Pojęcie "uniwersytet" (z łac. universitas) wyrażało początkowo ogół studentów i nauczycieli żyjących w danym ośrodku miejskim, choćby w Paryżu liczącym na początku trzynastego wieku około 150 tys. mieszkańców. Uniwersytet Paryski w formie całkowicie ukonstytuowanej był złożony z czterech głównych wydziałów: prawa, medycyny, sztuk i teologii. Wydział sztuk uznawano za przepustkę wiodącą do reszty wydziałów. Dominacja wydziału teologicznego była niekwestionowana. Studenci zostali podzieleni na cztery nieźle zorganizowane grupy nazwane "narodami"; istniała grupa Francuzów, Pikardów, Normanów i Niemców. Następnie z "narodów" wydzielano jeszcze "prowincje". Uniwersytet został założony z paryskich szkół katedralnych i dlatego miejscowi biskupi nadal sprawowali w nim kontrolę dzięki osobie kanclerza katedralnego, który należał do mistrzów teologii, a przy okazji również do kapituły pod wezwaniem Notre Dame. Jednak z czasem niezależność uniwersytecka rosła w siłę kosztem osoby kanclerza. Wszystkie wydziały posiadały swojego rektora. W wydziale sztuk rektor był wybierany przez wszystkie cztery narody, czyli przez studentów i był równocześnie rektorem uniwersytetu. Do podstawowych funkcji rektora należało zwoływanie zebrań zarówno wydziału sztuk, jak i ogólnouniwersyteckich, na których osobiście obejmował on przewodnictwo.

Dyskusje i wykłady stanowiły dwie podstawowe metody nauczania. Poprzez wykład postępując za etymologicznym znaczeniem tego słowa, rozumiano "lekturę". Od wykładowców wymagano, aby czytali swoim studentom teksty zalecanych autorów oraz wyjaśniali je w należytych komentarzach. Na wykładach w wydziale sztuk paryskiego uniwersytetu czytano głównie pisma Arystotelesa, niemniej jednak lista zalecanych tekstów ulegała zmianom, jeżeli zmieniły się poglądy Kościoła wobec tego filozofa. Z końcem trzynastego wieku niemalże wszystkie jego dzieła można było odnaleźć na liście lektur polecanych. Na wydziale teologicznym zalecanymi tekstami były także: Pismo Święte oraz Księga Sentencji autorstwa Piotra Lombarda. Tę ostatnią nauczyciele często polecali swoim studentom do lektury samodzielnej, sami zaś zadawalali się przeprowadzenie dyskusji nad wybranymi zagadnieniami wyselekcjonowanymi z tekstu. Z czasem komentarze nauczycielskie stawały się rzadsze i krótsze, aż w końcu przyjęły postać rzędu "kwestii".

Kwestia (z łac. quaestio disputata) stała się oficjalnym zadaniem, które zajęło poczesne miejsce w systematycznym nauczaniu uniwersyteckim. Tematy wybierali oczywiście nauczyciele, ale argumenty mogli wysuwać nie tylko oni, bo także ich studenci, a nawet przypadkowi słuchacze. Młodszy nauczyciel zwany z łac. baccalariusem podtrzymywał wówczas tezę za pomocą stosownych argumentów, po czym odpowiadał na pytania jako respondens. Nauczycielom zawsze przysługiwał przywilej interwencji podczas dyskusji, do nich należał też wniosek końcowy. W czasie następnych zajęć wykładowca mógł na nowo podjąć przedmiot, który był tematem poprzedniej dysputy. Wówczas musiał sformułować tezę ponownie, dokonać wyboru zwróconych przeciw niej zarzutów, wyartykułować swoje postanowienie, uzasadnić je jako respondens i w końcu odeprzeć stawiane zarzuty. Jeżeli wszystko to napisał sam, wtenczas wykład przeistaczał się w quaestio disputata, jeżeli natomiast za niego napisał to któryś ze słuchaczy, wtedy powstawało "sprawozdanie" wynikłe z dyskutowanej kwestii. W związku z tym, że wykładowca dowolnie określał ilość tychże dysput, mógł ich podejmować tyle, aby w okresie roku albo dłuższego przeciągu czasu wyczerpać podczas dyskusji wiele aspektów stale podejmowanej kwestii. Dlatego właśnie mamy do czynienia z godnymi uwagi seriami kwestii dyskutowanych, które znajdują się przykładowo w pracach św. Tomasza pod tytułem "Quaestiones disputatae de veritate, etc." i Mateusza pochodzącego z miejscowości Aquasparta zatytułowanych "Quaestiones disputatae de fide, humana cognitione, etc.".

Oprócz wspomnianych dysput, jakie dany wykładowca przeprowadzał na zajęciach dla swych studentów i dla osobistej wygody, bądź potrzeby, odbywały się także różnorakie dysputy publiczne. Wszyscy nauczyciele mogli skorzystać z przywileju podjęcia owej dysputy albo zrezygnowania z niej. Same dysputy stanowiły na tyle wymagającą próbę, że większość nauczycieli w ogóle o nie się nie troszczyła. Dysputy publiczne mogły odbywać się w ciągu trzeciego i czwartego tygodnia Wielkiego Postu oraz w czasie drugiego tygodnia Adwentu. Każdy uczestnik mógł stawiać dowolne pytanie na każdy temat; stąd nazwa dysput publicznych quaestiones de quodlibetales lub quolibet. Mistrz miał prawo odrzucić część pytań jako nie mających bezpośredniego związku z tematem dyskusji. Dysputa przebiegała następnie według zwyczajowej procedury, z jedną tylko różnicą, że udział w niej mogła brać dowolna liczba wykładowców. Zdarzało się, że owa liczba była niebagatelna.

Oprócz dysput i wykładów mistrzowie wygłaszali jeszcze kazania akademickie przed obliczem całego uniwersytetu. W wielu z nich poruszano w szerokiej zawartości ogólne kwestie dotyczące teologii, a czasami nawet filozofii i dlatego nawet dzisiaj historia teologii czy historia filozofii muszą często odwoływać się do tamtych wypowiedzi.

Wydawać by się mogło, iż patrząc od strony przebiegu studiów oraz nadawania tytułów naukowych (te podobnie jak i uniwersytety, po raz pierwszy pojawiły się średniowieczu) typową i pełną karierą w świetle średniowiecznej społeczności uniwersyteckiej była kariera wykładowcy paryskiego, chociaż w innych miastach nie do końca się z tym zgadzano. Zgodnie ze statutami z roku 1215 Roberta z Courson, każdy kto edukował o sztukach wyzwolonych, musiał poszczycić się przynajmniej sześcioma latami studiów oraz ukończeniem dwudziestego pierwszego roku życia, a kto wykładał teologię musiał studiować przez przynajmniej osiem lat i skończyć trzydziesty czwarty rok życia. Najpierw student zdobywał tytuł zwany bakalaureatem, następnie uzyskiwał tytuł licencjata, po którym przeprowadzał pierwszy wykład otrzymując stopień magistra sztuk. Jeśli miał zamiar zostać teologiem, musiał zdobyć trzy kolejne bakalaureaty, najpierw biblijny tzw. baccalarius biblicus, później sentencyjny zwany baccalarius sententiarius i w końcu bakalaureat zupełny, czyli baccalarius formatus. Po spełnieniu tych warunków początkujący teolog musiał jeszcze złożyć prośbę do kanclerza, aby uzyskać pozwolenie nauczania teologii. Jeśli przyznano mu takowe prawo, wówczas mógł odbyć principium, czyli przeprowadzić pierwszy wykład i dzięki temu otrzymać upragniony stopień magistra teologii. W związku z tym, że liczba katedr teologicznych została ograniczona (w roku 1254 istniało ich zaledwie dwanaście), nie wszyscy chętni mogli otrzymać własną. Wykładowca, który miał to szczęście, że posiadał katedrę zostawał magister regens, czyli pełnym profesorem. Dziekan paryskiego wydziału teologii był dla pełnych profesorów seniorem, a wszyscy oni byli świeckimi księżmi.

Metody nauczania uniwersyteckiego wywarły ogromny wpływ na techniki myślenia filozoficznego i teologicznego. Myślenie to stawało się coraz bardziej formalnym, podporządkowanym zasadom dialektyki Arystotelesa, a typowym dla owej metody wyrażeniem była "kwestia" (aporia). Zasadniczymi rezultatami szkolnego nauczania były pojedyncze kwestie dyskutowane z jednej strony, albo też zbiory takowych kwestii uporządkowane według z góry ustalonego klucza z drugiej. Oczywiście zawsze możliwe były pewne odchylenia. Raz na jakiś czas średniowieczny mistrz tworzył drobny jednolity utwór zwany traktatem i nadawał mu bardziej zwyczajową formę charakterystyczną dla Ojców Kościoła. Generalnie "kwestia" do samego końca średniowiecza pozostała ulubionym sposobem artykułowania własnych przemyśleń przez uniwersyteckich wykładowców. Stanowiła żywą sekcję szkolnej edukacji.

W związku z tym, że na obu wydziałach obowiązkowa była lektura całości tekstów, nauczyciele mogli napisać autorskie komentarze, które rozpowszechniano pod ich własnymi imionami. Stąd właśnie wywodzi się alternatywna do dyskusji forma wypowiedzi, powszechnie stosowana w okresie średniowiecza, a mianowicie "komentarze". Część z nich posiada niezwykle doniosłą wartość. Podobnie jak to ma miejsce w przypadku "Comentatora par excellence" autorstwa Awerroesa, komentarze mówią nam czasami o osobistych zamiarach ich twórców. Jednakże, jak później zobaczymy, komentatorowi nie chodziło o wyrażenie wewnętrznych przemyśleń, ale o wyjaśnienie postawy innego autora, podobnie jak to zostało wyrażone wcześniej w jednym z jego dzieł.

Kto choć raz miał okazję ujrzeć jedno z takowych pism, od razu rozpozna wszystkie inne prace, jeśli wyszły one spod pióra późnośredniowiecznego nauczyciela. Stąd wspólny dla nich wszystkich, choć częściowo nieadekwatny przymiotnik "scholastyczne". Zdecydowana większość prac, o których mowa rzeczywiście zawdzięcza swój niepowtarzalny styl szczególnym metodom nauczania funkcjonującym w szkołach średniowiecznych. Scholastyka jest określeniem powszechnym tzw. "filozofii scholastycznej", którą wykładano na wydziale sztuk, a także "teologii scholastycznej", którą nauczano na wydziale teologicznym. Próba określenia sensu i istoty scholastyki, zakładając, że takie coś w ogóle istnieje, wykracza poza tradycyjne zadania historyków.

Wielu europejskich uniwersytetów ma swoje początki w szkołach, które egzystowały już w dwunastym stuleciu; takowe uniwersytety nazywano w średniowieczu uniwersytetami tradycyjnymi (ex consuetudine). Dokładna chronologia odnosząca się do momentu ich przekształcania jest niemożliwa. Najstarsze z nich były umiejscowione w: Bolonii, Orleanie, Oksfordzie i Paryżu. Po 1200 roku, daty powstawania uniwersytetów są coraz dokładniejsze, albowiem oznaczają początek całkowicie nowych uczelni, albo oficjalną reorganizację szkół istniejących na uniwersytety, będące zorganizowanymi korporacjami studentów i nauczycieli. Cambridge, założony w 1209 r. wydaje się być pierwszym przypadkiem uczelni, która została założona jako uniwersytet, a nie wykształciła się z istniejącej wcześniej szkoły. Kilka lat po tym wydarzeniu, śladem Cambridge poszła Padwa założona w 1222 r. Ona też miała się stać ośrodkiem studiów niezwykle prężnie pracującym nad Arystotelesem; to właśnie tam Albert Wielki jako pierwszy zainicjował świeckie nauczanie. Nowy typ szkół pojawił się wówczas, kiedy zamiast rozwijania istniejących szkół, czy też spontanicznego ich zakładania, uniwersytety, tylko czasami z kościelnej inicjatywy, tworzyli monarchowie lub książęta. Spośród bardziej znanych placówek wyszczególnia się Neapol założony przez cesarza Fryderyka II w 1224 r.; Tuluzę ufundowaną przez miejscowego hrabiego w 1229 r. na życzenie papieży Grzegorza IX i Honoriusza II przeciwko albigensom; czy też Salamankę założoną przez króla Alfonsa IX około roku 1220. Po roku 1300 inicjatywa zakładania szkół dotarła do krajów germańskich w obrębie Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Zakładano kolejno uniwersytety w Pradze (1347), Wiedniu (1365), Heidelbergu (1386), Erfurcie (1389), Kolonii (w 1388 przekształcone przez zarząd miejski z dawnego trzynastowiecznego studium, wsławionego uprzednio przez wspominanego Alberta Wielkiego). Piętnastym wiek przynosi dalszy rozwój tego ruchu na Wschód, aż po: Rostock, Lipsk, Freiburg im Breisgau, Greifswald i Upsalę.

Wszystkie te instytucje naukowe posiadały oryginalną, właściwą sobie historię i strukturę. Jednakowoż wszystkie one naśladowały ogólny obraz nauczania scholastycznego, dokładnie taki, jaki został wypracowany na Uniwersytecie Paryskim. Nauczyciele uniwersyteccy wymieniali się pomiędzy uczelniami, a pobudzający ich duch wszędzie był ten sam, podobnie zresztą jak i powszechnie przez nich używana scholastyczna łacina. Wszystkie uniwersytety brały udział w doktrynalnej jednomyślności Kościoła katolickiego. Pomimo tego daje się zauważyć, że ich rozwój nastąpił w dwóch różnych kierunkach. Z początku uniwersytety były złożone jedynie z ludzi: studentów i nauczycieli. Nie posiadały żadnego wyposażenia, bibliotek, gmachów, czy personelu. Z czasem, a zwłaszcza od początków piętnastego wieku zaczęły się one opierać na coraz solidniejszych podstawach materialnych. Spoglądając z kierunku duchowego rozwoju zmiana była nawet głębsza, ponieważ uniwersytety zaczęły przekształcać się z instytucji klerykalnych w instytucje publiczne. Przejście to stało się nieuchronne w momencie powstania w kolejnych europejskich krajach licznych ośrodków nauczania, fundowanych przez lokalne władze lub miejscowych możnych, za których pieniądze średniowieczne szkoły zobowiązały się płacić akademicką swobodą. Może się jednak wydawać, że zbliżona tendencja zrodziła się samorzutnie na wydziale prawniczym Uniwersytetu Paryskiego już w połowie trzynastego wieku, kiedy to pomiędzy Stolicą Apostolską, a francuskimi królami powstawały rozliczne konflikty polityczne. Przechodzenie od tradycyjnego uniwersalnego modelu paryskiego uniwersytetu do uniwersytetów narodowych nowożytnego typu miało charakter ślamazarny i systematyczny.