stać się powszechne dla całej podbitej przez Niemców Europy. Początkowo miał to być obszar, na którym zgromadzono rezerwuar niewolniczej siły roboczej.

Jednak już w 1941 roku Niemcy przystąpili do realizacji tzw. Generalnego Planu Wschodniego. Polegać on miał na długofalowej eksploatacji ziem słowiańskich, podporządkowaniu sobie całej Europy Wschodniej i wymordowaniu lub wysiedleniu około 30 milionów mieszkańców. Generalną Gubernię zamierzano zgermanizować w ciągu 20 lat. W miejsce wysiedlonych Polaków miano sprowadzić niemieckich kolonistów. Polacy mieli być deportowani na Syberię. Pierwszym obszarem, gdzie zaczęto realizować ten plan była Zamojszczyzna. W okresie od listopada 1941 roku marca 1942 roku wysiedlono stąd 116 wsi, a w lipcu 1943 roku 171. akcją zostało objętych w sumie 31 % mieszkańców Zamojszczyzny. Wywieziono stąd do III Rzeszy około 30 tysięcy dzieci, które postanowiono zgermanizować. W ostatecznej realizacji tego okrutnego planu przeszkodził Niemcom zdecydowany opór polskiej partyzantki.

Wojna i okupacja przyniosły narodowi polskiemu niepowetowane straty w dziedzinie kultury na obszarze Generalnej Guberni. Straty zostały wycenione na 5, 37 miliarda przedwojennych złotych. Odpowiada to 43% zasobu. Większość strat to nie skutki bezpośrednich działań wojennych ale efekt planowej polityki niemieckiej na Wschodzie. Celem niszczycielskiej działalności niemieckiej stały się placówki kultury, muza i biblioteki. Od pierwszych dni wojny Niemcy bezskutecznie na szczęście tropili obrazy Jana Matejki, takie jak " Hołd Pruski", lub " bitwa pod grunwaldem". Dzieła te Polacy zdołali ukryć.

Ze szczególną pasją niszczono obiekty, które miały symboliczne znaczenie dla Polaków. Niszczono więc pomniki Tadeusza Kościuszki, Adama Mickiewicza, czy pomnik Grunwaldzki. Zostały one usunięte z Krakowa.

Grabież dóbr kultury prowadziły wyspecjalizowane agendy, które działały według wcześniej przyjętego planu.

dzieła, które zostały uznane za dokonania kultury germańskiej miały być umieszczone w muzeach III Rzeszy. Inne natomiast zniszczone. pierwszą taką akcję grabieży polskich dóbr kultury zorganizowano jeszcze w jesieni 1939 roku. Ucierpiały wtedy zbiory Warszawy, Krakowa i Lublina.

Niemcy doskonale orientowali się w polskich zbiorach, dlatego też ich ukrywanie było niezwykle trudne. Nie pomogło ukrycie w Sandomierzu krakowskiego ołtarza mariackiego, dzieła Wita Stwosza. Niemcy odszukali dzieło i wywieźli je do Norymbergii. Przed rabunkiem uchroniono na szczęście część zbiorów wawelskich - arrasy i Szczerbiec . wywieziono je do Rumunii, a następnie do Kanady, skąd powróciły dopiero w 1961 roku.

Łupem Niemców stały się też zbiory Muzeum Czartoryskich w Krakowie. Słynny obraz Leonardo da Vinci " Dama z łasiczką" odnalazł się dopiero w Bawarii, gdzie stanowił jeden z eksponatów prywatnej rezydencji Franka. Do dziś nie odnalazły się natomiast inne dzieła, na przykład obraz Rafaela pt. " Portret młodzieńca".