Na mocy testamentu Bolesława Krzywoustego z 1138 roku ziemie polskie zostały podzielone na dzielnice, mające duży stopień swobody i tylko formalnie podlegające seniorowi. Spowodowało to znaczne osłabienie kraju i spadek jego znaczenia na arenie międzynarodowej. Jednocześnie sąsiedzi ziem polskich zaczęli myśleć o zhołdowaniu lub podboju kolejnych dzielnic. Sami władcy dzielnicowi również chcieli wzmocnić swoją pozycję kosztem innych. W takim stanie rzeczy i z tych między innymi powodów pojawia się w Polsce zakon krzyżacki.
Cała nazwa zakonu brzmiała: Zakon Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego. Jego początki sięgają czasów krucjat, kiedy to Jerozolima pozostawała jeszcze w rękach rycerzy chrześcijańskich. Zakon ten nie był zakonem kontemplacyjnym ani żebraczym, jak wiele wówczas powstających. Jego podstawowym zadaniem była ochrona pielgrzymów udających się do miejsc świętych w Jerozolimie i okolicach. W tym Krzyżacy przypominali takie zakony, jak Templariuszy czy Joannitów. Zakon krzyżacki był zakonem rycerskim. Jego członkowie wywodzili się spośród rycerzy, nosili broń, uczestniczyli w walkach. Wyróżniali się spośród innych noszonym białym płaszczem, na którym widniał czarny krzyż. Krzyżacy nie podlegali żadnej władzy świeckiej, a jedynie bezpośrednio papieżowi. Na ich czele stał wielki mistrz zakonu, zaś w poszczególnych zamkach (domach, jak mawiali sami Krzyżacy) najwyższą władzę sprawowali komturowie. Wraz z upadkiem Jerozolimy Krzyżacy szukali sobie miejsca w Europie, gdzie mogli osiąść. Pobyt ich zarówno w Wenecji, jak i na Węgrzech szybko skończył się wygnaniem ich za próby uzurpowania sobie władzy na tych terenach.
Wtedy też pojawili się w Polsce. Ich zadaniem miała być pomoc w zaspokojeniu ambicji jednego z władców dzielnicowych - Konrada Mazowieckiego. Nosił się on z zamiarem podbicia Prus i właśnie z myślą o tym w 1226 roku sprowadził na polskie ziemie Krzyżaków. W zawartej z nimi umowie Konrad oddawał im ziemię chełmińską, pozostając sam władcą lennym tych terenów. Krzyżacy zaś zobowiązywali się podbić Prusów i wymusić na nich przejście na religię chrześcijańską. Zakon tymczasem posunął się do sfałszowania umowy tak, by wynikało z niej, że ziemia chełmińska została im oddana w samodzielne władanie bez żadnych świadczeń lennych. W zamian za podporządkowanie się cesarzowi niemieckiemu Zakon zdobył uznanie cesarza dla sfałszowanej umowy. Od 1230 roku trwał podbój ziem pruskich. Ostatecznie w 1249 roku Prusowie ulegli i zgodzili się na przyjęcie chrztu. Na zdobytych ziemiach utworzono Państwo Krzyżackie ze stolicą w Malborku i licznymi zamkami, np. w Kwidzynie, Fromborku, Elblągu. Państwo powiększyło się w 1237 roku o Inflanty, które dotychczas zajmował Zakon Kawalerów Mieczowych - połączył się on z Krzyżakami. Jak dotąd współpraca Polaków z Krzyżakami przebiegała bez żadnych problemów. Ten stan miał jednak niedługo już ulec zmianie.
Pierwszy jawny konflikt wybuchł w 1308 roku. Wtedy to sędzia Bogusz szukał pomocy u Krzyżaków przeciwko zagrażającym Gdańskowi Brandenburczykom. Krzyżacy pobili ich, później zaś zdobyli i spalili Gdańsk. W końcu zajęli całe Pomorze Gdańskie. Starano się odzyskać je na drodze pokojowej. W 1320 roku w Inowrocławiu odbył się proces o zwrot Pomorza. Krzyżacy proces przegrali, gdyż nie znaleźli kontrargumentów na chytre argumenty Polaków. Strona polska twierdziła, że z zagarniętych ziem Zakon nie płaci świętopietrza, a tym samym zubaża skarb rzymski. Papież nakazał zwrot Pomorza, Krzyżacy jednak nakazowi temu nie podporządkowali się.
Lata 1329-33 to okres otwartej już wojny. Przeciwko Polakom stanęły połączone siły Krzyżaków i Czechów Jana Luksemburczyka. Uderzenie spadło na Polskę z północy i południa. Armie czeska i krzyżacka miały się połączyć w rejonach Kalisza, jednak Czesi się spóźniali i Krzyżacy wycofali swoje siły. Największa bitwa tej wojny (pod Płowcami, wrzesień 1331) była nierozstrzygnięta. Mimo to dla Polaków wojna, na razie zakończona rozejmem była przegrana. Król odradzającej się Polski Władysław Łokietek musiał przystać na utratę Kujaw i ziemi dobrzyńskiej. Jego następca, Kazimierz Wielki starał się odzyskać te ziemie na drodze pokojowej. Podczas zjazdu w Wyszehradzie (1335) zawarto pokój z Czechami, zaś sami Krzyżacy mieli zwrócić Polsce utracone przez nią co dopiero ziemie. Nie było jednak mowy o Pomorzu, co skłoniło Kazimierza Wielkiego do zdania się na sąd papieski, który obradował w Warszawie (1339). Na jego mocy Zakon miał zwrócić wszystkie ziemie, a ponadto zapłacić odszkodowanie. Naturalnie Krzyżakom było to nie w smak. Dopiero w 1343 roku zawarto w Kaliszu ugodę - Pomorze i ziemia chełmińska pozostały w rękach Krzyżaków jako "jałmużna", a król polski miał nosić tytuł pana i dziedzica Pomorza - tytuł bez żadnego znaczenia.
Wraz ze śmiercią Kazimierza Wielkiego skończyły się rządy Piastów. Jego następca, Ludwik Węgierski z Andegawenów, nadając szlachcie przywilej koszycki zapewnił polską koronę swojej córce - Jadwidze. Po śmierci Ludwika zaczęto szukać dla młodej królowej (raczej króla, bo mimo, że kobieta, to była władcą kraju) męża. Wybór padł na Jagiełłę, Wielkiego Księcia Litewskiego. To, że wybrano jak raz Litwina, w dużym stopniu było wywołane tym, że oba kraje miały wspólnego wroga - właśnie Zakon Krzyżacki. W 1385 roku zawarto w Krewie unię między oboma państwami. Jednocześnie Litwa przyjęła z rąk polskich chrzest, co uchroniło ją od przymusowej chrystianizacji przez Krzyżaków. Jako, że Litwini byli ostatnim narodem pogańskim nad Bałtykiem wydawać by się mogło, że misja chrystianizacyjna Krzyżaków dobiegła końca i nic już po nich na ziemiach polskich. Zakon jednak ani myślał zmieniać miejsca, w którym się urządził. Oskarżył Litwinów o pozorne przyjęcie chrztu. Następnie Krzyżacy zajęli należącą do Litwy Żmudź. Na ten ich nabytek terytorialny zresztą Litwa się zgodziła, nie czując się jak na razie zbyt mocna.
Sama Żmudź była terenem częstych powstań ludności przeciwko Zakonowi, co odbijało się na jego stosunkach z Litwą i Polską. Wojna wisiała w powietrzu i w końcu wybuchła na wiosnę 1410 roku. Naprzeciw siebie stanęły armie polska wraz z litewską i oddziałami ruskimi i tatarskimi, a po drugiej stronie armia zakonna, w której szeregach walczyło rycerstwo z całej Europy. Tak liczne zagraniczne zaciągi były spowodowane dobrze przeprowadzoną akcją propagandową Zakonu nagłaśniającą wojnę jako konflikt z poganami. Wbrew założeniom Krzyżaków, Jagiełło nie uderzył na Pomorze, lecz od razu ruszył na stolicę Państwa Zakonnego. Oba wojska starły się 15 lipca 1410 roku pod Grunwaldem. Strona polska miała przewagę liczebną (40 tys. przeciwko 30 tys. krzyżaków), lecz strona krzyżacka dysponowała o wiele większą ilością ciężkozbrojnych. Bitwa skończyła się zwycięstwem Polaków, które jednak pozostało nie wykorzystane do całkowitego zmiażdżenia Krzyżaków. Wojna skończyła się podpisaniem w Toruniu w 1411 roku pokoju, oddającemu Polsce (jedynie) ziemię dobrzyńską.
Następna wojna była efektem sekularyzacji (wyłączenia spod władzy zakonu, "zeświecczenia") Prus Królewskich i przyłączenia ich na własne życzenie do Polski. Toczyła się ona od 1454 do 1466 roku (tzw. wojna trzynastoletnia). Zakończyła się zwycięstwem Polaków. Traktat pokojowy podpisany znów w Toruniu oddawał pod władzę Polski Pomorze Gdańskie, ziemię chełmińską, Warmię, Elbląg i Malbork. Stolicę Państwa Krzyżackiego przeniesiono do Królewca, zaś samo państwo stawało się lennikiem Polski.
Ostatnia wojna z Państwem Krzyżackim, próbującym się usamodzielnić, wybuchła w 1519 roku. Trwała ona dwa lata i przyniosła Zakonowi kolejną klęskę.
Koniec Państwa Krzyżackiego to rok 1525, kiedy to Albrecht Hohenzollern złożył hołd lenny królowi polskiemu Zygmuntowi Staremu. Na miejscu państwa krzyżackiego powstało świeckie już państwo pod nazwą Prus Książęcych. Porozumienie z Polską zakładało, że Prusy pozostaną jej lennikiem, a w razie wygaśnięcia dynastii rządzących Prusami Hohenzollernów zostaną włączone w jej granice. Strona pruska zobowiązywała się dotrzymać wierności państwu polskiemu i służyć mu militarną pomocą w czasie ewentualnych wojen. Zapewnienia te z biegiem czasu poszły w niepamięć. Patrząc z perspektywy dalszych dziejów Polski pozwolenie na istnienie na północy państwa pruskiego było błędem. Mimo to, że Polska wzmocniła swoją pozycję nad Morzem Bałtyckim, miała u boku państwo, które w przyszłości miało jej zagrozić (po raz pierwszy to odczuła podczas potopu szwedzkiego, gdy Prusy stanęły po stronie Szwedów). Na razie jednak nic na to nie wskazywało. W 1561 roku, układem podpisanym w Wilnie rozwiązano Zakon na terenie Inflant, a same Inflanty wcielono do Polski. W niedalekiej przyszłości te tereny staną się kwestią sporną między Polską i Szwecją (a także Rosją) i przyniosą w XVII wieku długotrwałe wojny.
