Herezje średniowieczne rozwijały się głównie w XI - XV w. Były to formy religijnego protestu, które zrodziły się z głębokiej żarliwości religijnej ludzi średniowiecza. Charakteryzowały się tym, że prezentowały koncepcje religijne odmienne od tych prezentowanych przez Kościół. Ich źródłem była niezgodna z nauką kościelną interpretacja Biblii. Kościół, który dążył w średniowieczu do "monopolu" religijnego, starał się zwalczać herezje i w tym celu powołał instytucję inkwizycji.

Herezje znane były już w starożytności. W III w. n.e. w Persji powstała sekta, której założycielem był Mani. Manicheizm uznawał, że są dwie zasady bytu: dobro i zło. Walka między nimi jest treścią ludzkich dziejów. W X w., pod wpływem manicheizmu, w Bułgarii powstała sekta bogomiłów. U podstaw bogomilizmu także leżał motyw walki dobra ze złem.

Rozkład wewnętrzny Kościoła był jednym z czynników sprzyjających szerszeniu się herezji. Średniowieczny kler prezentował niski poziom moralny i intelektualny, a duchownych cechowała niewielka dbałość o sprawy religijne. Zbyt mało uwagi poświęcano kwestiom moralnym, co wynikało z faktu, że Kościół był wielkim posiadaczem ziemskim i dysponował ogromnym majątkiem. Papieże byli bardziej politykami i władcami świeckimi, niż duchowymi przewodnikami chrześcijan. Powszechna była krytyka stosunków panujących w Kościele i żądania jego odnowy i poprawy.

Herezje średniowieczne były inspirowane w dużej mierze poglądami głoszonymi przez Joachima z Fiore (zm. 1202), opata cysterskiego z południa Włoch. Podzielił on dzieje ludzkości na trzy okresy. Pierwszy to okres Boga Ojca, czyli czasy przed narodzinami Chrystusa. Drugi okres to okres Syna Bożego, czyli czasy obecne. Trzeci, okres Ducha Świętego, miał dopiero nadejść. Poprzedzić go miało pojawienie się Antychrysta. Pisma Joachima z Fiora uznawane były za "wieczystą ewangelię".

Wpływ na rozwój nurtów heretyckich miały także panteistyczne idee Amalryka z Bèan. W 1210 i w 1215 r. amalrycjanie (zwolennicy Amalryka) zostali potępieni przez Kościół.

Dominikanie Johannes Eckhart i Johannes Tauler (XIV w.) byli twórcami średniowiecznej mistyki, która w późniejszym średniowieczu także przyczyniała się do rozwoju herezji. Głosili oni konieczność jedności z Bogiem poprzez kontemplację, pokorę i ubóstwo.

Dużą rolę w szerzeniu się nurtów heretyckich odegrał także Jan Wikliff, który w XIV wieku uznał "Pismo Święte" jako jedyną podstawę wiary. Podkreślał także rolę ubóstwa i pokory, odrzucił kult relikwii i świętych, odpusty, indywidualną spowiedź, zalecał sekularyzację dóbr kościelnych, przetłumaczy "Biblię" na język angielski i udostępnił ja tym samym prostemu ludowi. Ostrą krytykę wystosował przeciwko papiestwu.

W roku 1170 ksiądz Lambert de Bègue założył kobiecą wspólnotę. Skupione w niej panie prowadziły życie zakonne, jednak nie składały ślubów wieczystych. Na czas pobytu we wspólnocie zgadzały się one żyć w ubóstwie, czystości i modlitwie. Nowe stowarzyszenie zostało uznane ustnie w roku 1216 przez papieża Honoriusza III, a Grzegorz IX wystawił dla nich w roku 1233 bullę protekcyjną. Beginki (bo tak nazywał się nowy ruch) początkowo rekrutowały się przede wszystkim z kręgów patrycjatu miejskiego, ziemskiej szlachty i warstw średnich ze społeczności miejskiej. Od XIV w. beginkami zostawały głównie kobiety z niższych stanów. "Beginaże", czyli osiedla beginek powstawały przede wszystkim na terenach dzisiejszej Francji, Holandii, Belgii i Niemiec. Beginki zajmowały się przede wszystkim modlitwą, rękodziełem, pielęgnacją chorych, pochówkiem zmarłych oraz edukacją dziewcząt. Utrzymywały się z wniesionych do zgromadzenia fundacji oraz ze sprzedaży własnych wyrobów. W XIV w. beginki pojawiły się na ziemiach polskich. Z czasem zaczęła wzrastać nieufność Kościoła do tych świeckich zgromadzeń. Oskarżano je o herezję a nawet o prostytucję. Stało się tak dlatego, że część beginek odrzuciła Pismo Święte i praktyki religijne, chcąc osiągnąć zbawienie poprzez ubóstwo i umartwianie się. W roku 1311 na soborze w Vienne zakazano działalności beginek. Były one prześladowane i wypędzane (głównie w południowej Francji). Istniał męski odpowiednik tych zgromadzeń - begardzi. Stowarzyszenia te tworzono w XIII w. głównie w Niderlandach i Nadrenii. Znikają one jednak już w XV wieku.

Jedną z najbardziej znanych średniowiecznych grup heretyckich są waldensi. Narodziny tej sekty datują się na okres, w którym następuje gwałtowny wzrost liczebności miast i powiększanie się ich mieszkańców. Rozwój handlu prowadzi do bogacenia się pewnych grup kupieckich. Z drugiej strony wzrasta rzesza ubogich, którzy pozostają na marginesie życia społecznego. W miastach powstają instytucje dobroczynne, a cześć zamożnych obywateli postrzega nagłe wzbogacenie się jako coś grzesznego. Jednym z zamożnych kupców był Piotr Valdo (Petrus Waldes). Jak podaje głoszona po jego śmierci legenda, pod wpływem opowieści o świętym Aleksym, postanowił zmienić swoje życie. Ten kupiec tekstylny z Lyonu przekazał małżonce dobra nieruchome, zatroszczył się o wykształcenie córek, a majątek zdobyty w handlu rozdał ubogim. Postanowił wcielić w życie głoszoną przez Jezusa ideę ubóstwa. Kazał przetłumaczyć fragmenty Biblii na język prowansalski i około roku 1175 zaczął głosić słowo boże. Jego zwolenników nazywano "ubogimi z Lyonu". Byli oni zobowiązani do złożenia trzech ślubów: ubóstwa, czystości i posłuszeństwa wobec nakazów Pana, a nie wobec przełożonych kościelnych. W 1179 r. na sobór laterański III przybyli dwaj towarzysze Piotra Valda. Przyjął ich papież Aleksander III, który odmówił im zezwolenia na nauczanie (choć Valdo zgadzał się z wyznaniem wiary Kościoła rzymskiego). Zezwolono im tylko nauczanie o dobrych obyczajach, ale miało się to odbywać pod kontrolą lokalnego kleru. Mimo tego uczniowie Piotra Valda (także kobiety) nauczali na placach i ulicach. Głosili pochwałę ubóstwa, nawoływali do pokuty i nawrócenia. Już w roku 1183 biskup Lyonu wypędził ich ze swojej diecezji. Piotr Valdo zmarł w 1206 r., a już dziewięć lat później (1215 r.), na soborze laterańskim IV, rzucono na waldensów klątwę. Zepchnięci do podziemia "ubodzy z Lyonu" zradykalizowali swoje poglądy. Odrzucili mszę św. za dusze zmarłych, odpusty, kult świętych i relikwii. Przeciwni byli także składaniu przysiąg, karze śmierci i służbie wojskowej. Te poglądy nie były na rękę także i władzy świeckiej. W 1231 r. rozpoczęto prześladowania, które doprowadziły do likwidacji społeczności waldensów. Jednak pewien jej odłam przetrwał w północnych Włoszech. Tzw. "Ubodzy z Lomnardii" zorganizowali się w świecki Kościł, odprawiali własne msze z udzielaniem sakramentów. Od 1330 r. ścigani przez inkwizycję, chronili się w trudno dostępnych dolinach Alp.

Od mniej więcej 1140 r. w środkowej Europie (przede wszystkim w południowej Francji i we Włoszech) szerzył się ruch religijny katarów (od katharós - czysty). We Francji nazywano ich albigensami (od ośrodka Albi w Langwedocji), a we Włoszech patarini (pataria). Ich doktryna swoją genezę ma w przywiezionych przez krzyżowców, handlarzy i pielgrzymów z Azji Mniejszej i Bałkanów idei dualistycznych. Katarowie wierzyli w walkę dobra i zła. Pierwiastek duchowy, czyli dobra i światła, był emanacją bóstwa. Natomiast świat materialny, jako ucieleśnienie zła i ciemności, był dziełem szatana. Katarowie praktykowali ubóstwo, a także ostro krytykowali potężny i bogaty Kościół, który był dla nich dziełem złego ducha. Albigensi uznawali, że Kościół utrudnia ludziom osiągnięcie zbawienia. Katarowie byli czymś w rodzaju sekty. Elita religijna (tzw. "doskonali") odprawiali nabożeństwa (z łamaniem chleba) i głosili kazania wśród pozostałych wyznawców. chcieli oni osiągnąć zbawienie własnymi siłami. Służyć temu miała ścisła asceza (rezygnacja ze spożywania pokarmów mięsnych i z życia seksualnego) i dystans do świata. Pozostali, tzw. "niedoskonali", prowadzili zwykłe życie i wspierali "doskonałych." Ponieważ albigensi występowali przeciwko Kościołowi i jego hierarchii, trzeci sobór laterański potępił w roku 1179 działalność katarów. W celu zlikwidowania sekty urządzono krucjatę. W sojuszu z królem Francji, w wojnie przeciwko albigensom, w latach 1209 - 1229, wymordowano wiele dziesiątków tysięcy ludzi. 22 lipca 1209 r. miała miejsce " rzeź w Bézières", w trakcie której wymordowano około siedem tysięcy dzieci, kobiet i starców.

Za heretyków uznawany był też radykalny odłam franciszkanów, czyli tzw. braciszkowie (fratricelli). W sposób niezwykle rygorystyczny bronili oni nauki świętego Franciszka.

Nieznana jest geneza ruchu biczowników (tzw. flagelanci). Uznali oni, że aby dostać się do nieba należy sobie stworzyć na ziemi czyściec. Można było to uzyskać poprzez biczowanie się wedle określonych reguł.

Chyba najbardziej znanym ruchem heretyckim średniowiecza jest husytyzm, który rozwijał się na przełomie XV i XVI wieku. Jego ideologiem był profesor Uniwersytetu Praskiego - Jan Hus (1369 - 1415). Swoje poglądy ukształtował pod wpływem idei angielskiego teologa Johna Wycliffe'a oraz pod wpływem wędrownych kaznodziei. Przełożył na język czeski "Biblię", choć przekład ten ukazał się drukiem dopiero po jego śmierci. Jan Hus postulował odrzucenie władzy politycznej i autorytetu papieży, czyli łączył postulaty religijne z politycznymi. Krytykował bogactwo Kościoła oraz handel odpustami i kult relikwii. Podważał dogmaty o sakramentach i łasce, chciał odrzucenia niektórych obrzędów i ceremonii kościelnych. Według niego Eucharystia powinna być przyjmowana pod obiema postaciami. Uważał, że treści ewangeliczne powinny być głoszone w językach narodowych, a także by mogły to robić osoby świeckie. Jan Hus został zaproszony na sobór w Konstancji i tam, mimo uzyskanych wcześniej gwarancji bezpieczeństwa, uznany za heretyka i spalony na stosie (1415 r.). Jego śmierć spowodowała wybuch wojen religijnych w Czechach.

Herezje były skutkiem głębokiej religijności ludzi średniowiecza, upadku autorytetu kościoła oraz ostrych konfliktów społecznych.