Objęcie tronu monarszego w Koronie przez Kazimierza Jagiellończyka (1447 - 1492). Wkrótce po śmierci Władysława Warneńczyka możnowładztwo i szlachta zwołali w 1445 r. zjazd w Sieradzu, na którym dokonano warunkowej elekcji Kazimierza, od 1440 r. księcia litewskiego. Tymczasem wysłani z tą propozycją na Litwę panowie polscy spotkali się z odpowiedzią odmowną. Przez ponad rok trwały rokowania. W końcu Kazimierz uległ i zgodził się przybyć do Krakowa w czerwcu 1447 r., aby objąć tron polski. W zamian zażądał jednak zniesienia wszystkich wcześniejszych zapisów w sprawie unii, orzekając inkorporację Litwy do Korony. W tej sytuacji panowie polscy zaakceptowali osobiste rządy Kazimierza na Litwie. Co oznaczało w istocie przekształcenie dotychczasowego związku obu państw w unię personalną. Strona polska interpretowała to dosłownie jako przyłączenie (inkorporację) do Korony ziem litewsko - ruskich. Liczyła tym samym na podporządkowanie Koronie ziem spornych: Wołynia i Podola. Kwestia ta nie została jednak rozwiązana do końca. Polacy zdołali utrzymać się jedynie przy zachodnim Podolu.

W celu zapewnienia sobie poparcia panów i bojarów litewskich Kazimierz, zanim opuścił Wilno, wydał dla nich obszerny przywilej (1447 r.), w którym gwarantował nienaruszalność granic Witoldowych oraz niezależność polityczną Litwy. ponadto tutejszej szlachcie zapewnił prawo do pełnej własności gruntów i jurysdykcji nad poddanymi. Wkrótce po tym przybył pod koniec czerwca 1447 r. do Krakowa i dostąpił uroczystej koronacji. Przy czym nie zgodził się na potwierdzenie przywilejów szlacheckich wystawionych przez Władysława II Jagiełłę, a następnie Władysława III Warneńczyka, w końcowym okresie ich rządów. Stało się to zarzewiem sporów nowego władcy ze szlachtą, w początkowym okresie jego panowania. Ponadto przeciwko Kazimierzowi występowała grupa możnowładców z wszechwładnym wówczas Zbigniewem Oleśnickim. W walce z nimi król zaczął szukać poparcie przede wszystkim wśród szlachty, ale musiał iść w tym przypadku na pewne ustępstwa (w 1453 r. zatwierdził w Piotrkowie przywileje szlacheckie). Stopniowa konsolidacja stronnictwa królewskiego doprowadziła niebawem do osłabienia możnowładców i tym samym wzmocnienia władzy monarszej.

Powstanie Związku Pruskiego. W pierwszej połowie XV w. państwo krzyżackie w Prusach, w wyniku wojen prowadzonych z Polska (1409 - 1435), znalazło się w głębokim kryzysie polityczno - gospodarczym. Wśród miejscowej szlachty i mieszczaństwa zaczęła narastać opozycja przeciwko rządom Zakonu, który próbował zrekompensować poniesione przez siebie straty poprzez nakładanie na ludność wysokich podatków. Ponadto do ostrych spięć dochodziło również między mieszkańcami pochodzenia polskiego a przybyszami z Niemiec. Toteż już w 1397 r. doszło do utworzenia przez niezadowoloną z wszechwładzy Zakonu szlachtę pruską Towarzystwa Jaszczurczego, będącego na wpół tajną organizacją. Wkrótce jednak jej członkowie zostali złapani i oskarżeni o współdziałanie z Polską, za co spotkały ich ostre represje. Niezadowolenie wśród społeczeństwa pruskiego szerzyło się coraz bardziej. W 1440 r. szlachta oraz kilkanaście miast pruskich, w celu obrony swych interesów, powołały do życia tzw. Związek Pruski, który w swojej działalności nawiązywał do wcześniejszego Towarzystwa Jaszczurczego. W obawie przed represjami jego członkowie zwrócili się o pomoc do Polski i rozpoczęli przygotowania do powstania, które wybuchło w 1454 r. władze Związku Pruskiego wypowiedziały wielkiemu mistrzowi posłuszeństwo

Ogłoszenie aktu inkorporacji Prus do Korony (1454 r.). W tym samym czasie, kiedy wybuchło powstanie poselstwo Związku z Janem Bażyńskim na czele udało się do Krakowa i podjęło rozmowy z Kazimierzem Jagiellończykiem w sprawie poddania ziem pruskich Koronie. Rada królewska, mimo sprzeciwu Zbigniewa Oleśnickiego, ogłosiła 6 marca 1454 r. akt inkorporacji Prus, mocą którego ziemie pruskie zostały wcielone do Polski. Jednocześnie król wypowiedział wojnę Zakonowi.

Mowa Jana Bażyńskiego do króla Kazimierza Jagiellończyka.

"Nie tajno, miłościwy królu, tobie i twojej radzie, a podobno i narodom sąsiednim, ile krzywd i niegodziwości, ile zniewag i sromoty naddziadowie i ojcowie nasi, a na koniec my sami wycierpieliśmy od mistrza i Zakonu Pruskiego. […] W ciągu tyloletnich, z królestwem twoim prowadzonych wojen, ile potraciliśmy krewnych, dzieci, przyjaciół, ile nam popalono miast znakomitych, poniszczono włości, pogwałcono żon naszych i córek, porozrywano majątków, ślady świeże i skargi uciśnionych głośno poświadczają. Ale nad te wszystkie klęski więcej nas jeszcze to dotykało, żeśmy byli zmuszeni do łamania sojuszów i prowadzenia wojen, tym przykrzejszych dla nas, że tak niesprawiedliwych; żeśmy musieli nastawiać nasze głowy za nieprawość mistrza i Krzyżaków. […] Wśród tych zaś i tak wielkich nieszczęść, jeżeli kiedy brakło nieprzyjaciela zewnątrz, większy za to wewnątrz kraju występował. Komturowie i posiadacze zamków nie sromali się, bez przeprowadzenia sprawy, bez złożenia sądu, zabierać nam dobra i majątki, żony w oczach mężów i córki wobec rodziców porywać, na pastwę swoich lubieżnych chuci. A tym, którzy się na takie krzywdy uskarżali, miasto wymierzenia sprawiedliwości, zdejmowano głowy albo wydzierano mienie. Przyciśnieni tak wielką niedolą, uczyniliśmy wszyscy między sobą związek, abyśmy się od tylu cierpień zasłonić mogli. […] sprawa nasza wyniesiona została przed sąd Fryderyka cesarza rzymskiego, rzeczony cesarz, odrzuciwszy najsłuszniejsze i jawnie za nami mówiące dowody, a na większe nieszczęście nasze zniósłszy i unieważniwszy wyrokiem swoim nasz związek, skazał nas na sześćkroć sto tysięcy złotych kary i na wieczne poddaństwo mistrzowi i Zakonowi. […] Ten więc wyrok cesarza, tak niesłuszny i tyrański, spowodował nas do wypowiedzenia posłuszeństwa Krzyżakom i podniesienia przeciw nim oręża, w przekonaniu, że nie tylko nam mężom, ale i kobietom największą grozi sromotą poddanie się w jarzmo tak nikczemnej podległości. I pobłogosławiła Opatrzność naszym przedsięwzięciom. W ciągu dni dwudziestu orężem naszym przeszło dwadzieścia zdobyliśmy zamków, jako to: Toruń Stary i Nowy, Gdańsk, Elbląg, Grudziądz, Lidzbark, Golub, Kowalewo, Gniew, Świecie, Papowo, Tucholę, Pasłęk, Królewiec, Radzyń, Pokarmin, Nibork (Nidzicę), Przesmark, Morąg, Brodnicę, Chełmno, Działdowo, Ragnetę, Ostródę, Bratian, które naszej uległy władzy. Gdy więc twoja Królewska Miłość, jak wszystkim wiadomo, i co sam mistrz i Zakon jawnymi wyznali pismy, jesteś Zakonu tego nadawcą, uposażycielem i dobroczyńcą, ziemie zaś pomorska, chełmińska i michałowska gwałtem, przemocą zostały Królestwu Polskiemu wydarte, przeto udajemy się do Majestatu twego z prośbą, abyś nas raczył przyjąć za twoich i królestwa twego wieczystych poddanych i hołdowników, i wcielił do Królestwa Polskiego, od którego jesteśmy oderwani. Poddajemy się dobrowolnie i posłuszeństwem pod twoją zwierzchność i rządy, poruczając ci siebie, żony, dzieci i rodziny nasze, oraz wszystkie miasta, wsie, zamki i miasteczka, bądź zdobyte przez nas, bądź zdobyć się kiedyś mające. Nie odrzucaj zatem próśb naszych, a przyjmij je razem od tych, których poselstwo sprawujemy".

Tekst cyt. za: K. Górski, Związek Pruski i poddanie się Prus Polsce, Poznań 1949, str. 30 - 31.

Wojna trzynastoletnia. Po wypowiedzeniu wojny Zakonowi król powołał pod broń pospolite ruszenie kujawskie i wielkopolskie. Przed podjęciem działań wojennych, w obozie w Cerkwicy, wymusiło ono na Kazimierzu wystawienie nowych przywilejów (tzw. przywileje cerkwickie), w których zobowiązał się nie wydawać nowych praw oraz nie zwoływać pospolitego ruszenia bez zgody sejmików ziemskich. Dopiero wówczas król z wojskiem wyruszył pod Chojnice, gdzie doszło 18 września 1454 r. do bitwy z oddziałami krzyżackimi dowodzonymi przez Bernarda Szumborskiego. Bitwa ta zakończyła się kompletną klęską wojsk polskich. Na dodatek powstańcy pruscy zostali rozbici pod Malborkiem. Krzyżacy zaczęli stopniowo odzyskiwać utracone zamki i miasta, które wcześniej zrzuciły panowanie Zakonu.

Przegrana była spowodowana przede wszystkim brakiem odpowiedniego uzbrojenia armii, na które z kolei brakowało środków pieniężnych. Skarb królewskim świecił bowiem pustkami. Ponadto organizacja i technika walki szlacheckiego pospolitego ruszenia były przestarzałe. Tym czasem nowe przywileje ograniczały znacznie swobodę króla. W listopadzie i grudniu 1454 r. szlachta uzyskała w Nieszawie rozszerzenie przywilejów cerkwickich dla całego kraju. Król miał spętane ręce, nie mógł on bowiem teraz zwołać pospolitego ruszenia oraz uchwalić nowych podatków bez zgody sejmików ziemskich.

Natomiast niepowodzenia militarne wskazywały na konieczność reorganizacji wojska. Należało zamienić dotychczasowe pospolite ruszenie na armię zaciężną. Na co jednak nie było środków finansowych, bowiem sejmiki ziemskie nie godziły się na wprowadzenie nowych podatków. W tej sytuacji zaczęto spoglądać w stronę bogatych miast pruskich. Dzięki ich pomocy finansowej udało się Kazimierzowi w 1457 r. wykupić Malbork z rąk nieopłaconych zaciężnych żołnierzy Zakonu.

Do 1461 r. sukcesy w wojnie odnosili zdecydowanie Krzyżacy. Dopiero zwycięstwo Piotra Dunina we wrześniu 1462 r. pod wsią Świecino nad Jeziorem Żarnowieckim, przechyliło szalę zwycięstwa na stronę polską. Z kolei już w następnym roku połączona flota Gdańska i Elbląga rozbiły na Zalewie Wiślanym flotę wielkiego mistrza i wojska polskie zdobyły Gniew. W kolejnych latach opanowano dalsze twierdze, z których ostatnia poddała się 28 września 1466 r. w trakcie prowadzonych już rokowań pokojowych w Toruniu.

Drugi pokój toruński (1466 r.). Po długich targach został ostatecznie podpisany 19 października 1466 r. pokój w Toruniu (tzw. drugi pokój toruński). Zgodnie z jego postanowieniami do Polski wracało Pomorze Gdańskie z ziemią michałowską i chełmińską, a ponadto północno - zachodni skrawek Prus właściwych z Malborkiem, Elblągiem i Tolkmickiem oraz terytorium biskupstwa warmińskiego. Ziemie te nazywano odtąd Prusami Królewskimi. Reszta państwa krzyżackiego, a mianowicie Prusy Dolne ze stolicą w Królewcu oraz część Prus Górnych z Pomezanią, pozostawała pod władzą Zakonu, w charakterze lenna państwa polskiego. Oznaczało to zatem, iż każdorazowy wielki mistrz krzyżacki zobowiązany był składać królowi polskiemu hołd w ciągu sześciu miesięcy po swym obiorze, a także udzielać pomocy zbrojnej Polsce. Wielki mistrz nie mógł prowadzić samodzielnej polityki zagranicznej, ale posiadał prawo zasiadania w radzie królewskiej w randze księcia.