W roku 1545 rozpoczął się (zakończony w roku 1563) Sobór Trydencki. Jego zasadnicze postanowienia stanowiły o:
- pozostawaniu przez papieża głową kościoła katolickiego
- zachowaniu przez papieża celibatu
- konieczności wizytowania parafii (kontroli proboszczów mieli dokonywać kardynałowie)
- potrzebie powołania do życia kolegiów, mających kształcić duchownych, tak w zakresie nauk humanistycznych, jak i prawnych
- utrzymaniu Biblii jako fundamentalnego źródła wiary chrześcijańskiej
- uznaniu wiary oraz łaski pochodzącej od Boga, jako fundamentalnych elementów decydujących o zbawieniu człowieka
- stworzeniu kultu Maryjnego oraz kultu świętych
- potrzebie organizowania rekolekcji świątecznych, mających przygotowywać wiernych do lepszego przeżywania uroczystości religijnych
- potrzebie organizowania misji chrześcijańskich na ziemie pogańskie.
Z obradami Soboru Trydenckiego związane były następujące inicjatywy w kościele:
- stworzenie w roku 1542 zakonu braci Jezuitów; inicjatorem powstania bractwa był niejaki Ignacy Loyola; zakonnicy kierowali się trzema fundamentalnymi zasadami: ubóstwem, potrzebą pracy oraz posłuszeństwem wobec głowy kościoła, czyli papieża; za sprawą Hozjusza pierwsze bractwo jezuickie powstało na ziemiach polskich w roku 1564
- ustanowienie Indeksu Ksiąg Zakazanych, na którym znalazły się wszystkie pozycje uznawane przez hierarchów kościelnych jako te, zagrażające chrześcijańskiej wierze
- powołanie Świętego Oficjum, częściej określanego mianem Świętej Inkwizycji; z inspiracji papieża Pawła IV powstał twór mający sądzić heretyków oraz wszelkich odstępców od jedynej słusznej wiary; wkrótce w całej niemal Europie zapłonęły stosy z niewiernymi; w Polsce, jako jednym z nielicznych ówczesnych krajów, heretyków nie spotkał tak okrutny los, a ona sama zdobyła w dziejach miano państwa bez stosów.
