Istniało na Ukrainie bardzo wiele konfliktów między innymi: różnice językowo-etniczne między polskimi właścicielami ziemskimi a ukraińskimi chłopami, mniejsza rola prawosławia w stosunku do katolicyzmu oraz unii, konflikty pomiędzy dążeniami Kozaków a aspiracjami kresowych magnatów chcących poddać kozaczyznę systemowi pańszczyźnianemu. Główną sprawą sporną pozostawała kwestia określenia statusu prawno-politycznego a także społecznego Kozaków. Wrogość Kozaków wobec próby narzucania im poddaństwa spowodowała kilkakrotne wybuchy powstań kozackich. Były one zawsze krwawo tłumione. Zaistniałą sytuację postanowił wykorzystać jeden z przywódców wojsk zaporoskich, Bohdan Chmielnicki. W styczniu roku 1648 doprowadził on do wybuchu powstania na Siczy. Jednak rozwój tegoż powstania wymknął się Chmielnickiemu spod kontroli. Na początku powstania Kozacy zawarli układ z Tatarami, następnie udało im się pokonać wojska polskie nad Żółtymi Wodami, pod Korsuniem i pod Piławcami. W rezultacie doszli pod Lwówi i Zamość. Zwycięstwa te wywołały powstania chłopskie na terytorium całej Ukrainy. Najczęstrzymi ofiarami powstania była szlachta, katolicki kler a także Żydzi. Tych ostatnich postrzegano jako sprzymierzonych z magnatami w związku z tym, że ściągali podatki dla magnaterii, zarządzali jej folwarkami, młynami czy też karczmami. W maju 1648 roku zmarł król Władysława IV co wywołało panikę i zamieszanie, które ogarnęły całą Ukrainę. Na następcę Władysława IV wybrano Jan Kazimierz Waza. W czasie elekcji o wpływy na sytuację polityczną w kraju toczyły ze sobą walkę dwa ugrupowania polityków. Pierwsi pragnęli stłumić powstanie przez pertraktacje z Chmielnickim a także przez ustępstwa w stosunku do Kozaków. Drudzy zaś to samo chcieli osiągnąć przez natychmiastową wojskową rozprawę z powstańcami. Nowy król przychylał się do rozwiązaniu siłowego. Podczas drugiego etapu powstania Rzeczpospolita ponowiła działania wojskowe na dużą skalę. Potem zawarto umowę z Bohdanem Chmielnickim. Przewidywała ona wyodrębnienie na terenie Ukrainy obszaru podległego władzy hetmana Chmielnickiego oraz utrzymanie podwyższonego rejestru Kozaków. Przeciwko układom z Rzeczypospolitą przeciwstawiała się ludność na Ukrainie. Na Podhalu miały miejsce rozruchy chłopów. W kolejnym etapie powstania doprowadzono do ingerencji z Rosją, która była zainteresowana w rozciągnięciu swoich wpływów na większą część Ukrainy. W 1654 roku doszło do ugody w Perejasławiu, gdzie podjęto decyzję o włączeniu Ukrainy do Rosji oraz poddanie kozaczyzny pod zwierzchność cara. Ta tak zwana ugoda perejasławska wywołała wojnę polsko-rosyjską. Ukraina odtąd była obszarem rywalizacji międzynarodowej. Chmielnicki zwrócił się do Szwecji i Siedmiogrodu w sprawie ewentualnego podziału ziem Rzeczypospolitej a także utworzenia niepodległego państwa ukraińskiego. Jan Wyhowski w 1658 roku doprowadził w Hadziaczu do podpisania ugody z Polską. W wyniku krwawych doświadczeń z przed laty Ukraińcy nie ufali już porozumieniom zawieranym z Polakami.