Związek Harcerstwa Polskiego w okresie II wojny światowej (27 wrzesień 1939 - 18 stycznia 1945r.) przeszedł do konspiracji i przyjął kryptonim Szare Szeregi. W Naczelnictwie Szarych Szeregów znaleźli się m.in. przewodniczący związku J. Mauersberger, wiceprzewodnicząca - W. Opęchowska, sekretarz generalny - A. Olbramski, M. Wocalewska, która była delegatką naczelniczki harcerek oraz naczelnik harcerzy - F. Marciniak (pseudonim Jerzy Nowak). W 1943r. naczelnikiem harcerzy został S. Broniewski, a k później - L. Marszałek (pseudonim Jan)

W czasie wojny Organizacja Harcerek, na czele której stała J. Łapińska, używała kryptonimu Związek Koniczyn, który w 1943r. zmieniła na kryptonim Bądź Gotów. W składzie Organizacji działały dziewczęta, które ukończyły 16 lat. Zajmowała się ona prowadzeniem działalności opiekuńczej i wychowawczej Dziewczęta współpracowały także z Polskim Czerwonym Krzyżem oraz Radą Główną Opiekuńczą. Zdobywały one doświadczenie które mogły potem wykorzystać w pracy. Pracowały one głównie jako łączniczki lub sanitariuszki. Po skończeniu 18 lat dziewczęta trafiały do wojskowej Służby Kobiet lub oddziałów Kierownictw Dywersji (Kedyw). W schyłkowej fazie wojny do organizacji należało w przybliżeniu 5 tys. nastolatek.

Na czele Szych Szeregów występowała Komenda Główna nazwana Pasieką. Jej podlegały: chorągwie (ule), hufce (roje), drużyny (rodziny) oraz zastępy (pszczoły). Szare Szeregi miały również swoje hasło "dziś, jutro, pojutrze" albo "piąte, sobota, niedziela". Słowo dziś miało oznaczać czas działalności w konspiracji, jutro - bezpośrednią walkę zbrojną, a pojutrze - działalność już w niepodległej i wolnej Polsce.

Kwatera Główna podzieliła dla własnych potrzeb obszar Polski na: Polskę centralną obejmującą Generalne Gubernatorstwo, Polskę zachodnią, czyli ziemie wcielone do III Rzeszy orz Polskę wschodnią, obejmującą obszary wcielone do związku Radzieckiego. Harcerze działali w ścisłej konspiracji, a kontakty między harcerkami i harcerzami odbywały się wyłącznie na poziomie Naczelnictwa obu organizacji.

W pierwszej fazie swojej działalności do Szarych Szeregów przyjmowano osoby, które ukończyły 17 lat. Później także młodsi mogli dostąpić tego zaszczytu. Do Szarych Szeregów nie dołączyli harcerze, którzy byli w okresie przedwojennym pod wpływem Stronnictwa Narodowego.

Członkowie Szarych Szeregów byli podzieleni na grup ze względu na swój wiek. Najmłodsi chłopcy w wieku od 12 do 14 lat określani byli mianem Zawiszaków. Oni nie uczestniczyli w akcjach bezpośrednio skierowanych przeciwko okupantom, ale uczyli się ratownictwa i łączności. Harcerze w wieku od 15 do 17 lat, czyli skauci, organizowali się w Bojowe Szkoły, gdzie zdobywali umiejętności wojskowe. Przygotowywano ich do pełnienia służby wojskowej w oddziałach zwiadowczych, rozpoznawczych i łączności.

Natomiast harcerki, gdy ukończyły 16 lat mogły wstąpić do wojskowej Służby Armii Krajowej (WSKAK).

Młodzi chłopcy działali także w partyzantce - uczestniczyli w "Akcji Wachlarz", w "Jędrusiach" i zajmowali się zwiadem oraz łącznością "Ponurego". Cześć z nich działała również w Komendzie Głównej Armii Krajowej. Przykładem może być Aleksander Kamiński, który został redaktorem naczelnym pisma "Biuletyn Informacyjny". Harcerze uczestniczyli w akcji "Burza"

Natomiast młodzież z Bojowej Szkoły prowadziła akcję propagandową pośród polskiej ludności w ramach walki konspiracyjnej w Organizacji Małego Sabotażu "Wawer". Brali także udział w akcjach Gdańsk i N, zbierali potrzebne informacje oraz prowadzili akcje wywiadowcze. Harcerze, którzy osiągnęli już pełnoletniość, tworzyli Grupy Szturmowe (GSz), które zajmowały się działaniami dywersyjnymi. Naczelnik Szarych Szeregów Marciniak porozumiał się z Emilem Fieldorfem Nilem, który był komendantem Kedywu. Dzięki temu porozumieniu Grupy Szturmowe weszły w skład Kedywu. Ich pierwsze zadanie polegało na wysadzeniu torów kolejowych w okolicach Kraśnika, o było częścią akcji "Wieniec II" w Sylwestra 1942r. Latem 1943r. powstał batalion Zośka, który utworzyły warszawskie Grupy Szturmowe.

Grupy Szturmowe przeprowadziły w czasie wojny wiele akcji dywersyjnych i sabotażowych. Ich zadania polegały na odbijaniu więźniów oraz przeprowadzaniu zamachów na życie członków SS i tajnej policji. Zamachami zajmowała się stworzona w tym celu III kompania w batalionie Zośka nosząca miano: Agat, a w późniejszym okresie - Pegaz. Właśnie członkowie Agatu przeprowadzili udany zamach na Franka Kutscherę, który był szefem SS i policji w dystrykcie warszawskim.

W listopadzie 1941r. Szare Szeregi utworzyły szkołę podchorążych - Agricolę, w której wykształciło się 320 harcerzy.

Gdy 1 sierpnia 1944r. wybuchło powstanie warszawskie, zgrupowanie Radosław składało się z 3 batalionów Szarych Szeregów. Walczyły tam bataliony: Parasol, Zośka i Wigry, a także plutony Grup Szturmowych. Najmłodsi harcerze zajmowali się kwestią łączności oraz działali w powstańczej poczcie polowej. Dziewczęta natomiast zajmowały się pomocą sanitarną oraz pracowały w łączności.

Szare Szeregi działały aktywnie także w Gdyni, Radomiu, Krakowie oraz na Śląsku. W sierpni1944r. było około 9 tys. harcerzy.

Naczelnicy Kwatery Głównej Szarych Szeregów:

  • 27.09.1939 - 06.05.1943r. - F. Marciniak
  • 06.05.1943 - 3.10.1944r. - S. Broniewski
  • 03.10.1944 - 18.01.1945r. - L. Marszałek

Szare Szeregi wydawały także tajne pisma, broszury i materiały szkoleniowe: Źródło, Drogowskaz, Wigry, Pismo Młodych, Brzask.

Wybrane akcje przeprowadzone przez Szare Szeregi:

  1. Wieniec I oraz Wieniec II - wysadzanie składów pociągów
  2. Meksyk II - 26 maca 1943r. - Akcja pod Arsenałem, która polegała na odbiciu 25 więźniów, którzy byli konwojowani przez niemieckich policjantów. Odbito wówczas m.in. Jana Bytnara (pseudonim Rudy), który jednak zmarł na skutek odniesionych ran podczas przesłuchania. Po udanej akcji zmarli również: Aleksy Dawidowski (Alek) oraz Tadeusz Krzyżewicz (Buzdygan).Akcją dowodził Stanisław Broniewski (Orsza), a zastępował go Tadeusz Zawadzki (Zośka).
  3. Meksyk II - odwołana akcja odbicia Floriana Marciniaka
  4. Celestynów - 20 maja 1943r.- odbicie więźniów z transportu do Oświęcimia
  5. Kutschera - 11 luty 1944r. - udany zamach na Franka Kutscherę, który był komendantem warszawskiej policji oraz SS
  6. Koppe - zamach na życie szefa niemieckiej policji w Generalnej Gubernii, który zakończył się niepowodzeniem
  7. Taśma - 20 sierpnia 1943r. - akcja zlikwidowania granicznych strażnic, śmierć Tadeusza Zawadzkiego (Zośki)
  8. Akcja N - szerzenie propagandy wśród Niemców, która miała osłabić ich chęci do walki
  9. Akcja M - Młodzież

"Cóż stąd, że ideał braterstwa, który głosimy wydaje się taki daleki do spełnienia? Jest to los wszystkich wielkich ideałów ludzkości..." (Maria Kapiszewska, 1937)