W 1493 r. po raz pierwszy zebrał się sejm walny, złożony z dwu izb: senatu oraz izby poselskiej. Senat wykształcił się z dawnej rady królewskiej. W jego skład wchodzili najwyżsi urzędnicy państwowi świeccy i kościelni, którzy funkcję senatora sprawowali dożywotnio. Izba poselska składała się z delegatów szlacheckich, którzy reprezentowali wszystkie ziemie Polski. Posłowie szlacheccy na sejm walny wybierani byli na sejmikach ziemskich i wybierana była na sejmikach ziemskich.

W 1496 r. sejm piotrkowski uchwalił za zgodą króla Jana Olbrachta niezwykle korzystne dla szlachty postanowienia, które wzmacniały jej ekonomiczną pozycję. Zakazano mieszczanom nabywania i posiadania dóbr ziemskich (chodziło o to, aby mieszczanie nie mogli zakładać własnych folwarków, które mogły być konkurencją dla folwarków szlacheckich), ograniczono chłopom możliwość opuszczenia wsi, zwolniono szlachtę z ceł na towary eksportowane przez nią oraz z niektórych opłat celnych na towary importowane. Wprowadzono również tzw. taksy wojewodzińskie - były to corocznie ustalane przez wojewodów ceny towarów rzemieślniczych. Miały one na celu obniżenie i kontrolę cen artykułów produkowanych przez miasta i sprowadzanych przez kupców z zagranicy, a równocześnie stworzeni preferencji dla nie objętych taksami produktów wytwarzanych na folwarkach szlacheckich. Postanowienia te zmierzały do osłabienia społeczno - ekonomicznej pozycji mieszczan, w których szlachta widziała swego głównego gospodarczego konkurenta.

W 1501 r. władzę w Polsce, po śmierci swego brata Jana Olbrachta objął Aleksander Jagiellończyk. U progu swego panowania wydał on w Mielniku w 1501 r. właśnie przywilej, który wzmocnił znacznie pozycję możnowładztwa w Polsce. Zgodnie z wydanym przez króla przywilejem miała obowiązywać stała i niezmienna kolejność obejmowania urzędów przez możnych. Król utracił w ten sposób możliwość swobodnego dysponowania dostojeństwami, co było jego głównym narzędziem władzy wobec możnowładztwa. Przywilej mielnicki umocnił pozycję senatu w państwie. Potwierdzona została jego dominująca rola wobec króla i izby poselskiej. Aleksander jednakże nie zaprzysiągł tego przywileju i formalnie nie wszedł on w życie. Był jednak stosowany ze względu na nieobecność monarchy w Koronie, który przebywał wtedy na Litwie.

W 1505 r. sejm w Radomiu uchwalił konstytucję Nihil novi (łac. - nic nowego). Stanowiła ona o tym, że żadne nowe, ważne dla państwa decyzje nie mogą zapaść bez sejmu złożonego z trzech stanów sejmujących: króla, izby poselskiej oraz senatu. Tym samym konstytucja sejmu radomskiego ostatecznie unieważniała przywilej mielnicki i wzmacniała pozycję szlachty, bowiem w sejmie izba poselska miała odgrywać bardzo ważną rolę.

W XVI w. ukształtował się wśród średniej szlachty tzw. ruch egzekucyjny. Reprezentował on interesy stanu szlacheckiego. Jego celem była troska o przestrzeganie obowiązujących w Polsce praw i ochrona szlachty przed dominacja możnowładztwa. Ruch egzekucyjny sformułował własny program naprawy państwa. Szlachta domagała się przede wszystkim egzekwowania obowiązujących w Polsce praw (stąd nazwa ruch egzekucyjny). Szlachta domagała się przestrzegania prawa o incompatibiliach, czyli zakazu łączenia wyższych urzędów państwowych w jednym ręku. Ponadto egzekucjoniści domagali się rewindykacji dóbr królewskich nielegalnie zagarniętych i trzymanych przez magnaterię (hasło egzekucji dóbr). Chcieli również przeprowadzenia reformy kościelnej. Domagano się, aby także duchowni zobowiązani byli do płacenia podatków na cele wojskowe, a chłopi z ich dóbr poddani służbie wojskowej. Szlachta miała również zastrzeżenia dotyczące egzekucji wyroków sądów kościelnych przez starostów, czyli świeckich urzędników państwowych. Początkowo nie chodziło o wyroki dotyczące herezji, ale o spory w kwestiach ekonomicznych. Postulaty integracji wszystkich polskich prowincji pojawiły się pod koniec panowania Zygmunta Starego i stopniowo stały się jednym z głównych celów ruchu egzekucyjnego. Postulaty dotyczące integracji prowincji były związane z przekonaniem szlachty, że ciężar obrony kraju powinien być ponoszony równo przez wszystkich. Było to niemożliwe ze względu na przykład na różnorodne obciążenia podatkowe poszczególnych prowincji. W 1526 r. doszło do inkorporacji do Polski Mazowsza. Kolejnym niezwykle ważnym dla egzekucjonistów postulatem była unia realna Polski z Litwą. Wiele dyskusji prowadzono również w zakresie sposobu finansowania obrony kraju. Szlachta uważała, że wojsko powinno być finansowane z dochodów z domeny królewskiej. Z tym wiązał się właśnie postulat egzekucji dóbr. W 1504 r. zabroniono bowiem zaciągania długów królewskich pod zastaw królewszczyzn, które zgodnie z prawem były własnością państwa, a nie króla. W 1537 r. doszło do antykrólewskiego rokoszu. Szlachta zebrana pod Lwowem odmówiła udziału w kolejnej wyprawie wojennej króla żądając realizacji swych postulatów. Nie doszło do walk z siłami króla, szlachta ograniczyła się do prezentacji swych postulatów i rozjechała się do domów. Rokosz ten często nazywany jest wojna kokoszą, ze względu na ogromną ilość kur, jaką zjedli szlachcice podczas obrad.

Główne ostrze ruchu egzekucyjnego skierowane było przeciwko możnowładztwu, ponieważ ta grupa zdobyła sobie majątkową i polityczna przewagę w kraju i stanowiła najważniejszą zaporę w dążeniu średniej szlachty do hegemoni w państwie. Zadaniem egzekucjonistów było pozyskanie króla dla ich programu. Król bowiem do tej pory opierał się na możnowładztwie, jednakże pozyskanie go mogło przechylić szalę na rzecz szlachty. Jednakże początek konfliktu o Inflanty i panowanie nad Bałtykiem, w który włączyła się Polska pokazał, że bez uchwał podatkowych szlachty król nie będzie mógł prowadzić wojny. Wobec tego Zygmunt August zdecydował się na zmianę sojusznika i związanie się ze szlachtą. Na sejmie w Piotrkowie w 1562 r. król pojawił się w stroju szlacheckim, a nie jak dotąd we włoskim. Było to symbolicznym wyrazem królewskiego poparcia dla programu szlacheckiego. Ogłoszono egzekucje dóbr. Wszystkie królewszczyzny rozdane bezprawnie po 1504 r. miały zostać zwrócone skarbowi królewskiemu. Postulat ten został jednak zrealizowany tylko częściowo. Postanowiono, że czwarta część dochodów z dóbr królewskich zostanie przeznaczona na utrzymanie stałego wojska chroniącego granice królestwa. W ten sposób powstało wojsko kwarciane. Jego liczba była jednak niewielka.

Ruch egzekucyjny położył silny nacisk na scalenie z Polską państwowości litewskiej. Dla szlachty polskiej unia realna z Litwą oznaczała poważne ułatwienia gospodarczej i politycznej ekspansji na wschód. Na Litwie w miarę rozpowszechniania się folwarku pańszczyźnianego, a co za tym idzie wzmocnienia pozycji ekonomicznej szlachty litewskiej rosło wśród niej dążenie do upodobnienia się pod względem polityczno ustrojowym do Polski i wyzwolenia się spod hegemonii, znacznie potężniejszego niż w Polsce możnowładztwa. Również samo możnowładztwo litewskie, generalnie przeciwne idei unii realnej, widziało w niej pewne korzyści. Zagrożenie ze strony państwa moskiewskiego rosło i obawiano się, że Litwa samodzielnie nie będzie w stanie się mu przeciwstawić. Sprawa stawała się tym bardziej aktualna, że Zygmunt August nie posiadała męskiego potomstwa. Jego bezpotomna śmierć mogła doprowadzić do zerwania więzów łączących oba państwa. Rokowania dotyczące unii realnej toczyły się na sejmie polsko - litewskim w Lublinie. Magnaci litewscy nie chcąc tracić w kraju swej dominującej pozycji godzili się tylko na luźny związek obu państw. Przerwali zatem toczone w Lublinie obrady i udali się na Litwę. Zygmunt August ogłosił wtedy inkorporacje do Korony Podlasia, Wołynia oraz województw bracławskiego i kijowskiego. W obliczu tego faktu i pod wzrastającym naciskiem średniej szlachty magnaci litewscy powrócili do Lublina, gdzie 1 lipca 1569 r. zaprzysiężono unię pomiędzy dwoma państwami.

W ten sposób powstała Rzeczpospolita Obojga Narodów, jak zaczęto określać nowe państwo. Posiadało ono wspólnego, razem wybieranego władcę, wspólny sejm i senat, wspólną monetę. Oba kraje miały prowadzić wspólna politykę zagraniczna i wojskową. Odrębne dla obu krajów pozostały najwyższe urzędy, odrębne wojsko, skarb i sądownictwo.

W 1572 r. zmarł król Zygmunt August. Był ostatnim przedstawicielem dynastii Jagiellonów na tronie polskim. Rzeczpospolita musiała zatem wypracować prawne procedury wyboru monarchy oraz ustalić obowiązujący porządek prawny na czas bezkrólewia. Ustalono, że w tym okresie władzę w państwie przejmie tzw. interrex (łac. - międzykról), którą to funkcje sprawował zazwyczaj prymas. Na czas bezkrólewia w poszczególnych ziemiach zawiązywane były konfederacje kapturowe, które posługując się swoimi organami sprawowały władzę w danej ziemi do czasu wyboru nowego monarchy. Funkcjonowały wtedy również tzw. sądy kapturowe. Postanowiono również, że wybór nowego monarchy będzie się odbywał w formie tzw. elekcji viritim. To znaczy, że każdy szlachcic będzie mógł oddać swój głos na kandydata, który przypadł mu do gustu.

W 1573 r. zebrał się sejm konwokacyjny - obradował bez króla, a jego głównym zadaniem było przygotowanie elekcji. Wyznaczono jej termin oraz miejsce - była to wieś Kamień pod Warszawą. Na sejmie uchwalono tzw. konfederacje warszawską, która zapewniała w Rzeczypospolitej tolerancje religijną dla różnych wyznań.

Elekcja 1573 r. dała wynik niespodziewany. Królem obrano brata króla francuskiego Henryka księcia Andegaweńskiego. Wśród możnowładców dużą popularnością cieszyła się kandydatura arcyksięcia Ernesta Habsburga, a szlachta litewska zainteresowana była z kolei kandydaturą władcy moskiewskiego cara Iwana IV Groźnego. Chociaż Henryk zamieszany był w krwawe wydarzenia niedawnej nocy św. Bartłomieja w Paryżu, kiedy doszło do wymordowania francuskich hugenotów, nawet innowiercy woleli go od Habsburga. Ponadto Iwan IV budził duże wątpliwości ze względu na jego niezwykle brutalne rządy w Rosji. W wyniku tych rozbieżność na tronie polskim zasiadł Henryk Walezy.