Na przełomie XIII i XIV w. doszło do konfliktu między Filipem IV Pięknym, królem francuskim a Bonifacym VIII, ówczesnym papieżem. Monarcha francuski postanowił nałożyć podatek na francuskie duchowieństwo oraz zatrzymał opłaty (annaty), które francuski Kościół odprowadzał do kurii rzymskiej. Francja przestała więc płacić Stolicy Apostolskiej świętopietrze. Filip IV Piękny chciał podporządkować sobie Kościół we Francji oraz zdobyć dodatkowe źródła dochodów. W 1308 r. zwołał on Stany Generalne, które oprały jego politykę. Następca Bonifacego VIII na tronie papieskim - Klemens V (z pochodzenia Francuz) rozpoczął okres "niewoli awiniońskiej" w dziejach Kościoła. Nie rezydował już w Rzymie, lecz przeniósł się w 1309 r. do Awinionu. Od tej pory przez ponad pół wieku siedzibą papiestwa stał się francuski Awinion. Był nią do 1377 r. W okresie 1309-1377 na tronie papieskim zasiadało siedmiu papieży. Wszyscy oni rezydowali w Awinionie i byli Francuzami.
W tym okresie upadku autorytetu papiestwa i Kościoła rozwinęły się w Europie liczne ruchy mistyczne. Coraz powszechniejsze stawało się przekonanie, że Kościół, a więc i całą ludzką cywilizację czka upadek, jeśli papieże nie powrócą do swej prawdziwej siedziby - Rzymu. Właśnie za namową Katarzyny ze Sieny, wielkiej włoskiej mistyczki, papież Grzegorz XI zdecydował się na powrót do Rzymu. W ten sposób w 1377 r. zakończył się okres "niewoli awiniońskiej". Grzegorz XI zmarł w 1378 r.
Po jego śmierci doszło w Kościele do rozłamu na tle wyboru nowego papieża. Francuscy kardynałowie dokonali elekcji Klemensa VII na papieża, a jego rezydencją nadal pozostał Awinion. Z kolei decyzją włoskich kardynałów papieżem został Urban VI, który rezydował w Rzymie. Był to początek kolejnego rozłamu w łonie Kościoła, określanego jako schizma zachodnia. Rozłam ten trwał w latach 1378-1449.
W sytuacji kryzysu Kościoła jedynym wyjściem było zwołanie soboru powszechnego. W XIV w. rozwinął się ruch soborowy, który miał doprowadzić do przezwyciężenia schizmy. Pierwszy sobór odbył się w Pizie w 1409 r. Nie przyniósł on jednak rozwiązania, a dodatkowo pogłębił podział. W latach 1414 - 1418 miał miejsce kolejny sobór, a miejscem jego obrad była Konstancja. Sobór wybrał na papieża Marcina V. Ta elekcja była formalnym zakończeniem rozłamu, ponieważ na czele Kościoła nie stało się już dwóch następców św. Piotra. W rzeczywistości jednak rozłam istniał nadal. W Kościele powstały dwa obozy, które rywalizowały ze sobą. Pierwszym byli kurialiści, którzy uważali, że papież winien mieć zwierzchnią władzę nad soborem. Drugi pogląd prezentowali koncyliaryści, którzy opowiadali się na nadrzędną władzą soboru w Kościele.
W 1431 r. rozpoczął się sobór w Bazylei zwołany przez papieża Marcina V. Miał on doprowadzić do faktycznego przezwyciężenia schizmy. Postulatom kurialistów wysuwanym podczas tego soboru przeciwstawił się nowy papież Eugeniusz IV. Przeniósł on obrady soborowe do Ferrary. Kolejnym miejscem soboru stała się Florencja. Zwolennicy koncyliaryzmu wybrali nowego papieża - Feliksa V (antypapież). Nie cieszył się on jednak dużym poparciem. W 1449 r. zrezygnował z tronu papieskiego. W ten sposób schizma zachodnia dobiegła końca.
Podczas obrad soboru we Florencji próbowano przezwyciężyć rozłam Kościoła Wschodniego i Zachodniego. Zawarto w tym celu w 1439 r. unię (zwaną florencką). Ówczesny cesarz Bizancjum oraz patriarcha Konstantynopola zaakceptowali zwierzchnictwo papieża, mając nadzieję, że Zachód udzieli im pomocy przeciw Turkom. Było to jednak dzieło nietrwałe i schizmy wschodniej nie udało się przezwyciężyć. Na unię nie zgodził się bowiem patriarcha moskiewski.
